我有很多样本,每个样本都有一个相应的丰度矩阵。从这些丰度矩阵中,我想创建一个大矩阵,其中包含行中每个样本的丰度信息。 例如,单个丰度矩阵将如下所示: A B C D
sample1 1 3 4 2 其中A、B、C和D表示列名称,而丰度是行值。 我想通过匹配colname值来填充我的更大的矩阵,它将所有可能的字母(A:Z)和所有可能的样本(sample1:sampleN)作为行,并将所有可能的字母(A:Z)作为colname。 对于ex。: A B C D E F G .... Z
sample1 1 3 4 2
我有我对所有样本(X)的相对丰度。我还获得了特定属(Y)的总体的subset_taxa。我现在如何开始测量Y在X中的相对丰度?
ps<-phyloseq(ASV,TAX,mapfile,tree) relabun<-transform_sample_counts(ps,function(x) x / sum(x)) ps_genusP <- subset_taxa(ps, Genus == "D_5__Flavisolibacter" | Genus == "D_5__Halomonas"| Genus == "D_5__Thiobac
我对C语言很陌生,在这个问题上我真的需要帮助:
整数的丰度被定义为一个数字的完美除数(不包括该数本身的因子)除以该数本身。例如,8的丰度是(1+2+4)/8 = 7/8。编写一个C函数,它以单个整数作为输入,并返回该数字的丰度。
这就是我所得到的。我可以编译它,但我总是得到不正确的答案。请提前帮助和感谢
#include <stdio.h>
int main()
{
int number, i, sum, abundancy;
sum==0;
abundancy==0;
printf("Enter an integer:");
我正在尝试在R中使用tapply来找出丰度的变异系数,并尝试了这个代码: tapply(ReefFish$count, ReefFish$commonname, FUN = 100*sd(x)/mean(x)) 然而,我得到了一个错误: Error in is.data.frame(x) : object 'x' not found 我不确定应该把什么作为'x‘,因为我正在寻找丰度(计数)的变异系数(count)通过它们的通用名称(commonname)。 有人知道我应该如何在这段代码中定义x吗?