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DNA序列点图
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我目前正在编写一个脚本，以便在给定两个序列时创建一个点图。到目前为止，我可以得到一个可爱的小圆点图。不，我想要也需要做的是将它转换为matplotlib图。我有点被困在这一点上，我已经从np网格化得到两个具有所有可能组合的数组，我希望重叠并返回一个等高线图会相当简单，可能本质上显示了上面的点图，但只是更漂亮。
浏览 9提问于2019-12-10得票数 2
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我试图用热图以外的东西来绘制两个序列(氨基酸序列)之间的Levenshtein距离分数。作为示例，这是我用来生成热图的代码：library (pheatmap),1,2,3,4,5)下面是示例中的热图
浏览 9提问于2022-01-24得票数 0
我想做一个简单的点图从2个dna序列，而不使用任何lib或其他。我是Python的新手，我想学好它
谢谢你帮我
浏览 1提问于2019-09-02得票数 0
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我有兴趣做一个点图矩阵的两个dna序列，以k作为单位相似性评分，t作为一个阈值。我正在学习python，虽然我对数据很在行，但我仍在与表和dot图进行斗争。我创建了上面的代码来生成一个简单的标识矩阵。
浏览 0提问于2016-11-26得票数 0
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我需要数据集: seq1和seq2 (DNA序列)。我想做一个数据图，比较这两个序列，并在两个序列匹配的地方放置一个点。我能够用seqinr的点阵图来完成这个任务，但是我不能做的是列出轴上的序列，这样你就可以看到哪些点匹配。基本上，我想用顺序字母代替数字。
seq1 <- c("G","C","T",&
浏览 4提问于2014-11-09得票数 1
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就上下文而言，我将使用引发这个问题的例子，这是Scikit-Bio的DNA序列类。下面的代码列出了DNA对象的所有属性。from skbio import DNA
d = DNA('ACTGACTG'
浏览 0提问于2015-10-01得票数 1
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我使用html，css和javascript来可视化不同的DNA序列。每个序列表示为html元素的图，并且具有与DNA序列长度相对应的固定长度。跨度位于每个图中的不动点，以表示特定的主题。现在这些序列中的一些可能是相似的。我想以图形方式显示序列与下面所显示的序列相似的区域，如下所示：
在上面的例子中，由graph1和2以及graph2和3表示的序列有一个相似的区域，但是序列的
浏览 4提问于2019-11-20得票数 0
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给定一个密码子的DNA序列，我想得到以A或T开头的密码子的百分比。我们写的和工作的内容： gets a dn
浏览 2提问于2016-07-22得票数 0
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我是Python的新手，我正在尝试获得一对DNA序列之间的汉明距离。虽然我能够做到这一点，但我真的不知道如何获得超过一对DNA序列的汉明距离列表。不知道有没有人能在这方面给我指点一下。dna1 = 'ACCTAT' if len(strand_a) == len(strand_braise ValueError("
浏览 41提问于2021-03-27得票数 0
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def similarity(dna1, dna2): for i in range(len(dna1)): for dna_seq in dna_list: dna2 = dna
dict = {dna_seq: si
浏览 1提问于2015-07-21得票数 1
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我有一个由107个dna序列(列)组成的矩阵，每个序列有10个碱基(行)长。我还有一个称为nSamples的种群频率矢量，以及一个称为dnapops的种群名称矢量。我想自动创建一个嵌套列表，该列表分别包含前27个序列作为dna1，下一个27个序列作为dna2，下一个17个序列作为dna3.....and，依此类推，直到所有107个序列都在列表中它们各自的群体中。这需要是动态的，因为种群和dna<em
浏览 6提问于2016-08-03得票数 1
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给您两个表示2个DNA序列的字符串，例如: dna1 = "ATGGTTAT“dna2 = "AGTGTTAT”--序列大小相同(它们可以有7到8个字符)，如果它们有匹配的子字符串，则应该比较它们并返回第一个最大匹配子字符串的位置示例: dna1 = "AAGGTGAT“dna2 = "AATGTGAT”输出应为3。
我尝试使用for循环来迭代和比较这两个序列并返回位置，但是我找不到分离匹配子字符串、比较它们并返
浏览 5提问于2022-06-09得票数 1
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点运算符(.)在Perl中？我需要将DNA序列与允许3个不匹配的目标序列进行匹配。它的语法是什么？
例如，设DNA序列为ATGC，目标序列为ATGAGCA。
浏览 1提问于2011-11-17得票数 0
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CNN在基因组学中的应用
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由于CNN已经广泛应用于DNA序列数据中，我想知道为什么CNN不经常用于预测SNP数据的表型，因为SNP本质上是DNA序列的一部分，并且保留了排序的性质。当无法获得完整的DNA序列时，例如通过基因分型获取数据时，需要使用其他方法……”嘿，伙计们，我只想提醒大家，我正在讨论SNP的使用(或者你也可以包括其他类型的变种)，...not全序列数据。在全DNA序列上使
浏览 0提问于2018-07-19得票数 0
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我有问题要打印DNA的互补链序列，也要用反向的DNA序列输出，请输入模板链的DNA序列: GTAAGCCGGAAGG反义链的DNA序列是CATTCGGCCTTCC，反向的DNA序列是GGAAGGCCGAATG
浏览 0提问于2018-03-04得票数 -1
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我必须用编写一个函数，输入一个包含dna序列的FASTA文件。给定FASTA文件的名称和一个明确的DNA字符串，我想写出给定序列可能是其子序列的序列('>'头)的标识符。我希望在不生成所有可能的序列的情况下实现这一点，并且子序列可以具有不明确的符号以及FASTA文件中的序列。例如:序列“ACC”可以是“CGMBHTW”的子序列。有人能帮我一下吗？
浏览 0提问于2016-11-30得票数 0
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具有一致着色的多级饼图
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我试图为几个文件创建一个多级饼图，这些文件的格式如下：compartment percent sequencedna...plasma 75 AAGTGTplasma 0 AAAAAA
我试图创建同心圆饼形图作为一个图形到目前为止，我为单个文件编写的代码运行良好，序列顺序不一定遵循我的自定义调色板的顺序，每个文件之间的颜色也不
浏览 5提问于2017-12-18得票数 1
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我试图在蟒蛇中产生5个随机DNA序列。每个序列都是length=10，GC百分比= 0.2。我的理解是，该函数将生成第一个随机DNA序列，然后检查其GC %：如果它满足要求(在这种情况下为20%)，它将返回该序列并对其他4个序列重复；如果没有，它将重新生成该序列，直到满足要求并移到下一个序列。但目前存在的问题是：( 1)不生成5个序列，只产生1个序列作为输出；( 2)返回序列似乎满
浏览 6提问于2021-03-14得票数 0
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