；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...\input_nexus\ output_fasta fasta结果文件将会保存在 output_fasta文件夹中 不同的比对软件会输出不一样的比对格式；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。
这个存储过程最优的地方，是使用了批量提交，不是执行一次DELETE删除所有记录COMMIT，如果这么执行，可能会占用大量的UNDO回滚段，进而可能出现回滚段空间不足的报错，也可能出现ORA-1555的错误...接受删除天数的参数，使用了游标，执行一次SELECT，读取出的则是符合insert_time < trunc(SYSDATE)-:1条件的所有结果集记录的rowid信息，遍历游标的时候使用BULK批量的方式...for循环会执行其中的每条SQL语句，forall则会将其中所有SQL批量发送SQL引擎执行。...接下来我们会对这三个存储过程进行一些比对实验，通过一些数据，说明各自的适用场景，首先创建测试数据集，制造了1300万测试数据， ? 每天50万数据，一共26天， ?...无论什么方式，大表数据的批量删除，这是首要原则。
批量导出下载查询出需要下载附件的集合，下载附件到临时目录，压缩下载到临时文件夹的附件，生成压缩包，最后下载压缩包 @Override @ApiOperation(value = "导出Word
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致，那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播；在比对的任何阶段出现的失配时，这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果；最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对
一、序列比对 序列比对是整个生物信息的核心，因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为是局部比对，所以只要序列之间出现同源区域就可以，而不用考虑整体，因此，blast 比对结果就会出现很多多对多的比对。也容易出现很多较差的比对，一个基因与另一个基因分成多份比对结果。
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
今天说一说js批量上传文件_批量上传图片java,希望能够帮助大家进步!!!...文件上传无疑是web应用中一个非常常用的功能，下面小编给大家分享一下diyUpload.js+ThinkPHP中的UploadFile类实现图片的批量上传。...点击按钮选择图片之后效果如下图所示： 如果还想选择其他图片可以点击‘继续添加’按钮，选择想要上传的图片；或者已选中的图片不想要了，可以点击图片上的“X”按钮删除，如下： 页面上js代码如下： 此代码由Java...，或者选择多张图片删除： PHP上传图片代码： 此代码由Java架构师必看网-架构君整理 //上传图片 public function upload(){ import("ORG.Net.UploadFile...今天文章到此就结束了，感谢您的阅读，Java架构师必看祝您升职加薪，年年好运。
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...双序列比对算法 ⑴基本算法（LCS算法） 序列比对实质上是一个路径寻找问题，若有序列v=ATGTTAT和w=ATCGTAC两个短序列，其比对过程可以用下图表示： 从(0，0)到(7，7)，每穿过一个顶点相当于成功匹配一个碱基...双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关，或者说正比于这两个序列长度的乘积，用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...最终对比对结果也即score足够高的HSPs进行显著性分析，将输入序列与一系列长度相等的随机序列进行比对，其分值符合Gumbel极值分布，在这种随机情况下，获得比当前比对得分高的随机序列条数的期望称为expectation...，不适合outfmt大于4的情况，默认为500 -num_alignments：对于每个输入序列，在结果中显示的高分比对结果的详细比对情况数目，默认为250 -line_length：结果中详细比对情况的行的长度
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
关于批量处理，除了上篇绑定变量，还可以用批量处理 从查阅的资料来看，批量处理主要有两个方式，一种为insert into test(id,name) values('1','Jerry'),('2','
前言 序列比对是生信领域的一个古老课题，在这一波NGS的浪潮中重新引起大家的广泛关注。由于生物序列的特殊性，在比对的时候允许插入缺失，所以往往是一种不精确匹配。...全局比对算法 所谓全局比对算法，就是根据一个打分矩阵（替换矩阵）计算出两个序列比对最高得分的算法。关于它的介绍网上已经非常多了，我们只需看看其中的关键点及实现代码。...关键点 打分矩阵： 选用不同的打分矩阵或者罚分分值会导致比对结果不同，常用BLAST打分矩阵。 计算比对最高得分的算法： 常用动态规划算法（Needleman-Wunsch算法）。 ?...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 打印出最高得分相应的序列比对结果： 根据得分矩阵回溯，如果最优比对结果有多个，全部打印出来。...理解打分系统背后的概率论模型： 比对分值可以理解为匹配模型和随机模型的对数几率比（log-odds ratio）。
一般而言，运用动态规划算法进行序列比对对内存空间的要求是 O(mn) 阶的，本文介绍了一种线性空间要求的序列比对方法。...前文如《序列比对（一）全局比对Needleman-Wunsch算法》所介绍的运用动态规划算法进行序列比对时，对内存空间的要求是 O(mn) 阶的。...图片引自https://www.jianshu.com/p/2b99d0d224a2 但是如果要求回溯呢，是否有一种线性空间算法来进行序列比对呢？前人已经给出了多种算法。...图片内容引自《生物序列分析》 如图中所说，关键点就是找到v值，然后通过不断的分划，最终得到全部的比对序列。本文给出了这种算法的一种代码实现。 代码的关键在于终止条件的设置以及必要时巧妙地颠倒行列。...与 O(mn) 阶的算法相比，这种算法只能得到其中一种最佳比对方式，而无法得到所有的可能。 代码运行的效果： ?
1.批量创建索引 /** * 批量添加索引 * @throws IOException */ @Test public void batchAddIndex() throws IOException...还有buildFailureMessage函数返回的是批量操作错误的失败信息，hasFailures返回的是批量操作是否正确。...2.批量修改索引 /** * 批量修改索引 * @throws IOException */ @Test public void batchUpdateIndex() throws IOException...3.批量删除索引 /** * 批量删除索引 * @throws IOException */ @Test public void batchDeleteIndex() throws IOException...注意事项： 1.记住索引不能大写 2.保存的是什么类型的，修改也必须是对应的类型 3.记住只有批量添加修改删除，没有批量查询操作
2.通过Java代码实现批量发邮件功能 二、代码实现 1.maven项目引入的依赖如下： <!...transport.sendMessage(msg, msg.getAllRecipients()); LOGGER.info("邮件已发送"); return true; } 4.批量发送邮件...mailUtil.sendSSLEmailWithCC(listEmails, emailTile, emailContent.toString(), attrachList); } 三、总结 Java...发邮件有很多种方式： 1.使用JavaMail发送邮件 2.Spring Boot中使用JavaMailSender发送邮件 3.开源框架Simple Java Mail 四、FAQ 1.发送无效邮箱的时候...Java 发送邮件的几种方式 https://blog.csdn.net/qq_32371887/article/details/72821291 2.
groupId> bcprov-jdk15on 1.59 import java.io.File...; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException;...import java.math.BigInteger; import java.security.SecureRandom; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays...; import java.util.List; import java.util.Properties; import org.apache.commons.configuration2.Configuration...; import java.nio.ByteBuffer; import java.util.Arrays; import java.util.stream.Stream; import org.apache.commons.codec.digest.DigestUtils
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
java进程管理程序 命名:jmanager 主要功能：保存当前主机所有Java进程信息，停止Java进程，启动Java进程 解决的问题： 公司目前测试环境只有几台虚拟机，没有进行容器化管理，系统采用分布式架构...一旦虚拟机重启或者故障就要适用Jenkins重启打包部署非常耗时和麻烦，遂编写该脚本用于定时抓取Java进程启动信息， 一旦出现故障，可以批量停止Java进程或者批量启动Java进程。...mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com 如何操作： python3 main.py log 解释：记录当前所有java...进程信息，产生以当前日志命名的进程数据文件 python3 main.py stop xxxx.json 解释：关闭所有Java进程 xxxx.json 为第一步产生的数据文件 python3 main.py...start xxxx.json 解释：启动所有Java进程 xxxx.json 为第一步产生的数据文件 该脚本适用于所有java程序，可以安装在其他环境，但该脚本不负责程序启动或者停止顺序
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2...share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz | samtools sort -O bam - >MGH78578.sorted.bam #拟南芥比对.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对
前言 | 问题背景 在操作Excel的场景中，通常会有一些针对Excel的批量操作，批量的意思一般有两种： 对批量的Excel文件进行操作。...对单个或复数个进行批量操作。如对Excel文件，进行批量替换文本，批量添加公式或者批量增加样式。...场景1 批量导入Excel文件，并读取特定区域的数据 例如有多个Excel文件，名字都是GUID。这些Excel文件来自于填报的数据，需要对其中的内容进行汇总。...真实的场景有，如企业发放工资，每个月需要给每一位员工发放一份电子版的工资单，因为每个员工的工资单信息不相同，这个场景下，则需要把数据批量导出为复数个PDF。...以上就是一些常见的批量处理Excel的方法，仅使用GcExcel Java的代码为例，同样的思路也可以使用其他的组件来实现
最近在看java8新特性时看到了stream，其中看到了stream支持串行与并行两种操作，本着实事求是的精神cosmo在实现环境验证了这两种操作的实际效率。
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