R中的chorddiag包发生了什么？ - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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什么是好的R包

本文是本学期第一篇，聊一聊什么是好的R包。这个问题源于年前一个同学，她在学习R语言，然后拿着一张总结的一些R包的图片问我：还有没有更好的包？当时就把我问蒙了，问她什么是更好的包？...她说是新更新的或者被大家所公认的包。我说你发的图里面的都是啊。。。然后就结束了对话。 ? 就是这张图其实在她问我之前我从来也没想过什么算是“好”的包。...有关真正辣鸡的R包及抄袭别人R包发SCI文章毕业的事情，可以围观Y叔(公众号biobabble)的一系列文章。...那么什么是好的R包呢，对于我们这些只需要用R来做生信分析的人来说，如果功力没有那么深厚，看不懂R包的源代码，确实需要找到一些普遍都在使用且坚持更新的包，不仅仅不容易出错，而且网上这些包的学习资料也更多。...对于R包在文献中的使用 6万多篇论文总共用到了2400个R程序包，其中也只有31个引用超过了100次。以这个标准来看，98.7%的炮灰率啊。。。

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当你不知道发什么表情包的时候...

同事们看我非常骚气可爱，得闲为我设计了一套专属表情包要不要先来看看有没有你喜欢的？文末附下载方式！从小就立志要当程序猿里的网红（但一般情况下是不会火的），即便这样，我还是要抓住每一个成名的机会。...所以今天给广大程序猿朋友们演示一下，如何在各种苦逼场合下，正确使用“他二哥”表情包来表达自己的心情~ ?

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ChAMP R包安装中的事故

ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...在加载的时候，却发生了如下的错误错误: package or namespace load failed for 'ChAMP' in inDL(x, as.logical(local), as.logical...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。

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「R」获取R包中的函数和对象列表

问题你想知道包里有什么。方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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「R」ggplot2在R包开发中的使用

尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！

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输入URL到渲染的过程中到底发生了什么？

，再次存入浏览器缓存中；生效则返回304，并从缓存中读取资源。...为什么TCP建立一定要三次呢？两次不行吗？...原因：双方要明确对方接收能力都是正常的，（客户端发之后，服务端可以确定客户端发送能力正常，服务端发送给客户端，客户端可以确定服务端的接收和发送能力正常，最后客户端发送确认，来确定客户端的接收能力。...为什么要四次握手而不是三次、两次因为建立一旦连接，双方既是发送方，又是接收方，为了保证在最后断开的时候，客户端发送的最后一个ACK报文段能够被服务器接收到。...浏览器无法预估脚本具体做了什么操作，索性全部暂停，等脚本执行完，浏览器再继续向下解析。

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Bioconductor 中的 R 包安装教程(续一)

这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...源码方式安装如果想要在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中安装 DiffBind==3.4.0，可以直接通过源码包的方式安装： > packageurl 的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。

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如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源

1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31

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@程序员，当你不知道发什么表情包的时候……

注：本文转载自公众号腾讯技术工程（即下文中的“他二哥”）。我是程序员他二哥，在鹅厂办公好几年了。同事们看我非常骚气可爱，得闲为我设计了一套专属表情包要不要先来看看有没有你喜欢的？...从小就立志要当程序猿里的网红（但一般情况下是不会火的），即便这样，我还是要抓住每一个成名的机会。...所以今天给广大程序猿朋友们演示一下，如何在各种苦逼场合下，正确使用“他二哥”表情包来表达自己的心情~ 想了解更多鹅厂程序员有多硬核？还有哪些技术干货？

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从输入URL到渲染的过程中到底发生了什么？

，再次存入浏览器缓存中；生效则返回304，并从缓存中读取资源。...为什么TCP建立一定要三次呢？两次不行吗？...原因：双方要明确对方接收能力都是正常的，（客户端发之后，服务端可以确定客户端发送能力正常，服务端发送给客户端，客户端可以确定服务端的接收和发送能力正常，最后客户端发送确认，来确定客户端的接收能力。...为什么要四次握手而不是三次、两次因为建立一旦连接，双方既是发送方，又是接收方，为了保证在最后断开的时候，客户端发送的最后一个ACK报文段能够被服务器接收到。...浏览器无法预估脚本具体做了什么操作，索性全部暂停，等脚本执行完，浏览器再继续向下解析。

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为什么R4.0版本内置的R包那么多

因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑，所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件，当然是也包括R语言啦，毕竟我一直强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化...，以及基于Linux的NGS数据处理：《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》把R的知识点路线图搞定，如下：了解常量和变量概念加减乘除等运算...用'contributors()'来看合作者的详细情况用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。...中文解释居然是：起跳; 开始 ; 不过更让我惊奇的是它内置的R包，稍微有点多啊！我记得很久以前看的R书籍都写着内置R包都是7个！这个是为什么呢？...MiB 2020-02-29 16:05 居然是从2013年到2020年，也就是说绝大部分接触R语言的我们，都是在R3时代，不知道接下来的R4时代，我们好有什么变化？

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疑难杂症-R中的Rwordseg包安装

一、通过install.packages安装步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。

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R语言 shiny包中的交互调用函数renderUI

本次展示shiny的功能有： 1、读取本地数据； 2、交互展示数据（view） 3、动态交互作图（自动读取上传数据的列名）体验网址：https://yanshenli.shinyapps.io...x = input$variableNames_x, title = "ggplot") } }) } shinyApp(ui, server) 一个完整的shiny...，在ui中通过*input调整数值参数、上传数据等，并将数据传递给server进行相应计算；然后，Server对数据进行计算、绘图，并将计算结果（图片、表格等）返回给ui 最后，通过ui中的*output...来展示server计算返回的结果（图片、表格等）

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JavaScript中的闭包到底是什么？

image.png 即使是短暂接触JavaScript的初学者，想必也一定听说过“闭包”。本文将介绍有关闭包的全部内容，但文中并不会经常出现这个词。...“执行线程”：为简单起见，它将负责代码的逐行检查和执行。将“执行线程”看做单独的个体，当这个小伙伴位于第1行时，会发生什么呢？...这些不过是正常函数的执行方式！！” 是啊！！笔者知道各位都很聪明，对这些内容已经了如指掌。但请各位耐心等待，以上这些内容是接下来要讲解的闭包的基础。...它创建了一个存储greetEveryOne的内存空间，但像往常一样，它不知道该标签现在应存储什么。...去[[scope]]里面找 JavaScript的这一功能就叫“闭包” 确实没什么特别的！它只是一个从高阶函数返回的函数，可以存储那些存在于其词法范围内的变量和对象。好的各位，就介绍这么多。

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为什么清华源的R镜像恰好缺了rvest包呢

因为在中国大陆安装R包，通常是切换镜像的，我会首先推荐清华的镜像给学生们，切换镜像的代码如下： options()$repos options()$BioC_mirror options(BioC_mirror..."https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) options()$repos options()$BioC_mirror 最近在Ubuntu里面安装R包...x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/tidyverse' 原来是有一个依赖包，名字是rvest，缺失了。...，是这个包无法被下载，这个时候我没有紧张，下意识的认为是清华镜像问题，所以我重新下载; > install.packages('rvest') Installing package into '/home...更多R学习我在在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下：了解常量和变量概念加减乘除等运算（计算器）多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）多种数据结构（向量

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整理了一些自己可能会用到的R包

export 包 Y叔公众号biobabble分享的文章《我不会用illustrator，只会用PPT》，主要功能是可以将R生成的图片导出为ppt, word, excel等格式 ballr 可以抓取NBA...VennDetail 用来画韦恩图的包，但是自己的R版本是3.4.2，暂时还不能够安装重新试了一下，使用函数install_github()可以安装 R-cmplot https://github.com.../YinLiLin/R-CMplot 用来画曼哈顿图的R包 ggplotify Y叔出品，将图转换成ggplot对象，然后使用cowplot()函数画图 eulerr 画韦恩图，好像各部分是按比例来的...为什么会用这个名字呢？...下面是帮助文档里的例子 ? image.png hrbrthemes 为ggplot2补充一些主题，好像主要是字体方面的，帮助文档中的一个例子 ?

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R语言XML包获得html文件中的表格小实例

需求使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。...我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。...14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml How to get table data from html table in xml 使用R语言的...XML包使用到的R语言代码 library(XML) doc<-htmlParse("snpEff_summary.html") total_table<-getNodeSet(doc,"//table...") # 以上代码是固定的写法 # 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几 df3<-readHTMLTable(total_table[[3]]) df3 class(df3) 结果以数据框的形式存储

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为什么SpringBoot jar包中的文件读取不到？

1 猿与故事今天的故事发生在程序猿菜菜身上。凡是对接过三方的都知道，代码中难免要加载很多三方分配的证书等相关配置文件。...首先，发现 NewB.class.getResource("/cool").getPath() 输出的路径貌似跟想象中的不一样。...问题很清晰了，通过上面这种方式获取 SpringBoot 打好的 jar 中的资源文件不太可行，需要换方案。...3 菜菜侃大山 1、如何获取 SpringBoot jar 包中的指定文件夹下的资源文件子目录？...菜菜曰：SpringBoot 没办法通过 File 的形式访问 jar 包里面的文件，借助 resource.getURL().getPath() 获取当前资源对应的URL的路径得以解决。

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R：ggtext包丰富ggplot2中文本的表现力

NULL, padding = margin(4, 4, 4, 4), margin = margin(4, 0, 0, 0), linetype = 1, r..., color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r...上图是固定的格式显示，strip的格式都是一样的，其实也可以更进一步，将strip按照分组显示，从而实现多一个维度的信息展示，比如此图的stipe文本是class信息（因为这里的分面是facet_wrap...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图...color = "white", fill = "#5D729D", box.color = "#4A618C", halign = 0.5, linetype = 1, r

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从R迁移到Python过程中需要知道的几个包

为什么使用 Python 我喜欢用 Python 来处理机器学习问题的一个重要原因是 Python 吸取了 R 社区的优点，同时还将其进行了优化打包。...我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库，因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。...R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包，这大大提升了用户的学习成本。...pandas 吸取了 R 语言中数据清洗功能的优点并将其引入到 Python 中。...Python 中拥有正则表达式库re,和一个内置的字符串软件包 string。 RStudio -> Rodeo ? 对于许多用户来说，RStudio 是 R 语言中一款非常友好的编辑器。

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