首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。...本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 环境:linux系统 2....3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在的染色体和所在染色体的坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要...3.2.2 .ped格式 格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped bed格式的文件, 主要包括SNP的信息, 包括个体ID, 系谱信息

    2.9K20

    GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法

    大家好,我是邓飞,今天介绍一下hapmap格式的数据,如何变为plink格式的数据。 1.需求说明 进行重测序或者GBS时,hapmap 是比较常见的格式,生信中经常使用这种格式。...但是在GWAS和GS中,数据筛选,质控,构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件,将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。...3.2.1 .map格式 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称,...所在的染色体和所在染色体的坐标. 1, map文件没有行头 2, map文件包括四列: 染色体, SNP名称, SNP位置, 碱基对坐标 染色体编号为数字, 未知为0 SNP名称为字符或数字, 如果不重要...3.2.2 .ped格式 格式说明链接:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#ped bed格式的文件, 主要包括SNP的信息, 包括个体ID, 系谱信息

    32410

    算法创作|罗马数字的转化

    前言 力扣(LeetCode)是一个全球挚爱的计算成长平台。 问题描述 罗马数字包含以下七种字符:I,V,X,L,C,D和M。...通常情况下,罗马数字中小的数字在大的数字的右边。但也存在特例,例如4不写做IIII,而是IV。数字1在数字5的左边,所表示的数等于大数5减小数1得到的数值4。同样地,数字9表示为IX。...输出:"IV" 示例3: 输入:58 输出:"LVIII" 解决方案 当题目中出现了罗马数字列表,首先要想到的便是字典,因为字典中的value和key的条件关系正好可以对于罗马数字字符的转化...,这里就可以得到一组字典,那么再回到题目,仔细观察可以发现,每一个罗马字符所对应的数值都是正整数而且可以被5整除(1除外),那么就可以思考,当输入一个数值过后,去把转化字符的过程中,是否可以通过整除的方式来进行转化...罗马数字的转化Python代码 num=int(input())dict_hs={1000:'M',900:'CM',500:'D',400:'CD',100:'C',90:'XC',50:'L',40

    48510

    pcap、binetflow、netflow的区别和格式转化

    1. pcap与binetflow的区别 pcap、binetflow和netflow都是用于网络流量分析的工具,但它们有着不同的特点和用途。 1)pcap 是一种用于从网络接口捕获数据包的标准格式。...pcap 格式的文件可以提供非常详细的网络流量信息,包括源 IP、目标 IP、协议类型、数据包大小、时间戳等。...2)binetflow 是一种基于 pcap 的网络流量分析工具,它可以将 pcap 文件转换为一种更易于分析的二进制文件格式。...3)netflow 是一种由思科开发的网络流量分析协议。它可以在网络设备上收集数据包的元数据,并将其发送到一个集中式的收集器进行分析。...pcap 可以提供非常详细的网络流量信息,但需要离线分析;binetflow 可以将 pcap 文件转换为更易于分析的格式,并提供各种统计报告;netflow 可以在网络设备上进行采集和分析,提供更高级的信息

    1.3K30

    python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

    MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 **ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER来完成比对格式转化的任务。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多,可以借助python中的dendropy这个模块,然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。

    1.9K10

    PCL中点云数据格式之间的转化

    writer.write ("table_scene_lms400_downsampled.pcd", *cloud_filtered, false); 程序中红色部分就是一句实现两者之间的数据转化的我们可以看出...:PointXYZ>) 那么依照这种的命名风格我们可以查看到更多的关于的数据格式之间的转换的类的成员 (1) void pcl::fromPCLPointCloud(const pcl:PCLPointCloud2...:PointCloud &cloud ) 把pcl::PCLPointCloud数据格式的点云转化为...viewer.wasStopped ()) { } */ } 那么对于这一段小程序实现了从发布的节点中转化为可以使用PCL的可视化函数实现可视化,并不一定要用RVIZ来实现,所以我们分析以下其中的步骤...output = *input; pcl::fromROSMsg(output,*cloud); //最重要的一步骤实现从ROS到PCL中的数据的转化,同时也可以直接使用PCL库实现可视化

    5.2K10

    【详解】Java实现视频格式转化

    Java实现视频格式转化在当今数字化时代,视频已成为我们日常生活和工作中不可或缺的一部分。不同的设备和平台可能支持不同的视频格式,因此,视频格式转换的需求也日益增长。...Java作为一种广泛使用的编程语言,其强大的跨平台特性和丰富的库支持使得它成为实现视频格式转换的理想选择。本文将介绍如何使用Java实现视频格式转换。...如果你想尝试其他格式转换,只需修改输入和输出文件的路径以及相应的格式和编码参数即可。总结和展望通过本文的介绍,我们了解了如何使用Java和FFmpeg实现视频格式转换。...以下是一个简单的Python代码示例,用于从用户那里获取两个数字,并计算它们的和:# 这是一个简单的Python程序,用于计算两个数字的和# 获取用户输入的第一个数字num1 = float(input...("请输入第一个数字: "))# 获取用户输入的第二个数字num2 = float(input("请输入第二个数字: "))# 计算两个数字的和sum = num1 + num2# 打印结果print(

    81700

    使用FFMPEG 实现各种格式互相转化

    简单来说,FFmpeg是一个免费的多媒体框架,可以运行音频和视频多种格式的录影、转换、流功能,能让用户访问几乎所有视频格式,包括mkv、flv、mov,VLC Media Player、Google Chrome...ffmpeg描述 ffmpeg是一个能高速转换视频与音频的转换器,同时它还能抓取实时的视频和音频。ffmpeg可以使用高质量的多相滤镜去转换任意比特率的视频。...各个输入和输入文件,在原则上,可以包含多个不同类型的数据流(video/audio/subtitle/attachment/data),这些不同类型的数据流会依据该文件封装的格式而定。...输入文件中选择哪些数据流作为输出文件的数据流也都是自动化的,若想了解可以参考ffmpeg官网文档关于Stream的章节。...在使用输入文件的索引指向命令项时,索引值是以0开始计数,如2:3指的是第三个输入文件的第四个数据流。

    1.4K20
    领券