install.packages("BiocManager") BiocManager::install('devtools') BiocManager::install('phylotools') 假设fasta...文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化： library(devtools) library(phylotools) dat fasta("aligned_fasta.fasta
之前介绍很多基于序列分析的数据库的时候，都会提到FASTA序列。之后也会遇到很多基于序列分析的数据库。所以今天就把基因序列的格式单独拎出来说一下。...GATGGGATTGGGGTTTTCCCCTCCCATGTGCTCAAGACTGGCGCTAAAAGTTTTGAGCTTCTCAAAAGTC TAGAGCCACCGTCCAGGGAGCAGGTAGCTGCTGGGCTCCGGGGACACTTTGCGTTCGGGCTGGGAGCGTG 只是看...也就有了fasta序列格式。 在 fasta 文件当中，每一个序列由两部分组成。 序列的特征性 ID，例如：基因名，[[Gene Id二三事]] 等等。 具体的基因序列。...下载到的序列文件基本上都是以"fa", "faa"等格式结尾的。这样的格式的文件，如果想要查看的话，只需要利用文本文档打开即可。例如，下面就是 TP53 蛋白序列的 fa 文件。...TP53蛋白序列fa文件 了解了 fa 的具体格式。也就可以自己制作自己想要的 fa 序列。
本次介绍的是TBtools序列工具中的Fasta格式与Table格式相互转化以及Fasta文件的拆分与合并。...首先介绍的是Fasta to Table Convert，该功能可以实现将Fasta格式的序列文件转换为Table格式，也可以将Table格式序列文件转换成Fasta格式。...输出结果：Fasta格式转换成Table格式 Find00050.1 AAAGGTAATATATCTTCATTAAATATACAAAAAGGTACCTTTTGGATGGAAAAGAAGTATATCTTGATAAGGGTATACTTCAAGCGAATACGATCAAGGACTAAGAATTGTGAGTGTACCAAA...Fasta格式，只需要将TBtools中的转换方式调成[Table to Fasta]即可。...接下来介绍的是Fasta Merge and Split，该功能可以实现将多个Fasta文件合并成一个，或者将一个Fasta文件拆分成多个。
今天的部分是fasta格式文件介绍与处理。...一、fasta 文件格式 FASTA 文件主要用于存储生物的序列文件，例如基因组，基因的核酸序列以及氨基酸等，是最常见的生物序列格式，一般以扩展名 fa,fasta,fna 等。...1.1 fasta 文件格式介绍 fasta 文件中，第一行是由大于号">"开头的任意文字说明，用于序列标记，为了保证后续分析软件能够区分每条序列，单个序列的标识必须是唯一的，序列 ID 部分可以包含注释信息...文件格式处理案例 # fasta 文件格式处理案例 #案例一：统计 seqkit stats kmer45.scafSeq #分别统计每一条序列长度 seqkit fx2tab kmer45.scafSeq...|awk '{print $1"\t"length($2)}' #案例二：格式化 seqtk seq -l 0 kmer45.scafSeq #每行显示 50 个碱基 seqtk seq -l 50
MAFFT输出结果默认为fasta格式，clustal可选；如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树，需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...\input_nexus\ output_fasta fasta结果文件将会保存在 output_fasta文件夹中 不同的比对软件会输出不一样的比对格式；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。
前言：有时在处理fasta文件时，我们需要序列按照规定的格式排列。 很多人应该遇到过需要将序列排列到一行上，或者每行按照规定的bp数显示。...我也经常遇到像60bp，70bp的不等长fasta序列共存于同一个fasta文件中的情况，为了避免不同长度对后面的处理造成影响，一般最好将格式统一。...fasta file format: 虽然是个小问题，但是却有很多不同的方法来实现这些操作，那接下来还是以举例说明，讲解一些方法来实现上面讲到的两种格式排列。...")#原始fasta文件describe.add_argument("optf",help="Output fasta")#修改格式后的输出文件args=describe.parse_args() ##...writer = FastaWriter(output_fasta,wrap=args.nwrap)#设置写出格式writer.write_file(SeqIO.parse(args.orgf,"fasta
在浏览核酸蛋白质数据库的时候会经常遇见不同的文件格式，常见的有Fasta格式文件、NBRF/PIR格式文件、 EMBL/SWISSPROT格式文件、Clustal(*.aln)格式文件、GCG/MSF...(Pileup)格式文件、RSF 格式文件、GDE格式文件、Mega格式文件、Genbank格式文件、NEXUS格式文件、Phylip格式文件等。...Fasta格式 Fasta格式包含序列文件和质量文件 1.Fasta序列文件格式是核酸蛋白数据最常见的一种文件格式，第一行以'Fasta格式质量文件第一行和序列文件一样，只是序列部分对应的是每个碱基的质量，用空格分隔。 ? ? Fasta格式序列文件 ? ? ? 全文结束,欢迎在评论区讨论~
fasta是一种常用的序列存储格式，GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。...输出为GRCm38.p5.genome.fa.fai文件，.fai文件格式如下， 共5列，\t分隔： NAME Name of this reference sequence LENGTH...Total length of this reference sequence, in bases OFFSET Offset within the FASTA file of this sequence's
第一列为每行出现的次数，第二列为原始的行 ct@ehbio:~$ sort -n test | uniq -c 1 0 2 3 1 6 2 9 1 12 2 15 # 换一个文件看的更清楚...}' | sort -k2, 2n c 1 d 1 e 1 b 2 a 3 # 第二列按数值大小排序 # 第二列相同的再按第一列的字母顺序的逆序排序 (-r) # 注意看前...序列提取 生成单行序列FASTA文件，提取特定基因的序列，最简单的是使用grep命令。...# 生成单行序列FASTA文件 ct@ehbio:~$ cat test.fasta > >SOX2 > ACGAGGGACGCATCGGACGACTGCAGGACTGTC > >POU5F1...# 差别只在一点 # 对于单行fasta文件，只需要记录一行，seq[name]=$0 # 对于多好fasta文件，需要把每一行序列都加到前面的序列上，seq[name]=seq[name]$0 ct@
Linux命令格式： 命令名 [ ] [ ] 注：[]内可选 常用命令： ls——显示当前文件夹下的文件和文件夹...sudo——用root权限执行这些命令 exit——退出用户登录 chmod——修改文件权限 格式
# date +%Y%m%d --date="-1 day" 20150731
从linux源码看epoll 前言 在linux的高性能网络编程中，绕不开的就是epoll。...本文就是笔者在探究epoll源码过程中，对kernel将就绪描述符添加到epoll并唤醒对应进程的一次源码分析(基于linux-2.6.32内核版本)。...(注:由于是tcp socket,所以这边sock->ops=inet_stream_ops,这个初始化的过程在我的另一篇博客linux源码看socket的阻塞和非阻塞>>中，博客地址如下: https...注:上图来自PLKA(Linux内核架构>>) step2: 紧接着跟踪next_rx_action next_rx_action |-process_backlog .........总结 epoll作为linux下非常优秀的事件触发机制得到了广泛的运用。其源码还是比较复杂的，本文只是阐述了epoll读写事件的触发机制，探究linux kernel源码的过程非常快乐^_^。
前言 在linux的高性能网络编程中，绕不开的就是epoll。和select、poll等系统调用相比,epoll在需要监视大量文件描述符并且其中只有少数活跃的时候，表现出无可比拟的优势。...本文就是笔者在探究epoll源码过程中，对kernel将就绪描述符添加到epoll并唤醒对应进程的一次源码分析(基于linux-2.6.32内核版本)。...源码看socket的阻塞和非阻塞>>中，博客地址如下: https://my.oschina.net/alchemystar/blog/1791017) 既然知道了tfile->f_op->poll的实现...的软中断机制调用net_rx_action，如下图所示: 注:上图来自PLKA(Linux内核架构>>) step2: 紧接着跟踪next_rx_action next_rx_action...总结 epoll作为linux下非常优秀的事件触发机制得到了广泛的运用。其源码还是比较复杂的，本文只是阐述了epoll读写事件的触发机制，探究linux kernel源码的过程非常快乐_。
fasta文件，可以随便找两个fa文件做测试 三：运行命令 1，建库，用makeblastdb，标准是 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids...-out dbname 具体参数看help里面的，但是我们一般用这几个就够了的 ?...-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式 -evalue：设置输出结果的e-value值 -num_descriptions：tabular格式输出结果的条数...fastqc软件的使用 一：下载安装该软件 具体搜索其地址下载，fastqc是一个java软件，下载后可以直接使用，但是需要自行配置好java环境，具体配置方法，见linux下java配置。 ?...这个图其实很容易看，就是100bp长度reads上的1-100的坐标在这四千万条reads里面的测序质量的箱线图，看那个红线均值就可以了，超过Q30就蛮好了，超过Q20也是合格的 3，碱基（A,T,C,
fasta pic1 图片 fastq pic2 图片 gff pic3，4 图片 图片 gtf pic5，6 图片 图片 按列隔开 column -t | less -S 不自动换行 pic7 less
修改/etc/profile文件，在文件内容末尾加入 export TIME_STYLE=’+%Y-%m-%d %H:%M:%S’ 执行如下命令，使你修改后的/...
windows编写的python脚本拖到linux里面运行会报错 报错如下: 解决方法如下 vim testing.py 利用如下命令修改文件格式 :set ff=unix 或 :set fileformat
问题描述–(linux 下经常遇到的编码问题) ---- 师兄在 windows 下写的一段程序 (C/C++ 编写), 传给我在 Linux 下面运行, 编译和运行的时候输出的时候中文乱码了 ?...原因解析 ---- 如果你需要在 Linux 中操作 windows 下的文件, 那么你可能会经常遇到文件编码转换的问题....Windows 中默认的文件格式是 cp936(通常被视为等同 GBK), 而 Linux 一般都是 UTF-8 3. 背景知识 (什么是编码？)...方法二：在 Vim 中可以直接查看文件编码 :set fileencoding 即可显示文件编码格式 ?...如果你只是想查看其它编码格式的文件或者想解决用 Vim 查看文件乱码的问题，那么你可以在 ~/.vimrc 文件中添加以下内容： set encoding=utf-8 fileencodings=ucs-bom
Linux磁盘涉及到的命令不是很多，但是在实际运维中的作用却很大，因为Linux系统及业务都会承载到硬盘上。如果磁盘使用和配置不合理，可能会引起系统无法启动或者业务系统无法提供预期的服务。...而在Linux系统里面目前用得最多的系统是ext4和xfs，这里我们有2块盘分别用不同的方式进行格式化。 小知识：在ext4前面当然还有ext3，ext2。...当然在其他类型的Linux里面也还有更多的文件系统。...1.格式化ext4 [root@localhost ~]# mkfs.ext4 /dev/sdc1 mke2fs 1.42.9 (28-Dec-2013) 文件系统标签= OS type: Linux...这里就需要知道在Linux里面有下面这个一个文件，你的磁盘是否自动挂载都写到这里。 在刚刚挂载的时候，我们用的是直接用的是输入的设备地址，而下面配置文件写的是一串UUID，他们之间有什么区别呢？
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