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R和Matlab结构
、、、
我对R知之甚少，但我需要将matlab中的层次聚类所产生的树状图转换为R树状图结构。下表显示了matlab函数中分层聚类产生的树状图；其中第一列和第二列是对象或分支的is，第三列是距离。
有没有办法把这个表(或matlab的树状图)映射成R树状图？
浏览 1提问于2016-01-18得票数 0
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我正在使用QtDesigner的图形用户界面来绘制树状图。我的代码如下，但我不能绘制树状图，我如何修复它？ 树状图图像：
浏览 48提问于2021-02-27得票数 0
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有没有什么相当直接的方法可以把两个树状图“背靠背”放在r中？这两个树状图包含相同的对象，但聚类方式略有不同。我需要强调树状图的不同之处。因此，类似于包所做的事情，但可能涉及较少，以土壤科学为导向？
如果能够对树状图进行线条划分，以最大化对象之间的直线数量(见上文)，这将突出树状图之间的任何差异，这将是很棒的。
有什么想法吗？
浏览 1提问于2012-09-17得票数 9
我有一个包含一些数据的MySQL数据库，它与JSP页面交互，问题是我必须从数据库中存储的各种文件绘制树状图。
我找到了一些像JTree或其他的java API，但我不熟悉java，所以我想知道是否有其他方法可以用CGI或php页面来调用程序或其他东西。
欢迎任何想法或建议。
浏览 1提问于2009-03-11得票数 1
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在Python中，如何将树状图绘制在值矩阵的顶部，并适当地重新排序以反映聚类？下面是一个示例：
我使用scipy.cluster.dendrogram制作树状图，并对数据矩阵执行分层聚类。那么，我如何将数据绘制为矩阵，其中行已被重新排序，以反映在特定阈值下切割树状图所导致的聚类，并使树状图与矩阵一起绘制？我知道如何在scipy中绘制树状图，但不知道如何绘制数据的强度矩阵，并在其旁边使用正确的标尺。
在这方面的任何帮助都将非常感谢。
浏览 5提问于2010-06-06得票数 51
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我有一个人的树状图，这个树状图与一个名字和一个person对象相关。那个person对象有另一个包含更多数据的树状图。我正在尝试读取不统一的数据，并用下面的代码更新树状图：
golfer update = golfers.get(tempName);
course getCourse = courses.get(tempCourse);
tempDiff = (((tempScore - getCourse.rating) * 113) / getCourse.slope);
update.scores.put(tempCalendar, tempDiff);
golfers.put(t
浏览 4提问于2014-01-28得票数 2
我想要绘制一个由行和列组成的海运集群地图。我不想画树状图。
设置row_cluster=False或col_cluster=False会删除树状图，但也会停止群集。
，我如何仍然是二维簇，但抑制树状图？
提供了将树状图线的宽度设置为0的方法。此黑客在海运0.7.1中不起作用。
浏览 7提问于2017-02-23得票数 27
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我正在创建一个闪亮的应用程序，它以谷类数据集为例展示了不同的聚类技术，例如分层聚类和k-means聚类。我使用"factoextra“包中的fviz_dend函数来创建我的树状图。然而，当我这样做时，树状图不会将谷物的名称显示为标签，而是显示数字表示。有没有办法把数值改成标签？我在下面附加了一张使用fviz_dend函数的当前树状图的图片和一张我使用base R中的plot函数创建的树状图的图片。请注意，由plot函数创建的树状图具有我需要的谷物的标签(这是我试图实现的)。 使用fviz_dend创建的树状图： ? ### Code for dendogram using fvi
浏览 709提问于2019-10-16得票数 0
在调用NMF包aheatmap或heatmap.2时，如何使R绘制树状图标度(以便解释每个树状图的高度)和热图？这些树状图显示了规模：，这是执行plot(hclust(...))的默认行为，我想仿真一下，但不确定如何通过heatmap函数来实现。
浏览 0提问于2014-03-17得票数 1
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我使用recluster包的'recluster.cons‘函数创建了一个树状图。我想知道如何对此函数产生的树状图的分支按组进行着色。
tree <- recluster.cons(sp2, p=1)$cons # sp2 is a presence-absence matrix
plot(tree, direction="downwards")
这是当前的树状图：
浏览 19提问于2020-02-11得票数 0
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我有一个带有叶和节点标签的树状图(class=phylo，使用read.tree读取)。在将其转换为树状图类之后，节点标签不再存在。然而，我想通过在一些节点的顶部显示标签来绘制树状图(即在所选集群的顶部以NODE_1等形式显示)。
有人知道如何将节点标签添加到树状图类并添加到图中吗？类似这样的东西，但不是数字，而是id-s或标签，只有一些选择的节点具有标签。
浏览 2提问于2017-10-20得票数 2
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基于k的R图上的树状图
、、、、
我使用hclust()对一个基于R中的20,000行x169列数据集的距离矩阵进行聚类。当我将集群对象转换为树状图并绘制出整个树状图时，很难读懂它，因为它太大了，即使我将它输出到相当大的pdf中。
df <- as.data.frame(matrix(abs(rnorm(3380000)), nrow = 20000))
mydist <- vegdist(df)
my.hc <- hclust(mydist, method = "average")
hcd <- as.dendrogram(my.hc)
pdf("hclust_plot.pd
浏览 3提问于2016-01-15得票数 3
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我使用下面的R代码来获得一些数据的热图；热图在列的顶部显示一个树状图，但我宁愿树状图的长度更短，以便在热图的底部留出足够的空间来放置一些长的列标签。有没有办法调整树状图的长度？
<- heatmap.2(t(mully), scale="none", Rowv=F,
col = myCol,
breaks = myBreaks,
dendrogram="row",
margins=c(0.55,8.4), cexRow=0.68, cexCol=0.9, key=FALSE,
labCol =NULL,
trac
浏览 1提问于2012-08-13得票数 1
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我使用dendogram函数从scipy.cluster.hierarchy生成树状图。我创建树状图并用以下方法绘制它：
linkage_matrix = ward(dist)
dendrogram(linkage_matrix, orientation="left", labels=names)
plt.tight_layout()
plt.show()
到现在为止一切都很顺利。我想做的是，更新树叶标签的树状图，并绘制一个新的树状图。我试过两种方法：
使用这里提到的leaf_label_func：
但这不太好用。我得到了一个n不存在的错误，这实际上是真的。函
浏览 0提问于2017-09-05得票数 2
我正在尝试使用heatmap3来可视化我的细菌社区数据。我已经对我的样本进行了聚类，并且有一个来自hclust的树状图，我想用它在热图中排序我的样本，同时也显示树状图。但是，我要放入heatmap3中的数据文件已经崩溃到了属级，所以我以前的结构在heatmap3中并不是立即显现出来的，因此我不希望heatmap3尝试自己进行集群。
我尝试使用我的hclust对象作为一个树状图，并将它传递给Colv，但是无论出于什么原因，我的热图中的样本顺序实际上是随机的，而树状图看起来是正确的。当我提取样本的顺序在我的树状图和重新排序我的输入矩阵根据这个顺序(没有树状图)，我得到可见的聚类。本质上，我想要的是
浏览 5提问于2017-11-29得票数 0
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在R中，我使用标识来探索树状图中簇的具体特性，通过使用“hclust”对象可以很好地工作，但我需要它作为类“树状图”的水平树状图，而不是“hclust”。我已经安装了包密度，它通常应该将标识功能扩展到类树状图的对象和水平树状图( )。对于我的特定数据集，标识用于垂直树状图(类树状图)，而不是水平树状图。我经常遇到的错误是：
Error in rect.dendrogram(x, k = k, x = X$x, cluster = cluster[, k - 1], :
k must be between 2 and 10
请在这里找到一个可复制和简化的例子：
#Install packag
浏览 3提问于2015-09-18得票数 1
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我想在树状图的底部给树状图的节点着色--但是在下面的链接中，最后一个树状图在单独的行中显示节点是彩色的-然而，当它是一个大数据集时，一条线变得非常污浊的，所以每个有色组都有单独的行是可能的吗？
浏览 3提问于2016-12-15得票数 0
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我使用下面的代码来剪切树状图，我遇到的一个特殊问题是，当我剪切树状图时，我不知道如何向nodes.How添加标签，我可以使用R程序来剪切带有标签的树状图吗？
library(Heatplus)
cc=as.dendrogram(hclust(as.dist(mat),method="single"))
cutplot.dendrogram(cc,h=20)
浏览 1提问于2011-08-26得票数 4
我正在尝试使用heatmap.2来绘制具有热图的双树形图。我有两个预制的树状图，我将它们放到了Rowv = dend_row和Colv = dend_col中。问题是树状图也被重新排序了。我从软件包中了解到，在heatmap.2中，如果一个树状图是以Rowv / Colv格式输入的，那么它将被“按原样”使用，即不需要任何重新排序。因此，我确保输入到Rowv / Colv的对象已经是树状图(通过使用as.dendrogram)，树状图仍然重新排序。
env.hc2 <- env %>% dist(method = 'euclidean') %>%
hclust
浏览 1提问于2018-09-25得票数 1
我已经使用heatmap.3生成了这个热图。聚类是基于树状图执行的，但为了演示的目的，我想重新排序节点，以便在维护树状图的同时，使深蓝色位于左侧，深红色位于右侧。我读过关于重新排序的文章: newdendro<-reorder(as.dendrogram(myclust(mydist(heatdata.scaled))),10:1，agglo.FUN=colSums)
但colSums(heatdata.scaled)并未存储在树状图中。如何1)使用colSums(heatdata.scaled)对节点重新排序2)在热图中调用此更新的树状图。3)？
浏览 0提问于2016-05-30得票数 1
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我正在尝试创建一个网络社区的树状图。下面的示例代码为我提供了所有节点的树状图，但当我使用相对较大的数据集时，我想创建一个只包含社区的树状图，这样我就可以有一个较小的树状图，只包含社区，这是可能的吗？
library(igraph)
set.seed(1)
g001 <- erdos.renyi.game(100, 1/10, directed = FALSE)
fc01 <- fastgreedy.community(g001)
colors <- rainbow(max(membership(fc01)))
plot(g001, vertex.size=2, ve
浏览 2提问于2014-07-13得票数 0
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垂直对齐ggplot2图
、、、、
使用上的代码，可以生成双树形图平铺图：
dual_dendogram_tile_plot(as.matrix(USArrests)，main=“美国逮捕”)
问题:将垂直树状图与平铺绘图区对齐。(和/或改进水平树状图的对齐方式)
此问题与以下内容相关：
浏览 5提问于2013-06-29得票数 18
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我正在尝试使用R包树状图创建一个树状图，类似于包中示例中的树状图。
library(treemap)
data(GNI2010)
treemap(GNI2010,
index=c("iso3"),
vSize="population",
vColor="GNI",
type="value")
有没有办法在列中添加额外的标签以显示"CHN，1,35 bln，20%“
浏览 0提问于2015-03-25得票数 2
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标记圆密度树图
、、、
我正在绘制一个组成数据的圆形树状图。使用以下代码：
library(dendextend)
library(circlize)
library(compositions)
data("Hydrochem")
hydro<-Hydrochem
d <- dist(hydro[7:19], method="euclidean")
hc <- hclust(d, method = "average")
dend <- as.dendrogram(hc)
hydro$River <- as.character(hydro
浏览 1提问于2017-09-15得票数 1
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用密度图修正R中的保存树状图
、、、、
我想在一个树状图中旋转几个组的顺序，并设法用密度图来完成它。但是，当我试图用ggsave保存绘图时，我最终得到了未旋转的原始树状图。有没有办法用ggplot2保存旋转的树状图？我的代码如下：
library(dendroextras)
library(ggplot2)
library(dendextend)
d_copy_n <- colour_clusters(hc_test, k=6, groupLabels = as.roman)
labels(d_copy_n)<-with(nl2[labels(d_copy_n)], C
浏览 3提问于2021-05-21得票数 1
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小部件有能力像d3树映射那样放大和向下钻取吗？
静态的Kendo UI树状图：
可缩放的d3树状图：
浏览 6提问于2017-04-14得票数 0
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我有一个树状图给我的图像。由于它不是很大，我可以“手工”将它构造成一个R对象。
所以我的问题是，当我只有树状图图像时，我如何手动创建一个树状图(或"hclust")对象？
我看到有一个名为"as.dendrogram“的函数，但我找不到如何使用它的示例。
(附言:这篇文章关注的是我在上的问题)
非常感谢，Tal
浏览 2提问于2010-02-22得票数 15
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理解R中的“标度”
、、、
我试图理解R提供的scale的定义。我有数据(mydata)，我想用它来制作一个热图，并且有一个非常强的正斜度。我为scale(mydata)和log(my data)创建了一个带有树状图的热图，两者的树状图是不同的。为什么？缩放我的数据和日志转换我的数据意味着什么？如果我想查看显示数据列之间关系的树状图，那么哪一种方法更合适呢？
谢谢你的帮助！我读过这些定义，但它们在我头上呼啸而过。
浏览 7提问于2013-11-28得票数 79
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我可以很好地创建一个树状地图。我也可以创建一个树状地图，在同一个树状地图中显示主要类别的信息和子类别的信息，但这不是我想要的。 我认为这可以通过分组来完成，但它不是这样工作的。是否有我可以编写的操作来执行此任务？另外，如果可能的话，我需要一些方法来恢复到顶部的树图。 这是我目前所得到的一个例子。 ? 我想要做的是从这个树图开始： ? 然后选择一个Manager： ? 然后，我想要显示该经理下的所有主管，以及每个主管下的项目。我假设这要么是通过对子类别的一些动态更新来完成的，要么是通过应用过滤器将当前的树状图替换为不同的树状图，但我已经很难让它工作了。 ?
浏览 16提问于2019-10-03得票数 0
3回答
我正在尝试将R中的分层聚类的结果绘制为树状图，用矩形来标识聚类。
以下代码适用于垂直树状图，但对于水平树状图(horiz=TRUE)，不会绘制矩形。有没有办法对水平树状图也做同样的事情。
library("cluster")
dst <- daisy(iris, metric = c("gower"), stand = FALSE)
hca <- hclust(dst, method = "average")
plot(as.dendrogram(hca), horiz = FALSE)
rect.hclust(hca, k = 3,
浏览 4提问于2014-06-10得票数 8
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在R中，有一个用树状图生成热图的函数，称为pheatmap::pheatmap。minkowski是pheatmap绘制树状图的距离测量选项之一。但是，如何在函数pheatmap中设置p (明可夫斯基距离的幂)？
谢谢。
浏览 17提问于2017-06-16得票数 0
4回答
使用发布的代码，我创建了一个很好的分层集群：
假设左边的树状图是通过这样的操作创建的
Y = sch.linkage(D, method='average') # D is a distance matrix
cutoff = 0.5*max(Y[:,2])
Z = sch.dendrogram(Y, orientation='right', color_threshold=cutoff)
现在，如何得到每个有色簇成员的索引？可以简化这种情况，忽略顶部的聚类，只关注矩阵左侧的树状图。
此信息应存储在树状图Z存储的变量中。有一个函数应该执行我想要的fcl
浏览 0提问于2011-10-05得票数 19
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我正在处理生态数据(不同硅藻物种在沉积物岩心不同深度的丰度百分比)，并希望将结果与树状图一起绘制，该树状图表示层次聚类分析(CONISS)的结果，我将使用该树状图将岩心划分为生态区。 这是我试图实现的事情类型的一个例子： ? 我已经成功地运行了聚类分析，但正在努力按照我想要的方式绘制树状图。每当我绘制树状图时，它都会按顺序(as shown here)绘制树状图的叶子。但是，我需要从沉积核心顶部按深度绘制树叶，以便在我检查过的每个核心深度都有一片树叶，并且在树状图中有缺失样本的间隙(as shown here)。(请注意，此处没有显示y轴，因为树状图将连接到已包含y轴的图表的其余部分
浏览 77提问于2020-12-09得票数 1
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我一直在互联网上寻找徒劳，试图找出如何改变轴背景颜色的Matlab树状图。既然普通的写作方式，
set(ax5,'color',[0.9,0.9,0.98]);
似乎不起作用，我试图连接的轴线，首先绘制轴线与背景颜色，然后叠加树状图。但树状图似乎有一个不透明的背景，于是我写道，
set(ax4,'color','none');
但这似乎也行不通。有任何方法可以访问这个参数吗？谢谢你的帮助。
浏览 4提问于2021-02-11得票数 1
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我最近从看到了这个树状图(有两个层次结构，有色的，规整的树状图)。
它是用R ggplot2::treemap制成的，由：
treemap(tmp,index=c("department","aisle"),vSize="n",title="",
palette="Set3",border.col="#FFFFFF")
我想知道如何用Python制作这个情节？
我搜索了一下，但是没有找到任何多层次的树状图例子。
浏览 0提问于2018-06-12得票数 7
1回答
我把多个树状地图放在他们自己的视窗里。我指定了一定大小的视区，然后将树状图添加到视区中，但是我无法让树状图填充整个视区。
下面是我要做的一个示例代码：
library(treemap)
library(grid)
main_vp <- viewport(x=0.5, y=0.5, width=1, height=1)
pushViewport(main_vp)
coords <- data.frame(X=c(0.2, 0.2, 0.5, 0.5), Y=c(0.2, 0.5, 0.5, 0.2))
for(i in 1:4)
{
size <- 0.5
my_
浏览 1提问于2013-09-17得票数 2
1回答
我正在尝试实现一个径向树状图，类似于下面R中的树状图(参见)。但是，我希望有一个图像，而不是leafs上的文本，例如：
你知道我该怎么做吗？
浏览 0提问于2014-08-10得票数 0
1回答
我有一种感觉，这是一个非常简单的问题，但我想不出来。
我有一小组轨迹，我正在尝试使用scipi hcluster对它们进行聚类。
我在这方面已经取得了成功。
from hcluster import linkage, dendrogram
l = linkage(matrix)
d = dendrogram(l)
show()
然而，我不知道如何将树状图分配的颜色映射回原始轨迹。树状图具有以下关键字'ivl'，'dcoord'，'leaves'，'color_list'，
浏览 5提问于2012-08-28得票数 2
3回答
我正试图用Python巧妙地创建一个集群热图(带有树状图)。他们在他们的网站上做的不是很好的扩展，我已经找到了各种各样的解决方案，但大多数是在R或JavaScript。我正在尝试创建一个热图，其中只包含来自热图左侧的树状图，显示跨y轴的集群(从分层聚类)。一个非常好看的例子就是这个例子：。我的目的是创建这样的东西，但只有左边的树状图。如果有人能用Python实现这样的东西，我会非常感激的！
让数据是X = np.random.randint(0, 10, size=(120, 10))
浏览 15提问于2021-03-09得票数 3
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我正在尝试使用gplots::heatmap.2() .There绘制热图，它有很多行，与图像相比，树状图的线条似乎很细。我想知道是否有什么技术可以加厚pheatmap输出的this post中提到的树状图线条。谢谢
浏览 30提问于2019-09-21得票数 1
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我想知道是否有命令在生成树状图时获取数据点所属的集群。
例如，如果将数据点32、46、26、15、33、54、17、19、27分组为一组，则如何在绘制树状图时获取这些信息。
我计算了链接函数并使用以下命令绘制了树状图：
[H,T,perm]=dendrogram(Z,0) (因为我有超过30个数据点)
关于如何为上述示例提取集群信息的任何建议都将有帮助。
我想将集群信息用于可视化目的。
谢谢。
浏览 1提问于2013-09-01得票数 1
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我正在寻找一种有效的方法来绘制从数据中获得的树状图，但与原始数据相比，它与相应的距离矩阵相邻。我一直好奇如何不同的文件来显示这一点，似乎他们所做的只是分别绘制热图和树状图，并在图像编辑软件中处理它们。希望下面的代码能说明我想要什么。假设我生成以下数据，并使用Pearson的相关性作为距离度量，并以完整的链接作为聚类：
library(gplots)
set.seed(2)
x <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
dist.fn <- function(x) as.dist(1-cor(t(x)))
hclust.com <- function(x)
浏览 6提问于2020-06-26得票数 0
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从海上簇图中提取树状图
、、、
给出了以下示例，它来自：
它生成一个树状图，其中我假设它是基于枕木。
# Libraries
import seaborn as sns
import pandas as pd
from matplotlib import pyplot as plt
# Data set
url = 'https://python-graph-gallery.com/wp-content/uploads/mtcars.csv'
df = pd.read_csv(url)
df = df.set_index('model')
del df.index.name
df
# De
浏览 0提问于2018-10-21得票数 4
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我在试着在破折号里用一个巧妙的树状图。当用户通过单击树状图来选择树状图中的一个子组时，树状图就会放大到所选的部分。有什么方法可以让我获得用户的选择并将其作为Dash回调的输入吗？
例如，下面是Dash中树状图的代码：
import dash
import dash_core_components as dcc
import dash_html_components as html
import plotly.graph_objects as go
fig = go.Figure(go.Treemap(
labels = ["Eve","Cain",
浏览 15提问于2022-01-10得票数 0
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我需要一个树状地图，就像plotly中的树状图: react应用程序的，它支持缩放功能，这样就可以探索多个层，而不需要同时显示所有层。我不能巧妙地使用，因为它似乎违反了CSP，而且我找不到任何其他库，有一个对我有用的例子。
我知道如何编写自定义树状图组件。我尝试过的每一个树状地图都是作为SVG构建的。但是，我没有使用SVG的经验，我更喜欢用div元素构建树状图。因为我找不到任何使用div元素的解决方案，所以我想知道是否存在一些我不知道的陷阱。
我知道太多的DOM元素可能是个问题。但我不需要一次显示超过两个层，这是从来没有超过200个元素。
浏览 3提问于2022-01-13得票数 0
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因此，我正在尝试编写一个方法，该方法将学生列表写入树状图中，但我的树状图在StudentViewcontroller中。我是否可以从我的write学生方法中调用它。
Here is my WriteStudent method so far:
Public void WriteStudent(PrintWriter pw) {
try{
for (Map.Entry<String, Student> s : studentMap.entrySet()){
}
}catch(FileNotFoundException e){
}
浏览 1提问于2013-11-26得票数 1
2回答
用树状图和样品标签绘制热图
、、、、
使用heatmap函数made4，我从示例文件中创建了这个热图树状图：
data(khan)
heatplot(khan$train[1:30,], lowcol="blue", highcol="red")
如何为热图边缘的样本添加一个标签面板，如下图所示？
本例中的标签是与热图第一次和顶部行相邻的正方形，用于表示每个样本的标签，以便人们可以看到标签是否与热图/树状图所显示的聚类相对应。在这个特定的图中，他们选择使这些标签与树状图簇的颜色完全对应，但不必是这样，我正在寻找的方法只是在样本中添加一个通用的列和一行标签，这可能与应用树状图的特定阈值导致的
浏览 1提问于2013-07-25得票数 4
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我正在使用Scipy进行分层聚类。我确实设法使用fcluster在阈值上获得扁平集群。但我需要把树状图形象化。当我使用树状图方法时，它可以很好地处理5-6k用户向量。但我的数据集包含16k个用户向量。当我为16k用户运行它时，树状图函数抛出以下错误：
File "/home/enthought/lib/python2.7/site-packages/scipy/cluster/hierarchy.py", line 2333, in _dendrogram_calculate_info
leaf_label_func, i, labels)
File "/home/en
浏览 0提问于2012-04-18得票数 15
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朋友们： 有没有办法让hclust()这样的函数生成的树状图是水平的，而不使用as.dendrogram()函数。 所以不要松散增强代码(例如，rect.hclust、xlab、ylab等)是为原始的hclust树状图开发的吗？ 谢谢!
浏览 12提问于2020-08-07得票数 0
是否有可能删除树状图，保持行名和冒号的顺序，就像它与dendrogram = 'both'一样
例如。
d3heatmap(mtcars, colors = 'Blues')
d3heatmap(mtcars, dendrogram = 'none', colors = 'Blues')
这两个输出看起来都不一样，但我希望得到与第一个示例相同的没有树状图的图。有可能吗？
浏览 4提问于2016-07-29得票数 0
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