前言 本博文主要是记录我阅读过的SSH项目所学习到的知识，并不是相关系列教程。该SSH项目的gitHub地址：ERP项目地址 删除数据 实际业务中真正意义上的数据删除操作比较少见，多数情况是在数据中设置标记，通过标记的值来区分该数据是否可以用，而不是将数据真正的删除。 根据业务需求，为数据添加标记位，同时对数据的维护中添加启用/停用切换按钮，用于替换删除业务。所有的查询操作默认携带条件值为标记为可以的数据。除特殊业务外，标记为不可用的数据将不参与日常数据操作。 javaScript数值数据操作 javasc
Jenkins大多数情况下都是用来部署Java项目，Java项目有一个特点是需要编译和打包的，一般情况下编译和打包都是用maven完成，所以系统环境中需要安装maven。
DGVa是一个来自EBI的染色体结构变异数据库，通过文献整理和科研人员提交两种方式，存储了多个物种的染色体结构变异信息，网址如下
ENA主页：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home
常见的镜像在DockerHub就能找到，但是我们自己写的项目就必须自己构建镜像了。
写了一个app小软件，重点不在于软件，软件bug挺多，也没去修改。 这个小软件只是为了更好的说明和了解设计模块而做的。 Java 程序设计–包结构 Java程序设计的系统体系结构很大一部分都体现在包结构上 大家看看我的这个小软件的分层：
方式二：鼠标在代码编辑区右键，然后选中：run As –> java application
由于这边项目是一个主项目 A-server 下面有 子springboot项目 A-admin ，子普通java项目 A-biz ，子普通java项目 A-common
一些所用的镜像我们直接可以用现成的，可以直接从docker hub拉取，或者下载响应的tar包进行构建。 自定义镜像的用处在于对自己的项目的一个运行的需求。
其中有一个资源是最新的（2023年10月）NC文章《Genome-wide association analysis of plasma lipidome identifies 495 genetic associations》里面的数据在GWAS catalog ，里面的索引号是 GCST90277238-GCST90277416，但是这个公众号的小伙伴却不知道该如何批量下载， 或者说发现规律去写代码，而且手动整理好全部的链接后下载然后把它当做是宝贝来宣传。。。。
需要注意的是：什么，SRA测序数据要收费了，同样的，需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则：
染色体结构变异structural variation(SV), 被定义为1kb以上范围的DNA结构变化，通常包括缺失，重复，倒位，易位，当然也包含拷贝数变异(CNV), 染色体的结构变异来源于内因或者外因的作用，很多疾病就是由于染色体结构变异导致的，环境因素也可以诱导产生结构变异。
与大家分享下RedHat Linux 5.5安装JDK+Tomcat并部署Java项目的步骤，希望对大家有用。
前面我布置了一系列学徒作业， 终于开始陆陆续续收到答案啦！下面的教程来自于7月的数据挖掘学员，对应的题目是：仅提供bam文件的RNA-seq项目重新分析
动力节点IT培训，全真项目实操实训，贯穿八大行业，彻底帮助学员摆脱纸上谈兵的尴尬，一技成，天下行。
实际上你的关注本身就说明了问题，只不过呢你欠缺那临门一脚，人生很长，你的科研生涯可能还有35年之久，你现在学会数据处理，这个技能的掌握其实是最大化受益！现在，哪怕是全新细胞系模型的提出也需要ngs数据支持啦，比如文章：《Establishment and Characterization of a Brca1−/−**, p53**−/− Mouse Mammary Tumor Cell Line》
参考：https://ken.io/note/centos7-jenkins-install-tutorial
ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，由 EBI 负责维护，优点是可以下载fastq文件。 网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ 如下载的项目编号：PRJEB29049
1. 模式的定义 如何实现灵活的奖金计算？假设奖金的计算体系如下： 每个人当月业务奖金：当月销售额 * 3% 每个人累计奖金：总的回款额 * 0.1% 团队奖金：团队总销售额 * 1% 奖金计算面临的问题： 1. 计算逻辑复杂 2. 要有灵活性，可以方便地增加或者减少功能 3. 动态组合计算，不同的人参与的计算不同 抽象出来的问题：如何才能透明地给一个对象增加功能，并实现功能的动态组合？ 装饰模式的定义： 动态地给一个对象添加一些额外的职责，就增加功能来说，装饰模式比生成子类更为灵活。 2. UML
作者 | 爱科学的卫斯理关注 来源 | https://www.toutiao.com/i6908912198412681732/ Spring生态 Java项目权威Top200排名-结果出乎你意料 这点毫无疑问，Spring生态是Java开发的实际标准规范。 Java项目权威Top200排名-结果出乎你意料 基于“事件驱动架构”的Spring Cloud Stream项目也上榜了，这才是微服务解耦的正确姿势。 Java项目权威Top200排名-结果出乎你意料 gradle vs maven（第2名
Nextflow区分两种不同的通道：队列通道和值通道(queue channels and value channels )。
昨天在使用IDEA创建了一个普通Java项目，执行main()方法时，程序报错如下： “错误: 找不到或无法加载主类 com.Main Process finished with exit code 1”， 我确信自己的java jdk安装和环境变量配置（java jdk安装和环境变量配置）正确无误，而程序只是一个再简单不过的打印而已：
EBI (European Bioinformatics Institute) 和 NCBI (National Center for Biotechnology Information) 都是全球领先的生物信息学研究机构，它们提供了大量的生物信息学数据库和工具，对全球的科研工作者开放。
在idea项目下，新建一个model，这个model就可以是一个java项目。
3、点击General，找到Existing Projects into Workspace。
但是读者多了之后我接受到的大家的反馈就是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件实在是太慢了，因为我做演示的服务器在境外，所以自己压根就没有意识到这点。但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法，就是参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：
一般来说，NCBI数据库提供的prefetch命令下载sra文件速度太慢，可以参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：
》 很久以前分享了：10X单细胞转录组原始测序数据的Cell Ranger流程（仅需800元）以及一个10x单细胞转录组项目从fastq到细胞亚群，但是它缺乏NCBI的SRA数据库下载方式，因为ebi的ena数据库首先是不稳定，其次是部分单细胞数据集的样品在ena上面并不是R1,R2,I1的3个fastq文件形式。所以我们补充了"赵小明"的笔记：一文打通单细胞上游：从软件部署到上游分析，现在跟着这个笔记演示一下全部流程：
1、Java应用程序基本分析 2、培养面向对象编程的基本思想 3、Java基本设计模式综合应用 4、掌握分层和接口的基本设计 5、构建合理的Java应用程序包结构 6、综合应用JSE所学习的知识 7、在应用中合理使用集合框架 8、在应用中综合使用swing的常用组件 9、基本的表现层的实现机制 10、IO流和文件的基本操作 11、培养良好的Java编程习惯 12、培养调试Java程序的能力，培养改错的能力
以上就是Java接入微信小程序的步骤和代码示例。其中，需要注意的是，小程序的登录流程需要在小程序中发起请求，后端返回openid后，将openid保存到数据库中供后续业务逻辑使用。
由于是EBI数据库，用wget下载速度太慢，Jimmy大神强烈建议用aspera工具下载，于是参考生信技能树教程代码，首先需要熟悉GEO和SRA数据库：
诚然，单细胞CNS好文层出不穷，不过最近无意中看到了一个传统的bulk转录组测序的science，还是蛮值得分享的。本次要介绍的文章也不旧，发表于2019年2月，在science杂志，标题是；《Tumor metastasis to lymph nodes requires YAP-dependent metabolic adaptation》，链接是 https://science.sciencemag.org/content/363/6427/644
点击【数据库】-【MySQL】-【添加数据库】，填写数据库相关信息，记得保存这些信息，后续步骤需要用到，其中编码需要utf8mb4，然后【提交】，数据库即创建成功。
Maven下载的官方地址：Maven – Download Apache Maven
1）在将课前资料中的mysql.tar文件上传到虚拟机，通过load命令加载为镜像
nohup是一个常用的Unix命令，用于在忽略挂起信号（SIGHUP）的情况下运行指定的命令或进程。当用户注销或关闭终端时，通常后台运行的进程会收到SIGHUP信号而终止。使用nohup可以避免这种情况，使得进程即使在用户注销后也能继续运行。
说明:相对路径(这并不说明什么时候相对谁)可以通过以下来获得（无论是一般java项目或web工程）
因为上个代码，总是要输入完整的绝对路径，比较麻烦，于是，就写了这个小程序，直接进入文件对话框选择需要运行的class文件。
上一篇给大家介绍了Maven的概念和仓库的一些信息，接下来给大家分享一下使用命令和MyEclipse创建Maven项目 一、使用命令管理Maven项目 1.1、创建Maven java项目 1）创建一个文件夹（MavenProject）——>该文件夹下按shift+右击选择在此处打开命令窗口——>这样创建的maven[java]项目就在该文件夹下 2）命令：mvn archetype:generate -DgroupId=com.zyh.maven.quickstart -DartifactId=s
将hadoop在Linux中的安装文件解压缩一份。并将此bin目录中的文件覆盖掉解压缩文件中的bin目录。
本来呢，如果作者提供了表达量矩阵是容易跟着我们的笔记做差异分析以及后续的生物学功能富集，各种各样的统计可视化。
MAVEN是一个项目管理和综合工具。提供给开发人员构建一个完整的生命周期框架。开发团队可以自动完成该项目的基础设施建设，MAVEN使用标准的目录结构和默认构建生命周期。 属于APACHE的开源项目,主要服务于JAVA平台的构建、依赖管理、项目管理。 通过XML格式保存的POM.XML文件。该文件用于管理：源代码、配置文件、开发者的信息和角色、问题追踪系统、组织信息、项目授权、项目的URL、项目的依赖关系等等。该文件是由开发维护，我们运维人员可以不用去关心。
这里推荐每个人安装自己的conda，这样的话一个服务器里面的每个用户独立操作，安装方法代码如下：
因为Java项目部署需要Java运行环境jdk,要在Linux服务器上部署Java项目,就必须线安装好jdk并配置好环境变量；本篇文章记录了如何安装jdk以及配置环境变量。
其实也有对应的bioproject的ID ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA727404
前提：java项目要有main方法 类似写法如下： set JAVA_HOME=C:\jdk1.6 set LIB_HOME=. set JAVA_JAR=. set JAVA_JAR=%JAVA_JAR%;%LIB_HOME%\CacheDB.jar set JAVA_JAR=%JAVA_JAR%;%LIB_HOME%\jdom.jar set JAVA_JAR=%JAVA_JAR%;%LIB_HOME%\jdbc2_0-stdext.zip set JAVA_JAR=%JAVA_JAR%;%LIB_H
生物信息学领域有许多在线工具和资源，这些工具提供了各种分析和可视化功能，无需用户进行大量的本地安装和配置。而且绝大部分都是大机构开发和维护，知名度比较好的大机构包括：
近期更换了电脑，上一部电脑的开发环境和代码都找不回来。幸好上一篇中通过自建的Git仓库保存了自己平常开发的Java项目，而且项目是由Gradle进行构建的，所以电脑环境变换对项目的影响应该不大。之前一直使用Eclipse进行开发，但其实工具的发展也是日新月异的，所以慢慢也觉得Eclipse已经满足不了现代的开发了，所以打算转向新兴的VS code。
CNS图表复现之旅前面我们已经进行了9讲，你可以点击图表复现话题回顾。如果你感兴趣也想加入交流群，自己去：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）找到我们的拉群小助手哈。
我滴妈耶，好久没有写文章了，最近年底工作较多啊，之前有一个java项目，但是在本地测试接口的时候提示跨域问题，但是java项目里没有存在宝塔上，是自己搭建的，所以我看不懂，于是乎就想着弄到宝塔上，但是在java项目添加的时候，选择【Spring_boot】类型之后，无论怎么设置都是未启动的状态，项目路径，类型，接口，端口都没有问题，后来又测试了其他类型【内置项目】和【独立项目】但是也无法访问，原因是不是非jar解析包，新建了也无效，所以到头来还是得用【Spring_boot】类型，但是设置完成后，依然现在未启动的状态，如图：
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