1048576000" /> java..." pageEncoding="utf-8"%> java.sun.com/jsp/jstl/fmt"%> <% String path...document.getElementById("isValid").value="0"; } package com.yuncai.modules.servlet; import java.io.File...; import java.io.IOException; import java.sql.Connection; import java.sql.PreparedStatement; import java.sql.ResultSet...; import java.sql.SQLException; import java.util.Enumeration; import javax.servlet.ServletConfig; import
；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。...\input_nexus\ output_fasta fasta结果文件将会保存在 output_fasta文件夹中 不同的比对软件会输出不一样的比对格式；比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样...如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。
这个存储过程最优的地方，是使用了批量提交，不是执行一次DELETE删除所有记录COMMIT，如果这么执行，可能会占用大量的UNDO回滚段，进而可能出现回滚段空间不足的报错，也可能出现ORA-1555的错误...接受删除天数的参数，使用了游标，执行一次SELECT，读取出的则是符合insert_time 批量的方式...for循环会执行其中的每条SQL语句，forall则会将其中所有SQL批量发送SQL引擎执行。...接下来我们会对这三个存储过程进行一些比对实验，通过一些数据，说明各自的适用场景，首先创建测试数据集，制造了1300万测试数据， ? 每天50万数据，一共26天， ?...无论什么方式，大表数据的批量删除，这是首要原则。
1.批量创建索引 /** * 批量添加索引 * @throws IOException */ @Test public void batchAddIndex() throws IOException...还有buildFailureMessage函数返回的是批量操作错误的失败信息，hasFailures返回的是批量操作是否正确。...2.批量修改索引 /** * 批量修改索引 * @throws IOException */ @Test public void batchUpdateIndex() throws IOException...3.批量删除索引 /** * 批量删除索引 * @throws IOException */ @Test public void batchDeleteIndex() throws IOException...注意事项： 1.记住索引不能大写 2.保存的是什么类型的，修改也必须是对应的类型 3.记住只有批量添加修改删除，没有批量查询操作
今天首先为大家介绍双序列比对，也即两条序列（或者多条序列两两之间）进行的比对，常用于同源分析、蛋白质结构推断、相似片段搜寻与数据库比对检索、基因注释等。...双序列比对算法 ⑴基本算法（LCS算法） 序列比对实质上是一个路径寻找问题，若有序列v=ATGTTAT和w=ATCGTAC两个短序列，其比对过程可以用下图表示： 从(0，0)到(7，7)，每穿过一个顶点相当于成功匹配一个碱基...双序列比对所需要的计算时间和内存空间与这两个序列的长度有关，或者说正比于这两个序列长度的乘积，用O(mn)表示。 双序列比对工具 常用的双序列比对工具有BLAST、FASTA、diamond等。...最终对比对结果也即score足够高的HSPs进行显著性分析，将输入序列与一系列长度相等的随机序列进行比对，其分值符合Gumbel极值分布，在这种随机情况下，获得比当前比对得分高的随机序列条数的期望称为expectation...，不适合outfmt大于4的情况，默认为500 -num_alignments：对于每个输入序列，在结果中显示的高分比对结果的详细比对情况数目，默认为250 -line_length：结果中详细比对情况的行的长度
最近在看java8新特性时看到了stream，其中看到了stream支持串行与并行两种操作，本着实事求是的精神cosmo在实现环境验证了这两种操作的实际效率。
一、比对练习 mkdir 52.bwa #1 bwa比对 #建立索引 ln -s /share/home/xiehs/05.assembly/data/MGH78578.fasta ....#bwa比对 bwa mem MGH78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_1.fastq.gz /share/home/xiehs.../05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz >MGH78578.sam #bwa-mem2比对 bwa-mem2 index MGH78578.fasta time bwa-mem2...share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina_2.fastq.gz | samtools sort -O bam - >MGH78578.sorted.bam #拟南芥比对.../il_1.fq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/ninanjie/illumina/il_2.fq.gz >tair10.sam 2>bwa.log 二、split比对
conda info --envs查看conda中的环境用star进行比对要把.fq.gz文件解压为.fq文件#!
groupId> bcprov-jdk15on 1.59 import java.io.File...; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException;...import java.math.BigInteger; import java.security.SecureRandom; import java.util.ArrayList; import java.util.Arrays...; import java.util.List; import java.util.Properties; import org.apache.commons.configuration2.Configuration...; import java.nio.ByteBuffer; import java.util.Arrays; import java.util.stream.Stream; import org.apache.commons.codec.digest.DigestUtils
而局部比对则不同，两条亲缘关系较远的DNA 或氨基酸可能只在一些片段上相似，这就需要找到这些相似性的片段，和其相应的匹配方式。通常这样的分析就需要进行局部比对，而不是全局比对。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为，局部比对的话，遇到大的空位往往就断开了，例如上面的例子，采用局部比对的算法中，只追求局部的最优比对，而不会考虑整体的空位等。所以，基因组的大片段的插入或者缺失检测，可以使用全局比对软件。
因此，测序数据比对是高通量测序分析中最核心的操作。 二、数据比对的意义 测序数据比对到参考序列上，得到一种“堆叠”的效果。这种效果是将测序数据比对到参考序列上。...，不能像 blast 比对，分开比对； 5、比对仅能容许一定数目的错配和空位； 6、序列太短，会出现一条序列比对到多个位置的情况； 7、数据量较大，比对比较耗时...3.2 比对算法 短序列比对有很多比对软件，例如 bwa，soap，bowtie2，hisat2，subread 等，在众多的短序列比对软件中，BWA 几乎已经成为默认的行业标准。...1、两条 reads 都比对不上； 2、一条比对上，另外一条比对不上，或者另外一条比对到另外染色体，或者两条比对不在正常 insert size 范围内； 3、一对一比对无错配，...pairend 比对） 2、只有一条reads比对上目标序列 （single比对） 3、两条reads比对到不同序列 （single比对） 4、两条reads比对超出
关于批量处理，除了上篇绑定变量，还可以用批量处理 从查阅的资料来看，批量处理主要有两个方式，一种为insert into test(id,name) values('1','Jerry'),('2','
一、序列比对 序列比对是整个生物信息的核心，因为几乎每个生物信息分析过程都需要用到序列比对。判断两个基因或两段基因组片段是否相似是序列分析的基本工作。...全局比对与局部比对有什么不同呢。全局序列比对尝试找到两个完整的序列之间的最佳比对。而局部序列比对不必对两个完整的序列进行比对；可以在每个序列中使用某些部分来获得最大得分。...两种比对采取不同的比对算法和策略，因此，同样的一段序列，采用全局比对和局部比对不同的比对方法结果也会有很大的不同。...全局比对与局部比对 例如我们现在有两条序列 S1 和 S2，如果采用全局比对，会得到这种比对效果，而采用局部比对，序列中间的 GCG 满足了最优比对。...因为是局部比对，所以只要序列之间出现同源区域就可以，而不用考虑整体，因此，blast 比对结果就会出现很多多对多的比对。也容易出现很多较差的比对，一个基因与另一个基因分成多份比对结果。
2.通过Java代码实现批量发邮件功能 二、代码实现 1.maven项目引入的依赖如下： <!...transport.sendMessage(msg, msg.getAllRecipients()); LOGGER.info("邮件已发送"); return true; } 4.批量发送邮件...mailUtil.sendSSLEmailWithCC(listEmails, emailTile, emailContent.toString(), attrachList); } 三、总结 Java...发邮件有很多种方式： 1.使用JavaMail发送邮件 2.Spring Boot中使用JavaMailSender发送邮件 3.开源框架Simple Java Mail 四、FAQ 1.发送无效邮箱的时候...Java 发送邮件的几种方式 https://blog.csdn.net/qq_32371887/article/details/72821291 2.
批量导出下载查询出需要下载附件的集合，下载附件到临时目录，压缩下载到临时文件夹的附件，生成压缩包，最后下载压缩包 @Override @ApiOperation(value = "导出Word
算法首先通过寻找MEMs来种子化（seeding）比对。MEMs是指在参考基因组中能找到的与查询序列完全匹配的最长片段。这些MEMs作为潜在比对位置的初始点。...Affine-gap惩罚是一种在序列比对中用于处理插入和缺失（indels）的技术。Smith-Waterman算法是一种经典的动态规划算法，用于局部序列比对，能够找到最优的局部比对。...默认值100 bwa mem -a ref.fa reads.fq > aln.sam -a ## 参数使得所有可能的比对结果都会输出，而不仅是最佳比对。...这意味着在进行初步的比对（种子比对）时，序列间允许有一定数量的不匹配。 maxDiff：这是在整个读取序列中允许的最大差异数。这意味着在整个读取和参考序列的比对中，允许的不匹配总数不应超过这个数值。...当mate.fq文件存在时，执行双端（paired-end）比对。双端比对模式仅适用于Illumina短插入片段文库的读取。
今天说一说js批量上传文件_批量上传图片java,希望能够帮助大家进步!!!...文件上传无疑是web应用中一个非常常用的功能，下面小编给大家分享一下diyUpload.js+ThinkPHP中的UploadFile类实现图片的批量上传。...点击按钮选择图片之后效果如下图所示： 如果还想选择其他图片可以点击‘继续添加’按钮，选择想要上传的图片；或者已选中的图片不想要了，可以点击图片上的“X”按钮删除，如下： 页面上js代码如下： 此代码由Java...，或者选择多张图片删除： PHP上传图片代码： 此代码由Java架构师必看网-架构君整理 //上传图片 public function upload(){ import("ORG.Net.UploadFile...今天文章到此就结束了，感谢您的阅读，Java架构师必看祝您升职加薪，年年好运。
，直到下一个 > ，表示该序列结束 gff/gtf 文件介绍 第三列 属性的类型，gff和gtf的区别 第九列 属性的特征 Ensembl基因组数据库 ENSMUSG ENSG 人默认没有物种前缀 比对...Hisat2, Subjunc 比对内容 建索引 比对参考基因组 sam转bam Hisat2 主要参数 -x 索引文件的前缀 -1 双端测序结果的第一个文件 -2 双端测序结果的第二个文件 -U 单端数据文件
需要注意的是多序列比对问题是双序列比对问题的推广，并非多条序列之间两两比对。...多序列比对算法 相比于双序列比对，多序列比对涉及的记分方法、替换记分矩阵、比对算法等都要更为复杂。...渐进多序列比对首先使用动态规划算法构建全部k个序列的个双序列配对比对，然后以记分最高的配对比对作为多序列比对的种子，按记分高低依次选择序列，逐渐向已构造的多序列比对中加入序列，形成一个树状结构的多序列比对结果...，用来确定向多序列比对中添加新序列的次序； ③以计分最高的配对比对作为多序列比对的种子，并根据指导树向这对序列的比对中插入序列，一步步构建完整的多序列比对。...如果一开始选择的两条序列比对与实际上的最优多序列比对不一致，那么初始的配对比对中的错误在整个多序列比对构造中始终存在并持续传播；在比对的任何阶段出现的失配时，这些失配不会被纠正而是被传播到最终结果；最糟糕的情况是配对比对可能无法组成一个相容的多序列比对
java进程管理程序 命名:jmanager 主要功能：保存当前主机所有Java进程信息，停止Java进程，启动Java进程 解决的问题： 公司目前测试环境只有几台虚拟机，没有进行容器化管理，系统采用分布式架构...一旦虚拟机重启或者故障就要适用Jenkins重启打包部署非常耗时和麻烦，遂编写该脚本用于定时抓取Java进程启动信息， 一旦出现故障，可以批量停止Java进程或者批量启动Java进程。...mirrors.aliyun.com/pypi/simple/ --trusted-host mirrors.aliyun.com 如何操作： python3 main.py log 解释：记录当前所有java...进程信息，产生以当前日志命名的进程数据文件 python3 main.py stop xxxx.json 解释：关闭所有Java进程 xxxx.json 为第一步产生的数据文件 python3 main.py...start xxxx.json 解释：启动所有Java进程 xxxx.json 为第一步产生的数据文件 该脚本适用于所有java程序，可以安装在其他环境，但该脚本不负责程序启动或者停止顺序
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