在后续的使用中可能会更新tensorflow而base库的版本却保持不变，有可能导致错误。...中create一个环境： 在建环境之前如果没有用thu的镜像，create会很慢，所以在create之前： conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn.../ conda config --set show_channel_urls yes 现在create 环境 conda create -n XXX python=3.6 其中XXX是你对环境起的名字...安装好后打开anaconda navigator，将base改为tensorflow 以下是以后会用到的对虚拟环境的操作： 查看虚拟环境 conda env list conda info -e 使用虚拟环境...：[conda] deactivate 删除虚拟环境 conda remove -n env_name --all pycharm中使用特定的conda虚拟环境 Pycharm找到设置： 参考链接
Mamba 安装 Mamba 可以使用 Mambaforge 方法和已有 Mini/conda 的方式安装，官方推荐的是前面一种，即使用 Mambaforge 进行全新安装。...在已有的 conda 中安装 官方文档中明确说不推荐这种安装 Mamba 的方式，他们强烈建议使用 Mambaforge 方法（见上文）。...强烈建议不要在基础环境中安装任何其他东西。这样做可能会破坏 mamba 和 conda 安装。...脚本安装 如果您使用的是 macOS、Linux 或 Windows 上的 Git Bash，则有一种简单的安装方法 micromamba。只需在您喜欢的 shell 中执行安装脚本即可。...Linux 和 macOS 下载并解压可执行文件（来自官方 conda-forge 包）即可。
1.6 Linux下的查找命令 - 文件哪里跑 1.6.1 命令/可执行程序查找 - 定位脚本的位置 1.6.2 locate普通文件快速定位 1.6.3 find让文件无处可逃 find 1.6.4...1.8 监控程序的运行时间和资源占用 2 Linux下软件安装相关 2.1 文件属性和可执行属性 2.1.1 文件属性 2.1.2 可执行属性 2.2 PATH和path，傻傻分不清 2.2.1 小事也不能忽略...R和R包的安装 2.3.7 Perl包的安装 2.4 Conda安装配置生物信息软件 2.4.1 Conda安装和配置 2.4.2 Conda基本使用 2.4.3 Conda的channel 2.4.4...创建不同的软件运行环境 2.4.5 移除某个conda环境 2.4.6 Conda配置R 2.4.7 Conda环境简化运行 2.4.8 Conda环境备份 2.4.9 Conda环境导出和导入 2.4.10...6.4 计算GTF文件中基因所拥有的平均转录本数目 6.5 生成一个多行Fasta测试序列供后续运算 (也可使用我们前面提供的脚本生成) 6.6 test.fa中的序列全转成大写 6.7 计算多行FASTA
pip: pip freeze conda: conda list
Conda使用：conda -h --no-plugins COMMAND创建独立的小环境为什么？...这个conda小环境conda remove -n rna -all #删除一处啊昂见的小环境及安装的包conda rename -n R-base_4.3 R #修改已创建的小环境的名称conda install...fastqc=0.11.7 #指定安装版本#可添加参数-y跳过确认步骤conda list xxx #列出环境中名为xxx的软件conda list -n rna #查看指定环境中的软件软件：转录组#...系统配置文件，包含专用于你的bash shell的bash信息、设置，每次登录或打开新的shell时，该文件会被自动读取和执行。...$PATH | tr ':' '\n'管理$PATH方法在家目录下创建~/bin/文件夹并将其添加至环境变量，后续手动安装的软件可将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）至该bin文件夹mkdir
变量也存在使用的限制，称为 作用域 ，变量的作用域即变量的有效范围（比如一个函数中、一个源文件中或者全局范围），在该范围内只能有一个同名变量。一旦离开则该变量无效，如同不存在这个变量一般。...conda 中的环境 conda 是个管理linux 包的好东西。...bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 用bash 运行该脚本 source ~/.bashrc # 激活conda 在安装好conda 后，由于国内qiang...install package_name # 安装某个包 conda search package_name # 在conda 软件库中搜索某个包 conda update package_name...# 更新某个包 conda list # 查看当前环境下安装的内容
env list # 每次运行前，激活创建的小环境rna conda activate rna # 退出小环境 conda deactivate 在小环境rna中安装生信软件 #软件要安装在小环境中...R4 # 创建R4环境 conda create -y -n R4 python=3.8 # 激活R4环境 conda activate R4 # (可选步骤：在R4里安装mamba) # conda...、状态变量、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $符号 环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 状态变量：用于记录命令的运行结果 位置参数变量：用于用于向命令或程序脚本中传递信息...在自己家目录下创建一个~/bin/文件夹并将其添加到环境变量中，后续安装软件，就拷贝可执行文件到这个bin文件夹（类似于工具箱本箱） mkdir ~/bin echo 'export "PATH...$ bash test.sh # 1标准输出 和 2标准误输出 $ bash test.sh 1>test.log 2>&1 # 可执行权限 $ ls -lh test.sh $
Anaconda通过管理工具包、开发环境以及Python版本，大大简化了你的工作流程，不仅可以方便地安装、更新、卸载工具包，而且安装时能自动安装相应的依赖包，特别是还可以使用不同的虚拟环境隔离不同要求的项目..._64.sh # 脚本过程运行过程中需要选择安装目录等，默认为/home/xxx/anaconda3,xxx为你的用户名 bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh #添加...conda list # 查看已安装的库 3 安装大气和海洋领域常用库 # conda无法安装时尝试使用pip # -y 参数默认下载安装依赖包 ### 科学计算与统计等 conda...4 使用从conda搭建NCL环境 气象和海洋领域中，NCL也是较为常用的语言，其出图较为精美，且官网提供众多现成的脚本。...但是官方不再继续更新维护，NCL与较新版本系统的glibc库等不兼容，因此在较新版本的linux系统中无法安装（如ubuntu20.04）。
Miniforge特别强调支持Conda-forge，这是一个由社区维护的Conda包和渠道。...Conda是一个开源的包管理系统和环境管理系统，用于安装、运行和更新包和它们的依赖关系，并能够创建隔离的环境。...在macOS或Linux上，使用终端运行下载的sh脚本 脚本文件，例如： bash Miniforge3-MacOSX-arm64.sh # 请替换为实际下载的文件名 配置环境变量（如果安装过程中没有自动配置...）： 在bash shell中，使用vi或vim打开文件~/.bashrc： vi ~/.bashrc 或 vi ~/.bash_profile 添加到环境变量 export PATH="/path...激活新的环境 激活你刚刚创建的环境： conda activate myenv 安装额外的包 使用conda或pip安装所需的Python包： conda install numpy 或者 pip
Anaconda介绍CentOS 7安装Anaconda3conda命令使用介绍帮助目录检查conda版本升级当前版本的conda环境管理列出所有的环境安装一个不同版本的python新环境复制一个环境创建一个新环境导出环境...，Anaconda支持导入导出以方便迁移导入环境信息，即根据配置文件创建一个新环境：移除环境激活进入环境，请使用停用一个活动环境，请使用包管理查看已安装包向指定环境中安装包从Anaconda.org安装一个包通过...因为包含了大量的科学包，Anaconda 的下载文件比较大，如果只需要某些包，或者需要节省带宽或存储空间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版（仅包含conda和 Python）。...the installation - Or specify a different location below [/root/anaconda3] >>> /opt/anaconda3 其实安装位置可以在执行安装脚本的时候直接指定...补充： 配置其他用户可用，将安装脚本添加到.bashrc文件中内容添加到/etc/bashrc中。
Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系，可以在不同环境中轻松切换，使得软件包的安装和管理更加方便。...Anaconda是Conda的一个发行版，包含了Python、conda和其他180多个科学包及其依赖项。它是一个全功能的Python发行版本，特别适合数据科学和机器学习领域。...由于包含了大量的科学包，Anaconda的安装包相对较大。Miniconda是Conda的另一个发行版，是一个轻量级的版本。它只包含conda和其他几个基础包，相对于Anaconda来说更加轻便。...biosoft），sh代表为一个脚本bio07@ecm-cefa:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #安装脚本文件bio07@ecm-cefa...install fastqc -y #install，在当前环境下安装某个程序包，-y是yes，安装过程中conda问题全部回答yes(base) bio07@ecm-cefa:~/biosoft
Spark Local 模式搭建文档 在本地使用单机多线程模拟Spark集群中的各个角色 1.1 安装包下载 目前Spark最新稳定版本：课程中使用目前Spark最新稳定版本：3.1.x系列 https...Anaconda环境 此环境三台节点都是需要安装的, 以下演示在node1安装, 其余两台也是需要安装的 cd /export/softwarerz 上传Anaconda脚本环境 执行脚本:bash...： 命令：spyder，其功能如下 1.Anaconda自带，无需单独安装 2.完全免费，适合熟悉Matlab的用户 3.功能强大，使用简单的图形界面开发环境 下面就Anaconda中的conda命令做详细介绍和配置...（1）conda命令及pip命令 conda管理数据科学环境，conda和pip类似均为安装、卸载或管理Python第三方包。...not been properly configured to use ‘conda deactivate’.切换使用 source activate #您可以在新创建的环境中通过使用PyPI安装PySpark
1、Linux软件安装 step1、了解conda--“linux的应用商店” 图片星球 step2、下载conda miniconda是conda的精华版本，里面包含了conda、python和基础包...conda的脚本 下载到自己电脑上服务器上 1、登录服务器 2、cd到生物信息软件存放文件夹（我的是biosoft，没有可新建） 可以使用tab键补全 这样更加快捷、准确 3、wget https://...安装包的脚本 step、3安装miniconda 1、Linux下的安装要运行这句代码（bash＋安装脚本） bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 2、按下q跳过版权信息...1、查看当前服务器上安装的所有软件 conda list 2、安装软件 conda install fastqc -y #-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes 某些软件需要指定特定的版本使用...） 在R语言上是看是否安装成功是看library能否成功 step6、创建conda环境 创建不同的环境，完成不同的项目，互不干扰，高效实用。
前者从名字上就能猜出是精简版，后者预装了很多常用的功能，但比较臃肿。实际工程中，一般都使用 miniconda，按需安装软件包，本文的下面篇幅也以 miniconda 为例进行说明。...Conda常用命令 在conda环境中，常用的命令格式为： conda [命令 [参数]] 包管理 与python -m pip list类似，conda可以列出当前环境下的所有包： conda list...在不同版本的conda中，我们可以直接使用的Python与依赖库的版本都不同，为了确定当前使用的conda版本，可以运行以下命令： conda --version 有时，我们想用的某个库在conda中有问题...最佳实践是只在conda找不到包时，才用pip安装。不要使用user参数，避免权限问题。 退出 直接运行conda deactivate，然后可以通过which python来确认。...conda就可以同时管理好conda和pip依赖 conda 的环境管理，已经成为一种标准，被mlflow这样的项目所使用。
先决条件 在开始本指南之前，您应该拥有一个在您的服务器上设置了sudo权限的非root用户。...安装Anaconda 安装Anaconda的最佳方法是下载最新的Anaconda安装程序bash脚本，验证它，然后运行它。...接下来，切换到服务器上的/tmp目录。这是一个很好的下载短暂项目的目录，比如Anaconda bash脚本，运行它后我们就不再需要它了。 cd /tmp 我们将使用curl命令行工具下载脚本。...现在安装了Anaconda，我们可以继续设置Anaconda环境。 设置Anaconda环境 Anaconda虚拟环境允许您保持按所需的Python版本和包组织的项目。...由于我们在本教程中使用了Anaconda和Python 3，因此您只能访问Python 3版本的软件包。 让我们使用最新版本的Python 3创建一个环境。
准备 一台Ubuntu 18.04 的服务器 一个可以使用sudo命令的非root账户 安装Anaconda 安装Anaconda的最佳方法是下载最新的Anaconda的bash安装脚本，先验证它，再运行它...这是一个很好的下载短暂项目的目录，比如Anaconda bash脚本，运行它后我们就不需要了。...现在安装了Anaconda，我们可以继续设置Anaconda环境。 设置Anaconda环境 Anaconda虚拟环境允许您保持按所需的Python版本和包组织的项目。...由于我们在本教程中使用了Anaconda和Python 3，因此您只能访问Python 3版本的软件包。 让我们使用最新版本的Python 3创建一个环境。我们可以将这3赋值给python。...使用以下命令添加其他包，例如： $ conda install --name my_env35 numpy 如果您知道numpy在创建时需要环境，则可以在conda create命令中将其作为目标： $
-n rna创建名为rna的conda小环境-n： 指定环境名称conda activate rna启动rna这个conda小环境conda deactivate退出rna这个conda小环境安装软件需要在特定小环境中安装软件...conda install -y fastqc=0.11.74.查看当前环境所安装的软件conda list5.检测是否安装成功 -help环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量常见环境变量...命令 可以对文件的属性加权限脚本编程变量：环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号• 环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量• 状态变量：...用于记录命令的运行结果• 位置参数变量：用于向命令或程序脚本中传递信息• 自定义变量：由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等状态变量$?...脚本：为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名其他脚本：在Linux中使用其他编程语言，需要在 shebang(释伴) 中定义解释器，Python 是 python/python2
2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法，现在根据使用经验做一些更新，主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。...最吸引我的是它的工作环境概念，可以简单的配置不同Python版本的环境、不同Python包的环境、不同R环境和R包的环境，对于生物信息软件繁杂的应用和频繁的更新提供了很大的便利。...环境变量的解释和使用见 http://blog.genesino.com/2017/06/bash1/ Conda基本使用 在Conda安装配置好之后，就可以使用了。...做培训时需要给参加培训的老师提供配置环境的脚本，之前都是提供一个Bash文件，更简单的方式是可以导出环境，自己配置时再导入就好了。...conda install -c r -n r r-essentials=1.6.0 R会安装于conda_path/envs/r/bin中，软链到位于环境变量的目录中即可正常使用。
前言 之前，习惯性用conda来管理环境，安装软件。...大多时候都还不错，但是就是喜欢转圈圈，下载不动，最后给出些不清晰的信息~ 最近服务器出问题，重新配置了一遍工作环境，换用mamba试试~ mamba mamba 是使用C++ 对conda包管理器的重实现...使用多线程来并行下载仓库数据和包文件 采用libsolv来更快的解决包依赖关联，这是Red Hat，Fedora和OpenSuse的RPM 包管理器中使用的先进的库 mamba核心部分使用C++来获取最大效率...The mamba-org 组织有多个Mamba 支持: mamba 基于Pyhton命令行实现，替换conda， 提供高速，更可靠的环境管理 micromamba 纯C++实现，单个可执行文件 libmamba...可以使用以下命令进行自动安装 ## Linux 默认shell 使用bash curl micro.mamba.pm/install.sh | bash ## Linux 默认shell 使用zsh
conda相当于app store，里面有很多软件可以下载供用户使用分类：conda，anaconda，minicondaconda：大boss，包含了流行科学计算数据分析的python包，即是一个有很多领域软件包的管理器...软件包进度条完成done后，下载完成安装miniconda软件包下载好了，还需要安装，开始安装，输入命令bash 安装包.sh即bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shpress...config --set show_channel_urls yes引用自 生信星球使用condaconda list查看当前服务器上安装的软件列表安装fastqc，输入命令conda install...，基因组组装等等）分析的时候，需要不同的软件和同一软件的不同版本，需要进行conda环境分开互不干扰。...退出当前环境，conda deactivateTips：xx.sh，后缀为软件程序的脚本，相当于安装软件的压缩包linux下，左键复制，右键粘贴
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
腾讯会议
云直播
对象存储
