之前的python环境，使用ubuntu安装pip来安装python依赖，但是遇到缺少某些库的版本，比如一个项目需要用到faiss，pip只有最新的1.5.3版本，但是这个版本使用了较新的CPU指令，在老服务器上运行报错...首先，下载最新的conda安装命令： wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh 然后构建conda...&& /opt/conda/bin/conda clean -afy CMD [ "/bin/bash" ] 构建： docker build -t conda3:1.0 ....后面，就可以以conda3:1.0 .为基础镜像构建需要的镜像，比如我们需要安装faiss-cpu 1.5.1版本 from conda3:1.0 RUN conda install pytorch...-y RUN conda install faiss-cpu=1.5.1 -c pytorch -y CMD [ "/bin/bash" ] 构建： docker build -t conda-faiss
Conda-forge概述 conda-forge 是一个社区驱动的、开源的 conda 软件包仓库，可以理解为 conda 生态系统的"应用商店"。...它由全球数千名贡献者共同维护，为 Python 和其他语言提供高质量的预编译软件包。...标准化构建：使用统一的构建系统确保包的一致性和可靠性 2....Conda-forge包构建流程 与 PyPI（pip） 的互补关系 特性 Conda-Forge Pypi(pip) 包类型 预编译二进制（含C扩展） 源码/轮子 依赖管理 系统级依赖也管理 仅Python...conda search -c conda-forge package # 查看 conda-forge 上的 package 版本 conda search -c conda-forge package
search 关键字 3、安装软件包 pip install 软件包名字 pip install 软件包名字==版本号 4、卸载软件包 pip uninstall 软件包名字 5、批量安装软件包 先把需要安装的软件写入一个...txt中，一行写一个软件包，再进行安装 pip install -r requirements.txt 6、conda的使用 Anaconda的conda命令与pip相近，conda的软件包都是经过Anaconda...测试的，更适合Windows平台且兼容性更好，更省事
不知道朋友们用过maven没有，使用JAVA编程的人应该有人用过这个有趣的东西，JAVA导包是容易的，然而，懒是没有极限了，所以maven出来了，一个丰满的开发包仓库，不需要你再去哪儿找找找。...但是这又算得了什么，我们伟大的Python怎么可能弱，pip包安装管理器就是这样的存在，他使得安装py model变得和在linux下安装软件一样容易，只要简单的一句pip install simplename...作为一个忠实的IDE粉，命令也是不怎么想用的，然后pycharm给我们提供了友好的功能，只需要 file->settings…->project->project interperter 如图：...更新模块 点击添加模块，进入到如下界面(继续看图)： 在搜索栏输入你想要的模块，这里我用builtwith举例，不用输入完，然后下面已经智能匹配到了我要的东西，这是极好的，这么人性化。...在这里还要说明一点，默认是国外的镜像文件，所以下载速度很慢甚至于超时下载失败 选择manage repositories，进去修改默认的镜像，我这里删除了原来的镜像，添加了豆瓣和阿里的pypi镜像地址，
成功运行帮助文档，则表明安装完成conda --help配置miniconda中的下载路径用于miniconda 下载软件使用，通常需要bioconda，conda-forge，main三个链接1....配置镜像先添加main，其次conda-forge，最后bioconda，它们是有顺序的pkgs/main，cloud/conda-forge，cloud/biocondadefault是官方频道，删除它可使下载速度加快配置完成后会生成一个....condarc的文件conda -config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda -config...更改镜像当下载缓慢问题时，可能需要更改conda中的下载路径 ping www.baidu.com删除原镜像配置文件 rm ~/.condarc使用conda config --add channels...URL 添加镜像链接每次更换完频道之后记得要清除一下index，conda clean -i-i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包创建小环境创建不同的环境用于不同项目的管理
Containerd，这样节点上没有可用的 Docker 服务了，这个时候就需要更改构建镜像的模式了，当然要实现构建镜像的方式有很多，我们这里还是选择使用 Docker 来构建我们的 Docker 镜像...但是这种方式最大的一个问题是每次构建都是启动一个全新的 Docker 守护进程，造成没有缓存 Docker layer 层，这会显著增加我们的构建时间。...都连接到这个一个 Docker 守护进程上，这个时候我们将 Docker layer 层进行持久化，也就起到了缓存的作用了。...- docker push xxxx only: - tags 由于我们缓存了 Docker layer 层，这个时候构建的速度会明显提升。...最后随着镜像的大量构建会产生很多镜像数据，我们可以写一个 Cronjob 用来定时清除缓存： apiVersion: batch/v1 kind: CronJob metadata: name: docker-dind-clear-cache
1、docker ps //查看redis镜像的imgid 2、docker exec -i -t 镜像id或者镜像名称 /bin/bash // 进入容器 3、进入redis-cli目录 执行命令...dbsize && flushall 然后 exit 4、指定key值缓存清理： 1)登录至指定端口的redis服务器 redis-cli -h 127.0.0.1 -p 6379 其中，...127.0.0.1可以写成服务器的IP地址，6379为端口号。...2)查看所有key值 keys * 3)删除指定索引的值 del key //例如 del
conda（https://anaconda.org/anaconda/conda）是一个用来安装包及部署环境的工具。使用conda可以完美的隔离容易混淆的环境以及解决包不兼容的问题。...很多生信相关的包你安装一上午，其实使用conda一个命令行就可以安装。事实上，conda的使用十分简单。...3、conda的一些概念及探索安装后请重新打开终端，我们可以在这里打开一个新的bash终端。输入conda命令这里如果有指导输出，代表conda安装成功。...此时我们可以探索conda最重要的两个功能，1、环境的建立；2、包的安装。...all 删除环境conda list 包名 列出包的信息频道的一些知识Conda的频道channel实际上是类似库的一个概念，其中defaults是官方频道，conda-forge为共享包的频道
Conda？Mamba？Docker？生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰 原文作者：Mario F....Conda：得心应手的工具库 对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。...Docker：全环境封装的终极解决方案 对于一些“古董级”的工具，或者开发者未提供 Conda 包的情况，Docker 是理想之选。...可以将 Docker 理解为一个“集装箱”，里面预装了运行该工具所需的一切——操作系统、库、依赖等，确保工具在任何系统上都能运行一致。...但借助 Conda（以及未来可能使用的 Docker），你可以构建整洁、有序且高效的工作环境，最大限度地减少安装问题带来的困扰。
Anaconda使用conda命令来进行包管理和虚拟环境管理. anaconda和conda区别: conda是一个工具，主要是进行包管理和虚拟环境管理. anaconda是一个包含了众多的package...一 Anaconda的下载 两个版本以及三个平台的下载 二 conda的使用 1.使用conda安装包 比如安装django包 conda install django 出现报错信息 Collecting...创建虚拟环境 # 使用conda在python3.6下创建一个名称为testEve的虚拟环境 conda create -n testEve python=3.6 # 进入testEve虚拟环境中 activate...testEve # 查看当前python版本 python -V # 退出虚拟环境 conda deactivate # 查看当前所有的由conda创建的虚拟环境 conda-env list #...删除虚拟环境 将创建的名为testEve,版本3.6的虚拟环境删除 conda remove -n testEve python36 --all # 查看目前剩余的conda虚拟环境 确认是否已经删除
Docker作为容器技术的领军者，其高效的构建和部署能力深受开发者喜爱。然而，随着项目复杂度的增加，构建Docker镜像的时间也在不断增加。合理利用Docker的缓存机制，可以大大提高镜像构建的速度。...接下来将详细介绍如何通过优化依赖管理，以构建Go应用为例，讲解利用缓存提高构建效率的方法。...Docker缓存机制简介 在Docker构建过程中，每一条指令都会创建一个新的镜像层，这些层可以被缓存并在后续的构建中重用。如果某个层的内容没有发生变化，Docker会使用缓存而不是重新执行这条指令。...优化的Dockerfile写法 为了充分利用Docker缓存，我们可以将依赖下载步骤独立出来，并在源代码复制之前完成。...# 设置容器启动时执行的命令 CMD ["python", "app.py"] 总结 在容器化应用的开发过程中，合理利用Docker的缓存机制可以显著提高镜像构建的效率。
背景说明 原始情况下，每次都需要 “进入docker => 进入目录 => 激活conda” 这几个步骤，非常繁琐。如何通过执行shell脚本，一键完成上述步骤？...CONDA_ENV_NAME="py39" # 进入docker容器并执行命令（通常无需修改） docker exec -it $CONTAINER_NAME /bin/bash -c " source...背景：Conda 的激活依赖于 conda.sh，这通常位于 Conda 安装目录下的 etc/profile.d/conda.sh 中。...export PS1='({CONDA_ENV_NAME}) \u@\h:\w\ ' 作用：手动设置 shell 的提示符格式，显示当前激活的 Conda 环境名。...背景：当 Conda 环境被激活时，通常会自动更新提示符，但在某些情况下（如 Docker 中的非交互式 shell），需要手动设置。
但是写教程的时候，发现自己没有conda，默认的Python版本也太低了，很多教程都没办法复现。...打开conda官方网站，查看版本和下载链接：https://repo.anaconda.com/miniconda/ 安装conda的方法代码如下： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 cd...： conda config --add channels r conda config --add channels conda-forge conda config --add channels...bioconda conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config.../pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes 我的Mac系统自带Python版本是： /System/Library/Frameworks
的帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华，如果清华镜像出问题...## 配置镜像 # 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选） conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/...show_channel_urls yes # 下面这四行配置清华大学的conda的channel地址（首选北外，如果体验不好再换成清华） conda config --add channels...# -i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包 conda clean -i # 也可以把所有的缓存都清除掉 conda clean -a 创建小环境 # 创建名为rna...=3的软件作为依赖 # 查看当前conda环境 conda info -e conda env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。...# 换源 ### 1.Conda切换为清华源 > conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud.../conda-forge/ > conda config –add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ >.../anaconda/cloud/menpo/ > conda config –set show_channel_urls yes ### 3.Conda切换为上海交通大学源 >conda config.../anaconda/cloud/conda-forge/ > conda config –set show_channel_urls yes ### 删源 >conda config –remove channels
背景介绍 docker 提供了官方的 registry 仓库镜像，可以通过docker hub进行拉取： docker pull registry 但是直接拉取的registry我们并不知道如何设置，...我们可以看看他的Dockerfile地址，git地址： https://github.com/docker/distribution-library-image 通过这个仓库知道主要是通过config-example.yml...://www\.example\.com/ 和 proxy cache 相关的参数是 proxy 。...搭建 docker registry okay，下面我们通过原始dockerfile构建一个缓存私有仓库： 1.修改config-example.conf文件 由于本机是intel的64位系统，因此选择...run -it -p 5000:5000 docker-registry:v0.1 4.测试缓存是否生效 在测试的daemon.json配置目标地址： cat > /etc/docker/daemon.json
什么是conda？ conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。...通过conda安装软件 1.省时省力省bug 2.方便管理和更新 3.安装时不用配置环境变量 01 安装anaconda/miniconda 首先进入anaconda的网址 https://www.anaconda.com.../archive/Anaconda3-2021.05-Linux-x86_64.sh 下载miniconda是一样的，但conda已经内置了一些软件。...02 添加环境变量 如果在安装conda的最后一步时，你选择了yes，那么它会自动给你环境变量，直接source一下即可使用。...install r -y # -y表示yes，安装过程中所有的提示统统帮你yes 3.卸载软件 conda remove r -y 4.查看conda已安装的软件 conda list 因为我用的
在安装pytorch的时候因为源的问题折腾了非常久，在这记录以下。...During handling of the above exception, another exception occurred: 我大概就截图这么多吧，大概就这种类型的错误。...网上的办法 设置源： conda config --remove channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda.../anaconda/cloud/pytorch/ 执行安装命令 conda install pytorch-cpu==1.1.0 torchvision-cpu==0.3.0 cpuonly 注意：在执行的安装...pytorch的命令的最后，一定要将 -c pytorch 删除掉 大概就这样。
image.png Conda是一个非常好用的工具，既可以管理packages，也可以管理和下载软件，还可以建立多个虚拟环境来独立运行多个版本的软件。...做生信常常用的一些包只支持老版本的R，一些新开发的包又只支持最新的R，这里我们用conda建立多个版本的R环境。...conda，从终端输入 conda --version #或者 which conda 如果安装了的话，会显示现在所用的版本等信息，没有的话，可以下载安装，安装好了别忘记配置环境变量。...-n new_env(环境名） 环境的查看： conda env list 如需要安装特定版本的软件: conda install 软件名=版本号 最新Python的安装： conda create...安装的包： conda list 删除已安装的软件或者包： conda remove -n 环境名 软件名 #卸载指定软件: conda remove 软件名 更新某个软件: conda update
背景介绍 docker 提供了官方的 registry 仓库镜像，可以通过docker hub进行拉取： docker pull registry 但是直接拉取的registry我们并不知道如何设置，...我们可以看看他的Dockerfile地址，git地址： https://github.com/docker/distribution-library-image 通过这个仓库知道主要是通过config-example.yml...://www\.example\.com/ 和 proxy cache 相关的参数是 proxy 。...搭建 docker registry okay，下面我们通过原始dockerfile构建一个缓存私有仓库： 1.修改config-example.conf文件 由于本机是intel的64位系统，因此选择...-v /home/registry:/var/lib/registry \ docker-registry:v0.1 4.测试缓存是否生效 在测试的daemon.json
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