R- ggplot气泡图按组平均值计算大小 - 腾讯云开发者社区

0.8771070722):0.7551963951):0.5753640204,A2:0.7064118343):0.2585936433); 给进化树准备一个分组文件 image.png 右侧的气泡图数据...df237b', 'group2'='#11926a'))+ xlim(0,3)-> p1 p1 image.png 然后是右侧气泡图的代码...- factor(dat02$tiplabel, levels = p1$data %>% na.omit() %>% arrange(y) %>% pull(label)) ggplot...patchwork) help(package="patchwork") p1+p2+ plot_layout(widths = c(1,4)) image.png 这里拉丁文的斜体没有通过代码设置，出图后再编辑可能比较方便

1.3K1 0

论文画图神器！9种统计学图形的matplotlib画法|收藏收藏！

plt.ylabel('人数') plt.title("各分数段人数分布") plt.show() 参数说明：绘制直方图plt.hist(x,bins,color,alpha) x：数据集，直方图会对该数据集的大小按区间进行归类...五、scatter()函数 1.函数功能用于绘制气泡图，二维数据借助气泡大小展示三维数据。 2....c：气泡的颜色，可以是固定颜色也可以是一个数组。 s：气泡的大小，用于记录第三维度的函数关系。 cmap：颜色映射表，可以简单理解成配色方案。...',lw=1) # 设置雷达图路径，r-表示红色实线 plt.fill(theta*np.pi,r,c='c',alpha=0.4) # 填充雷达图，课设置颜色与透明度 plt.ylim(0,100...：数据点的垂直位置 fmt：数据点的标记样式和数据点标记的连接线样式 xerr：x轴方向数据点的误差计算方法 yerr：y轴方向数据误差点的计算方法 ecolor：误差棒的颜色 mfc：数据点的标记颜色

2.6K2 0

您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化

3.6K4 1

day 10 GSVA和CellChat

/day7/scRNA.Rdata")seu.obj = scRNA#文献和教程一般使用平均值来做GSVAexp = AverageExpression(seu.obj)[[1]] #exp =...计算配体-受体对信号网络的贡献度netAnalysis_contribution(cellchat, signaling = pathways.show) #6 热图展示分析细胞在信号网络中角色：发送者...pathwaysnetAnalysis_signalingRole_network(cellchat, signaling = pathways.show, width = 12, height = 5, font.size = 10)#7 气泡图...用桑基图和气泡图展示每种细胞传入/传出的信号都是属于哪些通路的p1 气泡图气泡图的颜色是按照细胞类型来分配，大小按照每个通路对每个细胞类型的贡献程度分配p3 <- netAnalysis_dot

851 0

ggBubbles--气泡图的不同画法！

导语气泡图（bubble chart）可用于展示三个变量之间的关系。背景介绍气泡图在我们做功能富集的时候最常用到，下面是一个很常见实例。...今天小编给大家介绍一个不同的气泡图画法--mini bubble plots，在比较离散数据时，迷你气泡图允许通过颜色、形状或标签显示比传统气泡图更多的信息。...使用R包ggBubbles可以方便地绘制这种气泡图。...R包安装 require(ggplot2) require(ggBubbles) require(dplyr) require(tibble) 结果解析 01 两种气泡图比较在这里，我们展示了在某些具有离散数据的用例中...实例数据： data(MusicianInterestsSmall) head(MusicianInterestsSmall) 传统气泡图传统的气泡图能够按大小描绘能够演奏爵士乐或古典音乐的吉他手或钢琴手的数量

1.3K3 0

R语言之可视化②点图

主要内容：准备数据基本点图在点图上添加摘要统计信息添加平均值和中位数带有盒子图和小提琴图的点图添加平均值和标准差按组更改点图颜色更改图例位置更改图例中项目的顺序具有多个组的点图...然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot pggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...平均值+/- SD可以添加为交叉开关或点范围： p ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_dotplot(binaxis='y', stackdir...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len

2.5K4 0

月更单细胞图表复现-文献1-第四和五集

不同类型的细胞执行不同的生物学功能，通过计算细胞比例，我们可以评估细胞类型的组内及组间分布情况。 2.可视化在这里，我们将依次绘制饼图、堆积柱状图、气泡图。...2.1 饼图饼图可以直观展示组内各细胞比例的差异。...2.2 堆积柱状图堆积柱状图除了可以展示组内差异，还可以直观展示组间细胞比例差异。.......... 2.3 气泡图气泡图则可以展示每组样本不同类型细胞的具体数量。...text.size, text.color : 行和列标题的字符大小和颜色 ....... 结语本期，我们绘制饼图、堆积柱状图、箱线图、气泡图等，比较不同分组之间细胞比例差异。

2631 0

数据科学24 | 回归模型-基本概念与最小二乘法

值下残差平方的平均值变化： library(manipulate) myHist <- function(mu){ mse 图2.不同?值下残差平方的平均值变化可以看到?值变大向分布中心靠近时，残差平方的均值变小；?值从分布中心继续变大时，残差平方的均值重新变大。当?...图5.父母身高与孩子身高关系的气泡图气泡大小及颜色深浅表示在特定父母身高与相应孩子身高的配对组合的数量。...图7.添加回归线 ---- 基本概念 1. 经验均值定义经验均值为样本数据点减去平均值会得到均值为0的数据，定义，则的均值为0。这个过程称为"居中"随机变量。...，根据公式计算的斜率和截距与lm()函数拟合回归线得到的结果一样。

3.9K2 0

答公众号读者的问题~ggplot2气泡图的又一个小例子

今天公众号的一位读者留言说要做气泡图。他的数据如下 ? image.png ID是X，log2FC用作y，class是分类变量用来填充颜色范围是A到I。P值用来映射点的大小。...，我目前想到的办法是按0.05为界给P值分组，然后用不同形状的点来映射。...image.png 用pvalue映射大小 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+ geom_point...image.png 更改点的大小 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+ geom_point()...image.png 气泡图将透明度设置低一点可能会好看一点 ggplot(df,aes(x=ID,y=log2FC, color=Class,size=pvalue))+

1.1K4 0

Excel图表学习64：在Excel中仿制“关键影响因素图”

图2 步骤2：计算并排序影响因素首先，生成所有影响因素列表，如下图3所示。 ? 图3 在上图3中，需要计算两种平均值： 1.“=条件“的每列的平均值 2....现在有了两个平均值，再来计算它们的影响：影响 = 满足条件的平均值/不满足条件的平均值–1 影响的顺序 = 所有影响中单个的影响等级使用RANK.AVG()计算影响顺序。...图5 选择垂直轴，按Ctrl+1组合键，在”设置坐标轴格式”中选取“逆序刻度值”前的复选框，如下图6所示。 ? 图6 图表结果如下图7所示。 ?...复制这个气泡形状，选择图表中的点，按Ctrl+v键粘贴，将图表中的点换成了气泡，如下图9所示。 ? 图9 选择气泡并添加数据标签。...其他一切都按预期工作。可以将其链接到表单控件，以此获得一个动态影响因素图表，正如本文开始的图1所示。

4.2K1 0

ggalluvial|炫酷桑基图（Sankey），你也可以秀

桑基图（Sankey diagram），是一种特定类型的流程图，图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小，通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。...因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名，此后便以其名字命名为“桑基图”。...也可后台回复“R-桑基图”获得示例数据以及R代码。...绘制桑基图 1 宽数据示例对临床数据进行简单的处理，得到后四个变量的频数，整理成宽数据：以下处理过程可参考数据处理|R-dplyr，数据处理|数据框重铸 #分组计算频数 LIHCData <-...axis参数设置待展示的节点信息（柱子）； geom_alluvium参数设置组间面积连接，此处按生存状态分组； 2 长数据示例 ggplot2通常处理的都是长表格模式，使用to_lodes_form

3.9K3 0

R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

先横后纵）； "S"：绘制出阶梯图（先纵后竖）； "n"：作空图。...fill =Abs_Residuals, size = Abs_Residuals),shape=21,colour="black") + # size also mapped #使用实际的值绘制气泡图...重要参数： formula # 模型公式；类似y~x，如果按组绘制，则类似y~x|z，其中z为分组变量； data # 为模型公式中变量来源的数据集； subset # 指定筛选数据子集； x, y #...默认添加拟合回归线；如为FALSE，则不添加； # 指定lm()函数拟合回归线，默认参数为regLine=list(method=lm, lty=1, lwd=2, col=col) legend # 逻辑词，当按组绘制散点图且为...cor.coeff.args = list(method = "pearson", label.x.npc = "right", label.y.npc = "top"). cor.method # 计算相关系数的方法

5.3K2 0

GEO数据库挖掘

生信技能树学习之geo数据库挖掘图片1、图表介绍1.1 热图：输入数据是数值型矩阵/数据框，颜色的变化表示数值的大小。有相关性热图和差异基因热图。...箱线图可以表示单个基因在两组之间的表达量差异。同一个分组，必须是同一个关键词。1.3 火山图：Foldchange(FC):处理组表达量的平均值/对照组表达量的平均值。...logFC）:Foldchange取log2；芯片差异分析，拿到的表达矩阵是已经取过log的，如果没有取，需要先取log2；取完log2的相除，得到的结果就是处理组表达量平均值减去对照组平均值...，但是我们需要按行xy = t(scale(t(x)))# 3.标准化前后，某gene的表达量点图比较，大小趋势不变。...10, showCategory = 5) + facet_grid(ONTOLOGY ~ ., space = "free_y",scales = "free_y") #气泡图

7432 1

R语言绘图 | 气泡矩阵图

今天，小编教大家用R语言绘制常用的多维数据展示图——气泡矩阵图。首先，我们需要准备输入文件。 ?...如上图所示，准备四列数据，分别为X轴、Y轴、数值（控制气泡大小）和分类（控制气泡颜色，可为字符或数字），以"Tab"为分隔符。...="\t") ## 绘制气泡图 p ggplot(data, aes(x = X, y = Y, size = Value, color=Type)) + geom_point() ## 显示气泡图...执行完命令后，气泡图就画好啦~气泡颜色反映我们输入数据的不同类型，气泡大小反映我们输入数值的高低。...简单几步，气泡矩阵图就画好啦~大家赶快试试吧！具体细节大家可以搜索ggplot2的相关参数，根据自己的需求调整或者将图片导出为PDF格式，通过Adobe illustrator调整。

2.6K3 0

R可视乎|气泡图

气泡图气泡图是一种多变量图表，是散点图的变体，也可以认为是散点图和百分比区域图的组合[1]。气泡图最基本的用法是使用三个值来确定每个数据序列，和散点图一样。...气泡图通过气泡的位置及面积大小，可分析数据之间的相关性。本文可以看作是《R语言数据可视化之美》[1]的学习笔记。...手把手绘制 geom_point()函数构建气泡图是添加了第三维度的散点图：附加数值变量的值通过点的大小表示。(来源:data-to-viz[2])。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...每个国家的人口用圆的大小表示。但是这个图不是非常美观，而且圆的大小并不是很直观，大家都差不多大。接下来对圆的大小进行设定。

2.2K2 0

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。...今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...以下是ggplot2的作图代码读取数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header=...library(ggplot2) ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500,y=Term))+ geom_col(aes(fill=Corrected.P.Value)...) 根据generatio的大小排序 ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500, y=reorder(Term,Input.number

2.6K2 0

你绝对想不到，数据地图还能这么玩~

这个包安装之后，可以提供给ggplot新的图层函数，并制作出气泡状饼图，饼图可以分类填色，饼图大小可以映射数值变量，特别是将这种图表形式引入地图之中，那么最终呈现的地图上的气泡饼图非常炫酷。...header=T,encoding='UTF-8',stringsAsFactors = FALSE) 这里我使用2015年全球主要发达国家（15）的GDP、三大产业产比数据来演示此案例，GDP代表气泡图大小...、三大产业占比用每一个气泡图的饼图份额占比来表示。...计算全球各国行政区划中心点： midpos <- function(x) mean(range(x,na.rm=TRUE)) centres 气泡半径。

8396 0

8种方法可视化你的单细胞基因集打分

同样的，这个过程容易受样本构成的影响； AddModuleScore：Seurat包中的AddModuleScore函数，需要先计算基因集中所有基因的平均值，再根据平均值把表达矩阵切割成若干份，然后从切割后的每一份中随机抽取对照基因...其中，热图、upset图、密度热图主要由ComplexHeatmap包生成；气泡图和柱状图主要由ggplot2包、ggtree包、aplot包生成；密度散点图主要由Seurat包和Nebulosa包生成...②.气泡图气泡图展示了综合评价中具体基因集在每个细胞亚群是否具有统计学意义差异；其中，浅蓝色的点无统计学差异，红色的点具有统计学差异。...，找出在大部分方法中都具有差异的基因； 3.寻找合适的可视化方法（例如热图、散点图、气泡图等）可视化展示综合评估的结果；再举个例子，你可以做一个计算TCGA中不同分子亚型免疫浸润差异的R包： 1.收集多种免疫浸润的计算方法...，找出在大部分方法中都具有差异的基因； 3.寻找合适的可视化方法（例如热图、散点图、气泡图等）可视化展示综合评估的结果；再再再举个例子，收集多种单细胞转录因子调控网络的计算方法（例如SCENIC，DoRothEA

17.3K5 2

「R」数据可视化5 : 气泡图

什么是气泡图气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图：点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age，颜色代表了不同个体。 ? 再举几个例子： ? ?...左下图我们用颜色代表p-value，用大小代表GeneCount，横坐标代表GeneRatio，纵坐标代表具体的类别。从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。...随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。怎么做气泡图 1）需要什么格式的数据根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。...circ数据由于本次将使用两个包，一个是GOplot专门用于转录组数据的下游展示，还有一个是我们常用的画图包ggplot2。

3.2K3 0

R语言学习 - 柱状图

柱子有点多，也可以利用mean±SD的形式展现首先计算平均值和标准差，使用group_by按gene分组，对每组做summarize # 获取平均值和标准差 data_m_sd_mean 计算就正确了 # position="fill" 展示的是堆积柱状图各部分的相对比例 # position="stack" 展示的是堆积柱状图的原始值 p ggplot(data_m...在柱子中标记百分比值首先计算百分比，同样是group_by (按照给定的变量分组，然后按组操作)和mutate两个函数(在当前数据表增加新变量) # group_by: 按照给定的变量分组，然后按组操作...# mutate: 在当前数据表增加新变量 # 第一步增加每个组的加和，第二步计算比例 data_m % group_by(variable) %>% mutate(count..., 文本显示位置还是跟之前一致) # group_by: 按照给定的变量分组，然后按组操作 # mutate: 在当前数据表增加新变量 # 第一步增加每个组 (Group和Condition共同定义分组

2.6K5 0

点击加载更多

扫码

添加站长进交流群

领取专属 10元无门槛券

手把手带您无忧上云

跟着ISEM学作图：R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图

论文画图神器！9种统计学图形的matplotlib画法|收藏收藏！

精心整理（含图PLUS版）|R语言生信分析，可视化

day 10 GSVA和CellChat

ggBubbles--气泡图的不同画法！

R语言之可视化②点图

月更单细胞图表复现-文献1-第四和五集

数据科学24 | 回归模型-基本概念与最小二乘法

答公众号读者的问题~ggplot2气泡图的又一个小例子

Excel图表学习64：在Excel中仿制“关键影响因素图”

ggalluvial|炫酷桑基图（Sankey），你也可以秀

R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

GEO数据库挖掘

R语言绘图 | 气泡矩阵图

R可视乎|气泡图

R语言ggplot2做柱形图展示富集分析的结果

你绝对想不到，数据地图还能这么玩~

8种方法可视化你的单细胞基因集打分

「R」数据可视化5 : 气泡图

R语言学习 - 柱状图

扫码

相关资讯

热门标签

活动推荐

运营活动

社区

活动

资源

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐