在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
可以证明，在模型2有解的情况下，可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题，方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子，从这个角度来看，线性规划为目标规划的特殊情况，而目标规划则为线性规划的自然推广。...用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...) 中的矩阵 A。...例 某工厂生产两种产品，受到原材料供应和设备工时的限制，在单位利润等有关数据已知的条件下，要求制定一个获利最大的生产计划，具体数据见表在决策时，按重要程度的先后顺序，要考虑如下意见： 1.原材料严重短缺...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31
lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。 解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。
并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...整体看起来效果还是非常不错的，开发者在整体上还是保留了Rstudio和visual studio中对于View()这个函数的配置，还在此基础上添加了search功能，此外对Rshiny可视化的支持也非常棒...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...的配置 Path中添加R的执行文件的路径，当然也可以选择radian.exe的路径（该路径存在于python的scripts文件夹中）。...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
本文介绍一种在 Andorid 中实现单应用、全局、优雅的抓包方法。 本文于去年端午节编写，由于种种原因，当时藏拙并未发布。现删除一些敏感信息后分享出来，希望对各位有所帮助。...背景 昨天在测试一个 Android APK 的时候发现使用 WiFi 的 HTTP 代理无法抓到包，在代理的日志中没有发现任何 SSL Alert，因此可以判断不是证书问题；另外 APP 本身仍可以正常收发数据...在日常中设置 iptables 规则的时候主要考虑的是数据包的时序，而这和 chain 的关系更大一些。...，可以在官方文档中查看其详细用法。...总结 本文主要介绍了 iptables 规则的配置方法，并且实现了一种在 Android 中全局 HTTP(S) 抓包的方案，同时借助 owner 拓展实现应用维度的进一步过滤，从而避免手机中其他应用的干扰
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
本文着眼于 JSONB 在 PostgreSQL 中的作用，以及它如何与 Entity Framework Core 连接，帮助开发人员构建严重依赖数据的复杂应用程序。...SELECT details->>'price' AS price FROM products; 筛选包含特定属性的项目 过滤在 jsonb 列中包含特定属性的记录。...'warranty'; 按嵌套属性值筛选 过滤 jsonb 列在嵌套对象中包含指定值的记录。...UPDATE products SET details = jsonb_set(details, '{sale}', 'true', true) WHERE details->>'category' =...透明使用： 在 EF Core 中，JSONB 支持的属性的使用是无缝的。ORM 自动处理序列化和反序列化。 性能： 使用 JSONB 可以通过减少对多个联接的需求来优化数据检索
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表...☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub
概率函数为f(k;r,p)=choose(k+r-1,r-1)*p^r*(1-p)^k, 当r=1时这个特例分布是几何分布 rnbinom(n,size,prob,mu) 其中n是需要产生的随机数个数，...size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....mean+3sd)几乎是在肯定的。...Gamma分布中的参数α，称为形状参数（shape parameter），即上式中的s，β称为尺度参数（scale parameter）上式中的a E(x)=s*a, Var(x)=s*a^2....同t分布中的ncp。
在Debian中打造属于自己的deb包 作者：normalnotebook 问题：如果你要在Debian系统中发布一款软件或者一个包，该如何做呢？如果你的项目中有各种二进制包，该如何维护呢？...并且在命令终端中输入eclipse中可以运行Eclipse程序，而且还要象其他的软件包一样，可以方便的进行安装（install ）和卸载（remove）。...因为在安装本包时，只需要更新菜单项，所以postinst脚本只需要包含update-menus命令，卸载时也是同样的操作。其postinst脚本内容为： 程序清单一 #！...2) 在/usr/bin目录建立一个指向/opt/eclipse/eclipse的链接 3) 在/usr/bin目录下新建一个脚本，在脚本中运行该程序 综合考虑，第一种方案不可行。...其实这样做的目的就是简化劳动，同一个项目组的人在做重复的工作，比如安装eclipse，要在/usr/bin下建立文件，又要在/usr/lib/menu中建立文件，还要拷贝一些eclipse文件，不知道在拷贝的过程中是否会遗漏一些文件等等
♣ 问题 在Oracle中，解释GLOBAL_NAMES设为TRUE的用途。 ♣ 答案 GLOBAL_NAMES指明连接数据库的方式。...如果这个参数设置为TRUE，那么在建立数据库链接时就必须用相同的名字连接远程数据库。...下面做一个测试，在测试中，创建数据库链接的库为XJ(WINDOWS 2003 ORACLE 10g 10.2.0.1)，被链接的库为DMDB(LINUX AS5 ORACLE 10g 10.2.0.1...在DMDB库上将global_names设为TRUE： SQL> alter system set global_names=true; 系统已更改。...也就是说，如果一个库(实例)的global_names参数设值为TRUE，则该库连接其他库的数据库链接，其名称必须要与被连接的库的global_name相同： 以下是代码片段：在XJ库上： SQL> alter
本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名） 体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...fileInput("file1", "Choose CSV File", multiple = TRUE...tags$hr(), checkboxInput("header", "Header", TRUE...， 在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算； 然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）
由于约束条件的放宽，非线性规划问题可以更接近于现实生活中的种种问题，同时，求解难度也提高了很多。...用矩阵和向量来表示非线性函数的数学模型如下： (4) 模型 (4) 中，z = f(x) 为目标函数，三个约束条件中，第一个为定义域约束，第二个为线性约束 (A为系数矩阵)，第三个为非线性约束。...用 Rdonlp2 包求解光滑的非线性规划 对于无约束或者约束条件相对简单的非线性优化问题，stats 包中的 optim()、optimize()、constrOptim()、nlm()、nlminb...鉴于该包为默认安装包，大多数人比较熟悉，下面着重探讨专门解决非线性优化的 Rdonlp2 包的用法。 R中，Rdonlp2包是一个非常强大的包，可以方便快速地解决光滑的非线性规划问题。...name字符变量，如果不是默认值，则会在程序运行时在工作目录生成两个以 name 为主文件名，后缀分别为 pro、mes 的文件，其中 name.pro 文件为优化问题运行结果，name.mes文件为警告及其它信息
/2017/11/02/problems-estimating-garch-parameters-r/ 源代码：点击阅读原文 我从 R 的金融板块邮件列表收到一位知名金融工具包贡献者——Brian Peterson...在原假设下，滚珠轴承的平均直径不会改变，而在备择假设中，在制造过程中的某些未知点处，机器变得未校准并且滚珠轴承的平均直径发生变化。然后，检验在这两个假设之间做出决定。...我们希望将我们的检验应用于检测 GARCH 模型中的结构性变化，这是金融时间序列中的常见模型。据我所知，用于 GARCH 模型估计和推断（以及其他工作）的“最新技术” R 包是 fGarch。...我在本文中强调的问题让我更加意识到选择在优化方法中的重要性。我最初的目标是编写一个函数，用于根据 GARCH 模型中的结构性变化执行统计检验。...这是一个我自认知之甚少的主题，如果 R 社区中的某个人已经观察到了这种行为并且知道如何解决它，我希望他们会在评论或电子邮件中告诉我。
R8是Android中替换Proguard新一代的混淆工具，同时它整合了class转Dex功能，将混淆和Dex功能集中到了一个工具中，对混淆耗时以及包大小有明显优化。...R8作为一个新工具，鲁棒性不如proguard，在面对手Q这个庞然大物时，出现了一些问题，本文主要分享一下R8在手Q应用遇到的问题，供后面有需要的同学参考。...三、R8在手Q应用中遇到的问题3.1 Liveness Analyze过程—根可达性算法在介绍补丁问题前，先简单介绍Liveness Analyze过程，后面的几个问题都和Liveness Analyze...理解根可达性算法前需要先理解四个概念：1、Root: 在proguard 配置文件中明确要keep的对象，算法的输入。...在使用R8过程中，我们发现同样的代码，构建多次，高概率出现不正常的dexDiff，具体表现如下：IDragview 的clinit方法有时候存在，有时不存在，导致生成的补丁不稳定。
需求 使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包 使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储
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