IMG（Integrated Microbial Genomes，https://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/m/main.cgi）由美国能源部联合基因组研究中心（Joint GenomeInstitute，JGI）于2005年创立，是综合的微生物基因组数据库及比较分析系统。IMG收录了细菌、古菌、质粒、病毒以及少量真核生物基因组数据，其数据主要来源于NCBI的RefSeq数据库，但是增添了更加详细的注释信息，例如CRISPR序列、信号肽、非编码RNA、功能基因等。IMG基于COG、Pfam、TIGRfam、InterPro、GO和KEGG等数据库产生基因家族的注释信息。其主页如下所示：
Ecosystem function and microbial diversity
美国的国家生物技术信息中心（National Center forBiotechnology Information，NCBI，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）是1988年美国国家健康研究所（National Institutesof Health，NIH）和国家医学图书馆（United StatesNational Library of Medicine，NLM）联合发起成立的分子生物学、生物化学、遗传学知识储备和文献整理平台，并逐步演变为大规模生物医药数据存储、分类与管理，生物分子序列、结构与功能分析，分子生物软件开发、发布与维护，生物医学文献收集与整理，全球范围数据提交与专家注释于一体的世界生物医学信息与技术资源数据库。NCBI采用著名的Entrez搜索和信息检索系统，可以进行在线资源检索，同时构建FTP数据资源下载平台（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/all/#downloads），方便用户批量下载数据。
自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因组序列信息，并写在 Fasta 格式的文本文件“天书”中，这本天书就叫做参考基因组。
摘要：在过去十年中，在微生物群落分析方面，短读长高通量16S rRNA基因扩增子测序，已经使克隆依赖性长读长Sanger测序黯然失色。过渡到新技术提供了更多的定量信息，牺牲了分类分辨率，其具有推测各种生态系统中的代谢特征的意义。我们应用单分子实时测序进行微生物群落分析，获得全长16S rRNA基因序列的高通量，我们建议命名为PhyloTags。我们进行了基准测试，并通过应用到特定的微生物群落验证了这种方法。当进一步应用于来自Sakinaw湖的水柱样本时，我们发现，尽管门水平上，PhyloTag和Illumina V4 16S rRNA基因序列（iTags）群落结构的分析结果之间是可比较的，方差随着种群复杂性和水深的变化而增加。但是PhyloTag还允许较少的模糊分类。最后，关于平台的比较，PhyloTags和silicon产生的部分16S rRNA基因序列显示出群落的结构和系统发育分辨率跨多个分类级别的显著差异，包括严重的低估涉及氮和甲烷的特定微生物属的丰度，在湖泊的水柱。因此，PhyloTag提供了可靠的具有成本效益iTags的补充（adjuction)或替代方案，可实现更准确地对系统发育微生物群落的分解代谢潜力进行预测。
基于reads比对注释的物种binning可以获得宏基因组微生物群落的物种组成信息，但无法获得组成物种的基因组。要获得这些基因组数据，还需要基于不同基因组的特征对拼接的contigs进行binning。目前基于contigs binning的方法使用非常广泛，也已经开发了多种软件，其中最高引用次数的两款为MaxBin和MetaBAT。这两款软件均支持使用多样本拼接的contigs来提高binning的成功率，也即根据contigs在多个library中丰度的相关性（co-abundance pattern）来进行聚类。
Department of Biology, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina, USA;
序列拼接也叫做基因组组装，是生物数据分析中最核心的工作。想要从基因组学角度来对一个生物进行研究，那么获得物种的全基因组序列，也就获得了其全部的遗传信息。这个就是序列拼接要完成的工作。
基因家族：gene family，是指来源于同一个祖先，经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因，它们编码相似的蛋白质产物。对于一个基因家族中的基因，能够编码蛋白都有同一个结构域。
老板最近比较痴迷于各种seq，由于俩师姐外加一师妹的chip-seq建库老不成功，于是改成了CUTTAG建库，其实读了文献，发现都是相似的原理，只不过是CUTTAG用的细胞起始量远低于chip-seq，同时用的酶不同，建库的时间相对少很多。具体可以参考一下这篇文献CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cell（doi:10.1038/s41467-019-09982-5）。
Membership 三步曲之进阶篇 - 深入剖析Provider Model 本文的目标是让每一个人都知道Provider Model 是什么，并且能灵活的在自己的项目中使用它。 在入门篇中我们已经从0开始将Membership集成到一个空的MVC站点中，并且与ASP.NET的权限管理体系相结合。本篇(进阶篇)将剖析Membership的设计理念以及它的结构。别忘了我们还有高级篇我们将会扩展自己的MembershipProvider和RolesProvider，目地是直接利用我们老系统中
今天来爬一爬京东评论，以下代码不需要selenium，直接使用requests大规模爬取指定商品的评论，并保存到csv中，效率极高，确定不往下看看嘛？
用于进行回归预测的源数据文件下载链接: https://pan.baidu.com/s/16-JGI-JnksC9I7I_ghvrug 密码: ey46
开门见山，2022 这一年站在今天看，对每一个人都是很 “难” 的，2022年的起始的一些观点，放到现在是否正确，通过一些已经发布的文字我们回顾一下。
本文介绍了如何使用SQLite数据库进行数据存储，并通过实例介绍了增、删、改、查等基本操作。同时，还介绍了如何创建数据库表、插入数据、删除数据、查询数据和修改数据。此外，还提供了一个数据库使用Demo，包括创建数据库、增加数据、删除数据、修改数据和查询数据。
这些问题涵盖了数据库的基本概念、结构、范式、事务、索引、查询优化、备份和恢复、复制、分区、存储引擎、性能调优、安全性、容灾等方面的知识点。
本文参考自ORACLE 数据库名、实例名、ORACLE_SID的区别,纯属读书笔记,加深记忆 在ORACLE7、8数据库中只有数据库名(db_name)和数据库实例名(instance_name)。在ORACLE8i、9i中出现了新的参数，即数据库域名(db_domain)、服务名(service_name)、以及操作系统环境变量(ORACLE_SID)。这些都存在于同一个数据库中的标识，用于区分不同数据库的参数。 1、数据库名 数据库名是用于区分数据的标识,是以二进制形式存储于数据库控制文件中的参数,在数
HKROnline SyncNavigator 8.4.1 企业版数据同步软件 自2009年第一个版本开发出来以来，经过8年不断地根据客户需求，加强功能，修复bug，现在已经具备强大的数据库同步功能，以前官方syncnavigator授权码的价格是2800元一套，授权码是绑定电脑硬件的，更换硬件或者电脑，软件无法正常运行，需要重新购买授权码。
虽然现在有越来越多的人开始接受云数据库，但大多数人对于云数据库的了解并不是很多，认为云数据库可能会比传统数据库缺点更多一些，因此对云数据库的认知会存在一些误区，那么云数据库与传统数据库的区别是什么？云数据库的优势有哪些？
大部分情况下，数据库的连接，数据库本身、数据库的服务器都是utf8的。在最开始的my.cnf配置中，我们把默认字符集全部配成了utf8进行统一，如果不配置，可能就会因为编码的不同导致无法正确解析数据。
持久化(persistence)：把数据保存到可掉电式存储设备中以供之后使用。大多数情况下，特别是企业级应用，数据持久化意味着将内存中的数据保存到硬盘上加以”固化”，而持久化的实现过程大多通过各种关系数据库来完成。
最近滴滴的故障的问题，相信各大群都有分析，故障点一致指向了K8S ,Docker。 实际上对于Docker本身数据库工程师并不是很熟悉，基于数据库的本身的重要性和承载的业务量等区别，不少大型的应用是不会使用docker 来承载数据库应用的。
编者: 本文中报告,关注 “数据和云” 回复：下载。可以找到下载链接。 2021年12月，墨天轮社区发布了由CCF数据库专委会、清华大学和墨天轮社区共同撰写的《数据库系统的分类和评测研究》，这个报告的初衷是希望通过对数据库产品的分类、评测、发展等方向的研究，为行业提供参考和促进。 感谢执笔人李国良，李战怀，彭智勇，盖国强，感谢清华大学、西北工业大学、武汉大学、云和恩墨、华为、阿里云、腾讯云、京东云、 虚谷伟业、PingCAP、巨杉、建设银行、民生银行、哈尔滨银行、浙江移动等企业和单位的专家的共同参与和支持。
大型企业有用到云计算，自然就少不了要使用云端数据库，毕竟要储存的数据量还是很大的。特别是对于公司的机密文件以及数据，要做到百分百的安全。而且云端数据库不同的产品所要用到的数据库也不一样。那么云端数据库是有哪些类型？云端数据库特点有哪些？
一、配置管理器 1.管理服务 使用配置管理器可以启动、停止、重新启动、继续或暂停服务。 服务器和客户端网络协议 2.SQLSMS 简介：SQLSMS是一个集成环境，用于访问、配置、管理和开发SQL Server的所有组件。 注册服务器：为客户机确定一台SQL Server数据库所在的机器，及服务器。 4.Sqlcmd工具 sqlcmd通过OLE DB与服务器进行通信，使用sqlcmd工具可以在命令提示符窗口中输入T-SQL语句，调用系统过程和脚本文件。 T-SQL脚本文件是一个文本文
我们根据每一个数据库引擎的使用情况以及受欢迎的程度，对240个数据库引擎作了综合排名，但是以下排名也仅供参考，同时也希望本文可以拓展你的视野，这世界上的数据库并不是只有Oracle、MSSQ、MySQ
数据(data)是描述客观事物的符号记录，当然，它不只包括数字，字母，还包括图像，音乐等等。
上一节我们认识了数据库，了解了数据库事务是什么，索引是如何提升数据库性能的，现在我们来学习下大家常说的一些数据库，MySQL、mongoDB、kv等等这些又有什么区别。本文中，SQL 与 NoSQL 代表关系型数据库与非关系型数据库，当然，SQL ≠ 关系型数据库，这里用作简写。
在服务器名称选择本机（连接本机的 SQL Server 数据库）。目前，本机只有一个 SQL
今日有幸受邀参加腾讯云数据库发布会，在其圆桌论坛环节，与几位行业大咖就数据库当下的热点话题，进行了分享。下面将我的一些分享要点，汇集如下。
Exchange后端数据库故障，一般都会是比较严重的紧急故障，因为这会直接影响到大面积用户的正常使用，而且涉及到用户数据。一旦遇到这种级别的故障，管理员往往都需要在非常紧张、压力非常大的状态下进行恢复操作，需要在高压状态下迅速做出决策，下一步应该如何做。本文将总结数据库紧急故障下的恢复思路，希望对遇到这种紧急情况的邮件系统管理员有所帮助。
在大数据和AI时代，数据库成为各类应用不可或缺的重要组成部分。而数据库中的数据依赖存储引擎进行管理，包括数据的存储、查询、更新和删除等。因此，在设计系统时，选择正确的数据库存储引擎方案变得尤为重要。这篇文章将以关系型、NoSQL和NewSQL数据库，以及OLTP、OLAP和HTAP处理方式为切入点，深入探讨不同类型的数据库背后的存储引擎方案选型取舍。
顾自然 腾讯云监控产品经理，硕士毕业于墨尔本大学。目前主要负责腾讯云业务层监控相关产品策划工作。 前言 在日常运维中，数据库是 IT 运维人员重点关注的核心，绝大多数应用程序的正常运行与数据库的稳定性密不可分，一旦某个数据库出现了问题，该数据库上下游的应用都将面临巨大的挑战。因此，很多企业会引入腾讯云数据库智能管家 DBbrain ，帮助实时诊断优化数据库异常。 数据库智能管家 DBbrain 是腾讯云推出的一款提供数据库性能、安全、管理等功能的数据库自治云服务，将大量传统人工的数据库运维工作智能化，服务
所谓数据（Data）是指对客观事物进行描述并可以鉴别的符号，这些符号是可识别的、抽象的。它不仅仅指狭义上的数字，而是有多种表现形式：字母、文字、文本、图形、音频、视频等。现在计算机存储和处理的数据范围十分广泛，而描述这些数据的符号也变得越来越复杂了。
编辑手记:在Oracle 12.2中，ADG有许多惊人的改进，通过ADG standby数据库的性能数据收集和诊断、快照standby数据库的应用，以及实时的数据库操作监控的实现，能够根据用户需求相协调来提高DBA效率，从而为业务应用程序提供更好的服务质量。 1、Oracle Data Guard Support for Oracle Diagnostics Pack（Oracle DG 提供诊断包的支持） Oracle诊断包可以与以read-only的ADG standby数据库一起使用。能够将性能数据捕
下面我们来看下数据库的官方定义：数据库是"按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库"，是一个长期存储在计算机内的、有组织的、可共享的、统一管理的大量数据的集合。
数据库管理系统（Database Management System，DBMS）是位于操作系统与用户之间的一种操纵和管理数据库的软件，按照一定的数据模型科学地组织和存储数据，同时可以提供数据高效地获取和维护。
MongoDB 自带了一个功能强大的 JavaScript Shell，可以用于管理或操作 MongoDB
数据库管理系统就是由互相关联的数据集合和一组用于访问这些数据的程序组成，简称数据库。即，数据库=数据+程序。数据库的目标就是方便、高效、安全的存储、管理数据信息。
‘[]’ 的内容表示可选项，可以选择也可以不选择。而 数据库本质上是目录文件。
在使用淘宝网进行购物过程中，当我们查询商品时，实际上是查询淘宝网数据库中的商品；当我们购买某一件商品时，我们是在向淘宝网的数据库的订单中，填写了一条购买信息；当我们去银行办理相关业务，查询账户余额时，是查询银行数据库中我们的个人账户信息；当我们取款时，我们是在修改银行数据库中账户信息的数据。所以，其实我们一直都在使用数据库，通过网络和设备，在与数据库进行交互。一方面数据库可以给应用提供插入、删除、修改、查询数据的功能，另一方面，数据库也能保证数据库再关机之后，数据不丢失，也就是数据的持久化。那么，数据库具体是如何实现的呢？
MySQL 是一款常用的关系型数据库管理系统，用于存储和管理数据。在数据库应用中，数据备份和还原是非常重要的操作，用于保护数据免受意外删除、损坏或数据丢失的影响。本文将详细介绍如何在 MySQL 中进行数据库备份和还原操作，包括常用的备份和还原方法以及相关注意事项。
其本质是一个文件系统，数据库按照特定的格式将数据存储到文件中，使用者可以对数据库中的数据进行增加，修改，删除及查询操作。
在一个典型的一主多从的Redis系统中，当主数据库遇到异常中断服务后，需要手动选择一个从数据库升级为主数据库，整个过程需要人工介入，难以自动化。
该数据库是关于基因、蛋白、酶代谢子、药物、生化反应以及通路的综合数据库。该数据库实际由多个子数据库构成，最著名的当属通路KEGG PATHWAY数据库，它是目前被广泛使用的通路数据库。其中包含上千个物种的代谢与信号传导通路信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。实时更新的管理模式也是人们能够从该数据库获得最新的通路数据。
在前面学习我们都知道Redis不可能把所有的数据都缓存起来(内存昂贵且有限)，所以Redis需要对数据设置过期时间，并采用的是惰性删除+定期删除两种策略对过期键删除。Redis对过期键的策略+持久化
发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/161982.html原文链接：https://javaforall.cn
在 MySQL中，数据库（Database）是按照数据结构来组织、存储和管理数据的仓库。每个数据库都有一个或多个不同的应用程序接口（Application Program Interface，API)，用于创建、访问、管理、搜索和复制所保存的数据。 不过，也可以将数据存储在文件中，但是在文件中读写数据的速度相对较慢。所以，现在使用关系数据库管理系统(Relational Database Management System，RDBMS）来存储和管理大数据量。而MySQL 是最流行的关系数据库管理系统，尤其是在Web应用方面，MySQL可以说是最好的RDBMS应用软件之一。
每个正在运行的PostgreSQL服务器实例都管理着一个或多个数据库。因此，在组织SQL对象（“数据库对象”）的层次中，数据库位于最顶层。本章描述数据库的属性，以及如何创建、管理、删除它们。
1、数据库设计和维护：DBA需要根据企业的业务需求设计和创建数据库，并负责其日常维护，包括数据备份、数据恢复、性能优化等工作。
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