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R in action读书笔记(14)第十一章 中级绘图 之一:散点图(高能预警)

另外,子群(根据气缸数)通过符号类型和颜色来区分标注默认地,回归直线拟合整个样本,包含选项by.groups = TRUE将可依据各子集分别生成拟 合曲线。...smoothScatter()函数可利用核密度估计生成用颜色密度来表示点分布的散点图,利用光平滑密度估计绘制的散点图。...IDPmisc包中的iplot()函数也可通过颜色来展示点的密度(在某特定点上数据点的 数目) > library(IDPmisc) > with(mydata,{ + iplot(x,y,main...11.1.3 三维散点图 假使你对汽车英里数、车重和排量间的关系感兴趣,可用scatterplot3d中的 scatterplot3d()函数来绘制它们的关系。...Scatterplot3d(x,y,z) x被绘制在水平轴上,y被绘制在竖直轴上,z被绘制在透视轴上。

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    Python通过PIL获取图片的主要颜色并和颜色库进行对比的代码

    这段代码主要用来从图片提取其主要颜色,类似Goolge和Baidu的图片搜索时可以指定按照颜色搜索,所以我们先需要将每张图片的主要颜色提取出来,然后将颜色划分到与其最接近的颜色段上,然后就可以按照颜色搜索了...在使用google或者baidu搜图的时候会发现有一个图片颜色选项,感觉非常有意思,有人可能会想这肯定是人为的去划分的,呵呵,有这种可能,但是估计人会累死,开个玩笑,当然是通过机器识别的,海量的图片只有机器识别才能做到...那用python能不能实现这种功能呢?...答案是:能 利用python的PIL模块的强大的图像处理功能就可以做到,下面上代码: import colorsys def get_dominant_color(image): 颜色模式转换,以便输出...当然我只是举一个例子,你也可以划分的更细,那样显示的颜色就会更准确~~大家赶快试试吧

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    R语言三维图的绘制

    当然,作为大众的免费软件,指定不服,很多人为此也基于R语言开发了一些相应的三维图的绘制包,像rgl,gg3D,plot3D,scatterplot3d等,我们今天就介绍一下其中的scatterplot3d...其中主要的参数: Xlim,ylim,zlim 主要是标注坐标轴范围的。 Color主要指的每个点的颜色,如果不分组那就直接一个颜色就看可以,如果颜色分组,那需要标注每一个样本的颜色。...Type 主要是设置点绘制形式,p-点;h-柱子;l-线,就是将所有点连起来。 Lwd 主要是设置竖线的粗细。 接下来我们就看下包自带的五个例子: 1....基础的函数三维图绘制: z<- seq(-10, 10, 0.01) x<- cos(z) y<- sin(z) scatterplot3d(x, y, z, col.axis="blue",...并且能够修改平面的颜色: ? 当然,拟合的平面的颜色也是可以进行修改的:需要在s3d$plane3d子函数中进行设置;至此基本的此包的所有功能基本掌握。其他的美观度那就需要自己去体会了。

    6.6K20

    R语言入门之散点图

    R包“car”里提供的scatterplot()是一个高效绘制散点图的函数,它可以用来添加拟合线、绘制边际箱线图等等。...这里可以使用“hexbin“包里的hexbin(x,y)函数来解决问题,也可以通过调整点之间的色差来区别重合的点。...从绘图的结果可以看出来hexbin()函数将重叠的数据点用不同颜色深度的六边形来区分来,使散点图一目了然。 另外也可以使用sunflowerplot()这个函数来解决样本点重合的问题。...4. 3D 散点图 你可以使用“scatterplot3d“包里的scatterplot3d()函数来绘制3D散点图,下面是几个实例: # 简单3D散点图 library(scatterplot3d...# 绘制带有颜色和垂线的3D散点图 library(scatterplot3d) #加载R包 attach(mtcars) #固定数据集 scatterplot3d(wt,disp,mpg, pch=16

    2.9K20

    R语言绘图:复杂散点图绘制

    散点图用于描述两个连续性变量间的关系,三个变量之间的关系可以通过3D图形或气泡来展示,多个变量之间的两两关系可以通过散点图矩阵来展示。 1....例如,使用hexbin()来绘制高密度散点图,六边形的颜色深度表示散点的密度。...三维散点图 三维散点图用于对三个变量之间的交互关系进行可视化,scatterplot3d包中的函数scatterplot3d(),可以用于绘制三维散点图: scatterplot3d(x, y=NULL...= "p" 或 type = "h" 时,根据y坐标把点绘制成不同的颜色; # 其他情况下,使用color参数的值来绘制点的颜色。...例如利用mtcars数据集,绘制wt,disp和mpg之间的三维散点图: install.packages("scatterplot3d") library(scatterplot3d) with(mtcars

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    python - 绘制与数据相关的标记和颜色的3D散点图

    =m) ax.set_xlabel('X Label') ax.set_ylabel('Y Label') ax.set_zlabel('Z Label') plt.show() 以上是官网上的代码示例及演示结果...mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 然后绘图: ax = plt.figure().add_subplot(111, projection = '3d') #基于ax变量绘制三维图...#xs表示x方向的变量 #ys表示y方向的变量 #zs表示z方向的变量,这三个方向上的变量都可以用list的形式表示 #m表示点的形式,o是圆形的点,^是三角形(marker) #c表示颜色(color...ax.set_zlabel('Z Label') #显示图像 plt.show() 注: 上面的 ax = plt.figure().add_subplot(111, projection = '3d') 是下面代码的略写...fig = plt.figure() ax = fig.add_subplot(111, projection = '3d') 如果我有一个df包含5列f1,f2,f3,f4,y 的数据框 可以这样引用

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    R语言之 ggplot 2 和其他图形

    ggplot2 包中有超过 30 个以 geom 开头的函数,读者可通过该包的帮助文档查看这些函数。映射只负责将变量关联到某个图形属性,并不负责具体的数值。...接下来我们将探索用 ggplot2 包绘制常用统计图形的方法。 2.分布的特征 在探索数据的过程中,最基本的手段就是观察单个变量的取值情况。对于连续型变量,可以绘制直方图或密度曲线图。...3.3 热图 热图(heatmap)是将一个矩阵中的元素数值用不同颜色表达,并对矩阵的行或列进行层次聚类的一种颜色图。通过热图,我们不仅可以直接观察矩阵中的数值分布状况,还可以知道聚类的结果。...,可以使用 scatterplot3d 包的 scatterplot3d( )函数,使用前请先安装该包。...函数 scatterplot3d( ) 提供的参数选项包括设置图形符号、突出显示、角度、颜色、线条、坐标轴和网格线等。下面以 datasets 包里的数据集 trees 为例说明此函数的用法。

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    使用 Python 通过基于颜色的图像分割进行物体检测

    维基百科告诉我们关于Anaconda的内容: Anaconda是用于科学计算(数据科学,机器学习应用程序,大规模数据处理,预测分析等)的Python和R编程语言的免费开源发行版,旨在简化包管理和部署。...我将所有其他强度转换为黑色(包括更大和更小的强度)。 第二步我对图像进行阈值处理,以便只有我想要轮廓的颜色现在显示为白色而其他所有颜色都转换为黑色。...当处理MRI扫描时,程序必须检测所述MRI扫描的癌症水平。它通过将扫描分割成不同的灰度级别来实现这一点,其中最暗的是充满癌细胞,而最接近白色的是更健康的部分。然后它计算肿瘤对每个灰度级的隶属程度。...HSV表示,你可以通过将其RGB转换为HSV来了解它,如下所示。...HSV颜色的绿色表示 将图像转换为HSV:使用HSV可以更轻松地获得一种颜色的完整范围。HSV,H代表Hue,S代表饱和度,V代表值。我们已经知道绿色是[60,255,255]。

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    PCA分析 | 不同品种的基因型数据绘制2D和3D的PCA图

    PCA是降维的一种方法。 很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: image.png 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图: image.png 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    育种中PCA分析可视化

    PCA是降维的一种方法。 很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012的raw...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    基因型数据PCA可视化+分组可视化+2D+3D+解释百分比

    PCA是降维的一种方法。 很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    R-三维散点图绘制绘制

    有关散点图前几部分系列可见(可跳转): 趋势显示的二维散点图 分布显示的二维散点图 气泡图 R 中scatterplot3d包的scatterplot3d()函数、rgl包的plot3d()[2]函数、...先通过该函数进行一个简单三维散点图的构建:以Sepal.Length为x轴,Sepal.Width为y轴,Petal.Length为z轴。...绘制箱子型box = TRUE;旋转角度为theta = 60, phi = 20;透视转换强度的值为3d=3;按照2D图绘制正常刻度ticktype = "detailed";散点图的颜色设置bg="...加入第四个变量 上图可以看出三者之间的关系,但是如果要加入第四个变量(Petal.Width)该怎么绘制到三维散点图中? 方法一:可以将变量Petal.Width映射到数据点颜色中。...同理,我们绘制出以鸢尾花不同类别作为第四个变量的三维散点图。通过该图可以清晰看到不同类别的鸢尾花特征非常不同。

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    表型数据和基因型数据--聚类分析

    很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012的raw...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    基因型数据绘制PCA图和聚类分析图

    很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    PCA分析给出每个主成分的解释百分比

    PCA是降维的一种方法。 很多软件可以分析PCA,这里介绍一下使用plink软件和R语言,进行PCA分析,并且使用ggplot2绘制2D和3D的PCA图。...绘制后的图如下: 2-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,同时绘制置信区间圆圈,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异。...3-D PCA图: 图片解释,将每个品种用不同的颜色表示,X坐标是PC1,解释24.9%的变异,Y坐标是PC2,解释10.61%的变异,Z坐标是PC3,解释1.02%的变异。...2,计算G矩阵 3,计算PCA的特征向量和特征值 4,根据特征值计算解释百分比 5,根据特征向量和品种标签,进行PCA的绘制 绘制代码如下: 首先,使用plink命令,将基因型数据转化为012...3-D PCA图 library(scatterplot3d) pca_re2 = pca_re2 %>% mutate(colour = case_when( Gen == "A" ~ "red"

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    复现 sci 顶刊中的 3D 密度函数图

    这里我们主要使用 plot3D[2] 包中的 scatter3D 函数进行绘制,当然也可以尝试使用 Scatterplot3d[3] 包。 首先构造一些模拟数据作为例子。...这里我们假设每个时间点的密度函数服从正态分布,均值分别为 1:5,标准差都为 1。颜色是自己比较喜欢的几种配色,参考小明的推文:R语言ggplot2画图一套好看的配色以及调整字体的简单小例子。...这个系列应该会继续下去,主要绘制一些在工业工程方向(小编方向)中常用的图。...说明下,这个方向绘制的图会比较简单,难点在于模型建立和理论推导,所以小编也不知复现这些图对读者们帮助大不大,主要是自己科研期间的记录。...: https://cran.r-project.org/web/packages/scatterplot3d/vignettes/s3d.pdf [4] Impressive package for

    1.4K20

    【R语言进行数据挖掘】数据探索

    同样,均值、中位数以及范围可以通过函数mean()、median()以及range()分别实现,下面的代码是通过quantile()实现四分位数和百分位数。...使用plot()函数可以绘制两个数值变量之间的散点图,如果使用with()函数就不需要在变量名之前添加‘iris$’,下面的代码中设置了每种鸢尾花观测值的点的颜色和形状。...# 参数col根据鸢尾花种类设置点的颜色,pch将种类转化为数值型设置点的形状 > with(iris, plot(Sepal.Length, Sepal.Width, col=Species, pch...通过函数pair()绘制散点图矩阵。 > pairs(iris) ? 4、拓展 这一节将会学习一些有趣的图,包括3D图、热图和平行坐标图。...> library(scatterplot3d) # 加载包 > scatterplot3d(iris$Petal.Width, iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width)

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