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    高分辨率系统发育微生物群落剖析

    摘要:在过去十年中,在微生物群落分析方面,短读长高通量16S rRNA基因扩增子测序,已经使克隆依赖性长读长Sanger测序黯然失色。过渡到新技术提供了更多的定量信息,牺牲了分类分辨率,其具有推测各种生态系统中的代谢特征的意义。我们应用单分子实时测序进行微生物群落分析,获得全长16S rRNA基因序列的高通量,我们建议命名为PhyloTags。我们进行了基准测试,并通过应用到特定的微生物群落验证了这种方法。当进一步应用于来自Sakinaw湖的水柱样本时,我们发现,尽管门水平上,PhyloTag和Illumina V4 16S rRNA基因序列(iTags)群落结构的分析结果之间是可比较的,方差随着种群复杂性和水深的变化而增加。但是PhyloTag还允许较少的模糊分类。最后,关于平台的比较,PhyloTags和silicon产生的部分16S rRNA基因序列显示出群落的结构和系统发育分辨率跨多个分类级别的显著差异,包括严重的低估涉及氮和甲烷的特定微生物属的丰度,在湖泊的水柱。因此,PhyloTag提供了可靠的具有成本效益iTags的补充(adjuction)或替代方案,可实现更准确地对系统发育微生物群落的分解代谢潜力进行预测。

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    Redis | 管道 —— PipeLine

    在我们使用 Redis 的时候,通常是使用一条一条的命令来进行操作,比如我们可以执行一个 “set key1 value1” 这样的操作,然后再执行一个 "set key2 value" 这样的操作。Redis 是基于客户端和服务端的模式,当客户端和服务端进行通信的时候,通常会使用 Socket 来进行网络的通信。当我们执行 "set key value" 时,客户端会对服务器发送一个数据包,当我们再次执行 "set key2 value2" 时,客户端又会对服务器发送一个数据包。这样,看起来没有什么太多的问题,但是当数据量过大的时候,这样的发送会产生一定的网络延时,如果通过 Wireshark 一类的软件抓包的话,可以看到每次执行命令时,都会发送一个 PSH 包和一个 ACK 的包。为了在大量数据写入 Redis 时可以降低时延,Redis 引入了管道。

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    领券