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【R语言】Biostrings序列处理函数

做生物信息学分析，免不了要跟DNA，RNA，蛋白序列打交道。前面给大家介绍过几种获取DNA反向互补序列的方法。...☞使用R获取DNA的反向互补序列 ☞R如何reservse一个字符串最近小编又get了一个新的R包Biostrings，能轻松的实现序列反转，互补，反向互补配对等操作，今天就迫不及待的来跟大家分享一下...#我们的DNA序列 DNA_seq="AGCTTATCGATCGATCGTAGCTACGTAGCTACGTAC" #首先需要安装Biostrings这个包 BiocManager::install("...) #获取反向互补序列，一个函数就搞定了 reverseComplement(DNA.str) #转换成RNA序列 RNAString(DNA.str) #翻译成氨基酸序列 translate(DNA.str...as.prob = TRUE) #统计序列的GC含量 letterFrequency(DNA.str, "GC", as.prob = TRUE) 果然还是要站在前人的肩膀上，才能看的更远。

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R中的sweep函数

函数的用途 base包中的sweep函数是处理统计量的工具，一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN：对行或列，或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一，通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一行的均值，MARGIN=1，对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一，通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二，通过apply函数来计算每一列的均值，MARGIN=2，对列做操作 sweep(M,2,

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R语言时间序列函数大全（收藏！）

library(fGarch) #GARCH模型 library(nlme) #调用其中的gls函数 library(fArma) #进行拟合和检验基本函数数学函数 abs，sqrt：绝对值，平方根...”,”linear”,”after”) ) #可以选择插值方法，before末次观测值法，after下次观测结转法 as.contiguous(x) #返回x中最长的连续无缺失值的序列片段，如果有两个等长的序列片段...resid(fit) summary(fit) pacf(r^2) acf(r) acf(r^2) AutocorTest(r) #残差是否存在序列相关 ArchTest(r) #是否存在ARCH效应...) Box.test(r,lag=6,fitdf=1) 自动运行的自编函数 acf.3(x) #同时绘制3个相关图，acf函数的扩展 ur.df.01(x) #进行单位根检验，得到更加舒服的结果 tsdiag2...(x) #返回x的 arma.choose(x,ari=3,mai=3) #选择合适的AR和MA，基于包tseries的arma函数 #########################附属自编函数 #…

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Python：过滤序列的filter()函数

文章背景：最近在学习廖雪峰老师的Python文章，其中有个章节讲到的是filter()函数，该函数用于过滤序列。在学习过程中，也顺带巩固了其它的知识点，在此进行相应的整理。...Python版本：Python 3.7 1 filter()函数 2 示例代码 2.1 保留奇数 2.2 删除序列中的空字符串 2.3 采用函数filter()求数 2.4 采用函数filter...该函数接收两个参数，第一个为函数，第二个为序列，序列的每个元素作为参数传递给函数进行判断，然后返回 True 或 False，最后将返回 True 的元素放到新序列中。...注意函数not_empty()中的代码s and s.strip()。（1）在Python3中，None，0，空字符串，空列表，空字典、空集合都返回False。...（2）取序列的第一个数2，它一定是质数，然后用2把序列中2的倍数筛掉。（3）取新序列的第一个数3，它一定是质数，然后用3把序列中3的倍数筛掉。

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「R」tidyverse 中的公式函数

构造数据本文为了聚焦于公式函数本身的用法，我构造的示例数据会非常的简单。...img 公式保存了创建它的环境使用到 R 的朋友几乎都用过公式，它在统计建模方面给了我们极大的方便。不过，公式相比于数值、逻辑值这些数据类型，有什么特点吗？...")=R_GlobalEnv> 从属性部分我们可以看到公式保存了创建它的环境。...基本用法假设我们要对 df 中的 x 和 y 列进行归一化处理，在不使用 scale() 函数的情况下，我们可能会手写一个函数： scale2 <- function(x) { (x - mean...在公式中，我们可以直接使用前面已经定义的变量，这里是 cfs。

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R中的替换函数gsub

R中gsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下： > x R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数，结合正则表达式。...，我们知道组织病理分期分成stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子我们使用gsub函数...，并转换成因子我们还是使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A，B或者C等字母，例如Stage IIIA，Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage

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python中的序列对象

其实不然，在python中，有一种类型，称之为sequence, 序列类型，常见的list, tuple, str, range都属于序列类型。...5 python还支持负下标操作，从序列末尾进行计数，最后一个元素为-1，倒数第二个为-2，依次类推。...-1处 >>> a[:-1] [1, 2, 3, 4] 切片中区间为左闭右开，即包含起始下标，不包括终止下标， 3. len函数 len函数返回序列对象的长度，用法如下 >>> len('abcdef'...4, 5)) 5 5.min函数 min函数返回数值序列的最小值，用法如下 >>> min((1, 2, 3, 4, 5)) 1 6. sum函数 sum函数返回数值序列的总和，用法如下 >>> sum...方法统计序列中某个元素出现的次数，用法如下 >>> 'abbc'.count('b') 2 >>> (1, 2, 3, 3, 5).count(3) 2 11. index方法返回序列中某个元素第一次出现的下标

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转义字符r在Python内置函数print()中的妙用

在Python 3.x中，内置函数print()用来实现格式化输出，各参数含义请参考本文末尾的相关阅读。本文重点介绍print()函数的end参数以及转义字符'\r'的妙用。...本文末尾的相关阅读中已经提到，end参数用来确定print()函数在输出全部内容之后以什么结束，默认是转义字符'\n'，也就是换行符，在使用时可以根据需要修改这个参数的值，例如： ?...那么，如果把end参数设置为回车符'\r'，会是什么样的效果呢？...下面的代码 from time import sleep for i in range(1000): print(i, end='\r') sleep(0.01) 运行效果如下面的视频所示：

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基于Python的序列迭代器函数

那么在Python编程中，迭代也很适用，但是在python中迭代指的是根据原来的数据输出决定本次数据输出的过程，比如序列迭代器函数是python中一种非常强大的工具，它用于遍历和处理序列类型的数据。...那么本文就来介绍Python中常用的序列迭代器函数，并提供可运行的源码示例，但愿能够帮助读者更好地理解和运用基于python的这些函数。...迭代器函数概念先来了解一下迭代器函数的基本概念，在Python语言中，迭代器是一种特殊的对象，可以用来遍历序列中的元素。...常用的序列迭代器函数再来看看在python语言中常见且常用的序列迭代器函数都有哪些？以及它们的具体用法，由于本文篇幅有限，这里只介绍四个常用的序列迭代器函数，具体如下所示。..., letter in zip(numbers, letters): print(f"数字：{num}，字母：{letter}") 应用序列迭代器函数的场景在实际开发中，基于python的序列迭代器函数的应用场景有很多地方

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R」R 的函数

首先构造一个函数，它有一个参数x。这个函数的参数列表中还包含了一个省略号，因此这个省略号将成为我们调用的summary函数的参数。...这有点类似于shell中通过$引用相应的参数。看来很多的编程语言都存有相同的参数传递机制。函数的属性 R中包含了一系列的函数用于提取函数类型对象的信息。...NULL 如果我们想要在R代码中对函数的参数列表进行操作，formals函数是一个很好的工具，它会返回一个配对列表对象（对应参数名和设定的默认参数值）。...注意，formals函数仅能运行在R写的函数上（类型为closure的对象），而不能在内嵌函数（bulti-in function）上运行。...解释器将这样递归地在各个环境中寻找直到找到该符号或到达全局环境。加入解释器在到达全局环境时依然没有找到var，那么R会在全局环境中指定var的值为value。

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R中的stack和unstack函数

我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...，后面小编会使用这两个函数来给大家举个真实的应用案例，敬请期待。

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R中的expand.grid() 函数

在R中，expand.grid()函数可以返回几个元素所有可能的组合，使我们免于多层遍历的苦恼。...其实这个就是我们提供的sex，age，major中的变量分别组合起来得到的，类似于，遍历三层循环得到所有的排列组合。

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R中的grep和grepl函数

在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数

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「R」获取R包中的函数和对象列表

方案在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version

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Python中的时间序列分解

时间序列分解是一种技术，它将时间序列分解为几个部分，每个部分代表一个潜在的模式类别、趋势、季节性和噪声。在本教程中，我们将向您展示如何使用Python自动分解时间序列。...首先，我们来讨论一下时间序列的组成部分: 季节性:描述时间序列中的周期性信号。趋势:描述时间序列是随时间递减、不变还是递增。噪音:描述从时间序列中分离出季节性和趋势后剩下的东西。...分解我们将使用python的statmodels函数seasonal_decomposition。...result=seasonal_decompose(df['#Passengers'], model='multiplicable', period=12) 在季节性分解中，我们必须设置模型。...幸运的是，我们可以自动分解时间序列，并帮助我们更清楚地了解组件，因为如果我们从数据中删除季节性，分析趋势会更容易，反之亦然。作者：Billy Bonaros deephub翻译组

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python中的函数

不带表达式的return相当于返回 None。 3.实例： def hello(): print('hello') print('python') 通过函数名来调用函数 hello() ? 4....#函数里面嵌套函数 def westos(): print('is westos') def python(): print('is python') python() westos() ?...3.可变参数当参数的个数不确定的时候，可以使用可变参数，来表示该函数可以接收任意个参数在使用可变参数的时候：其中a 表示对参数进行解包，将序列中的元素一个一个的拿出来。...然后编写一个程序,让用户输入一个整数,并不断对这个数调用collatz(),直到函数返回值1(令人惊奇的是,这个序列对于任何整数都有效,利用这个序列,你迟早会得到1!既使数学家也不能确定为什么。...你的程序在研究所谓的“Collatz序列”, 它有时候被称为“最简单的、不可能的数学问题”)。

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python中的函数

---恢复内容开始--- 一数学定义的函数与python中的函数初中数学函数定义：一般的，在一个变化过程中，如果有两个变量x和y，并且对于x的每一个确定的值，y都有唯一确定的值与其对应，那么我们就把...自变量x的取值范围叫做这个函数的定义域例如y=2*x python中函数定义：函数是逻辑结构化和过程化的一种编程方法。...python中函数定义方法： 2 3 def test(x): 4 "The function definitions" 5 x+=1 6 return x 7...过程定义：过程就是简单特殊没有返回值的函数这么看来我们在讨论为何使用函数的的时候引入的函数，都没有返回值，没有返回值就是过程，没错，但是在python中有比较神奇的事情 1 def test01().../过程没有使用return显示的定义返回值时，python解释器会隐式的返回None，所以在python中即便是过程也可以算作函数。

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Python Python中的高级函数(魔法函数)

Python中的高级函数(魔法函数) filter(内置函数) map(内置函数) reduce(曾经是内置函数) filter 功能对循环根据过滤条件进行过滤用法 filter(func, list...) 参数介绍 func: 对list每个item进行条件过滤的定义 list : 需要过滤的列表举例 res = filter(lambda x:x > 1, [0,1,2]) 返回值 -> [1,2] map 功能对列表中的每个成员是否满足条件返回对应的True与False 用法 map(func, list) 参数介绍 func: 对List每个item...进行条件满足的判断 list: 需要过滤的列表举例 res = map(lambda x:x > 1, [0,1,2]) 返回值 -> [False, False..., True] reduce 功能对循环前后两个数据进行累加用法 reduce(func, list) 参数介绍 func : 对数据累加的函数 list : 需要处理的列表举例 res = reduce

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python中的函数

欢迎李四来到我的python函数中。欢迎王五来到我的python函数中。 3.创建有多个参数的函数如下代码，定义两个函数，每个函数都有两个形参，第一个add函数调用，直接赋值，打印出信息。...8.2 python内置的BIF：filter函数 filter() 过滤器，filter() 函数用于过滤序列，过滤掉不符合条件的元素，返回一个迭代器对象，如果要转换为列表，可以使用 list() 来转换...该接收两个参数，第一个为函数，第二个为序列，序列的每个元素作为参数传递给函数进行判，然后返回 True 或 False，最后将返回 True 的元素放到新列表中。...8.3 python内置的BIF：map函数 map() 会根据提供的函数对指定序列做映射。...第一个参数 function 以参数序列中的每一个元素调用 function 函数，返回包含每次 function 函数返回值的新列表。

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python中的函数

JavaScript 中函数为一等公民。...今天就来介绍一下函数。函数什么是函数？函数就是可以重复使用的，具有特定功能的代码。在 python 中函数用 def关键字声明。...形参和实参必须相同在 python 中形参和实参的数量必须保持一直，否则 python 解释器就会报错。...在 python 中有两种形式的不定长参数：形参前面有一个「*」语法： def 函数名(*arguments): 函数体 *arguments可以接受任意多的参数，并将其放入元组中。...20, 'y': 30} test(10, x=20,y=30) 匿名函数 python 中的匿名函数是用 lambda 创建的。

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