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R语言生存分析科研绘图

基于这样的研究目的,需要提供生存数据,它是一种由不同的开始时间结束时间组成的事件-时间的数据,比如在癌症研究领域,研究手术到死亡的过程、治疗到疾病进展等等。...生存数据组成生存数据是有事件状态对应时间组成,事件状态可以分成发生删失。事件时间:$T_i$删失时间:$C_i$事件状态:如果观察到事件则是1;否则是删失0。事件时间要小于删失时间。...通过密度分布图可以观察到事件发生删失状态在时间上的区别,如果不考虑删失则会导致评估结果偏高。...")sex_col <- c("#F28880", "#60C4D3")总结生存数据很常见,是时间到事件的数据;需要生存分析技术来解释删失的数据;survival R包提供了生存分析工具,包括Survsurfit

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    Nature:英语称霸科研还要多久?英语能力科研能力不应混为一谈

    文章采访了7 位非英语母语人士,以故事的形式讲述了不同母语的科学家应用英语进行科学交流的障碍问题,更重要的是提供了很多英语科学交流写作的资源。 ?...对于母语并非英语的大量科学研究人员来说,对英语的掌握的熟练程度日益成为提升科研能力、学术交流能力的基础。换句话说,非英语国家的研究人员在攻克学术难题之前,首先要跨过的就是语言障碍。...英语能力科研能力不应混为一谈 Yangyang Cheng:这个问题很复杂 康奈尔大学物理学家 发生在杜克大学的这件事使人们对这一问题给予了更广泛的关注。...让科学知识成果更容易获取,并不是最富裕国家的独有智慧。多语言支持翻译服务可以纳入拨款,作为研究经费的一部分。 说英语的人已成为科学的“守门员”。...各位新智元的读者朋友,对于英语在科研领域一家独大这件事情,你们怎么看? 参考链接: Nature: https://www.nature.com/articles/d41586-019-01797-0

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    “奴才式科研”是中国科研圈的毒瘤

    ▲ 题图:第五届索维尔会议参加者合影(1927年) 本文原系某国家级科研机构负责人的自述,在作者看来,中国科研表面上看起来一片繁荣,实际深藏危机,如果继续跟班式搞科研,中国科研就没戏了。...我认为,制约我国科学研究的,是流行的科研方式——跟班式科研,说的恶心一点,是奴才式科研。...就像艺术,它也有不同的形式载体,但它真正的价值应该体现在去创造别人不一样的东西这个过程本身。...而且,只要是原创性的项目,就一定会某些评委产生冲突。...“在古代,那时没有科技部教育部,也没有各种支持科研的基金,但是我们却有这么多的伟大发明;可现在,无论是科技部、教育部还是国家自然基金委,在科研投入上不差钱,这么多钱为啥就砸不出创新来?!”

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    科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门

    当然,有些工作做得特别出色的,杂志编辑会推荐科研做图润色。...,热图,箱图,bar图流程图,颜色配置合理。...同时,子图子图之间对齐做的也很好,赏心悦目。 当然,做到这种程度,绝非一朝一夕之事,本次教程,就让我们先了解一下什么是AI以及如何使用AI进行最简单的排版吧。...然后选择矩形Figure 1图片,使用Ctrl+G进行编组,然后使用Ctrl+CCtrl+V进行复制粘贴。 对齐工具 接下来,就是最最重要的时刻了,我们将使用一个工具,名为对齐。...当然了,科研做图,绝非一朝一夕之事,各位一定要勤加练习,多阅读高质量的文献,才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图,一篇优秀的文章,既是科学的积淀,也是艺术的结晶。

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    科研文献绘图

    table(y) #排序获得前50个关键字 top50 <- sort(table(y),decreasing = TRUE)[1:50] top50 #绘图 wordcloud2(top50) #修改形状配色...在生物统计学上,做频率统计、突变分布、GWAS 关联分析的时候,经常需要绘制manhattan 图,用来展示每条染色体上 SNP 的分布及频率变化,能够对候选位点的分布和数值一目了然。...此外,还可以通过颜色将数据分类,直观地进行比较区分。 之前的“基因组圈图”也是一种和弦图,用来展示基因组之间相互关系。...source 字段、target字段、 value 字段,也就是从哪里到哪里,然后就是数值。...source target 确定连接关系,为字符型,value 确定关系大小,展示连接关系大小。 更复杂的和弦图可以使用 Circos 软件绘制。

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    现代科研指北,科研新人的避坑指南!

    北京大学原子核物理女博士去竞聘城管岗位引得社会各界热议,大家纷纷说着博士为什么不做科研?现在都这么卷了吗,博士也要来抢普通人的工作了吗?...其实不管是主动逃离的,还是被动选择的,每年毕业的博士中都有很多不会留在学术圈,不会继续做科研。...因此,不用抱着陈旧的思想,不用认为经过多年系统训练学习的博士,具备更专业知识的博士,就一定要去做科研,其实还有很多选择。博士在就业的时候,要多多去了解这更多的选择。...如果你想了解更多的科研话题,《现代科研指北》这本书不容错过。...、硕士/博士研究生及高校青年教师作为科研入门读物或工具书阅读,也可作为非科研从业人员了解现代科研现状的参考书。

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    100+SCI科研绘图系列教程(Rpython)

    科研绘图系列:箱线图加百分比点图展示组间差异-CSDN博客 科研绘图系列:箱线图加蜜蜂图展示组间数据分布-CSDN博客 科研绘图系列:小提琴图双侧小提琴图展示组间差异-CSDN博客 科研绘图系列:...-CSDN博客 科研绘图系列:带有点的柱状图-CSDN博客 科研绘图系列:双侧条形图或柱状图-CSDN博客 科研绘图系列:箱线图(分组数目离群点现实)-CSDN博客 科研绘图系列:主成分散点图的组间边界标记...plot) 科研绘图系列:R语言单细胞差异基因四分图(Quad plot) 科研绘图系列:R语言热图PCA(heatmap PCA) 科研绘图系列:R语言对角线矩阵图(corrplot plot...科研绘图系列:R语言组合热图散点图-CSDN博客 科研绘图系列:R语言组合堆积图(stacked barplot with multiple groups) 科研绘图系列:R语言TCGA分组饼图(...:R语言箱线图(boxplot)-CSDN博客 科研绘图系列:R语言箱线图连线图(boxplot & linechart) 科研绘图系列:R语言误差连线图(errobar linechart) 科研绘图系列

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    2018年国外主要实验室科研团队成果动向

    实验证明,与 RNN LSTM 相比,QRNN QLSTM 都在自动语音识别等实际应用中达到了更好的性能。...研究者结合了近期提出的两种无监督方法,并简化了结构损失函数,得出的新模型性能更优,且易于训练调参。...11月初,FAIR 纽约大学的研究者合作开发了一个新的自然语言推断语料库 XNLI,该语料库将 MultiNLI 的测试集开发集扩展到 15 种语言,包括斯瓦西里语乌尔都语等低资源语言。...该论文提出的全景特征金字塔网络结合了分别用于语义分割实例分割的 FCN Mask R-CNN,在两种任务基线上有很好的稳健性准确率。...研究员声称,Trellis Network吸收了循环神经网络卷积神经网络中的结构算法元素。

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    程明明教授:关于文献阅读科研选题

    关于文献阅读科研选题 自从2007年一月去我即将读研的清华大学计算机图形学组做本科毕业设计开始,我就陷入了一个困扰我许久的问题之中:如何阅读文献,如何寻找科研题目?...虽然迷茫失望在时间跨度上占了我短短几年科研经历的明显多数,但现在更多的是信心对未来的憧憬。...当我们摆脱之前的悲观情绪之后,一个现实的问题是,如何寻找这些机遇,如何从海量的文献中找出适合我们的科研题目?关于这一点,我想从自己比较熟悉的几个领域出发 ,用具体的实例来总结我的一些经验教训。...年的CVPR是我2007刚开始接触科研时就看过的paper。...除了常见科研选题的技巧(如利用相似领域的知识、提出新的问题、利用新的工具等)之外,支持我们一路走来还有一个更重要的动力。

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    科研绘图配色

    建议用低饱和度颜色作为主要基调,少用高饱和度高明度的色彩组合,如大红大紫等颜色,那样会造成比较大的视觉冲击。 不要在同一幅图中同时出现红色绿色。...不要选用对比度非常明显的颜色,不要滥用图案,尤其是图案颜色同时使用。可以使用纯色渐变色,彩虹色或部分色域的渐变。黑白图可以用灰度图案进行搭配。...下图描述了一个简化的12色RGB色轮每种颜色的RGB表示法。...04 参考顶刊论文配色 对于科研绘图,一个很好的学习途径是从top论文中观摩学习。多总结好的论文配图的共性,比如展示某类数据时,通常采用哪种图表,哪些色系。...基于操作简便和美观的两个原则,小编从中选取了最适合绘图的五个网址进行详细介绍,做科研收藏这五个网址足够啦。其余配色网站只进行了简单汇总,大家有时间也可以点开试试。

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    科研利器】进程管理

    4.正常结束 • 5.非正常结束 # 僵尸进程及产生的原因 僵尸进程: 1.子进程比父进程先结束 2.父进程没有回收子进程的资源 3.此时的子进程就称为”僵尸进程” 产生的原因: 1.子进程的结束父进程的运行是异步的...,然后调用内核中的中断处理程序来影响设备的请求 中断在Linux系统中被分为两个阶段执行 • 硬中断:快速处理中断请求,将中断请求放入缓存中 • 软中断:延迟处理中断请求,将缓存中没有处理完的中断请求继续处理...color=auto nginx killall:杀掉所有进程,不用指定pid pkill:杀掉所有进程,不用指定pid [root@localhost ~]# pkill -9 -t pts/0 Linux...# 完全是因为目前没有用户量 stress是Linux系统压力测试工具,这里我们用作异常进程模拟平均负载升高的场景。...cpu 4 --timeout 600 # 查看所有的CPU,5s显示一次数据 [root@localhost ~]# mpstat -P ALL 5 下面可以看出,是用户态的进程导致CPU过高 Linux

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    好物分享17-科研巡礼01-科研第零课:关于科研入坑的学习资源

    前言 履行我达到500粉丝的承诺,最近的选题会更多考虑与文献科研相关,开启一个新的子系列——文献巡礼。 之前的教程一样,我还是会先推荐一些参考资源。毕竟站在巨人的肩膀上,景致更好。...**在《科研新手全面入坑指南》里,王老师汇总并升级了自己此前发表过的部分文章,同时加入了自己最新的思考心得。...**这份教程不仅选题新颖,而且还结合了大量时下最新的创作工具研究进展,帮助你在茫茫文献海洋中,快速定位获取自己所需的内容,并利用数据科学与效率工具的优势,更快、更好地完成阅读、整理、分析写作。...此外,即使你并非在校学生,或者没有科研创作的需求,教程中提到的论文阅读、知识储备、文献梳理、Markdown 写作、幻灯片制作、英语学习等技巧依然能够为你带来实际的帮助提升。...这些连教授导师们都不会告诉你的经验与技巧,都将成为你高效学习工作的「秘密武器」。 2-现代科研指北 现代科研指北 (bookdown.org)[3]作者:于淼 如果说,上面那本书是科研者入门指南。

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    科研利器】关于 “.bash_profile” “.bashrc”区别的总结

    1、bash的startup文件 linux shell 是用户与 Linux 系统进行交互的媒介,而 bash 作为目前 Linux 系统中最常用的shell,它支持的 startup 文件也并不单一...当一个登录shell退出时,bash将从文件中读取执行命令~/.bash_logout/etc/bash.bash_logout,如果文件存在。...由此可见,“profile” 系列文件的主要目的在于为“登录shell”设置环境变量启动程序;而 “rc” 系列文件的主要目的在于设置功能别名。...顺便提一句,Linux 中 “rc” 是英文 “run command” 的缩写,表示文件中存放需要执行的命令。...Linux 中 startup 文件区分全局个人:全局 startup 文件放在 /etc 目录下,用于设置所有用户共同的配置,除非你清楚地知道你在做的事情,否则不要轻易改动它们;个人startup文件放在

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    科研绘图系列:(2)使用PPT绘制菌落培养皿

    科研绘图系列:(1)使用PPT绘制各类细胞 成果展示: ? 1、打开PPT,新建一页新的ppt。 2、选项“插入”,选择“形状”,找到基本形状里面的同心圆(圆,空心)。...3、右键设置大小,选择宽度高度都为9CM。 ? 4、选择同心圆内圈的黄点,将中心圆的直径扩大到外圈圆的边缘。 ? 5、将边框填充颜色,选择为最左侧灰色第二个颜色。 ?...6、三维参数设置:顶部棱台的宽度高度都为3磅、深度40磅、材料为半透明粉、光源为中性-柔和、三维旋转为预设-平行-等长顶部朝上。 ?...7、插入一个新的圆,将宽度高度都设置为9cm,选择无边框,将填充颜色设置为上述颜色一致的灰色。 8、将三维格式里面棱台宽度、高度以及深度都改为2磅、光源为柔和、将材料设置为暖性粗糙。 ?...10、底盘复制一份,将其材料改成“柔边缘”,光源改成“两点”,再增加阴影“右下斜偏移”,调整圆形大小,比如高度宽度都为0.5厘米,同时调整顶部棱台高度为8磅,高度为4磅。 ?

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    科研算法的敏捷应用

    Gatys, EckerBerthge的论文发表之后就有许多相关应用上线了。由于Google的Deep Dream项目相关,许多深度学习粉丝试图自己开发代码并在自己的机器上运行。...Łukasz: 在处于成长期的大学里,快速、冒险的科研方法实际上是受到鼓励高度评价的。很有幸我所在的EPFL大学也是这样的(而且是这方面最出色的大学之一)。...从研究角度来看,你的合作者们可以更容易地在不同数据集上运行测试新算法。而且,把新研发的方法向大众公布,可以第一时间收到反馈信息。这对我们来说是无价之宝,或许能在其它科研产品领域产生新火花。...最后,这类应用产品也有助于科研成果往学术圈之外推广。 工具 M: 你们现在使用的工具有哪些? Łukasz: 根据不同的问题应用,我选用R、PythonMatlab完成日常工作。...它提醒了我人生的随机性不确定性。 M: 非常感谢ŁukaszMichał分享他们的经历。

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