R notebook: Rmd和html不匹配 - 腾讯云开发者社区

先不说更加复杂的Linux上游分析，单说从R包安装到R语言作图，到GEO、TCGA等数据库数据下载分析，我们随时随处都可能遇到报错。如果你又是个粗枝大叶的，那你就等着被无数的报错纠缠吧。...小洁老师说warning是不用管的，因为虽然R警告了你，可是它的程序还在继续跑，但是遇到报错(Error)，那我们肯定得解决它，不然我们的工作就无法进行下去。当然你运行代码报错了，不代表代码错了。...半个月后我突然又想起这个问题，不甘心地去国际版必应搜了搜，第一个跳出的就是当时助教老师发我的githup的链接，我再仔细读了读，有人认为R包更新过程中readr和cli不匹配，有人建议MRAN，cli，...readr都更新到最新就可以了，有人认为更新了旧版本的R就解决了问题。...而我的R和readr都是新版本，那我就去更新重装了cli，果然不再报错。是不是很简单？

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使用jupyter notebook运行python和R

jupyter notebook是一款基于浏览器的应用，正如名字中的notebook一词所表示的含义，通过jupyter notebook，我们可以以笔记的形式记录和保存相关的代码和运行结果，并将结果以文档的形式与其他人共享...下面来介绍使用jupyter notebook运行python和R的方法 1....运行R 在jupyter notebook中运行R语言，首先需要安装IRkernel这个R包，该R包的作用如下图所示 ?...notebook,就可以看到，在notebook中支持R语言了。...使用方式和python类似，示例如下 ? 通过jupyter notebook, 可以实时查看代码的运行效果，在开发可视化代码时，非常的好用。

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93-R分享06-Rmd的多种输出格式

R Markdown文件(.Rmd)文件支持多种输出，如网页(html_document)、MS Word(word_document)、PDF(pdf_document, 需要LaTeX编译器支持)...还支持生成网页格式的幻灯片(slidy_presentation, ioslides_presentation)，以及LaTeX beamer格式的PDF幻灯片(beamer_presentation)，和Microsoft...各种格式 Documents html_notebook[3] - Interactive R Notebooks html_document[4] - HTML document w/ Bootstrap...(pku.edu.cn): https://www.math.pku.edu.cn/teachers/lidf/docs/Rbook/html/_Rbook/slides.html [3]html_notebook...: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/notebook.html [4]html_document: https://bookdown.org/yihui/rmarkdown

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linux29-将ipynb转为md

(zhihu.com)[1] 前言在[[133-R工具指南24-vscode在ipynb中使用R远程开发]] ，我们通过ipynb 这一文本来进行开发。...在Rstudio 中，我介绍了：[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]]，[[93-R分享06-Rmd的多种输出格式]] Rmd 有丰富的导出格式，支持。...See the usage documentation (https://nbconvert.readthedocs.io/en/latest/usage.html#reveal-js-html-slideshow...Options include ['asciidoc', 'custom', 'html', 'latex', 'markdown', 'notebook', 'pdf',...nbconvert 支持转换格式包括： ['asciidoc', 'custom', 'html', 'latex', 'markdown', 'notebook', 'pdf', 'python',

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「Workshop」第十九期：Markdown与RMarkdown最佳入口

❞ 特性与用途简单结构化-转换 Word PDF HTML ... 多编辑器支持 Typora[1] RStudio[2] Jupyter notebook[3] VS Code[4] ......image-20200923215146498 RMarkdown 效果 R 包文档（knitr 和 rmarkdown）： ?...**本文的核心在于让读者了解这些工具以及根据需要去学习和利用它们。...R 命令执行这一渲染（格式转换）过程，如 rmarkdown -> html： rmarkdown::render("week19/example.Rmd", output_format = "html_document...") 如果是使用 bookdown 写书，则是： bookdown::render_book("index.Rmd") Reference [1] Typora: https://typora.io

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R语言实现基因序列的匹配和比对

在R语言中有学者专门针对字符串的处理开发了对应的包，命名为Biostrings。接下来我们介绍下其安装以及主要的功能。...4. translate() 翻译函数，他只能针对XString和XXXSet类对象。 ? XString 类允许我们创建、存储和使用不同类型的字符串。...不过我们只被允许使用XString的一些子类: BString, DNAString, RNAString,和AAString.。...接下来我们看下Biostrings中更高级的函数，那就是模式匹配和序列比对。 1....") biocLite("BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3") 利用以上数据构建我们的字典以及匹配数据： ?

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Greenplum工具GPCC和GP日志中时间不匹配的问题分析

今天同事反馈了一个问题，之前看到没有太在意，虽然无伤大雅，但是想如果不重视，那么后期要遇到的问题就层出不穷，所以就作为我今天的任务之一来看看吧。...问题的现象很明显：GPCC工具可以显示出GP的日志内容，但是和GP日志里的时间明显不符。 GPCC的一个截图如下，简单来说就好比Oracle的OEM一样的工具。...能够查看集群的状态，做一些基本信息的收集和可视化展现。红色框图的部分就是显示日志中的错误信息。 ? 我把日志内容放大，方便查看。以下是从GPCC中截取到的一段内容。...官方的建议，其实就是因为时区的特定设置，也可以理解是一个bug,在实现的时候，对于中文支持的原因导致了这个问题，如果要做一个WA，可以重置GPCC的档案库和用户的timezone，当然还需要重启GP集群生效

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7个有用的Jupyter扩展

与通常的html转换的笔记本不同，每个连接到Voilà 应用程序的用户都会启动一个Jupyter内核，所以通过这个web应用我们可以对Jupyter代码进行修改和回调，他的web是通过tornado来开发的...Jupytext 现在支持的语言还不能覆盖 Jupyter Notebook 的全部，但已经搞定了几种最流行语言。...它支持 Jupyter Notebook 和下面这些格式之间的相互转换：Julia 脚本（.jl）、Python 脚本（.py）、R 脚本（.R）、Markdown 文件（.md）、R Markdown...文件（.Rmd）。...作者：Farhan Tanvir ---- MORE kaggle比赛交流和组队加我的微信，邀你进群喜欢就关注一下吧：点个在看你最好看！

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7个有用的Jupyter扩展

与通常的html转换的笔记本不同，每个连接到Voilà 应用程序的用户都会启动一个Jupyter内核，所以通过这个web应用我们可以对Jupyter代码进行修改和回调，他的web是通过tornado来开发的...6、 jupytext jupytext是一个用于jupyter的内容管理器,它允许jupyter打开notebook并将其保存为文本文件。...Jupytext 现在支持的语言还不能覆盖 Jupyter Notebook 的全部，但已经搞定了几种最流行语言。...它支持 Jupyter Notebook 和下面这些格式之间的相互转换：Julia 脚本（.jl）、Python 脚本（.py）、R 脚本（.R）、Markdown 文件（.md）、R Markdown...文件（.Rmd）。

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94-R分享07-我的第一本bookdown写的书

当然我肯定是不敢去出版的，掂量掂量我自己；倒贴的买卖，我也不傻啊。但如果出版成电子的格式呢？当然可以啦。开源的事情，我最喜欢了。...格式的扩展，使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表自动编号和引用、链接，文献引用和链接等适用于编写书籍的功能。...这是用R的bookdown功能制作中文图书的模板，输出格式为bookdown::gitbook和bookdown::pdf_book." site: bookdown::bookdown_site output...怀疑和这个json文件有关：后续内容个人觉得通过R bookdown 的学习，可以作为一个涉猎html/css 网页设计的契机，包括其本身更加细致的内容，我以后也会继续更新。.../articles/bookdown.html [3] 23 用bookdown制作图书 | R语言教程 (pku.edu.cn): https://www.math.pku.edu.cn/teachers

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Jupyter Notebook的三大短板，都被这个新工具补齐了

它支持Jupyter Notebook和下面这些格式之间的相互转换： Julia脚本（.jl）、Python脚本（.py）、R脚本（.R）、Markdown文件（.md）、R Markdown文件（.Rmd...上面就是Jupytext使用过程的一个例子：把一个Jupyter Notebook存储为.ipynb和.py两种文件格式、用PyCharm打开.py脚本来修改代码、保存之后刷新浏览器，就能在Jupyter...Notebook里看到新结果了。...想要在一大堆代码和笔记里查找内容、编辑、执行cell、debug……用IDE比用Jupyter Notebook要方便得多。 ? 上图则是对文本执行版本检查，然后将有意义的差异合并的过程。...server jupyter notebook 在Jupyter Notebook的元数据里输入jupytext_formats，就能激活笔记本和文本文件的配对，实现在IDE里编辑脚本，Notebook

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71-R分享01-Rmd新手入门指南

什么是Rmd(R markdown)?...★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助，可以在Markdown格式的源文件中插入R代码，使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...我们可以将Rmd 理解为，可以在md 文档中运行R 代码，并能将R 代码的运行结果最终输入到输出报告中的文件。输出格式可以是HTML、docx、pdf、beamer等。...prompt和comment选项默认下，输出的结果中的R 的代码开始是没有任何符号的；而R 代码的运行结果则是用井号保护的。...Rmd 文件的编译 RStudio 是一个集成的R软件环境，可以用来编辑和执行R程序，这个软件也可以用来编辑和编译R Markdown格式的文件，使得R Markdown格式的文件变得容易使用。

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OTUASV和系统发育树不匹配的一个解决方案

of the tree: returning NULL 意思是OTU/ASV名字和系统发育树的节点全都不匹配，导致树上的节点全都被去掉了，树就变成了NULL。...在R中读入进化树： library("ape") tree = read.tree("tree.nwk") tree 查看一下树，正确的格式应该是这样的：但是，如果你的数据是某公司分析的，他们返回的树文件可能是这样的...而单引号也会被当成树节点的一部分，因此就和OTU/ASV不一致，导致全不匹配。。。...gsub("'","",tree$tip.label) # 查看树是否有根 is.rooted(tree) # 如果是FALSE，说明没有根，需要构建有根树 tree2 = root(tree, 1, r=...match.otu <- match.phylo.comm(phy.tree,t(otu)) # 得到匹配的树和OTU otu = match.otu$comm # 注意得到的是转至过的OTU phy

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正则表达式：匹配不包含某些字符和不包含某些字符串的写法「建议收藏」

不包含某些字符： function zz() { var str = '1234567890abc[123456789'; var $sz...中含有特殊字符'); }else { console.log(str+'不中含有特殊字符'); } } 不包含某些字符串...; } } 当然下面不包含字符串可以演变为不包含字符使用，看你喜欢使用。...发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/155140.html原文链接：https://javaforall.cn

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R Markdown的一个坑：文件夹不能有中文

在RStudio中使用支持R Mardown格式的R Notebook，.rmd代码文件所在目录不能有中文名，否则Preview功能无法正常使用，预览文件中不会包含任何的图文输出。...码农为什么头发少，就是因为经常会有一些意想不到的莫名其妙的问题和bug，然后引发焦虑和战斗应激的生理反应，促进皮质醇和肾上腺素分泌，...

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R沟通｜用bookdown制作图书(1)

介绍 R的bookdown扩展包是继knitr和rmarkdown扩展包之后， markdown格式的另一种扩展，使得Rmd格式可以支持公式、定理、图表自动编号和引用、链接，文献引用和链接等适用于编写书籍的功能...在bookdown的管理下：一本书的内容可以分解成多个Rmd文件，其中可以有可执行的R代码， R代码生成的文字结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中，表格和图形可以是浮动排版的。...输出格式主要支持gitbook格式的网页图书，这种图书在左侧显示目录，右侧显示内容，并可以自动链接到上一章和下一章；详细简介可参见：R语言教程-第23章[1]。...当然之后还会出一些使用bookdown经验和技巧的总结。也欢迎大家留言和我分享，我再整理分享给更多R爱好者们。.../docs/Rbook/html/_Rbook/bookdown.html [8] bookdown书: Authoring Books and Technical Documents with R Markdown

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快速将rmd文件转化为R纯代码文件，你喜欢吗？

R语言作为咱生物信息学数据处理的首选编程语言，大家应该是不陌生了：《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》一般来说，三五天就可以把把R的知识点路线图搞定，如下：了解常量和变量概念加减乘除等运算...R包的文档是躲不过去的，而R包文档往往是以 rmd文件的网页形式给出来，比如 scRepretoier结果 -> 传入 Seurat，这个很完整的解决方案就需要看文档。...都在 https://ncborcherding.github.io/vignettes/vignette.html 基本上就需要大家根据这个文档慢慢的一步步复制粘贴代码去运行，才能体会 Interacting...= 2) 可以快速将rmd文件转化为R文件，注释内容变#，这样大家在demo人家数据的时候，就不用一直复制粘贴了，直接吧rmd文件转为r文件，run就行。...但是却引发了讨论，到底是自己从rmd文件里面慢慢复制粘贴，一个个单元的运行并且理解好一点呢，还是使用 knitr::purl 的技巧首先把rmd文件变成纯粹的r代码好一点呢？

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webpack处理less的loader_登录器和引擎版本号不匹配

首先第一种在第三步的时候我并没有在package.json中找到webpack配置项，就跳过继续第四步，结果没解决指定版本号下载指定版本号全局卸载再下载都不能解决接着就注意到是不是npm i和npm...\lib\child-compiler.js - D:\Web\Project\RenHai1_admin-1\renhai_admin\node_modules\html-webpack-plugin...renhai_admin\\node_modules\\react-app-rewired\\scripts\\start.js' ] } 查了之后发现是因为没有安裝webpack-cli 安装之后根本和主要问题没关系...is not a function 原来这个问题也是版本号的问题，直接下载npm i less less-loader下载的都是最新版，导致less-loader版本过高10.xx.xx，导致版本不匹配...总之，忙活了一上午，可算给解决了，以后出现问题最重要的是思路清晰，一步步去尝试，一步步去解决… 发布者：全栈程序员栈长，转载请注明出处：https://javaforall.cn/169229.html

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别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

bookdown是著名R包作者谢益辉开发的，支持采用Rmarkdown (R代码可以运行)或普通markdown编写文档，然后编译成HTML, WORD, PDF, Epub等格式。...我们前面转录组和R培训的教案也是用bookdown写作的，后续再调整下格式，出一批电子书和纸质书，有意向和需求的欢迎联系。...另外当目录下同时存在name1.png和name1.pdf文件时，会自动选择在HTML展示name1.png文件，在PDF输出中引入name1.pdf格式的文件。...和pdf输出 # in _bookdown.yml rmd_files: html: ["index.Rmd", "file2.Rmd"] latex: ["index_pdf.Rmd", "...('index_pdf.Rmd', 'bookdown::pdf_book')" 配置全局变量自适应HTML和PDF输出 ```{r setup, include=FALSE} library(knitr

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Bookdown文档生成教程

R Markdown文件里面 (文件的语法可以是pandoc支持的markdown语法，但后缀必须为Rmd)。...和PDF输出。...另外当目录下同时存在name1.png和name1.pdf文件时，会自动选择在HTML展示name1.png文件，在PDF输出中引入name1.pdf格式的文件。...和pdf输出 # in _bookdown.yml rmd_files: html: ["index.Rmd", "file2.Rmd"] latex: ["index_pdf.Rmd", "...('index_pdf.Rmd', 'bookdown::pdf_book')" 配置全局变量自适应HTML和PDF输出 ```{r setup, include=FALSE} library(knitr

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R包更新过程中readr和cli不匹配

使用jupyter notebook运行python和R

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