在地球科学领域也得到了广泛应用,尤其是地球科学数据处理和可视化方面,比如地球科学数据分析和可视化库Iris,应用于数值模式数据处理的wrf-python,气候数据处理库CDAT以及地球科学可视化库NCL的Python版PyNGL。
由于使用ubuntu官方下载ubuntu镜像速度较慢,我们可以使用国内的开源镜像网站下载,这里推荐清华大学开源镜像网站,当然像华中科技大学、浙江大学等也有自己的开源镜像网站,
使用Python的一定对著名的科学计算集成环境Anaconda(miniconda)并不陌生,而无论是使用Anaconda还是miniconda都必然会用到其包管理器——conda。作为一款管理python安装包的包管理器,其功能要比python自带的pip强大不少。
1.在一台能够访问互联网资源且具有与安装目标位置相同配置的环境下将所有需要安装的pkgs下载到本地,之后copy到安装目标位置并离线安装。2.通过一台能够访问互联网资源的服务器或PC转发安装目标位置的互联网请求,编者仅测试成功pip安装(pip可以使用http请求),由于网上的anaconda镜像大都是https请求,转发该类请求相对比较麻烦,我尚未测试成功,后续可以继续测试。
conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本(这里的常用不代表你常用 微笑.jpg),miniconda则是精简版,需要啥装啥,所以推荐使用miniconda。
最近整理系统时将之前的Anaconda环境全部删除,在重新安装时由于网络连接问题导致很多包和环境无法顺利安装。便想着将所用包全部下载下来,然后通过本地安装,这样以后会方便很多,下面就是关于如何使用conda自定义通道。
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
如果你使用conda install pytorch torchvision cudatoolkit=9.0 -c pytorch来安装pytorch,并且添加了清华镜像源,但还是由于网络原因下载失败,你只需要把-c pytorch去掉:
最近研究Linux,试了一些Linux发行版,但是大多数发行版的软件源速度都不是很理想。所以我这里干脆做了一个收集,把我用过的一些常用发行版的软件源设置方法做个总结,大家也可以做个参考。
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!大家开始根据我的ngs组学视频进行一系列公共数据集分析实战,其中几个小伙伴让我非常惊喜,不需要怎么沟通和指导,就默默的完成了一个实战!
随着 2021 的收尾,CentOS Linux 8 的声明周期也到了尽头,意味着 CentOS 8 将不在获得安全和功能更新。正当大家在欢度农历新年的同时,官方已经将 CentOS 8 的源移动到了 centos-valut 目录,随着下游的更新同样也会面临一样的问题,目前华为云、阿里都已碰到无法通过 yum 更新软件。
由于一些不可描述的原因,有时候我们需要通过 git 从一些网站(Github or Kernel.org) clone 代码的时候,速度非常的慢。
写在前面:本文所提供的下载地址以官方的为主,各大平台的为辅.根据安全性和自己网速选择
下载ubuntu镜像文件 Index of /ubuntu-releases/18.04.6/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source MirrorIndex of /ubuntu-releases/18.04.6/ | 清华大学开源软件镜像站,致力于为国内和校内用户提供高质量的开源软件镜像、Linux 镜像源服务,帮助用户更方便地获取开源软件。本镜像站由清华大学 TUNA 协会负责运行维护。
由于linux系统自带的镜像源都在国外,国内用户下载或更新软件会比较慢,有时是非常慢,所以国内某些机构,如大学,研究院所,就在国内建了linux的镜像源服务器供国内linux用户使用,而我们要使用这些源,就要更改自己linux系统的更新源配置文件,接下来详述更新源操作步骤。
Linux的应用商店—CONDA 在Linux系统如何下载数据分析所需要的软件?答案:用conda。conda最Linux系统方便快捷的软件下载器,没有之一。它的作用就相当于App store,90%以上的软件都能搜到,一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可 ------微信公众号:生信星球图片Conda的下载Being/Google搜索“miniconda 清华”图片进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/,可以看
--第四步(重点),使用miniconda,也就是查看已安装的软件、安装、卸载(生信需要的)软件,我们以fastqc为例,其实安装软件很复杂,甚至有专门的一门课来讲这个,今天这里仅是入门操作。
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言,其使用,具有跨平台的特点,可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用,其编写的代码在不同平台上运行时,几乎不需要做较大的改动,使用者无不受益于它的便捷性。
Conda类似于Linux的应用商店,一个方便的软件管理工具,适用于生物信息学软件,建议使用Miniconda
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86\_64.sh
今天在使用 pip install xlutils 安装 xlutils 包的时候,一直出现如下错误:
Anaconda 是一个包含数据科学常用包的发行版本。它基于 conda(一个包和环境管理器) 衍生而来。应用程序 conda 是包和环境管理器:
例如:ubuntu.kail.deepin.deebin.centos.等等等 内核小,运行速度快,但是在图形界面上劣势于win10。命令行界面是它一大优点,通过命令行就能快速完成许多在图形界面需要很多时间才能完成的事情.所以有很多人都在使用Linux来运维服务器。
2018国内优秀开源镜像站汇总 一、站点版 企业站 1.网易:http://mirrors.163.com/ 2.阿里云:http://mirrors.aliyun.com/ 同步频率为每天一次,每天凌晨2:00-4:00为镜像的同步时间 3.搜狐:http://mirrors.sohu.com/
Manjaro 是一款基于 Arch LInux 的自由开源发行版,它吸收了 Arch Linux 优秀丰富的软件管理,同时提供了稳定流畅的操作体验。优雅简单是它的追求,稳定实用是它的优势。
–name:也可以缩写为 【-n】,【yourEnv】是新创建的虚拟环境的名字,创建完,可以装anaconda的目录下找到envs/yourEnv 目录
最近学习python安装了Anaconda,但是去年安装的现在才开始学习(鸽子咕咕咕,这导致版本都已经比较老。 但是使用 Anaconda 升级包的时候,发现在图形界面升级时需要鼠标多次点击,同时默认源访问速度很慢(校园网环境基本没法用。
现如今,Python的应用愈来愈广泛,且对于常用的发行版Linux操作系统来说一般都会预装Python环境,这给Python学习者带来了福音,因为在Windows操作系统上安装Python环境还需要配置各种环境变量。但是Linux环境下也会存在一些问题,比如Linux系统默认的Python版本一般为2.7,而如今的发行版已经到了3.9,因此能够在操作系统上简单地完成不同Python发行版的的切换十分必要。本文主要介绍一种以Ubuntu为例在Linux上的使用conda对Python版本进行控制的方法。
从下面的网盘地址 或者 360 软件管家搜索 VMware Workstation 都可下载:
按下键盘Insert键进入vi的编辑模式,然后我们就可以输入代码配置默认环境变量了。比如:
=》进入: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 你会看到linux下面有64-bit(x86_64)、32-bit(x86)两种版本
conda创建虚拟环境 conda create -n your_env_name python=3.7 1 python=x.x就是环境中要安装的python版本
本教程将为您提供在Windows、Mac和Linux系统上安装和配置GPU版本的PyTorch(CUDA 12.1)的详细步骤。我们将使用清华大学开源软件镜像站作为软件源以加快下载速度。在今天的学习中,您将学会如何在不同操作系统上轻松安装和配置深度学习框架PyTorch,为您的AI项目做好准备。
用pip管理工具安装库文件时,默认使用国外的源文件,因此在国内的下载速度会比较慢,可能只有50KB/s。幸好,国内的一些顶级科研机构已经给我们准备好了各种镜像,下载速度可达2MB/s。 其中,比较常用的国内镜像包括:
我们在安装完conda后,自动会创建一个名为base的基础环境,后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
Anaconda 安装包可以到清华 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载可选择之前的版本。或者https://www.anaconda.com/download/#linux官网下载地址,最新版本。 不添加镜像,或者添加清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/好处是下载快(其实我感觉差不多速度)自行选择。清华镜像添加是执行下面几句 conda config --
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ 清华 https://mirrors.ustc.edu.cn/ 中科大 还有阿里云镜像站
默认情况下 pip 使用的是国外的镜像,在下载的时候速度非常慢,本文我们介绍使用国内清华大学的源,地址为:
下载安装包 -- bash 安装 -- 接受协议 -- 选择默认安装路径(回车) -- 重新激活环境 -- 调用帮助文档
随着 2021 年的落幕,CentOS Linux 8 的生命周期也走到了尽头,此后将不再获得安全和功能更新。近期发现 CentOS 8 镜像已被官方移动,无法通过官方yum获取软件安装包;
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
下载可以去官网上下载,直接搜索找与你电脑对应的版本就好,国内清华镜像网站是:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/
Conda用于管理Python的软件包,功能强大,涵盖许多领域。在生信领域,应用最多的是Miniconda。是最方便最快捷的软件下载安装工具。
由于许多包的存放服务器在国外,国内安装比较慢,因此本文总结了常见的包(例如Python包,Linux不同发行版的包)在国内的开源镜像,加速你的下载,提高安装体验。下面总结了PyPi,Anacoda,NPM, Docker,RubyGems和Linux的国内镜像,并且在GitHub上放置了本文提到的所有的包的配置文件,直接下载使用,具体使用说明访问这里。
经常在使用python的时候需要安装各种模块,而pip是很强大的模块安装工具,但是由于国外官方pypi经常被墙,导致不可用,所以我们最好是将自己使用的pip源更换一下,这样就能解决被墙导致的装不上库的烦恼。
Kali Linux 在渗透测试和白帽子方面是业界领先的 Linux 发行版。默认情况下,该发行版附带了大量入侵和渗透的工具和软件,集合了许多优秀的安全工具
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