download.csdn.net/download/hhhuang1991/11979866 VS2015配置项目+测试代码 环境配置 编译环境：Win7 64位系统 VS2015 创建一个VS2015项目，应用程序类型使用静态库...，注意取消勾选“使用预编译头”； 将资源[libiconv-1.16\lib]文件夹下的所有文件，全部复制到第一步创建的工程目录下，并找到config.h.in文件，将后缀.in去掉； 将资源[libiconv...memcpy(save, outptr - outsave, outsave); // 此处采用memcpy而不采用strcpy的目的是，当ACSII类型字符转换到UCS2类型时，会产生0x00的字符，使用
Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件 保存路径 一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera
Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1： 建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2： 下载Aspera软件....tar.gz Step 4： 安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<
虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...SRR15037156_2.fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本.../etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh 1>step1-aspera.log...单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果 顺便走seurat流程进行单细胞降维聚类分群...上游分析流程 02.课题多少个样品，测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05.
/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...使用 3.1 下载地址 NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625...命令 含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...密钥文件：终端执行使用~/asperaweb_id_dsa.putty，ssh终端执行使用asperaweb_id_dsa.openssh 3.3 批量下载 $ ~/.aspera/connect/...Session Stop (Error: Server aborted session: Client requests stronger encryption than server allows) 原因 使用
Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用： 使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。
大大节省时间成本，对于云服务器使用来说，省时就是省钱。 缺点 一个词“麻烦”。 首先，必须使用linux环境。ascp也有其他版本，但ncbi只允许linux版下载。...---- Aspera安装教程 ---- 安装之前要注意：Aspera不能装在Root下，一定要先建立一个子用户才可以。.../.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #测试 ascp --help ---- Aspera使用的Q&A 1、如何下载SRA...一定要在之前安装的那个子用户下去使用！！！...站长，一直使用的国内的网。云服务器和本地服务都使用过。 云服务器选择按宽带计费1M或者2M，速度可以达到30-50M/s，增加带宽也无法上调，不过这个速度也是可以接受的。
下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和...提交后台 这里需要使用nohup这个技巧，： nohup bash sra.download.sh >sra.download.log & 数据完整性检验(非常重要！！！)
使用 fasp传输专利技术，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...一、软件安装 使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 二、aspera的用法 安装完成以后，可以使用ascp...-i string #输入私钥，服务器一般使用asperaweb_id_dsa.openssh # 文件作为私钥。...1>step1-aspera.log 2>&1 &
//ngdc.cncb.ac.cn/bioproject/browse/PRJCA006213 https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA004814 可以直接安装和使用这个...edgeturbo-client/edgeturbo dl /gsa2/CRA010501/ ~/biosoft/edgeturbo-client/edgeturbo dl /gsa2/CRA004814/ 使用...我们可以使用aspera加速从中国的GSA数据库下载测序文件。...因为可以页面的看到Aspera命令行： 帮助 信息，如下所示 ： Aspera命令行： 帮助 可以看到这个aspera01.openssh 里面的内容如下所示（未来有可能会更新，所以还是自己下载这个...aspera01.openssh 文件吧 ）： cat aspera01.openssh -----BEGIN RSA PRIVATE KEY----- MIIEogIBAAKCAQEA2ZwvCa5s
首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。...ls -lh ~/mambaforge-pypy3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 可以看到，两个软件是被隔离在两个不同的软件里面，每次使用不同的软件都需要激活它自己所在的环境哦...所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera： 必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher..._1.fastq.gz 但是软件不会如此傻里傻气使用wget这样的初级下载命令 ： wget ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR174/083/SRR17418283/...当然了，下载到测序数据仅仅是万里长征第一步，明天我们就继续讲解如何处理这个项目的fq文件哈！
所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...坑2： 关于ascp，安装ascp时为了方便使用在~/.bashrc设置了别名 alias ascp=/home/cat1988/.aspera/connect/bin/ascp 直接在shell下写...坑2总结就是ascp命令要使用全路径 坑3： 关于ascp软件下载的坑。ascp这个命令出自软件Aspera Connect。...参考1：使用Aspera从NCBI或EBI高速下载数据 参考2：Ubuntu下Aspera connect的安装与使用 Aspera提供了大文件高速传输方案，适合于大数据的传输。...客服端的使用是免费的。 下载地址https://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?
我们马拉松授课有个小伙伴问 arrayexpress 数据库的文件如何下载，因为我们给大家演示的使用 GEO 数据库下载的帖子比较多，这就来看看！...数据公开与访问：所有数据对公众开放，且无使用限制。 实验因子本体（EFO）：使用EFO对实验变量进行系统描述，确保数据的标准化和可重复性。...described in each method section. 1、检索数据，得到以下页面 点击 Download all files 按钮： 2、得到下载命令 这里数据库给了三个平台的下载方式，我这里选择使用服务器进行下载...秘钥文件的路径：C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 服务器上的秘钥路径： # 安装了aspera的conda 环境rna conda activate...后面看看为啥aspera为啥下不了吧！
笔者不是芯片从业人员，没有能力去分析中国芯片应当如何自强。作为一个网络传输软件开发人员，今天讲讲在网络传输软件上，国产软件和美国软件的差距情况，以及我们努力的方向。...网络传输软件非常常见，在比如百度网盘、QQ文件传输、日常使用的FTP、网站下载等，这些应用主要基于TCP协议进行传输。...大文件传输专业软件领域，行业的标杆是Aspera，Aspera成立于2004年，2013年被IBM收购，主要服务客户分布在媒体、影视制作、生命基因工程、工程等需要大量数据文件交换的行业。...基于fasp传输协议，aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用，比如Aspera Enterprise transfer server/Aspera connect/Aspera sync.../Aspera faspex等，这里不一一介绍。
但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...所以后来我也开始在日常更新的公众号里面推荐这个方法，就是参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件： 比如项目地址是：https...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转 没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。.../vdb-config --interactive 接下来就可以使用 sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin 文件夹里面的各种各样的命令啦。
在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。...这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧 首先下载软件 老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install...一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y
速度可达200-500Mbps，几乎所有站点都超过10Mbps -如果Aspera connect不能下载，则推荐sratoolkit的prefetch功能 -最后，尽量使用sratoolkit中的fastq-dump...如果fastq-dump连接外部稳定，则推荐使用Biostar Handbook中的wonderdump脚本。...警告：尽量不要使用wget或curl命令来下载 原文链接 Aspera有两种方式可以下载 第一，安装客户端（支持windows）， 下载链接 具体可参考这篇文章 第二，命令行下载 关于第一种方式 ，...~/ # check help file ascp --help 恭喜，安装完成，开始下载，感受飞一般的速度 下载SRA数据：SRA数据库 注意：要找到下载地址，windows需要使用ie浏览器（...3下面再看下不推荐的方法如何下载数据。
/config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share...-a 指定是否使用asperausage: enaDataGet [-h] [-f {embl,fasta,submitted,fastq,sra}] [-d DEST] [-w]...enaDataGet和enaGroupGet可配置aspera使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。...step1 先搜索accession在EBI的api接口；step2 本地创建下载日志文件目录 logs；step3 使用ascp软件下载accession；/disk/share/toolkits/enaBrowserTools.../sra下载成功下载失败: 出现session stop即为失败完全下载失败部分下载失败不使用aspera下载问题出现session stop信息，解决方案：ASPERA_SPEED 设置在100 -
目前下载方式有好几种，我们前面也有相关的稿子写了，对于同一个数据集，我看到曾老板先后使用了三种方式下载： 使用aspera加速从中国的GSA数据库下载测序文件 使用人工智能优化一个数据库文件批量下载脚本...PDX小鼠模型的单细胞样品定量能选择人类参考基因组吗 然后还让小张老师介绍了受控的数据如何下载： GSA受控数据下载 点进去看到单细胞和空转的链接：单细胞的GSA编号CRA002489，空转的GSA编号...以单细胞下载为例，我选择简单的 ascp 看看： 点开那个 aspera 旁边的问号，得到 -i 参数的 aspera01.openssh 文件以及下载命令： # https://ngdc.cncb.ac.cn.../gsa/browse/CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489
目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据 如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget...//mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config --set show_channel_urls yes1.使用...Aspera下载需要在下载页面中把秘钥文件下载下来，之后需要把秘钥文件的路径输入进命令中 值得一提的是，不同数据库中使用的秘钥是不一样的，有可能会需要本地的秘钥路径。...:/home/data/t200558/.aspera/connect/bin# 找到ascp的保存路径which ascp/home/data/t200558/.aspera/connect/bin/...HRA003340 /home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/ > download.log 2>&1 & # check一下 tail -f download.log2.使用
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