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明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败

最近升级了R,全部R包需要批量安装,所以有了昨天的教程:批量安装R包小技巧大放送 但是总会有一些R包安装失败,比如大名鼎鼎的WGCNA 首先是我们的老朋友了,fortran被集成在gcc中,而macOS...本身不提供gcc而是clang,因而借助brew安装!...很简单我们就安装成功了fortran,如下: ? 有趣的是,接下来我遇到了以前学员遇到的问题: ? 同样的,很简单,我就安装好了这个包。...还没有完,接下来仍然是报错,所以我们应该是想办法继续安装这个rrcov包。 ? 更有趣的是,这个包居然还是依赖于fortran,可是我明明就解决了它。 ?...也就是说这个rrcov其实可以不需要fortran语言,只需要你安装它的时候选择不要从头开始编译它即可。 最后WGCNA成功安装: ? 其实最后也没有搞清楚问题出在哪里。 玄学?

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    R 包安装常见问题解决

    问题 gfortran 最近一位读者,在进行常规的转录组分析时,要在R中进行差异分析,因此需要安装DESeq2这个包,但是在安装过程中出现上面了这种情况,导致包没有安装成功。...其实这种情况更好解决,只需要在终端中安装即可,操作如下: # linux 下 sudo apt update # 更新 sudo apt install gfortran # 安装 # mac 下...brew install gcc # mac下 gcc 包含了 gfortran # 读者需要将`gfortran`,换为自身缺失的软件,再去R中重新安装包即可。...# 在3.1.的结果中,查看文件的原始位置,并建立链接 sudo ln -s /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 /usr/lib/x86_64-linux-gnu...gcc --version # 查看 gcc 版本 gfortran --version # 查看 gfortran 版本 # 如果不一致则,重新安装gcc或gfortran为一致版本,再重新安装

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    Linux中RPM 和 YUM 包管理详解

    概述 在本教程中,学习如何使用 RPM 和 YUM 工具管理 Linux 系统上的包。学习: 使用 RPM 和 YUM 安装、重新安装、升级和删除包。...现在,大部分 Linux 发行商都使用预先构建的程序或称为包 的程序集,这些包已准备好安装在该发行版上。在本教程,您将学习可帮助安装、更新和删除包的包管理工具。...安装 Linux 系统时,通常会安装大量包。可针对系统的目标用途而自定义这个包集合,比如用作服务器、桌面或开发人员工作站。...我们将重新安装 gcc-gfortran 包来提供我们的示例。 这个基本查询仅循环查询某个包是否已安装,如果已安装,它的版本是什么。添加 -i 选项,您会获得该包的信息。...展示了如何获取已安装的 gcc-gfortran 版本的依赖项列表。

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    前端要知道的Linux 的 RPM 和 YUM 包管理

    现在,大部分 Linux 发行商都使用预先构建的程序或称为包 的程序集,这些包已准备好安装在该发行版上。在本教程,你将学习可帮助安装、更新和删除包的包管理工具。...前提条件 要从本系列教程中获得最大收获,你应该拥有 Linux 的基本知识和一个正常工作的 Linux 系统,你可以在这个系统上实践本教程中涵盖的命令。...安装 Linux 系统时,通常会安装大量包。可针对系统的目标用途而自定义这个包集合,比如用作服务器、桌面或开发人员工作站。...在回复 “Y” 同意该事务后,它会下载这两个包,然后安装依赖项,最后安装 gcc-gfortran。您会在本教程后面进一步了解依赖项。...我们将重新安装 gcc-gfortran 包来提供我们的示例。 这个基本查询仅循环查询某个包是否已安装,如果已安装,它的版本是什么。添加 -i 选项,您会获得该包的信息。

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    不知道为什么MAC安装R包时候总是出现gfortran错误

    前面其实我提到过一次:明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败,也是同样的报错,这次又出现了,但是我又是以另外一种方式解决了!...不得不说,每次安装 ChAMP 都得脱一层皮,它的依赖包实在是太多了。其中一个ChAMPdata_2.18.0.tar.gz就是680M文件。一般来说,我们切换好镜像哦,然后下载就不是问题了。...In install.packages(...) : installation of package ‘isva’ had non-zero exit status 我其实很早以前就解决过,就是安装好.../6.1.0 这个时候,我灵机一动,查看了我在mac使用brew安装gfortran以及库文件的路径: /usr/local/Cellar/gcc/9.2.0_3/lib/gcc/9/libgfortran...后来在生信技能树VIP交流群跟大家讨论这个问题,说可能是MAC特有的fortran,不能通过brew安装gcc来解决

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    Codeblocks配合gfortran作为fortran开发环境的配置方法

    1,首先安装codeblockes,必须选完全安装(Full,All plugins,…),路径可以选默认路径即 C:/Program Files/CodeBlocks (如果安装到别的路径,后面提到的路径请自行对应更改...3,安装含有gfortran的gcc,注意:最好选择一个不带空格的路径,更不要用中文路径,如C:/gcc ,把路径记住。    ...4,让codeblocks使用gfortran,在codeblocks菜单中选 “设置”->“编译器和调试器”,选中“GNU GCC 编译器”,点“复制”,然后输入一个好记的名字如“my Gfotran...compiler”,打开“可执行工具链”,在“编译器安装目录”里找到C:/gcc,确定。...然后把下面的“C编译器”,“C++编译器”,“动态库链接器”都选成gfortran.exe,“调试器”选gdb.exe,其他的都不要动,确定。安装完成。

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    rpm linux安装(linux安装mysql)

    linux下,如何安装rpm命令? 更新时间:2019-05-20 07:50 最满意答案 rpm默认就安装在了发行版本里,比如RedHat和centos。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具,它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具,它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...RPM是一种用于互联网下载包的打包及安装工具,它包含在某些Linux分发版中。它生成具有.RPM扩展名的文件。与Dpkg类似。 RPM文件在Linux系统中的安装最为简便。...rpm软件包的信息 2 查询rpm软件包安装文件的信息 3 安装rpm软件包到当前linux系统 4 从linux系统中卸载已安装的rpm软件包 5 升级当前linux系统的rpm软件包 (1)#rpm

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    Linux安装jdk步骤_jdk linux安装

    Linux的使用相信大家都要用到java吧!...在使用java前我们得先安装jdk以及配置环境变量等工作;下面小编给大家分享关于Linux安装jdk的详细步骤: 一、登录虚拟机进入终端切换到root用户,输入:su 接着输入密码 再输入:cd … 回到...root用户 二、查看Linux系统是否有自带的jdk: 1、输入:java -version 2、发现有输入:rpm -qa | grep java 检测jdk的安装包,(注意:rpm命令符没有时记得下载一个输入...六、下载完后用FileZilla文件传输器,把jdk安装包传到虚拟机对应的文件夹当中;或者直接在Linux下载即可 七、在终端进入对应的文件的目录,进一步解压,输入tar -zxvf...、输入:javac 3、输入:java 到此Linux安装jdk就完成啦!

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    Linux 安装nodejs_pe安装linux

    linux安装Node.js(详细)Node.js安装教程 文章目录 linux安装Node.js(详细)Node.js安装教程 1:下载 2:解压 3:移动目录 1:创建目录 2:移动目录并重命名 4...:设置环境变量 5:刷新修改 6:安装完成,查看版本号 1:下载 wget https://nodejs.org/dist/v14.17.4/node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz...更多版本选择: ===》更多nodejs版本下载 2:解压 tar xf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 可以查看当前目录下的文件,执行:ls (命令) 解压成功后可以选择删除压缩包...:rm -rf node-v14.17.4-linux-x64.tar.xz 其中:-f 会提醒是否删除 ;-rf 会强制删除,不会提醒。...5:刷新修改 source /etc/profile 6:安装完成,查看版本号 node版本号: node -v npm版本号: npm -v 注意:配合pm2使用npm可以让程序在后台运行。

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    关于安装linux redhat后无法使用yum命令安装gcc-c++问题的解决过程

    初入职场,给linux redhat安装环境的时候,遇到这么个问题 [root@localhost ~]# yum -y install gcc Loaded plugins: katello, product-id...Nothing to do 对于习惯使用Centos的人来说,不能使用这个命令,简直是种折磨 解决过程: 1.给linux redhat安装Centos镜像 [root@localhost~]# wget...gcc.x86_64 : Various compilers (C, C++, Objective-C, Java, ...) gcc-c++.x86_64 : C++ support for GCC gcc-gfortran.x86...x86_64 : GNU Compiler Collection version 4.4 gcc44-c++.x86_64 : C++ support for GCC version 4.4 gcc44-gfortran.x86...,并且对于其他的编译环境也可以使用yum安装了 总结 以上所述是小编给大家介绍的关于安装linux redhat后无法使用yum命令安装gcc-c++问题的解决过程,希望对大家有所帮助,如果大家有任何疑问请给我留言

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