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空间组学研究肿瘤微环境

今天我们简单回顾一下空间组学对于研究肿瘤微环境的分析内容，肿瘤微环境（TME）的异质性是阻碍抗癌治疗成功的核心问题之一。了解TME组装的空间结构对于发现肿瘤发生机制和设计新的治疗策略至关重要。...空间组学正在系统层面改变我们对癌症生态系统的理解。空间组学和单细胞组学的整合可以从根本上提高我们对肿瘤发生和癌症微环境的理解。...空间肿瘤生态学：一种新的研究模式建立生态学和肿瘤学之间的跨学科联系癌症微环境类似于一个生态系统，是一个具有不同细胞群体和物种的混合物。...patch是指与周围环境有明显特征且具有一定内部同质性的空间单元；corridor是指连接不同空间单元的线性结构；而matrix是指空间中连续且广泛分布的空间。...通过提供系统层面的细胞和分子图谱的精确空间坐标，空间组学正在改变我们对癌症环境的理解。同时，现有方法对优化目前方案和扩大这些模型的范围提出了实验和计算上的挑战。

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空间组学 | Nat.Biotech | 协方差环境定义了用于空间推断的细胞微环境

Information 英文标题：The covariance environment defines cellular niches for spatial inference 中文标题：协方差环境定义了用于空间推断的细胞微环境...使用 COVET 编码空间背景，我们开发了环境变分推理（ENVI），这是一种条件变分自编码器，它将空间和单细胞 RNA 测序数据联合嵌入到潜在空间中。...基于AOT作为空间相似性度量的COVET邻接矩阵可以直接用于其他下游空间分析，如降维和聚类，其中细胞根据相似的环境而不是表达量被分组在一起。...COVET推动了从离散细胞类型到连续细胞状态范式的转变，并发现了空间微环境中连续的趋势。...相反地，我们通过将‘环境’解码器应用于其潜在表示（仿佛它是空间数据的潜在表示）来重建单细胞数据的空间背景。 错误！！！

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    【Linux篇】环境变量与地址空间

    1.3 查看环境变量方法 env:查看所有环境变量 环境变量的构成：名字+内容 echo $NAME : //NAME(你的环境变量名称)查看单个环境变量 1.如何理解环境变量？...二.程序地址空间 1. 程序地址空间回顾 我们在以前学习c/c++的时候，就听说过c/c++程序默认内存地址空间是代码区，字符常量区，初始化数据区，未初始化数据区，堆区，栈区，共享区等。...进程地址空间 一个进程一个虚拟地址空间，虚拟地址空间的宽度是一字节，32位下是2^32个地址 * 1字节 = 4GB（0-3GB用户空间[拿到地址就能直接访问]，3-4GB内核空间），64位下是2^64...，因为他们的虚拟地址空间到物理空间的映射关系是一样的，相当于它们指向同一块物理内存。...原因是子进程的gval++的时候，操作系统会在物理内存空间上重新开辟一块空间，把老变量gval的内容拷贝到新空间，此时就得到了一个新的变量或者物理地址，然后操作会把这个新的物理空间地址给给子进程的页表，

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    空间转录组识别恶性-边界-非恶性轴肿瘤空间微环境解析

    该研究开发了肿瘤空间微环境解析工具Cottrazm (Construction of Tumor Transition Zone Microenvironment), 结合空间转录组数据和HE染色图像以及单细胞转录组数据...利用该工具以结直肠癌和肝癌的肿瘤样本为例，发现在肿瘤边界富集的特定细胞亚型、细胞互作、以及靶向边界的潜在治疗靶点，为临床靶向肿瘤空间微环境治疗提供了新策略。...spatial microenvironment along the malignant-boundary-nonmalignant axis（nature communications IF 16.6）肿瘤微环境...在这里，文章开发了Cottrazm，一个集成的工具框架，能够基于10x Genomics Visium平台的空间转录组学构建肿瘤边界周围的微环境。...空间转录组学构建肿瘤边界微环境 核心功能:利用Cottrazm界定了连接恶性和非恶性空间点的肿瘤边界 (Cottrazm-BoundaryDefine)；其次通过整合scRNA-seq、空间转录组学和空间点的位置信息通过反卷积算法预测空间各点的细胞组成

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    Python空间数据处理环境搭建

    Conda的使用 新建虚拟环境（Managing environments） conda create -n osgeo 切换到新建的虚拟环境 source activate osgeo （Linux...查看虚拟环境列表 conda env list 或者 conda info --envs 删除虚拟环境 conda remove --name --all 查看虚拟环境中的包列表...channel到conda配置文件 conda config --add channels 或者 conda config --append channels 空间数据处理...Python库的安装 常用的空间数据处理Python库 GDAL 全能型的基础空间数据处理库 fiona 基于GDAL的空间矢量数据处理库 rasterio 基于GDAL的空间栅格处理库 basemap...基于matplotlib的空间制图库 GeoPandas 基于pandas的空间数据分析库 RSGISlib 针对遥感数据及GIS分析的高级库 使用conda进行库的安装 打开命令行工具（Terminal

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    空间转录组识别恶性-边界-非恶性轴肿瘤空间微环境解析2

    -边界-非恶性轴肿瘤空间微环境解析 空间数据库SpatialTME与空间主要分析首先关于空间形态学调整spot基因表达的内容。...这个内容其实在stlearn中介绍过，文章在时空轨迹和空间细胞相互作用，其重要的目的是 空间转录组学(ST)表达矩阵和HE染色组织学图像为输入。...空间基因表达数据存储在M × N矩阵中，包含M个spot和N个基因的唯一分子标识符(UMI)计数，以及每个点的(x,y)二维(2D)空间坐标。...寻找肿瘤核心的邻近点cotrazm在六边形格子上排列空间spot，并定义相邻的spot。简单地说，利用空间信息，沿着每个轴，使用图像像素坐标和每个点对应的阵列坐标来拟合线性模型。...再强调一下空间通讯分析，评估边界spot及其相邻spot的边界富集subcluster的相互作用。具体文章参考空间邻域通讯分析大汇总 生活很好，有你更好

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    【Linux】进程＞环境变量&&地址空间&&进程调度

    1.环境变量 1.1 基本概念 环境变量(environment variables)一般是指在操作系统中用来指定操作系统运行环境的一些参数 如：我们在编写C/C++代码的时候，在链接的时候，从来不知道我们的所链接的动态静态库在哪里...SHELL : 当前Shell,它的值通常是/bin/bash 1.3 查看环境变量方法 echo $NAME //NAME:你的环境变量名称 1.4 和环境变量相关的命令 echo: 显示某个环境变量值...export: 设置一个新的环境变量 env: 显示所有环境变量 unset: 清除环境变量 set: 显示本地定义的shell变量和环境变量 1.5 环境变量的组织方式 每个程序都会收到一张环境表...2.程序地址空间 2.1 研究背景 kernel 2.6.32 32位平台 2.2 程序地址空间回顾 在C语言的时候，有这样的空间布局图 可是我们对他并不理解 来段代码感受一下 #include...物理地址，用户一概看不到，由OS统一管理 OS必须负责将 虚拟地址 转化成 物理地址 2.3 进程地址空间 所以之前说‘程序的地址空间’是不准确的，准确的应该说成 进程地址空间 说明: 上面的图就足矣说名问题

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    【Linux篇】细品环境变量与地址空间

    因为系统中存在环境变量（PATH），环境变量会标识一段路径，环境变量告诉系统到哪些路径下查找二进制文件 查看环境变量：env 环境变量的构成：名称=内容 标识环境变量的唯一性是用名称来标识的...表示环境变量的唯一性是靠名称 获得环境变量的内容 echo $PATH shell查找指令就是从环境变量的路径中去查找。...所以在bash内部会有两张表：命令行参数表，环境变量表（也就是一个指针数组char*[]）。 环境变量表 环境变量表就类似c++中学的键值对。...在bash启动的时候，它会为环境变量表new、malloc一段空间，同时还会new、malloc一段空间用来存放环境变量内容组成的常字符串。 所以环境变量到底是什么？...所以cd ~能返回家目录 认识更多环境变量 记录历史命令的环境变量 最多记录一千条历史命令 记录当前登录的用户 获取环境变量的方法 操作 export：导入环境变量 env：查看环境变量

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    课程补充----关于单细胞空间外显子分析的突变空间微环境解析

    作者，Evil Genius我们的单细胞空间外显子分析课程已经开始了，欢迎大家报名，多组学是分析的潮流，也有助于我们深刻的认识生物学问题，甚至于找到解决问题的方法，单一组学都有局限性，一叶障目并不可取。...今日话题：突变的空间微环境景观今日参考文章首先看一下什么是IDH基因，IDH1/2（生物标志物）是与细胞代谢相关的基因，发生突变后参与肿瘤的发生发展。...其实大家分析各种肿瘤异质性，归根结底是基因突变导致的，单细胞空间转录组在基因表达上的异质性只是表象，而且这个表象很大程度上还是有问题的。...MES-like and AC-like cancer cells突变的肿瘤空间样本会凸显不同的微生态，关于微环境的分析一直都是单细胞空间分析的重点，而从空间上看，肿瘤区域有了专门结构化的特点。...空间层面上突变造成的通讯紊乱也是很明显的一点生活很好，有你更好，简单记录一下，为课程ppt提供素材。

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    【Linux环境搭建实战手册】：打造高效开发空间的秘籍

    存储空间：至少20 GB的可用磁盘空间来安装操作系统和常用软件。实际需要的存储空间取决于用户的需求和安装的软件包数量。 显卡：普通图形处理器即可满足一般使用需求。...是一种软件实现的计算机系统，它在物理计算机上创建一个逻辑上独立的虚拟环境。...虚拟化技术允许将物理计算机的资源（如处理器、内存、存储、网络等）划分为多个虚拟环境，并在每个虚拟环境中运行独立的操作系统和应用程序。 ☔2....宿主机和客户机： 在虚拟化环境中，物理计算机被称为宿主机（Host），而虚拟机则被称为客户机（Guest）。宿主机是运行虚拟机监视器的物理计算机，而每个客户机是在宿主机上运行的独立虚拟环境。 4....Workspace ONE： 一个数字化工作空间平台，集成了设备管理、应用分发和身份认证功能，支持移动设备管理和云应用访问。

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    Linux_进程概念(B)-环境变量&进程地址空间【Linux】

    : 设置一个新的环境变量 env: 显示所有环境变量 unset: 清除环境变量 set: 显示本地定义的shell变量和环境变量 5、环境变量的组织方式 每个程序都会收到一张环境表，环境表是一个字符指针数组...• 普通变量 • 如果时间允许：做一下~/.bash_profile && ~/.bashrc修改文件级环境变量 二、程序地址空间 1、研究平台 kernel 2.6.32 32位平台 2、程序地址空间回顾...4、进程地址空间 所以之前说‘程序的地址空间’是不准确的，准确的应该说成 进程地址空间 ，那该如何理解呢？...存在这么多问题，有了虚拟地址空间和分页机制就能解决了吗？当然！ 地址空间和页表是OS创建并维护的！是不是也就意味着，凡是想使用地址空间和页表进行映射，也一定要在OS的监管之下来进行访问！！...: : 因为有地址空间的存在，所以我们在C、C++语言上new, malloc空间的时候，其实是在地址空间上申请的，物理内存可以甚至一个字节都不给你。

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    顶刊分享--肺肿瘤免疫微环境的单细胞空间图谱

    肿瘤免疫微环境是肺腺癌异质性的主要来源，深刻影响疾病进展和治疗应答。已知免疫细胞在肿瘤内的空间定位决定其功能。结果1、肺腺癌肿瘤免疫微环境的单细胞空间图谱空间蛋白组。...研究发现，不同组织学亚型的肿瘤免疫微环境存在显著异质性，其中侵袭性强的实体型肿瘤富含CD163+ M2样巨噬细胞等髓系细胞，并与免疫抑制性Treg细胞空间共定位，提示其协同促瘤作用；而低级别亚型中巨噬细胞则与细胞毒性...结果2、肺腺癌多细胞空间相互作用研究通过系统分析肺腺癌免疫微环境中细胞空间相互作用，揭示了三个关键发现：首先，细胞频度与临床结局的关联存在混杂因素，如肥大细胞的生存优势实质源于其在非吸烟者/早期患者中的天然富集...CN4）、肿瘤核心（CN5）、巨噬细胞富集（CN6）、中性粒细胞富集（CN7）、泛免疫热点2（CN8）、B细胞富集（CN9）和血管微环境（CN10）。...值得注意的是，Treg细胞的富集仍可抵消这种生存获益（CN21），凸显了免疫微环境中多细胞B细胞相互作用的重要性。

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    从而优化 Python 环境并释放磁盘空间

    然而，随着时间的推移，Pip 可能会积累大量的缓存文件，占用磁盘空间并可能导致一些问题。因此，定期清除 Pip 缓存是一个好习惯。...本文将详细介绍如何清除 Pip 缓存，帮助您优化 Python 环境并释放磁盘空间。图片清除 Pip 缓存的方法方法一：使用 Pip 命令清除缓存Pip 提供了清除缓存的内置命令。...输入以下命令以清除 Pip 缓存目录： rm -rf ~/.cache/pip结论定期清除 Pip 缓存是保持 Python 开发环境整洁和优化性能的重要步骤。...无论您选择哪种方法，清除 Pip 缓存都将有助于释放磁盘空间并确保 Python 开发环境的顺畅运行。在执行任何清除缓存的操作之前，请确保您了解清除缓存可能带来的影响。

    11K00

    从而优化 Python 环境并释放磁盘空间

    然而，随着时间的推移，Pip 可能会积累大量的缓存文件，占用磁盘空间并可能导致一些问题。因此，定期清除 Pip 缓存是一个好习惯。...本文将详细介绍如何清除 Pip 缓存，帮助您优化 Python 环境并释放磁盘空间。 清除 Pip 缓存的方法 方法一：使用 Pip 命令清除缓存 Pip 提供了清除缓存的内置命令。...输入以下命令以清除 Pip 缓存目录： rm -rf ~/.cache/pip 结论 定期清除 Pip 缓存是保持 Python 开发环境整洁和优化性能的重要步骤。...无论您选择哪种方法，清除 Pip 缓存都将有助于释放磁盘空间并确保 Python 开发环境的顺畅运行。 在执行任何清除缓存的操作之前，请确保您了解清除缓存可能带来的影响。

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    【Linux】进程详解：命令行参数、环境变量及地址空间

    前言 之前在这篇文章中【Linux】进程管理：状态与优先级调度的深度分析就已经简述了 进程的部分相关内容，下面我们来进一步深入了解进程的命令行参数以及环境变量和进程地址空间。 2....实际上，平时我们站在学习语言的层面上看的地址空间都是虚拟的地址空间，也就是说这个空间并不是实际存在的，并不是实际的物理上的内存地址空间。...为了防止用户破坏系统中的空间，真正存储变量的空间由操作系统统一管理 所以上面&gval其实打印出来的是虚拟的地址空间，虚拟地址空间通过一系列的翻译转化可以通过「页表」映射到真正的物理地址空间，而子进程中的...4.3 再谈进程地址空间 其实在学习完上面进程的概念之后，我们应该把「程序地址空间」称之为「进程地址空间」 概念：进程地址空间是用来描述操作系统中的进程所占的空间。...小结 Linux命令行参数，环境变量，环境变量的学习重在理解，细节比较多，而且有很多新概念，所以认真，细心的学习环境变量是很重要的，地址空间让进程管理和内存管理互不干涉，起到了很大作用。

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