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Input:A.fastasldkfjslkdcskd>B预期output:A_B.fastasldkfjslkdcskdpofnvkweu/my_model' if word in f:
subprocess.call(["cat"
浏览 12提问于2022-02-06得票数 0
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我有一个FASTA文件test.fasta，它包含以下信息：agttgggtttgcagcctttgcttacacggtcaagtaggggggggggggggcgcaggagtginput
浏览 0提问于2020-03-13得票数 0
from Bio.SeqUtils import GCi = 0for x in record.seq: i+=1IOError: [Errno 2] Nosuch file or directory: 'group_%d.fasta')
浏览 3提问于2014-04-25得票数 1
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我有一些fasta文件，包含一些植物物种的蛋白质序列。通过上的资源，我可以得到20个以上的氨基酸序列。import Biofor s_record in SeqIO.parse('arabidopsis_thaliana_proteome.ath.tfa','fastaseqLen >20: output_file=Se
浏览 0提问于2016-11-23得票数 2
我正在尝试将fasta文件(.fasta)转换为计数文件(.cf)，以便能够将其上传到IQTREE，以便用于系统发育分析。fasta文件是对齐的合并文件，是将个体排序成5个种群中的一个的映射。
浏览 6提问于2022-11-01得票数 -1
我有一个fasta文件(格式不对)，它包含成千上万个不同长度的DNA序列，如下所示：我想使用一个简单的Linux命令来提取那些长度超过1000 in的序列
浏览 0提问于2016-03-14得票数 -2
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我正在尝试从单个FASTA文件中运行多个序列的BLASTN搜索。我可以很容易地从一个文件中查询单个序列，但我很难查询一个文件中的所有序列。这就是我到目前为止所尝试的：from Bio.Blast import NCBIWWW
f_record = f_iterator.next()
result_handle = NCBIWWW.qblast("bl
浏览 2提问于2013-12-07得票数 0
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我想要找到大约10KB序列的新颖和已知的RNA和转录本。如果序列在ensembl和UCSC浏览器中没有很好的注释，那么使用生物信息学工具最简单的方法是什么？拼接EST和RNA测序数据是一种选择吗？我刚接触生物信息学，你的建议对我很有用。
浏览 5提问于2012-09-04得票数 0
我不太懂编程，但我正在学习Linux和Python。我有一个序列文件，里面有13500个序列。
浏览 1提问于2014-11-03得票数 0
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我总是想知道如何通过Linux (我有wget，curl)下载文件，这些文件没有要下载的文件的完整URL，但是完整的URL仅在访问特定URL时才传递给浏览器。但是，当我尝试通过Linux (使用wget或curl)下载它时，我得到的只是一个HTML文件。例如，我希望从这里下载几个MB大文件：
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/U00096.3&display=fasta&download=fasta&fi
浏览 0提问于2015-11-07得票数 3
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我有一个序列id ( seqID )，我想用它从一个更大的文件(singleline.fasta)中提取seqID id，格式如下：ID6Singleline.fasta已格式化以获取文件读取XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXgrep -A1 -w -f seq_ID singleline.fasta> selected_genes.fasta
但是，这只是将整个si
浏览 1提问于2018-11-30得票数 0
我有一个很小的DNA序列fasta文件，看起来如下：ACATATTGGAGGCCGAAACAATGAGGCGTGATCAACTCAGTATATCAC
ATTTCCTCCTGCTGCCCGGGAGGTAACACCCTGGACCCCTGGAGTCTGCA1)如何将这个fasta
浏览 7提问于2014-01-21得票数 16
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我有一个多fasta序列文件: test.fastaMGIKGLTKLLADNAPSCMKEQKFESYFGRKIAVDASMSIYQFLIVVGRTGTEMLTNEAGE do grep -v ">" te
浏览 16提问于2022-08-08得票数 0
我有一个目录，其中包括.fasta文件。每个fasta文件的格式如下：OFAS000739-RA-EXON03_rbh.fasta_results.txt.fastaOFAS001341-RA-EXON03_rbh.fasta_results.txt.fasta
OFAS001376-RA-EXON05_rbh.fasta</e
浏览 2提问于2017-10-17得票数 3
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我可以使用file和magic ( http://linux.die.net/man/5/magic )覆盖其他一些已知格式的描述吗？例如，我想描述以下格式：法斯塔：http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_格式化
..。是否可以提供一个自定义
浏览 0提问于2014-09-05得票数 8
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QIIME请求将它接收的fasta文件作为输入处理()：
The file is a FASTA file, with sequences in the single line format.
浏览 2提问于2014-06-11得票数 4
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在我正在制作的程序的这一部分中，我将一个简单的字母序列转换为fasta格式。我需要采取这种fasta格式，并放入一个文件形式，以便我可以把它发送到一个程序，它将在稍后的代码。在第3行中，我创建了"fasta.txt“。我需要把第8行快速格式的输出放在那个文件中。在最后一行，我试图做到这一点，但它没有工作，我不知道如何。我觉得这应该很简单，但我是新来的。infname = sys.argv[2]file
浏览 3提问于2015-04-23得票数 0
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我有一个txt文件，它包含以下数据：ATGCCTTGGGCAACGGT.(多行)AGGTTGGCCAAGGTT.(多条线)这是我的代码： for match in re.finditer(chromo_val, line):
print(line
浏览 2提问于2015-04-29得票数 3
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fasta文件的格式如下：ATGTCCTGGATDCGTTACTTGTGTATTGCCGGTCCTC
基于之前的回答，我使用下面的代码读取了fasta文件。fastafile<- read.fasta(file = "test.fasta", seqtype = "AA",as.string = TRUE, set.attributes = FALSE)然后使用下面的行根据包含I
浏览 2提问于2017-03-09得票数 1
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