基本功能 为了产生不同类型的网络，DisGeNET的控制面板提供了可以调整的参数。...应用disgenet style。一旦获取了网络，一旦获取了网络，关于nodes和关系的特别信息就可以获得，面板右下角。...例如使用cytoscape搜索框发现disgenet不同的疾病，包含alzheimer，如下图 ?
DisGeNet是一个专门收录人类疾病相关的基因与突变位点信息的数据库，对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下 https://academic.oup.com/nar.../article/45/D1/D833/2290909 网址如下 http://www.disgenet.org/home/ 该数据库中的信息来源于以下4个部分 expert curated repositories...，最终构建出一个统一的基因/突变位点与基因相关联的数据库。...在该数据库中，核心信息为以下两种 gene-disease associations(GDAs) variant-disease associations(VDAs) 通过Browser菜单，可以查看该数据库中的信息...通过DisGeNet数据库，可以方便的获取到与疾病相关联的基因或者突变位点的信息。
DGLinker-疾病相关基因预测数据库 Phenolyzer-疾病-基因相关检索数据库 今天就来介绍一个大型的疾病相关基因综合性查询数据库：DisGeNET - a database of gene-disease...associations: https://www.disgenet.org/home/ 背景数据集介绍 DisGeNET 中关于疾病相关基因的主要包括两个概念：疾病和基因的相关性(GDA)以及变异和疾病的相关性...---- 数据库使用 在 DisGeNET 点击Search即可进行结果的检索。DisGeNET 支持三种数据类型的检索，其中包括：疾病；基因以及变异。...另外，在 DisGeNET 当中除了基本的数据检索。DisGeNET 还提供了 Cytoscape 的 App。可以在 Cytoscape 里面直接使用。...另外也有一个 disgenet2r 的 R 语言包可以直接使用。
CTD是一个数据库，关注于基因，化学物质和疾病之间的相互作用。...在DisGeNET中，NOS3这个基因和485中疾病有关系，比如高血压，阿尔兹海默症，不能勃起是排名最靠前的三个。 上面的功能也可以分别产生各种疾病的网络，然后进行merge。
数据库，下面为大家附上了这三个数据库的网址和操作界面。...TCMID数据库（http://www.megabionet.org/tcmid/） 这个数据库偶尔会打不开，不推荐使用。 TCMSP数据库（http://lsp.nwu.edu.cn/） ?...文中是获取了结肠癌相关的靶点，使用的是DisGeNET数据库，这个数据库收录了与疾病相关的各种基因。获取结肠癌相关靶点。...DisGENET数据库（http://www.disgenet.org/） ?...好啦，今天的内容就到这里啦，在今后的推文中，小编将会详细为大家介绍常用的中药化合物数据库、靶点预测数据库、疾病靶点数据库的使用，cytoscape的使用，富集分析常用的方法等。
网络药理学的研究过程需要接触大量的数据库和专业网站，这是保证靶点预测准确度的前提，也是网络药理学的基本功。 ? 因此，如果你想要做网络药理学相关的研究或分析，那么以下网站你必须得熟练查阅。...---- 网站名字 网站地址 TTD https://db.idrblab.org/ttd/ Drugbank https://www.drugbank.ca/ DisGeNET http://www.disgenet.org.../web/DisGeNET/menu/home OMIM http://www.omim.org/ KEGG http://www.kegg.jp/ PharmGkb https://www.pharmgkb.org
点击蓝字 关注我们 昨天我们介绍的融合基因查询的数据库，可以查询发生基因融合的基因。由于发生了基因融合，所以就相当于形成了新的基因，对于这种基因的功能是什么，昨天的数据库没有介绍。...1 数据库分析流程 由于要分析融合基因的功能，所以第一步就是要选择分析哪些融合基因的功能。这里作者纳入了三个数据库当中和肿瘤相关的融合基因。...3 数据库使用 对于数据库的使用而言，比较简单，我们输入我们想要查看的和某一个基因有关的融合基因即可。例如我们这里输入: ABL1. ? 首先，我们能看到的是和这个基因有关的融合基因。...关于融合基因药物和疾病相关的数据来自于DrugBank和DisGeNet。 ?...4 数据下载 另外这个数据库提供了所有相关数据的下载，如果想要查看某一个方面的所有数据库的话，可以来下载具体的数据。 ?
, #数据集 fromType="SYMBOL", #输入为SYMBOL格式 toType="ENTREZID", # 转为ENTERZID格式 OrgDb="org.Hs.eg.db") #人类 数据库...0.004706555 0.7796682 0.7796682 CD300A/CD84 2 其中：ONTOLOGY：CC BP MF GO ID: Gene Ontology数据库中唯一的标号信息...五、注释文件、注释库 如果clusterProfiler包没有所需要物种的内置数据库，可以通过自定义注释文件或者自建注释库的方法进行富集分析。...package="DOSE") deg 2] 5.1.2 读入注释文件： ## downloaded from http://www.disgenet.org.../ds/DisGeNET/results/all_gene_disease_associations.tar.gz gda <- read.delim("all_gene_disease_associations.tsv
目前大火的TCGA，GEO，SEER等数据库更多的关注的是临床基础型研究，对于中医药领域的同胞们似乎不太友好，今天我们就一起学习一篇2019年发表在Biomedicine & Pharmacotherapy...二 明确复方的所含化学成分 作者利用TCMSP，HIT，TCMID三个数据库获取研究对象中所含有的化合物，接着对于获得的化合物，作者基于ADME进行筛选，ADME是指absorption（吸收）, distribution...（排出），通过设定两个阈值来对化合物进行筛选OB>=30%,DL>=0.18，最终获得了80个化合物， 接着利用PubChem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ )数据库获得了每一个化合物的结构...三 疾病相关靶点的获取 葡萄膜炎相关的靶点信息获取作者采用OMIM，DisGeNET和GeneCards获取，接着作者对检测到的冗余杂乱的疾病相关的靶点信息进行了剔除，最终获得729个疾病相关的靶点。
HEDD是一个人类增强子和疾病相关的数据库，收集整理ENCODE, FANTOM, RoadMap项目中鉴定到的增强子，并通过增强子与靶基因的调控关系，靶基因与疾病的关联，建立起增强子与疾病之间的关系，...对应的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下 https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D113/4564801 该数据库的网址如下...组蛋白修饰注释 Repeats 重复元件的注释 Conservation 物种间保守性的注释 利用增强子的靶基因，从以下两个角度来构建增强子与疾病之间的关联 从MalaCards,DISEASES,DisGeNET...疾病数据库中获取基因与疾病之间的关联信息 从GWAS Catalog,GWASdb,CADD数据库中获取SNP位点与疾病之间的关联信息 以靶基因和位于靶基因内的SNP位点为桥梁，构建出增强子和疾病之间关联网络...该数据库中的信息是可以免费下载的，不同于其他的增强子数据库，HEDD不仅提供了增强子的基因组区域等基本注释信息，更进一步通过靶基因建立起增强子与疾病之间的调控网络，对开展疾病中的增强子研究具有很大的参考意义
所以今天我们就来介绍一下这个2020年5月发表的数据库。 ? 01 数据库内置数据介绍 融合基因的收集 作者从dbVar和genomAD两个数据库来确定存在的融合基因内容。...这里我们来就介绍一下这个数据库到底使用了什么数据库来进行注释。 转录因子调控：转录因子注释使用的是TRRUST2数据库。...基因的致病性注释：通过ClinVar和DisGeNet这两个数据库来对基因的致病性进行注释。 ?...另外，这个数据库主要还是来预测融合基因基因调控的变化，对于其基因特征的变化，可以通过FusionGDB来进行查看，而且这个数据库也提供了数据库的连接。 ?...03 数据库总结 以上就是这个数据库的基本使用情况。通过了解数据库的背景内置数据集我们就知道数据库的结果是怎么产生的了。
row.names = F, file = "kk.csv") barplot(kk,drop = TRUE,title = "enrichment_kegg",showCategory = 12) ###DisGeNET4...GO ID: Gene Ontology数据库中唯一的标号信息 Description ：Gene Ontology功能的描述信息 GeneRatio：输入基因中与该Term相关的基因数与整个输入基因总数的比值
提取第一个主成分与细胞特异性基因的表达数据进行biweight midcorrelation分析，对统计结果进行FDR（FalseDiscovery Rate）校正，提取P<0.05的基因作为种子基因，基因表达数据来源于5个数据库...GO(Gene Ontology)和KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)的通路富集分析，每个通路基因数目最少设置为10，最多设置为500个；接着从DisGeNet...数据库种获取与ADHD、ASD、BD、MDD、OCD和SCZ相关的基因集，用超几何分布检验共表达基因是否富集在这6个与不同精神疾病关联的基因集中，P值经过FDR校正。
dplyr) library(clusterProfiler) ##输入基因集合DEG ##及每个基因的倍数变换值fc edo <- enrichDGN(DEG) #entrez gene ID #除了DisGeNET
Meta databases 元数据库，合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据，通俗的讲就是数据库的数据库，代表性的数据库主要有以下几个： ConsensusPathDB 网址：http...Nucleic acid databases 3.1 DNA databases 核酸数据库分为一级数据库（Primary databases）和二级数据库（Secondary databases...） 3.1.1 一级核酸数据库 下面三个数据库是核酸的主数据库，存储来自所有生物的核酸序列，接受用户提交核酸序列，每天交换更新数据以实现他们之间的最佳同步。...Ensembl genome database project 网址：http://www.ensembl.org/ 5.6 The Gene Disease Associations Database DisGeNET...网址：http://www.disgenet.org/ Gene Expression Omnibus (GEO): 网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 描述：
非关系型数据库： 支持的数据格式： 键值（Key-Value）储存数据库； 列储存（Column-oriedted）数据库； 面向文本文档（Document-Oriented...）数据库； 图型（Graph）数据库。...严格上它不是一种数据库，应该是一种数据结构化存储方法的集合。...非关系型数据库分类 由于非关系型数据库本身天然的多样性，以及出现的时间较短，因此非关系型数据库非常多，并且大部分都是开源的。...).面向可扩展性的分布式数据库：这类数据库想解决的问题就是传统数据库存在可扩展性上的缺陷，这类数据库可以适应数据量的增加以及数据结构的变化 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn
数据库这个行业是越来越有意思，参与的PEOPLE 是人山人海，锣鼓喧天，鞭炮齐鸣。 商业数据库 ，开源数据库，国产的数据库， 云原生的数据库 ，云RDS 数据库，已经不是百花齐放的，是星空璀璨。...这样的数据库已经都快成，嘴上非主流的数据库产品。...到底，商业数据库，开源数据库，云原生，云数据库，国产数据库那些更有看头，这里来胡说八道，当然也是不负责的胡说八道。...所以就略过这样的产品，说说商业数据库，云数据库，云原生数据库，开源数据库这几类。...回到商业数据库，云原生数据库，开源数据库（云RDS），主流的数据库世界基本上被这三种数据库类型围绕，那么与其研究数据库本身，不如研究到底哪些人使用这些数据库，你就知道那种数据库有发展了。
1.登入、登出数据库 #登入数据库 mysql -u"用户名" -p "密码" #查看当前时间 select now(); #登出数据库 quit; exit; ctrl + d 2.创建、查看、...选择、删除、修改数据库 创建数据库时,设置数据库的编码方式 CHARACTER SET:指定数据库采用的字符集,utf8不能写成utf-8 COLLATE:指定数据库字符集的排序规则,utf8的默认排序规则为...general_ci; #查看数据库 show databases(); #选择数据库 use 数据库名; #删除数据库 drop databases 数据库名; #修改数据库字符集 alter...database 数据库名 default character set utf8 collate utf8_general_ci; #修改数据库名字 rename database 数据库名 to...新数据库名; 3.导入、导出数据库 #导入数据库 source /路径/xxx.sql; #导出数据库 mysql -uroot -p密码 数据库名<file.sql
1，概念 1）数据库 数据库是长期存储在计算机内、有组织的、可共享的大量数据的集合。 数据库中存储的是数据及数据之间的关系。...正常情况读写文件系统比数据库快一到两个数据级； 数据库的查询，大量并发的时候可能最浪费时间的是connect和close。 数据库的优势是体现的大量数据的查询、统计以及并发读写，不是在速度上。...2）数据库数据特点 永久存储、有组织、可共享。...（数据的最小存取单位是数据项） 3）数据库系统的特点 ①数据结构化 ②数据的共享性，冗余度，易扩充 ③数据独立性高 数据独立性包括：物理独立性和逻辑独立性 a)物理独立性(外模式\模式映像)： 用户程序不需要了解...b)逻辑独立性（模式\内模式映像）： 逻辑独立性是指用户的应用程序与数据库的逻辑结构是相互独立的，即，当数据的逻辑结构改变时，用户程序也可以不变。
常用的关系型数据库 什么是关系型数据？...可以存放在Excel中的数据 数据表有明确的结构, 结构不会频繁变化 列名, 每一列有固定的类型, 每一列大小范围可以预计 用来存储关系型数据的就是关系型数据库 常用的关系型数据库...这些SQL语句可能还需要调整, 不见得直接就能运行 SQL语句的分类 1、数据定义语言：简称DDL(Data Definition Language)用来定义数据库对象：数据库，表，列等。...创建数据库：CREATE DATABASE 数据库名； 查看数据库：SHOW DATABASES; 删除数据库：DROP DATABASE 数据库名； 使用数据库：USE 数据库名...如果数据中有中文的内容, 最好在建数据库的时候, 就指定数据库的字符集charset=utf8 建数据库的时候指定好了中文字符集, 里面所有的数据表字段都是utf8的, 否则每次建表的时候都要单独指定
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