我的系统发展史来自一份出版物，是BEAST的共识树，众所周知，BEAST引入了非正分支长度。我已经检查了"-“和"0”的系统发展史，它应该揭示非正的分支长度，并发现了一个零长度的分支，我将其更改为0.0000001。然而，这似乎并没有解决我的问题。是否有一个功能来检查给定的系统发展史，例如检查这样的分支长度并改变它们，检查单例，等等。树是完全分叉的，所以我不需要再次检查。
浏览 76提问于2019-11-15得票数 0
在发展史上对此很好奇...带有数组索引的方括号({0}、{1}等)是如何成为字符串格式的标准的？
有什么特别的意义吗，或者是80年代有人在半空中挑出的东西？
浏览 1提问于2010-10-14得票数 4
我正在尝试创建一个系统发展史，其中我编码的分支长度是用颜色而不是长度表示的。所以我希望分支长度相等。
浏览 2提问于2018-06-22得票数 2
我想在存储为multiPhylo对象的多个系统发展史中运行相同的函数。
例如，假设我有1,000棵树的multiPhylo，我想对每棵树的边/分支长度求和。
浏览 23提问于2018-01-04得票数 1
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Develop |- Commit 2 |- Merged pull request #1 from user/branch/name
2&3在发展史上出现的原因
浏览 0提问于2020-01-13得票数 0
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我正在使用语言发展史在R中绘制一些情节。我想在系统发育图的末端节点之后画一排方块，并给它们着色，以表示一些变量。
我已经创建了方块，但是我在按正确的顺序给它们着色时遇到了问题。
浏览 0提问于2014-10-23得票数 1
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我有一个csv文件，其中包含数百个物种的物种名称，顺序与它们在我的系统发展史中的$tip.labels中出现的顺序相同。
浏览 25提问于2019-08-19得票数 1
我正在浏览维基百科上的Unix和类Unix系统的发展史，其中一个操作系统的名字对我来说很突出: OpenServer。
浏览 0提问于2013-05-07得票数 4
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我正在使用一个unix shell脚本，它可以构建基因组，然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器，最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。
浏览 3提问于2015-02-26得票数 3
特别是，它们的结构倾向于概括发展过程的发展史。有时，我认为自己在用代码中的懒惰来换取测试中的懒惰。
这是一个多大的问题？谁在这里不断地重构和重组他们的单元测试，试图改善他们的整体结构？
浏览 0提问于2008-09-30得票数 25
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我需要为每个列值提取或修剪系统发展史(从系统学中)，然后计算索引列的每个值的系统发育距离。我的数据集中有许多索引值，因此手动执行此操作是不切实际的。
浏览 19提问于2019-11-08得票数 0
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我正在使用一个名为RAxML的系统发育软件，并且我使用wnat为每个phylip文件构建单个树。对于包含三个phylip文件的目录，我执行了以下操作 Ortho1.phy Ortho6.Phy Ortho6.Phy
但是这总是给我一个错误，告诉我$ symbol是不允许的。
raxmlH
浏览 3提问于2017-02-18得票数 0
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我正在寻找一种在R中将系统发生树(Newick格式或类"phylo")转换为数据帧的方法。我们的目标是获得一个很好的概述，哪些提示从树的每个节点下降。有没有人有这个问题的经验？#for a random tree x> x
Phylogenetic tree
浏览 2提问于2019-07-15得票数 2
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随机超度量树
、、
我在python上实现了一个生成随机二叉树的程序。所以现在我想给树的每个内部节点分配一个距离，使其成为超距离。然后，根和任何叶子之间的距离必须相同。如果节点是叶，则距离为空。下面是一个节点： def __init__(self, G = None , D = None) : self.distG = 0 self.G = G self.parent = None
我的想
浏览 0提问于2018-12-16得票数 2
我有一个newick格式的猫家族的发展史，当我试图在文件中阅读时，我会得到以下错误：
phy<-read.tree("phylogeny.txt")在if (sum(obj[i]$edge，1 ==
浏览 5提问于2016-02-25得票数 0
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我有一个以百万年为单位的绝对分支长度的系统发育树。如何计算值介于0和1之间的距离矩阵？
浏览 0提问于2013-07-12得票数 0
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在Hadoop2.2.0( Hadoop )中，我看到了FileUtil.copy的以下签名和文档 public static boolean copy(FileSystem srcFS, Path src, boolean deleteSource,
Configuration conf
浏览 1提问于2017-06-23得票数 1
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作为一个在过去几年中至少三次更改名称(以及域名)的公司的员工，使用com.company.product.function等命名空间来命名我们的java代码的做法意味着频繁的重构(或者只是生活在看起来奇怪的java命名空间中)。对我们的服务的命名空间有什么建议？
浏览 1提问于2011-09-22得票数 1
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$treeDisplay <- renderPlot({ })
shinyApp(ui, server) 根据bretauv的建议，这里是读取系统发展史并绘制系统发展图的代码
浏览 24提问于2020-02-01得票数 1
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我在vanilla JS中编写了一个简单的函数fetch来从api获取te数据。我想使用node js将这些数据发送到我的数据库mongodb。
浏览 14提问于2021-11-17得票数 0
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