如何获取目标基因的转录因子（上）一文中我们以人类基因组为例，从ensemble网站下载了基因组中基因位置信息矩阵GRCh38.gene.bed和基因组中转录因子结合位点信息矩阵GRCh38.TFmotif_binding.bed...） 我们知道有很多数据库可以查找启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点，但是怎么用Linux命令处理基因信息文件来得到关注基因的启动子和启动子区结合的TF呢？...$1, tss_up, tss_dw,$4,$5,$6;}' GRCh38.gene.bed > GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed 关于awk命令的使用方法，可以参考Linux...第一列是基因名，第二列是能与基因结合的TF名字。 程序不细解释，具体看文后的Linux系列教程。Bedtools使用简介 # cut时注意根据自己的文件选择对应的列 # tr转换大小写。...，希望如何获取目标基因的转录因子（上）和本文能够帮助到各位小伙伴 重点总结 什么是bed文件（http://asia.ensembl.org/index.html） awk命令的使用（Linux学习 -
癌症是以基因突变导致细胞异常和失控生长为特征的一系列疾病。驱动基因（Cancer Driver Gene, CDG）是指对肿瘤进展有重大影响的基因。...根据在癌症进展中的作用，驱动基因可分为两大类：原癌基因（Oncogenes）和抑癌基因（Tumor Suppressor Genes）。...癌基因成瘾（oncogene addiction）是指某些肿瘤维持其恶性生物学表型依赖于某个或某些活化癌基因的现象，这些癌基因也称为驱动癌基因（driver oncogenes）。...重复一遍癌症是一类基因疾病。基因对细胞生长的调控就像开车，有两大类基因进行调控，分别是“加油基因”和“刹车基因”。...某些“加油基因”或者“刹车基因”突变后就会对癌症的发生和发展过程起到推动作用且影响显著，这类基因就是肿瘤驱动基因（driver gene），而不会直接导致癌症发展的基因叫做乘客基因（passenger
一、基因预测 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation，prokka 是一个命令行软件工具，可以在一台典型台式机上在约 10 分钟内充分注释一个细菌基因组草图...它产生标准兼容的输出文件以进行进一步分析或者在基因组浏览器中查看。...J.err sh prokka.sh 选项参数： --outdir：输出结果目录 --prefix ：输出结果前缀 --metagenome：标记，输入数据为宏基因组序列...，包括 gff 和序列，可用 igv 直接查看 gbk Genebank 格式，来自 gff fna 输入 contig 核酸文件 faa 基因的氨基酸序列 ffn 基因的核酸序列 sqn 用于提交的序列...sqn 的描述，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 tbl 特征表，用于 tbl2asn 生成 sqn 文件 err 软件运行错误日志 log 软件运行日志 txt 统计结果 tsv 所有注释基因特征表格
引言 上期介绍了怎么通过Ensembl网站下载单个基因的同源基因序列，这期顺着上期的留言介绍一下怎么通过Ensembl网站下载多个基因的直系同源基因，用到的工具是Ensembl网站的Biomart功能。...03 输入查找基因 接下来就是输入要查找的基因，这里我们随机选取了10个与乳腺癌相关的基因，基因列表如下所示： ?...然后我们先对输入基因的属性进行配置，这里我们只勾选中基因ID以及基因名字，具体页面如下所示： ?...05 结果导出 最后点击左边上方的Results，就会得到输入基因的直系同源基因结果，然后点击Go选项就可以对直系同源基因结果进行导出，具体页面如下所示： ? 导出结果如下所示： ?...这样我们就得到了这10个基因在其他3个物种里面的直系同源基因，可以看到只有BCAR1和BRMS1L这两个基因在其他三个物种里有同源基因。
2021 12/14基因日签 基因如何开启 .壹. 关键概念 一些转录因子可能在复制叉之后与组蛋白竞争结合DNA。 .贰. 关键概念 一些转录因子可识别“封闭”染色质中的靶标以起始转录。...关键概念 基因组被边界元件（绝缘子）分成多个结构域。 .肆. 关键概念 绝缘子可阻断染色质修饰从一个结构域向另一个结构域扩散。
基因预测是指通过对组装的基因组序列进行分析，根据已知生物的基因结构知识或数据库序列来识别其所包含的基因等功能区域。...编码基因预测，就是识别基因组序列上所包含的蛋白质编码区域（Coding sequence，CDS），通过在基因组序列上寻找开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）实现。...基因的从头预测方法依据人们对已知基因结构特征的认识，如启动子区的TATA box、密码子偏好性等，采用统计学方法，如隐马尔可夫模型、决策树方法、神经网络分析法等，对基因组作基因预测。...基因组分析中使用了GeneMarkS预测编码基因，在宏基因组则使用MetaGeneMark。...需要注意的是，真核生物基因结构与原核生物完全不同，其基因预测原理也不相同，通常我们使用原核生物基因预测工具预测宏基因组序列，获得的均为原核生物基因。 END
基因注释 记录下自己对RNA-seq基因注释的学习,并对Drop-seq软件包中的注释模块进行代码研读 什么是基因注释 一句话概况注释:找到与reads有overlap的基因片段,并进行标记 这里reads...指bam文件中的每一行数据,即测序下机文件fastq与参考基因组进行比对之后生成的数据,其中记录了每条read在参考基因组中的位置,有起始位置和终止位置,表示一段区间 基因注释文件记录了每个基因片段在参考基因组上的位置...,也是一段区间,因此与bam文件结合,通过find overlapping我们可以查找到每条read属于哪个基因片段,将其标记在bam格式的tags中,这对后续的生信分析是有帮助的 基因注释文件 GTF.../GFF格式是基因注释的常用格式 GTF是Gene Transfer Format的缩写,其文件由九列数据组成,以tab分割,示例如下: seq_id source type start end score...正负链可以作为过滤条件,假如一条read与多个基因有overlap,可以根据方向是否相同过滤掉部分基因 attributes.
因为融合基因过表达载体的构建与一般的克隆载体构建流程是一样的，只是在PCR引物设计上有所不同！所以这篇文章只说融合基因过表达引物设计，其他的与文章[基因克隆有这篇文章就够了]描述的相同。...2.融合基因过表达简介 融合表达（fusion expression），指将外源蛋白基因与另一基因的3'端构建成融合基因进行表达，可使克隆化基因表达为融合蛋白的一部分。...之前的文章中的案例是用pCDH-CMV-MCS-EF1-copGFP载体（下图左），其实这个载体也带有绿色荧光标记基因，只不过这个基因和多克隆位点（MCS）并不连续，MCS引入的目的基因由CMV启动子启动...pEGFP-C1的EGFP基因位于MSC上游，而pEGFP-C1的EGFP基因位于MSC下游。仔细看图，碱基是3个3个的在一起，也就是一个密码子，我们引入基因后不能移码！...首先，我们在酶切位点后面先写上TNF基因的序列（如下图），由于EGFP基因在TNF基因的前面，在上游引物设计中，如果选择HindⅢ之间连上TNF基因，那么TNF基因在编码过程中就发发序列移码！
前言 此部分内容，均为《基因学苑》公众号付费资源的学习笔记。 一、eggnog-mapper简介 拼接完的宏基因组序列，进行基因预测，去冗余，最终得到宏基因组测序的基因组。...那么这些基因都有哪些功能呢?这就需要进行基因功能注释。基因功能注释就是将待查基因与已知数据库进行比对，如果比对上则认为二者为同源基因，执行相同的功能。...宏基因组中通常包括很多新发现的基因，无法比对上已知数据库。所以，在宏基因组研究中，一部分或者大部分基因无法注释得到功能属于正常现象。...这里我们使用 eggnog-mapper 工具来进行基因功能注释。eggnog-mapper 是一个非常方便的基因功能注释流程 。...可以自动化完成基因功能注释工作，其内置了COG/KOG/KEGG/GO/BiGG 等数据库，也可以自行创建注释数据库。
首先给大家简单介绍一下同源基因的概念，同源基因分为两种类型： 直系同源（orthology）和旁系同源（paralogy）。...直系同源因物种形成（speciation）而被区分开（separated）：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的；旁系同源的序列因基因复制（gene duplication...在红框中的搜索栏里输入想要查找的基因，这里我们输入人的MYH9基因，然后点击回车进入搜索结果界面，结果界面如下： ? ? 点击红框中的第一条搜索记录进入MYH9基因的信息界面，结果如下： ? ?...左边红色框中显示的是MYH9基因具体信息, 右边是对MYH基因位置、Gene ID、基因名字等一些简单信息的显示，而我们要找的同源基因信息就包括在左边的信息栏里，接来我们点击左边信息栏里的Orthologues...另外值得注意的是如果左边信息栏里的Orthologues或者Paralogues是灰色则说明该基因不存在直系同源基因或者旁系同源基因。
生物信息学数据库种类繁多，其中基因ID是很多人比较困惑的，尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题，比如表达芯片是探针，所以我策划了一系列ID转换教程，见文末！...我的包里面有一个函数大家比较感兴趣，就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢？而且还可以得到其基因类型。...IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv') 你可以指定ID_type，目前只能是选择 "ENSEMBL" or "SYMBOL"，然后这个函数就会为你进行ID转换及坐标，还有基因类型的注释...也在：芯片探针ID的基因注释以前很麻烦 和 ：芯片探针序列的基因注释已经无需你自己亲自做了, 里面详细介绍了。...需要注意的是，这个函数的type参数，其实是有3个选择，这里我演示的是选择soft这个来源的基因注释信息。 并不是所有的平台都是有soft注释，也不是所有的平台都被我的这个工具囊括哦。
写在前面 这篇文章仍然来自几篇文章及自己平时的积累，主要阐述关键基因和hub基因。很多人误以为hub基因就是关键基因，甚至有人认为差异表达基因就是关键基因。...差异表达基因是两个group之间有统计学差异的gene，以芯片为例的话，几万个探针里可能差异的就1000个左右（当然根据设定阈值差异很大） hub基因，是degree高的gene，在基因表达网络中有高的连接度...并且hub基因的筛选有很大的人为因素，到底是取前5%还是10%没有具体要求，一般建议5%。也就是说这是一个很宽松的设定。 关键基因，有人从hub里挑靠前的，有人从差异表达基因里挑p值大的。...到怎么才算关键基因？笼统来说，假如你这个基因被敲减，表型显著消失，那肯定是关键基因。但仅从生物信息分析角度怎么挑？...这里可以看出，hub基因是是在无尺度共表达网络中存在的，对应着degree，也就是说在GCN中。
1.找到你所感兴趣的基因家族 番茄（Solanum lycopersicum），最喜爱的蔬菜水果之一。摘录维基百科最基本的介绍，详细了解番茄的起源，自行Google。...The plant belongs to the nightshade family, Solanaceae. 2.获取基因家族pfam number 进入官网https://pfam.xfam.org...利用hmmsearch进行基因家族初步筛选 最基本的语法：hmmsearch Nramp.hmm protein.fa > out，一般我只用到这么简单的语法。...Nramp.hmm 是上一步下载到的文件 protein.fa是番茄全基因组蛋白序列文件 out是重定向的输出的文件 找到的成员信息，可以看出来，初步找到了共10个NRAMP成员。...含有NRAMP结构域的基因
一次基因变化就意味着这个基因序列中的一个字符发生了变化。 例如，"AACCGGTT" --> "AACCGGTA" 就是一次基因变化。...另有一个基因库 bank 记录了所有有效的基因变化，只有基因库中的基因才是有效的基因序列。...（变化后的基因必须位于基因库 bank 中） 给你两个基因序列 start 和 end ，以及一个基因库 bank ，请你找出并返回能够使 start 变化为 end 所需的最少变化次数。...如果无法完成此基因变化，返回 -1 。 注意：起始基因序列 start 默认是有效的，但是它并不一定会出现在基因库中。...由于题目中给定的 基因库的长度较小，因此可以直接在对 进行预处理，找到基因库中的每个基因的合法变换，而不需要像方法一中每次都需要去计算基因的变化序列，我们将每个基因的合法变化关系存储在邻接表 中，每次基因变化搜索只在
一、salmon简介 由于样品中包含的微生物丰度不同，相应的基因丰度也不同，类似于 RNAseq 中基因表达量的差异。宏基因组中同样可以对基因进行定量。...利用 Salmon 软件可以对宏基因组基因丰度进行定量。salmon 是一款新的、极快的计数软件。...它与 Kallisto 和 Sailfish 类似，可以不通过 mapping 而获得基因的 counts 值。
在进行高通量测序的时候，我们在会得到很多的候选基因。但是对于基础实验而言，我们往往只需要寻找到这些基因当中重要的那些基因来进行后续的实验即可。但是这么多基因该怎么寻找的呢？...这个一般可以通过通路富集或者相互作用分析，来寻找一些关键的基因来进行后续的验证。...但是的话，对于通路富集分析而言，由于是只是基于以往的研究结果来进行分析，所以对于一些新的基因或者目前研究较少的基因就容易造成分析的丢失。而对于相互作用分析而言，这个则是一种可以扩大候选基因选择的方法。...因此对于后续基因的选择最好是结合这两种方法来综合性的分析。...综合两者综合性的结果，来确定在候选的一系列基因当中，那些是所谓的核心基因。 ?
本次介绍的是TBtools序列工具中的获取Fasta文件中的基因代表序列以及基因序列模式定位。...http://tool.chinaz.com/regex 接下来介绍的是Sequence Pattern Locate，该功能可以在一个基因组文件中找到你需要的一段序列并定位其位置。
背景介绍 继上次27分的单基因泛癌文章后，今天小编再为大家带来一篇非常容易复现的单基因单肿瘤的纯生信文章，与上一篇相似，本文也着重于单基因的免疫作用。发表于Front. Immunol....首先，利用TCGA队列中黑色素瘤患者的RNA-seq数据进行IL27与其他基因的相关性分析。结果表明，有1047个基因与IL27显著相关(P<0.01)。...其次，利用这1047个基因进行DAVID富集，获得了184个BP基因富集项、42个MF基因富集项、33个CC基因富集项和48个KEGG基因富集项(FDR<0.05)。...;图4E)中均阳性共表达，进一步支持IL27作为驱动基因。...但是也有略微不足的地方，比如探究IL27是否是免疫反应的driver基因时比较牵强，如果有条件最好还是补充一下湿实验。总之，这篇7分的文章给我们做单基因提供了一个很好的模板，而且非常容易复现！！！
2764: [JLOI2011]基因补全 Time Limit: 10 Sec Memory Limit: 128 MB Submit: 570 Solved: 187 [Submit][Status
一、基因家族定义 基因家族：gene family，是指来源于同一个祖先，经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因，它们编码相似的蛋白质产物。...对于一个基因家族中的基因，能够编码蛋白都有同一个结构域。...直系/垂直同源基因：同一祖先但后来形成了不同物种，它们之间的基因集。一般从进化上来讲，有相同的功能，但这个并不绝对，可能在新测序的物种中又会发现新的基因功能。...旁系/平行同源基因：某个特定基因组中由于基因复制产生的同源基因，直系基因在进化中一般会保持相同的功能，但是旁系基因会发生进化，可能已经有了新的功能，或者成为了假基因。...直系同源（同颜色）与旁系同源（不同颜色） 一个基因家族，一般存在于多个物种（不同物种中的叫亚家族基因），并且很多基因家族都是转录因子，可以对家族内基因启动子区域进行分析；还能找几个物种，分析同源基因的基因结构
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