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    R语言入门之点图和条形图

    第一部分:点图 在R语言里我们可以利用dotchart(x, labels=, groups=, gcolor=, cex=)函数来绘制点图,参数x是一组数值型向量,labels这个参数则是代表x中每个值的标签...在这里我们仍将使用R内置的mtcars数据集来演示。...第二部分:条形图 在R中我们可以使用barplot(height)函数来绘制条形图,这里height可以是一个向量或者矩阵。如果是一个向量的话,则它的值就决定了每一个条带的高度。...1.3 绘制堆积条形图 # 绘制带有颜色和标签的堆积条形图 counts 图的绘制不必非得是计数或者频数类数据。你可以使用均值、中位数和标准差等来绘制条形图,将aggregate()函数的结果传递到条形图barplot()里。 2.

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    R和python绘制柱状堆叠图技巧

    柱状堆叠图在许多的单细胞文章中被使用,通过它可以更好向我们展示一个亚群中各个细胞的占比情况,可见它如此重要!!!...今天,我们来使用R的ggplot2和python的matplotlib分别绘制柱状堆叠图。 绘制技巧如下图所示: 先画出图的大致轮廓,再根据需求,添加更多的细节和细节调整,一张完美的图就出来了啊!...R的ggplot2绘图 这是一张5个样本中各种免疫细胞比例情况的可视化 1.模拟数据: library(reshape2) library(ggplot2) #模拟数据并创建一个5样本细胞数据集 status...=ggplot(melt.data ,aes(x = Status, y = ratio, fill = Cell)) + geom_bar(stat="identity") 3.添加细节和修改...0.2,0.15,0.1,0.12,0.05], 'B':[0.1,0.25,0.05,0.22,0.2], 'T':[0.1,0.1,0.35,0.16,0.15] } #与R类似相当于创建一个数据框

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    R语言-饼图和线图的起源

    有着“统计图形奠基人”之称的苏格兰工程师兼政治经济学家William Playfair发明当今社会中常用的统计图形-饼图和线图 ? 图1: Playfair (1786)绘制的线图。...这两幅图在今天看来似乎没有什么惊世骇俗之处,但在当时统计图形种类极为稀少的年代,能以这种方式清晰展示数据结构,也实属难能可贵。事实上,除了这两种图形之外,他还发明了条形图和圆环图。...他所利用的主要证据就是图1.3:死亡发生的地点有明 显的地理规律,在这种规律的指引和相关调查证据的支持下,他最终确定了霍乱的源头。...上方的大图展示了各个国家的领土面积(和圆圈成比例)以及人口(左垂线)、 税收(右垂线)、 国土在各大洲分布比例等数据,两条垂线连线的斜率可表示税负的轻重(这一点颇有争议,因为斜率与圆的半径有关)。...图3: 南丁格尔的极坐标面积图:两幅图分别是1854年和1855年的军队伤亡人数,一年12个月恰好可以将极坐标分为12等分,每一瓣代表一个月。 图中用颜色标记出了三种死亡原因。

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    「R」数据可视化9: 金字塔图和偏差图

    其实图形的基本组成都很简单,无非就是点、线、矩形、圆圈等,但是稍作改变就会变成完全不同的图。就好像PCA图和火山图一样,本质都是点图。今天我们来讲一讲条形图的变形。...化妆后“条形图” 首先来看看几张不一样的“条形图”。 ? 这几张图乍一看和我们之前看到的很不一样,但是仔细一看其所用的基本元素不就是我们的条形图吗?...左边的和中间的我们称为偏差图,右侧的称为金字塔图。 可以看到三张图之间都有一些相同点。那么这三张图我们可以用于展示什么样的数据呢,举个例子,比如我们想要展示转录组数据。...那么最后一张图呢?可以像上述描述的展示多组转录组数据上调或者下调。那也可以展示富集聚类的结果。如某个功能中显著改变和不改变的基因等。 那么上述的图应该怎么做呢?...因此,如果我们想要用自己的数据做这类图,也要注意正负,要对数据进行适当的处理,对其中一部分的数据取负。

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    Python-joypy和 R-ggridges 峰峦图制作

    引言 有时写较多的处理过程反倒让读者没法耐着性子读完,本期推文及以后,关于可视化的推文,我直接明了给出教程和关键步骤解释下,若想详细了解,大家可进群讨论和在文末读者讨论中进行。...本期推文为峰峦图的Python和R绘制方法。 02. Python-joypy 制作 Python 制作峰峦图有直接的第三方库joypy进行绘制,该库可以直接通过pip安装。...R-ggridges 绘制 借助于R语言丰富且强大的第三方绘图包,在应对不同类型图表时,机会都会有对应的包进行绘制。...本次就使用ggridges包(https://wilkelab.org/ggridges/)进行峰峦图的绘制。...总结 本期分别介绍了使用Python 和R 绘制峰峦图的结果,将主要的代码及对用结果展示出来,以便于大家快速阅读。当然,如果对此感兴趣和获取对应的数据,都可以在 读者讨论 或者加群进行交流。

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    用R-Shiny打造一个美美的在线App

    今天做一个小小的案例,算是shiny动态可视化的小开端…… 这个案例是之前发过的中国人口结构动态金字塔图,这个图还是蛮不错,数据取自UN的官网,非常有现实意义的人口性别结构数据。...library(xlsx) library(ggthemes) library(shiny) library(shinythemes) 做简单的数据清洗工作,为shiny提供可用的数据源: setwd("D:/R/...,c("agegroup"="agegroup","Poputation"="Poputation","sex"="sex"),selected="Poputation"), selectInput...Gender",c("agegroup"="agegroup","Poputation"="Poputation","sex"="sex"),selected="sex"), selectInput...此外,shiny的两个组成部件: ui.R和server.R我已经打包成文件夹了,里面有需要的数据集文件,有执行app的gobal文件,如需可在魔方学院群贡献文件中下载

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    R语言中绘制箱形图的替代品:蜂群图和小提琴图

    p=11073 箱形图  非常有用,因为它们不仅指示中间值,而且还显示了第一四分位数和第三四分位数的测量结果变化。但是,也有一些图提供了一些附加信息。...在这里,我们将仔细研究箱形图的潜在替代方案:蜂群图和小提琴图。  蜂群图 原则上,蜂群图类似于一维散点图,因为它将单个测量结果显示为点。...在R中使用蜂群图 我们将使用  warpbreaks数据集  来举例说明绘图的用法。...小提琴图的想法是将箱形图和密度图结合起来。...在R中创建小提琴图 为了演示小提琴图与箱形图的不同之处,请比较以下两种表示形式: grid.arrange(p.violin, p.box, ncol = 2)    在这种情况下,我们看到了小提琴情节的限制

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    R绘制甲基化和表达谱联合分析热图

    本次,我们将展示一个甲基化与表达谱联合分析的热图。...我们可以通过此全局函数同时为所有热图/注释设置一些参数。需要注意的是,一定将它放在热图代码(也就是Heatmap())之前,并在绘制热图后重置所有选项值以消除对下一个热图的影响。 #可以通过?...如果需要组合超过一个热图,用户可以通过+操作符添加热图。默认情况下,将两个热图通过+连接后,第二个热图的行聚类树会去掉,行的顺序会与是第一个热图的顺序保持一致。...DMR富含基因间和基因内区域,很少与增强子重叠。...相反,低甲基化的DMR富含转录起始位点(TSS)和增强子。 知识点总结 1.ComplexHeatmap可实现单个热图的相加以实现数据之间的联合。

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