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「R」持续尝试下载 GitHub 包

有时候 GitHub 网络莫名奇妙网不好，也可以是本地防火墙什么的有限制，上面的包下载不下来，因此无法安装。这种情况有时候重试几次可能就成功，但每次手动重复真的很费劲，下面的函数可以用于持续尝试下载。...稍微修改下也可以使用于 CRAN、Bioconductor 包。...pkg) { Sys.sleep(1) tryCatch( { message("=> Try installing ", pkg) remotes::install_github

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如何用Github的gh-pages分支展示自己的项目

很多新同学觉得github不就是一个代码托管所吗，如何能展示项目呢？其实完全可以借助Github的gh-pages打造出自己的一个作品集，无论是对自己的提升整合还是日后的面试都大有裨益。...如果你想知道楼主如何基于github搭建自己的博客，可以看我的另外一篇文章。这次讲的重点主要是gh-pages，接着继续。...那这时候，我们看到已经多出了一个gh-pages分支，那么展示地址就是 Github用户名.github.io/创建的仓库名拿我的这个案例来讲，它的展示地址就是 MuYunyun.github.io/...案例2 那么上面这个例子展示的项目文件中的某个文件，那么如果我想把项目里的所有文件都展示那该如何做呢？上个最简单的案例 ?...写在后面大体就是这样一个步骤了，希望对大家有所帮助，快去github展示自己的项目吧。mark~mark~

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R包安装方式以及Github包安装报错解决

写在开头最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？...来自CRAN的包可到CRAN的镜像中查找CRAN.r_project（https://cran.r-project.org/） CRAN_R包 install.packages("ggplot2"...来自github的包有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法...Github上R包如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...在使用remotes将R包导入Rstudio中 # 括号里填入R包所在的位置 remotes::install_local(".

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与数据挖掘有关或有帮助的R包和函数的集合

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...1、聚类常用的包：fpc，cluster，pvclust，mclust 基于划分的方法:kmeans,pam,pamk,clara 基于层次的方法:hclust,pvclust,agnes,diana...基于模型的方法:mclust 基于密度的方法:dbscan 基于画图的方法:plotcluster,plot.hclust 基于验证的方法:cluster.stats 2、分类常用的包： rpart...深度搜索和集合的交集：eclat 4、序列模式常用的包：arulesSequences SPADE算法：cSPADE 5、时间序列常用的包：timsac 时间序列构建函数：ts 成分分解:decomp...scale 变量转置：t 抽样：sample 堆栈：stack,unstack 其他：aggregate,merge,reshape 9、与数据挖掘软件Weka做接口 RWeka:通过这个接口，可以在R中使用

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「R」解锁 GitHub 包快速安装新方式

在国内下载 GitHub R 包或者克隆仓库经常失败，虽然在 Gitee 上设置镜像是一个不错的办法，但总是这么操作也挺麻烦了。今天分享一个解决的办法，就是使用我新写的 R 包啦！...这个包使用了国人提供的 GitHub 镜像 FastGit[1] （在此致谢），所以下载就快很多了。...) 例子安装 GitHub/Gitee 仓库中的 R 包 install("ShixiangWang/ezcox") install("ShixiangWang/tinyscholar", gitee...= TRUE) 为了更通用，我加了一些其他安装包的封装，所以 install() 也可以用来安装普通的包。...install(c("ggplot2", "Biobase")) 克隆 GitHub/Gitee 仓库需要注意，克隆到的本地目录事先不能存在，一般是设定一个同名目录。

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安装GitHub的R包困难解决方案

比如安装GitHub的R包，因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor，所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码： library(devtools...image-20191120214502005 其实还可以先下载GitHub的这个R包的项目文件： ?...image-20191121222747036 另外一个小技巧实际上，非常多的时候，我们只是记住了R包的名字，而不知道作者，所以下载的时候给出作者+R包名字有点困难，一个 githubinstall...当然了，我觉得没啥意思，我通常是连R包都不记得名字，就是复制粘贴嘛！...不过，这个包自己当然是不仅仅这么一点功能啦，感兴趣的可以去看看：https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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【学习】干货：与数据挖掘有关或有帮助的R包和函数的集合

与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...1、聚类常用的包： fpc，cluster，pvclust，mclust 基于划分的方法: kmeans, pam, pamk, clara 基于层次的方法: hclust, pvclust, agnes...常用的包： rpart，party，randomForest，rpartOrdinal，tree，marginTree， maptree，survival 决策树: rpart, ctree 随机森林...，RST深度搜索和集合的交集： eclat 4、序列模式常用的包： arulesSequences SPADE算法： cSPADE 5、时间序列常用的包： timsac 时间序列构建函数： ts 成分分解...: decomp, decompose, stl, tsr 6、统计常用的包： Base R, nlme 方差分析: aov, anova 密度分析: density 假设检验: t.test, prop.test

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...然而，提供一个 plot()用于一个对象的可视化总结帮助用户理解该对象是有帮助的。为了满足你的所有用户，我们建议写一个函数将这个对象转换为一个数据框（如果更加复杂，可以是包含数据框的列表）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。...： getOption('timeout') # [1] 60 options(timeout=100) 以上，就是这一次 Bioconductor R 包安装和使用的全部内容，希望对大家有所帮助

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批量安装一系列github上面的R包

最近在我的授课电脑上面一股脑更新了全部的R套件，包括R和rstudio，以及rtools，还有几百个r包文件夹都删除了。...('satijalab/seurat-data') 这样的代码进行安装，但是我因为电脑在长城内部，所以没办法访问github，会得到如下所示的报错： > devtools::install_github...包的安装方法也是有两个： ## 使用devtools::install_local自动安装SCP及相关依赖（这种安装过程可以自动寻找安装依赖包）： devtools::install_local("SCP...，需要从里面切割出来我们的包的名字，有点难度哦！...但是之前看到的另外一系列本地包就很容易切割，详见：听说你无法下载SeuratData的单细胞示例数据： fs=list.files(pattern = '*tar.gz') fs library(devtools

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R包的安装

3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装（3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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R包：ggalign调整和组合多个图形的R包

介绍这个包扩展了ggplot2，提供了用于对齐和组织多个图的高级工具，特别是那些自动重新排序观察结果的工具，比如树形图。...它提供了对布局调整和情节注释的精细控制，使您能够创建复杂的、出版质量的可视化，同时仍然使用熟悉的ggplot2语法。...create complex, publication-quality visualizations while still using the familiar grammar of ggplot2.案例安装R包..., "https://cloud.r-project.org"))# install.packages("remotes")remotes::install_github("Yunuuuu/ggalign.../Yunuuuu/ggalign/tree/mainhttps://yunuuuu.github.io/ggalign-book/

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GitHub的R包毕竟没那么可靠，你要学会自己解决报错

GitHub上面，我电脑系统都升级好几次了，R语言本身也是一个非常大的变革，现在需要重新安装它！...自行下载R包源代码编译因为是从GitHub下载，所以网速很重要：git clone https://github.com/mskcc/facets Cloning into 'facets'... remote...PMID: 30393068 当然了，我在GitHub的包同样的不那么可靠我在2019年的尾巴推出3个R包，目前都是托管在GitHub，暂时没有时间整合后发布在bioconductor，大家只好将就着使用吧...配合着详细的介绍：第三个万能芯片探针ID注释平台R包第二个万能芯片探针ID注释平台R包第一个万能芯片探针ID注释平台R包 GEO数据库中国区镜像横空出世因为这些包暂时托管在GitHub平台，但是非常多的朋友访问...GitHub困难，尤其是我打包了好几百个GPL平台的注释信息后，我的GitHub包变得非常臃肿，大家下载安装困难，所以我重新写一个精简包。

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。

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R语言入门之R包的安装

R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...2）如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。

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【基础】R语言1：R包的使用

调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包

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R包的深入解析

当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。

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