在做motif分析时，经常用Fimo扫描基因组序列得到motif对应的序列位置，进而进行下一步的分析。说明文档可参考：http://meme-suite.org/doc/fimo.html ?...motif file sequence file是序列文件，用全基因组还是提出来的基因组片段都可以。 其他参数还有： ?
间隔序列来自于外来入侵DNA，作为识别外来入侵者身份的指纹，其在入侵DNA上对应的为原间隔序列（protospacer），作为身份识别的原间隔序列其特点为两端延伸的临近序列十分保守，称为原间隔序列临近基序...这样一来，一段新的间隔序列就被添加到了基因组的CRISPR序列之中，形成了对病毒DNA的免疫“记忆”。...02 CRISPR预测 原核生物基因组中可能多处存在CRISPR序列，其预测注释可以使用CRISPRfinder（http://crispr.i2bc.paris-saclay.fr/Server/）在线分析...，提交序列后会给出确定的CRISPR序列与可能的CRISPR序列，如下所示： 其中左边的为回文重复序列，右边为不同的spacer序列。...与重复序列长度比的最大值，默认为2.5 -s：spacer之间相似度的最大值，默认为60 -cpuP：程序运行使用的CPU数目，默认为1 -meta：分析宏基因组序列 -gcode：密码子表，默认为大多数细菌所使用的密码子表
叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。...id=reputer_manual_manual 使用方法也很简单，直接上传fasta格式的序列，然后会有4个输入框需要填。分别是 重复片段的最大 最小长度。然后还有两个距离。...这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。 然而自己在使用的时候一直会遇到报错， ?...不知道是什么原因，自己猜测是因为序列太长，在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter，但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做...-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp 之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候
基于环境的复杂性与研究对象的不同，宏基因组数据在组装之前常需要过滤掉一些序列以防干扰研究。例如要研究动植物组织或肠道的微生物组，往往需要去除宿主的DNA序列。...假如研究的是人类肠道微生物的宏基因组，需要去除属于人基因组的序列。具体方法为将质控后的序列和人类基因组序列进行比对，将比对上的序列去除。...宏基因组reads筛选：去除宿主序列 测序数据的组装：常用软件工具 更新中…… 短序列有参比对常用的软件有BWA、Bowtie、BBMap等。下面以Bowtie 2为例。...首先需要下载参考基因组，这里以人类为例，可以去NCBI下载最新版本的人类基因组序列（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/index.shtml...，根据序列信息，将原始数据中包含有宿主基因组的序列去除： 其中第一列为参考基因组染色体或scaffold名称，第二列与第三列为read在该染色体或scafflold比对的起始与终止位置，第四列为比对上的
RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列，默认情况下，会将重复序列原有的碱基用N代替，从而达到标记重复序列的目的。...除此之外，也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式，来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对，从而识别输入序列中的重复序列。...在Sequence中输入或者上传FASTA格式的DNA序列；Search Engine选择比对软件，Speed/Sensitivity选择运行模式，不同模式的主要区别在于运行速度与敏感度的差异，DNA...软件基本用法如下 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa -pa指定线程数，只有输入文件大于50Kb时才发挥作用；-small表示将重复序列转换为小写...运行完成后，会生成多个文件，后缀为masked的文件为标记重复序列后的文件，后缀为.out的文件保存了重复序列区间信息。
生物信息学的分析很大一部分都是围绕序列展开，可以说序列分析催生了生物信息学。比如通过与参考基因组序列进行比对，检测各种变异；RNA-seq数据与参考基因组比对，进行定量。...今天给大家介绍如何下载某一个物种的参考基因组序列，分为浏览器版与命令行版2种方式。 浏览器版 通过NCBI的genome数据库下载。...比如我要下载人类参考基因组序列，打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome ,在搜索框中输入human, 会出现很多关键词提示，我们选择第一个（这是human的双名法名字...当然我们的目的是下载参考基因组序列，其他信息先不管，结果页面最上面的部分显示了参考基因组的DNA，转录本，蛋白质三种类型的FASTA序列下载地址，如下所示 点击genome就可以下载了。...细心的同学可能会问下载的基因组版本不是我想要的啊，的确，从这里下载的都是最新的版本。
这里是网页版获取DNA序列，下载保存后可以用read.fasta打开 ########################## 用SeqinR包获取序列并进行统计 ##################...######## 比如，在NCBI获取NC_001477登革病毒的基因组序列， 安装加载seqinr包 install.packages("seqinr") library(seqinr) choosebank.../acnuc 比如要获取DEN-1登革病毒基因组序列，accesion number NC_001477 1 构造一个函数，由Accession number直接下载所需要的序列 getncbiseq...closebank() } print(paste("ERROR: accession",accession,"was not found")) } 2.根据accession number下载序列...3 输出fasta格式文件 write.fasta(names="DEN-1", sequences=dengueseq, file.out="den1.fasta") 4读入，如果通过网页直接下载序列
某中心开放数据计划接入全球最大基因组序列库某中心今日宣布，通过其AWS开放数据赞助计划，现可免费访问由国家生物技术信息中心（NCBI）管理的国家卫生研究院（NIH）序列读取档案（SRA）数据。...数据规模与增长趋势SRA目前存储超过44 petabases的基因组序列，相当于超过60亿个人类基因组——超过美国当前人口的18倍。SRA目前容量超过40 PB，且增长没有放缓迹象。...在抗击疫情中的关键作用SRA包含生命树所有分支的基因组序列，并在抗击COVID-19中证明至关重要。...例如，不列颠哥伦比亚大学云创新中心开发的开源科学病毒发现平台Serratus，使用某中心服务将冠状病毒泛基因组与380万份SRA提交进行比对，以识别新的冠状病毒序列。...要了解序列读取档案的最新信息，请访问ncbi.nlm.nih.gov/sra。有关某中心开放数据的更多信息，请访问opendata.aws。
在微生物学和基因组学领域，准确地识别和分类细菌菌株是研究的重要部分。ChewBBACA是一个用于创建和评估核心基因组和全基因组多位点序列分型（cg/wgMLST）模式和结果的高效软件套件。...ChewBBACA允许我们基于多个基因组定义模式中的目标位点（例如，基于感兴趣物种或谱系的高质量基因组数据集中的不同位点），并执行等位基因调用来确定细菌菌株的等位基因谱。...它通过基于BSR（B) 的方法来实现这一目标，不仅能够处理庞大的基因组数据库，还能显著降低计算成本，使得微生物分类变得更加高效和经济。 功能特点 1....强大的模式创建和评估功能：chewBBACA允许基于多个基因组定义模式中的目标位点，例如，基于感兴趣物种或谱系的高质量基因组数据集中的不同位点，并执行等位基因调用来确定细菌菌株的等位基因谱，轻松扩展到数千个基因组...总结 总之，chewBBACA能够快速且准确地对细菌菌株进行分型，然后对等位基因的核苷酸序列进行比对，并进行系统发育分析。这对于追踪病原体传播路径、理解细菌演化关系以及进行流行病学研究至关重要。
背景 目前有关新冠病毒的数据已经有很多了，包括发表出来的新冠病毒全基因组序列，有 SARS病毒参考序列，各个平台的测序数据。...本文档中使用公共序列，我们需要下载序列，各个突变株的基因组序列，测序数据等。目前的数据分散在各个平台之上，需要从多个平台，采用多种方法来进行下载。...因为这些片段并不是都是全基因组长度，有些只是片段，也可以根据长度进行过滤，只下载全基因组序列。...本文档中使用公共序列，我们需要下载序列，各个突变株的基因组序列，测序数据等。目前的数据分散在各个平台之上，需要从多个平台，采用多种方法来进行下载。...基因组 下载 SARS 基因组序列用于与新冠病毒进行比对分析，构建系统发育树等。
除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具 Blat Motif finder 前者用于序列比对，后者用于motif的查找，本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。...IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下 https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?...command=start 在IGV中，通过工具栏的Tools->BLAT菜单，可以自定义输入查询序列 ? 直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可，序列比对完成后，会弹出如下所示的结果框 ?...鼠标左键选中每一行，可以在基因组浏览器中展示比对结果，示意如下 ? 会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。...除了上述用法外，IGV还有很多种序列比对的方式，比如对bam文件中的reads进行比对，对基因结构中的某个特征，exon,intron进行比对等等，详细的描述请参考以下链接 http://software.broadinstitute.org
之前提到的clustalo, muscle, mafft 适用于几千到几万条序列的多序列比对，在比较基因组学的分析中，需要对不同基因组的序列进行多序列比对。...对于基因组规模的多序列比对而言，之前的工具运行速度上就不够理想了。 kalign 是一款针对大规模序列的多序列比对工具，无论是运行速度，还是比对的准确度，都令人满意。...官网如下 http://msa.sbc.su.se/cgi-bin/msa.cgi 在对应的文献中，利用测试数据集，评估了不同软件的运行速度和多序列比对的准确度，结果如下 ?...kalign支持核酸和蛋白质的多序列比对，软件的安装过程如下 wget http://msa.sbc.su.se/downloads/kalign/current.tar.gz tar xzvf current.tar.gz.../configure make 编译好的可执行文件的名字为kalign, 基本用法如下 kalign input.fa > out.fa 默认输出fasta格式的多序列比对结果，也支持clustalw,
微生物的质粒携带抗生素耐药性、毒力因子等关键基因，在基因组研究中，识别这些质粒序列对理解基因水平转移、追踪病原体传播至关重要。但传统方法费时费力，直到 PlasFlow 的出现，让这一切变得简单高效。...PlasFlow是一套用于预测宏基因组contig中质粒序列的脚本工具。...它不仅优于其他现有的宏基因组质粒恢复解决方案，还引入了阈值设置，可以排除不确定的预测结果。 功能特点 高准确率 PlasFlow的准确率高达96%，能够有效区分质粒和染色体序列。...应用场景 抗生素抗性研究 质粒是抗生素抗性基因传播的重要载体，PlasFlow可以帮助研究人员快速识别宏基因组中的质粒序列，从而更好地理解抗生素抗性基因的传播机制。...基因组进化研究 通过分析质粒序列，研究人员可以深入了解微生物基因组的进化过程，特别是质粒在基因组重组和基因转移中的作用。
做DNA测序的朋友们一般来说，都会拿到突变位点信息，不管是SNV还是INDEL，都是一个基因组上面的坐标而已。...而高通量测序的结果通常是需要做一下实验验证，最常见的就是sanger测序啦，需要设计引物来捕获一下突变位点附近的序列信息，查看是否该位点真的具有突变信息。...如果仅仅是一两个位点， 我们可以很容易通过各种各样的网页工具去查询到它的序列信息，但是高通量测序的结果往往是成千上万的，就算是节省成本，一般来说也会挑选100个左右的位点拿去设计引物进行sanger测序...其中参考基因组序列来自于 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 包，这个包非常大，大家下载安装的时候一定要切换好镜像高速下载哦！...，就可以根据这些序列去设计引物做sanger测序验证。
University of Nebraska 这篇论文的具体研究内容和结论还没有看太明白，目前自己的关注点是这篇论文里提供了一个python脚本ROUSFinder.py，利用blast鉴定线粒体基因组中的重复序列...MH645952.fna 脚本是用python2写的 使用前提是blastn已经安装到了/user/bin/目录下，如果blastn没有安装到这个目录下，可以使用-b参数指定blastn的所在路径 默认的重复序列最小长度是...作者还提供了另外一个脚本MultipleRepeats.py可以一次性计算多条序列，但是可能得需要我们自己稍微对脚本进行修改 脚本的输出文件有4个 比较重要的是以_rep_table.txt结尾的文件...Repeat_7 162 452326 452165 minus Repeat_8 160 15235 15394 plus Repeat_8 160 621660 621501 minus 包括重复序列的长度
我做的是植物，首先是使用RepeatModeler构建自己物种的重复序列数据库 BuildDatabase -name ABC ABC.genome.fasta RepeatModeler -database...LTRStruct 1>repeatmodeler.log 2>&1 这一步生成的AAA-families.fa 文件里有很多Unknown image.png 然后是用RepeatMasker做重复序列的注释...这里RepeatMasker是4.1.5，Dfam库的序列条数多了很多 这次再运行完两个流程未分类的占到15%左右，上面提到的未分类过多的应该就是Ltr_retriever没有运行成功导致的 这次生成的
随后使用系统发生分型方法来尝试恢复unClos_1和unFirm_1的基因组序列信息以及尽可能多的其他phylotypes。...仅存在于一个生物样品和DNA提取的，预先确定使用序列组合合并算法，并阻止使用最近显示从时间和/或多样本分组方法产生来自宏基因组数据集的准确基因组。...USEARCH61用于检测嵌合序列，然后进行非嵌合序列的聚类（以97％的序列相似性），并选择OTU。...使用BLASTN（-e 1e-20 -r 1 -q -1 -v 5 -b 5 -F F）对来自测序基因组的系统发生不同代表性序列的数据库进行SSU rDNA检索。...来自混合组合体的未掺入的重叠群（进入组装体的重叠群体，但未并入混合重叠群体）也被包括在本研究中使用的最终重组基因组中。 也使用MIRA 4.0进行两个平台之间的原始序列的混合组合。
脚本简介： 这个脚本主要用于从FASTA格式文件中批量提取指定位置的序列，可以应用在很多不同场景，比如： 提取基因内部特定区域的序列，例如用于分析蛋白质或核酸的二级结构区域； 设计引物时，截取目标区域的序列作为模板...； 需要对特定区域进行比对或变异分析时，快速提取目标序列； 亚细胞定位预测后，提取对应区域的序列进行进一步研究； 根据BLAST比对结果，批量提取匹配到的特定序列； 批量提取UTR区域、基因间隔区等非编码序列...； 批量提取基因启动子区域序列，便于启动子分析； 从基因组中提取基因簇等大段连续序列； 提取各类移动元件序列或特定基因，比如基因组岛、前噬菌体、整合子、插入序列、操纵子区域，以及像16S rDNA这样的功能基因...总之，通过这个脚本，用户可以根据自己的研究需要，从FASTA文件中灵活、精准地提取指定区间的序列，广泛应用于各种生物信息学分析工作中。
modeling of three-dimensional genome architecture from kilobase to chromosome scale 论文摘要 为了更好的学习基因序列如何影响...3D结构，本文提出了一个基于序列的深度学习方法，Orca。...这个模型能够在整个基因组scale上进行预测。Orca能够捕捉到基于序列的结构，比如CTFT，enhancer-prompter等等。Orca还有多种应用，比如预测结构变异以及结构变异的影响。...简评：做的主要是问题是纯sequence的问题，而且在一个非常长的序列上做的特征提取，对mutation的研究也有涉及，所以很有启发性.
背景 拼接完基因组之后最重要的事就是对拼接结果进行统计，一般很难一次就得到满意的结果。而是需要进行多次拼接，尝试不同的软件，不同的选项参数，得到多个拼接结果。然后从中选择一个合适的结果。...包括拼接出基因组的大小，条数，最长长度，最短长度等。 今天的部分是fasta格式文件介绍与处理。...一、fasta 文件格式 FASTA 文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名 fa,fasta,fna 等。...1.1 fasta 文件格式介绍 fasta 文件中，第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的，序列 ID 部分可以包含注释信息...seqkit grep -r -p "C2877" kmer45.scafSeq #案例六：截取序列 seqkit subseq -r 1000:3000 kmer45.scafSeq seqkit
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