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GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值 #2021.12.12 本节,介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型,计算最佳线性无偏估计(blue) 1....使用lme4包进行blue值计算 这里,使用lme4包进行blue值计算,然后使用emmeans包进行预测均值(predict means)的计算,这样就可以将predict means作为表型值进行GWAS...「注意,lme4直接计算的固定因子(RIL)的效应值(BLUE值),不是我们最终的目的,因为它是效应值,有正有负,我们需要用预测均值将其变为与表型数据尺度一样的水平。」...(m2,classify = "RIL")$pval %>% as.data.frame() head(re2) 这里,用predict进行预测均值的计算,predicted.value这一列就是blue...95%的同学,在计算GWAS分析表型值计算时,都是用上面的模型计算出blue值,然后直接进行计算,其实还有更好的模型。

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Jenkins 之 Blue Ocean

Blue Ocean是什么 Blue Ocean 是 pipeline 的可视化UI。同时兼容经典的自由模式的 job。...Jenkins Pipeline 从头开始设计,但仍与自由式作业兼容,Blue Ocean 减少了经典模式下的混乱并为团队中的每个成员增加了清晰度。...Blue Ocean 显示了管道中需要注意的地方,促进异常处理并提高生产力 分支和拉取请求的本机集成,在与 Git 服务中的其他人协作编写代码时,可最大限度地提高开发人员的生产力 2....安装 Blue Ocean 插件 Manage Jenkins -> Manage Plugins 安装完成后可以重启一下 Jenkins 点击一个打开 Blue Ocean 3....使用 Blue Ocean 创建流水线 -> Git 输入源码仓库URL,输入git服务器的用户名和密码;然后点击创建证书 然后点击创建流水线。

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    多年多年数据如何计算BLUE值

    解答:可以使用多个表型值的平均值,作为品种的表型值,现在有更好的方法:BLUE值。 2. 为何使用BLUE值? 一般,有两个选择,BLUE值或者BLUP值,在GWAS中大都使用的BLUE值。...BLUE和BLUP的区别: BLUE值是混合线性模型中固定因子的估计效应值 BLUP值是混合线性模型中随机因子的估计效应值 BLUE和BLUP的代表: BLUE值着重在于评估品种现在的表现 BLUP值着重在于预测品种将来的表现...BLUE和BLUP的方差变化 BLUE只是对表型值根据地点,年份进行矫正,得到的数据和原来数据尺度一样 BLUP值会对表型数据进行压缩 3....注意:植物中,一般的BLUE值需要加上截距(Intercept)。因为BLUE值中,第一个水平会当做0,其它为相对值,可以手动进行相加,也可以使用lsmeans包中的lsmeans。...结果中的predicted.value即为品种的BLUE值。

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    Windows Blue首个测试版将于7月发布

    随着时间的推移,有关Windows Blue的传言也越来越多。而目前受到公认的是,Blue将会是Microsoft全系列产品的一次统一升级,而不仅仅是Windows系列。...在今天召开的Wired Business会议上,微软Windows部门负责人Julie Larson-Green就Windows Blue发表了一些官方信息。...第一个Windows Blue测试版将在六月下旬面向所有开发人员发布。 谈到Windows Blue,Julie Larson-Green表示这次的更新将会非常的轻松。...虽然测试版Windows Blue发布还有一个多月的时间,但至少对于那些能够接受Windows 8的用户而言并不是个坏消息。 即便如此,有关Windows Blue的技术细节我们仍然知之甚少。...尽管微软仍然对Windows Blue采取保密态度,但是我们仍然能从首席财务官的博客上找到一些蛛丝马迹: Windows Blue将提供更加广泛的创新平台,支持更多尺寸的设备,更好的电源管理和性能,

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    nginx 域名绑定 域名, nginx 域名绑定 端口

    一、nginx 域名绑定 域名 nginx绑定多个域名可又把多个域名规则写一个配置文件里,也可又分别建立多个域名配置文件,我一般为了管理方便,每个域名建一个文件,有些同类域名也可又写在一个总的配置文件里...一、每个域名一个文件的写法        首先打开nginx域名配置文件存放目录:/usr/local/nginx/conf/servers ,如要绑定域名www.itblood.com 则在此目录建一个文件...:www.itblood.com.conf然后在此文件中写规则,如: server{ listen 80; server_name www.itblood.com; #绑定域名...nginx服务器重起命令:/etc/init.d/nginx restart 二、一个文件多个域名的写法 一个文件添加多个域名的规则也是一样,只要把上面单个域名重复写下来就ok了,如: server{...301跳转 如果不带www的域名要加301跳转,那也是和绑定域名一样,先绑定不带www的域名,只是不用写网站目录,而是进行301跳转,如: server { listen 80; server_name

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    基于Docker平台的Jenkins安装与Blue Ocean使用入门(1)

    该镜像包含当前的长期支持 (LTS) 的Jenkins版本 (可以投入使用) ,捆绑了所有Blue Ocean插件和功能。这意味着你不需要单独安装Blue Ocean插件。... 在大多数平台安装Jenkins时,默认情况下不安装 Blue Ocean 插件 及其所有其他依赖插件(组成Blue Ocean“插件套件”)。  ...3.点击 可用的 选项卡,然后在 过滤 文本框键入 blue ocean ,将过两次插件列表为名称/描述包含“blue”和“ocean”的插件名单。...访问 Blue Ocean   一旦Jenkins环境安装了Blue Ocean,登录到Jenkins经典UI 后,您可以通过点击左侧的 打开Blue Ocean 来访问Blue Ocean页面。...或者,您可以在您的Jenkins url后面追加 /blue 直接访问Blue Ocean (如 http://192.168.2.73:8080/blue)。

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