我有一个参差不齐的txt文件(每一行的列数不同)，并试图在Pandas中读取它。出于某种原因，它能读到前216行，但不能读前217行。>>> df = pd.read_table("test.txt", names = range(2000), nrows = 217) File "<stdin>
浏览 5提问于2016-10-27得票数 1
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假设我想使用ChEBI将一个KEGG映射到一个bioservices ID，我可以这样做：kegg_entry= kegg_con.parse(kegg_con.get('C00033'))这个会回来的
[u'1536
浏览 2提问于2017-09-01得票数 0
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= Nonekegg_ortholog_set = set()kegg_pathways = list()kegg_reactions = list()kegg_compounds = list()
kegg_compound_set= line
浏览 3提问于2021-03-18得票数 0
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可按以下方式安装)：biocLite("gageData")library(gageData)kegg.sets.ko[1:2] [1] "K00001" "K00002" "K00016" &q
浏览 1提问于2014-03-24得票数 0
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这是我的弦：
ko03008:Ribosome biogenesis in eukaryotes"/kegg-bin/show_pathway?ko03013+K07936" ko03013:RNA transport"/kegg-bin/show_pathway?ko05166+K07936" ko05166:HTLV-I infection"/kegg-bin/show_pathway?
浏览 3提问于2014-12-05得票数 1
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我知道如何使用KEGG.db从KEGG网站上检索特定路径的基因列表，但是我找不到任何软件包可以在R中做同样的事情。我找到的唯一的注释包是KEGG.db，它只给出了KEGG中可用路径的列表。http://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.htmlhttp://rest.kegg.jp/
浏览 8提问于2015-02-25得票数 1
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Pathways and Ontologies Pathways br08901 KEGG pathway mapsGenes and Proteins Orthologs and modules ko00001 KEGG Orthology(KO)
Genes and Proteins Orthologs and modules ko00002 KEGG</
浏览 8提问于2014-03-25得票数 1
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我正在使用KEGG下载基因组数据并将其写入文件。总共有26个文件，其中一些文件包含字典'COMPOUND'。我想将它们分配给CompData，并将它们写入输出文件。'r') as file: line = line.strip()from bioservices.kegg</em
浏览 2提问于2017-02-18得票数 1
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我以前在没有分类法数据的情况下交叉了这些表：new <- intersect(rownames(kegg.f),foi$genefamily)但是我真的很想把分类法列在行的名字里。
浏览 3提问于2022-03-30得票数 0
我有一个数据集，其中包括来自Kegg的所有代谢物ID的列表，以及从我的样本中发现的代谢物ID的数据集。目标是使用我找到的代谢物is从Kegg框架中选择is，并且只选择我找到的is。这看起来很简单，但我的数据不包括实际的分子名称和ID，而Kegg数据包含分子名。我需要这些分子的名字来做进一步的研究，找出这个可以节省我的时间。我试过使用过滤器和变异命令。你可以在下面看到我的代码。我们将有两个这样的数据框架：
kegg_data <- data.frame("ID" = c("C00001&
浏览 0提问于2019-07-03得票数 0
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这是我的数据structure(list(Category = c("KEGG Pathway", "KEGG Pathway", "KEGG Pathway", &q
浏览 10提问于2021-09-03得票数 0
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以下是一个png文件的示例
http://www.kegg.jp/kegg/pathway/map/map00010.png
浏览 0提问于2013-09-05得票数 2
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我想检索给定KEGG化合物的InChI表示，但没有找到直接的解决方案。我们可以通过ChEBI这样做：
chebi_entry = chebi_con.getCompleteEntity('CHEBI:' + <e
浏览 7提问于2017-09-01得票数 0
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这是我的数据"KEGG_VALINE_LEUCINE_AND_ISOLEUCINE_DEGRADATION", "KEGG_DRUG_METABOLISM_OTHER_ENZYMES",
"KEGG_ALANINE_ASPARTATE_AND_GLUTAMATE_
浏览 6提问于2022-04-29得票数 1
file1：K00002K00006K00025file2：TRINITY_DN42420_c0_g1 KO:K01762TRINITY_DN36387_c0_g2 KEGG:zma:732811`KO:K00089
TRINITY_DN54650_c4_g1 <e
浏览 0提问于2016-05-05得票数 0
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我有一个列表的路径和基因(对应于每个途径)存储在一个清单从kegg。我想用路径ID提取通路中的基因，我该怎么做呢？我的清单是这样的 [1] "2" "462" "623" "624" "629" "710" "712" "713" "
浏览 0提问于2016-08-22得票数 0
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DOCTYPE pathway SYSTEM "http://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.1_.dtd"> title="MAPK signaling pathway"
image="http://www.kegg.jp
浏览 3提问于2015-03-19得票数 1
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DOCTYPE pathway SYSTEM "https://www.kegg.jp/kegg/xml/KGML_v0.7.2_.dtd"> title="Breast cancer"
image="https://www.kegg</em
浏览 5提问于2022-06-30得票数 0
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我的dd.df看起来是这样的：AAAAAAAAPAADAKKK02897 0.007我试着用群比：
查找连接到每个"seq“的每个"kegg”的"evalue“的乘积。我尝试使用以下方法使用g
浏览 0提问于2019-05-02得票数 0
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= 0) {
pathview(gene.data=entrezIDs(), pathway.id=as.matrix(as.data.frame(kegg
浏览 4提问于2017-04-14得票数 2
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