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GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成:result.ped

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    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    大家好,我是邓飞,今天介绍一下hapmap格式的数据,如何变为plink格式的数据。 1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。...但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。...环境:linux系统 2....要安装anaconda或者miniconda,然后使用conda install进行软件安装, 安装conda方法:https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux.../ 2.1 安装Linux版本的tassel tassel的安装方法,使用git将文件copy到本地,然后将里面的内容(可执行文件) copy到home下的bin文件中, 不用设置路径了。

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    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。

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    在Excel中如何匹配格式化为文本的数字

    标签:Excel公式 在Excel中,如果数字在一个表中被格式化为数字,而在另一个表中被格式化为文本,那么在尝试匹配或查找数据时,会发生错误。 例如,下图1所示的例子。...图1 在单元格B6中以文本格式存储数字3,此时当我们试图匹配列B中的数字3时就会发生错误。 下图2所示的是另一个例子。 图2 列A中用户编号是数字,列E中是格式为文本的用户编号。...图3 为了成功地匹配数据,我们应该首先获取要匹配的数字,并以数据源的格式对其进行格式化。在这个示例中,可以借助TEXT函数来实现,如下图4所示。...图5 列A中是格式为文本的用户编号,列E中是格式为数字的用户编号。现在,我们想查找列E中的用户编号,并使用相对应的列F中的邮件地址填充列B。

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    高清视频编码格式_如何将高清视频转化为蓝光

    H.264格式的最大特点是在保证画面质量的情况下,它可以把文件大小控制在MPEG2格式的二分之一甚至三分之一。...微软公司在2003年9月提出了VC-1编码格式(开发代号Corona),目前已经得到了MovieBeam、Modeo等不少公司的采纳,同时也包含在HDDVD和蓝光中,包括华纳和环球等影业公司也有采用这种格式的意向...VC-1基于微软windows Media Video9 ( WMV9)格式,而WMV9格式现在已经成为VC-1标准的实际执行部分。...VC-1是最后被认可的高清编码格式,因为有微软的后台,所以这种编码格式不能小窥,相对于MPEG2,VC-1的压缩比更高,但相对于H.264而言,编码解码的计算则要稍小一些。  ...JPEG2000 是一种图像编码格式, 而并不是视频编码格式,设计之初是用于取代JPEG , 而视频序列的每一帧画面也相当于是一幅图像,与其前辈JPEG相比,JPEG2000放弃了以离散余弦变换DCT为主的区块编码方式

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    python爬虫:将本人博客园文章转化为MarkDown格式

    由于简书文章的编辑格式是MarkDown,所以前几次更新修改格式都是非常麻烦,浪费时间,尤其是有了图片之后。...于是,为了不让自己的时间浪费在这么无聊的事情上,我就用学到的爬虫知识,对我写的文章进行格式的转化(当然我只是按照我文章的格式进行解析的,不具有通用性,之后可以完善通用性)。 ?  ...nbsp:','').strip()} self.papers.append(self.content) ---- 然后将正常段落中的颜色部分进行标注,我习惯是将加颜色的文字,最后转化为加粗形式...p.text.replace(' :','').strip()} self.papers.append(self.content) ---- 经过这几个步骤就将所有要提取的内容都分离出来了,接下来进行转化为...markdown格式。

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    R语言︱用excel VBA把xlsx批量转化为csv格式

    与之相反,R对csv等文本格式支持的很好,而且有fread这个神器,要处理一定量级的数据,还是得把xlsx转化为csv格式。...以此为思路,在参考了两个资料后,我成功改写了一段VBA,可以选中需要的xlsx,然后在其目录下新建csv文件夹,把xlsx批量转化为csv格式。...代码如下: Sub getCSV() '这是网上看到的xlsx批量转化,而改写的一个xlsx批量转化csv格式 '1)批量转化csv参考:http://club.excelhome.net/thread...这个方法的好处是: 1、操作简单,直接依托于excel的VBA操作,不用配置java环境,之后沟通成本/换电脑成本小 2、特别适用于有一定数据量,但是数据格式整齐的文件,譬如从某数据端读入的数据。...来读取: #lapply读取法 filenames 格式

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