2回答
使用pyiron运行Vasp计算，通过访问ElectronicStructure和Dos对象，我可以轻松地绘制状态的总密度，例如 from pyiron.project import Project
pr = Project('tmp')
pr.remove_jobs(recursive=True)
vasp = pr.create_job(pr.job_type.Vasp, 'vasp')
vasp.structure = pr.create_ase_bulk('Al')
vasp.run()
dos = vasp.get_electron
浏览 15提问于2020-01-14得票数 3
1回答
我正试图在VirtualBox上的ubuntu19.10中编译vasp 6.2.1。我安装了英特尔openApi (有ifortran编译器)和fftw3。我正在尝试使用ifort编译串行版本。但它给了我一个错误，如下。
if [ ! -d build ] ; then mkdir build ; fi
if [ ! -d build/std ] ; then mkdir build/std ; fi
cp src/makefile src/.objects src/makedeps.awk makefile.include build/std
make -C build/std VE
浏览 46提问于2021-10-24得票数 0
我安装完VASP之后对其进行测试，参考的是VASP最简单的安装方法（含全程视频演示） - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)中的VASP测试时，mpirun -np 4 vasp时出现一下问题，百度了也没解决
浏览 8提问于2024-09-28
我的项目中有一个名为tmpInfo.txt的作业信息文件。tmpInfo.txt的内容如下： 875675 mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /opt/software/vasp/vasp-intel/vasp5.4/vasp5.4.1/vasp_std>o.$PBS_JOBID.out
875676 mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP /opt/software/vasp/vasp-intel/vasp5.4/vasp5.4.1/vasp_std>o.$PBS_JOBID.out
浏览 46提问于2019-06-06得票数 0
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我添加了一个函数getAttendance，只有在单击表行时才应该触发该函数。如果我定义
<tr onclick={this.getAttendance} key={key}>运行良好，但如果我将其更改为将函数调用为<tr onclick={this.getAttendance} key={key}>或<tr onclick={()=>{this.getAttendance}} key={key}>，则会抛出上述错误。
import React, { Component } from 'react';
import &#
浏览 1提问于2019-02-14得票数 0
3回答
我想用创建文件的步骤命名我的文件。步长以小数为单位，据我所知，用bash处理小数是很困难的。这是代码：
for i in $(seq 0.05 0.05 0.45)
do
.
.
.
mv POSCAR slipped_112_111_$(( i*2 )).vasp
done
我得到的错误如下：
./slip_loop.sh: line 3: 0.05: syntax error: invalid arithmetic operator (error token is ".05")
预期文件名：
slipped_112_111_0.10.vasp
slipped_112_11
浏览 0提问于2020-05-12得票数 0
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2回答
我正在尝试创建一个脚本来创建脚本(并做其他事情)。我的问题是，创建的这些脚本包含环境变量，当实际运行我的脚本时，它们不会出现在脚本中。
#!/bin/bash
for i in {001..116}
do
rm job
cat > job <<!
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N $i-Fe63S
#PBS -j oe
#PBS -q default
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -V
cd $PBS_O_WORKDIR
/opt/openmpi/bin/mpiru
浏览 2提问于2017-08-04得票数 0
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1回答
无法绘制p4vasp中的带结构。
运行时错误是：
vivek@vivek-Lenovo-Flex-2-14:~/apps$ p4v
(p4v.py:5002): libglade-WARNING **: Could not load support for `gnome': libgnome.so: cannot open shared object file: No such file or directory
(p4v.py:5002): libglade-WARNING **: Could not load support for `gnome': libgnome.
浏览 0提问于2017-07-31得票数 0
4回答
我正在使用一个只能在bash中运行的科学软件(名为vasp)，并使用Python创建一个脚本，该脚本将为我多次运行。当我正常地使用subprocess.check_call调用函数时，它工作得很好，但当我添加'| tee tee_output‘时，它就不工作了。
subprocess.check_call('vasp') #this works
subprocess.check_call('vasp | tee tee_output') #this doesn't
我是python和编程的新手。
浏览 2提问于2012-03-08得票数 4
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1回答
#!/bin/bash
totT=0
for a in `seq -w 3.5 0.1 4.5`
do
echo "a= $a"
cat >POSCAR <<!
Al FCC
1.0
$a 0.00 0.00
0.00 $a 0.00
0.00 0.00 $a
4
Direct
0.0 0.0 0.0
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
!
###I want to write a command to submit vasp.sh to PBS queue within the loop. How can I d
浏览 3提问于2021-03-05得票数 0
我想在Cray XC MPP机器上编译VASP 5 (5.4.1)的最新版本。有人有我可以使用的设置吗？VASP发行版没有为Cray提供示例。
构建系统已经从5.3.5版本改变了。
浏览 6提问于2015-07-16得票数 1
我已经编写了一个批处理脚本，用于打开bash终端并执行以下操作：
@echo off
SETLOCAL
set BASHPATH="C:\Program Files (x86)\Git\bin\"
set START_DIR=%CD%
set release=%1
echo Release outside cyg: %release%
set PATH=%BASHPATH%;%PATH%
%BASHPATH%\bash -l -c "echo Release inside cyg: $release \ && echo Directory: $ST
浏览 1提问于2017-03-23得票数 1
在我的HPC上通过pysqa适配器运行pyiron作业时，我遇到了一些问题。我不小心擦除了包含pyiron、projects和resources文件夹的pyiron主目录。我已经从另一个集群中复制了所有三个。我认为唯一会引起问题的是resources文件夹中的sqlite.db文件。以前，我通过适配器运行交互式VASP作业没有任何问题。我猜在删除事件之后发生了什么。 我使用的pyiron版本是: 0.2.17 下面是一个使用Interactive vasp作业的最小示例，我已经尝试过了： from pyiron import Project
pr = Project('Al-test
浏览 41提问于2020-11-23得票数 1
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1回答
因此，我们试图在Ubuntu14.04LTS上编译VASP 5.4.1。下面是这里描述的类似的安装步骤：。但是，当测试vasp可执行文件(vasp_std等)时，程序终止时会出现分段错误--无效内存引用错误。
我们目前拥有的makefile.include是：
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DMPI -DHOST=\"IFC91_ompi\" -DIFC \
-DCACHE_SIZE=4000 \
-DMPI_BLOCK=8000 -DscaLAPACK -Duse_collective \
浏览 7提问于2016-06-22得票数 0
下面的文件名为ABCD.vasp
# A B C D
1.000000
13.85640621 0.00000000 0.00000000
4.61880236 13.06394496 0.00000000
0.00000000 0.00000000 45.25483322
A B C D
32 32 32 32
Selective dynamics
Direct
0.00000000 0.00000000
浏览 2提问于2020-06-24得票数 1
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下面的文件名为ABCD.vasp
# A B C D
1.000000
13.85640621 0.00000000 0.00000000
4.61880236 13.06394496 0.00000000
0.00000000 0.00000000 45.25483322
A B C D
32 32 32 32
Selective dynamics
Direct
0.00000000 0.00000000
浏览 4提问于2020-06-24得票数 1
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如何使用argparse和变量nargs进行条件循环？因此，基本上，它应该运行或不带参数。我正在尝试：
parser = argparse.ArgumentParser(description="output parser")
group = parser.add_mutually_exclusive_group()
group.add_argument("--dos", help="get DOSCAR for plot",
nargs="?", metavar=("int"
浏览 14提问于2016-06-30得票数 4
回答已采纳
我正在Ubuntu14.04上编译一个Fortran程序(vasp)。
我在旧系统(13.10)上取得了成功，但是在重新安装我的机器后，我得到了一个符号查找错误：
/usr/lib/libmpi_f77.so.1:未定义符号: mpi_fortran_errcodes_ignore__
奇怪的是，这个符号似乎就在那里：
-W -s /usr/lib/libmpi_f77.so.1 \libmpi "errcodes_ignore“
16: 0000000000000000 0对象全局默认UND mpi_fortran_errcodes_ignore__ 142: 000000
浏览 1提问于2015-11-11得票数 0
7回答
在配置文件中拆分文本
、、、、
我试图编写一个配置文件的简单解析器，例如，可能有一个名为INCAR的文件。
NSW = 1000
POTIM = 1
TEBEG = 300
如果我想提取POTIM的值，我可以采用awk在空白之间提取文本，并使用以下脚本：
#!/bin/bash
vaspT ()
{
if [ -f INCAR ]; then
local potim=$(grep POTIM INCAR | awk '{print $3}');
else
local potim=1;
fi;
echo "# Time st
浏览 20提问于2022-03-26得票数 2
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1回答
我有这样的文件：
ls CONFIG2
DOS DOSCAR KPOINTS PCDAT WAVECAR submit_vasp_beskow.sh
CHG EIGENVAL OSZICAR POSCAR XDATCAR vasprun.xml
CHGCAR IBZKPT OUT POTCAR error_file.e
CONTCAR INCAR OUTCAR PROCAR output_file.o
ls CONFIG2/DOS/
CHG EIGENVAL OSZICAR P
浏览 0提问于2019-03-26得票数 0
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2回答
我想在目录中搜索一个名为file.txt的文件，并将这些文件中的整行替换为字符串aprun，替换为另一行vasprun = "mpirun -np 64 vasp"如何使用awk、sed或任何其他bash实用程序来完成此操作？
浏览 2提问于2016-05-22得票数 1
1回答
我正在尝试使用Intel Vtune来分析我的MPI应用程序。在尝试运行以下两个命令时，我遇到了错误。
I_MPI_DEBUG=5. I尝试了两种方法：exportI_MPI_DEBUG=5 mpirun -np 4 aps ~/binary/vasp_std_2022mpirun -genv I_MPI_DEBUG=5 -np 4 aps ~/binary/vasp_std_2022
警告:在虚拟机中不支持内存带宽收集，因为无法收集uncore事件。要获得完整的功能，请考虑使用裸金属环境。警告:此平台不支持CPU频率数据收集。错误: perf :使用CPUID GenuineIntel-6-
浏览 7提问于2022-11-03得票数 0
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2回答
下面是VASP的代码框架。我的工作是在一个新的平台上移植它。当我使用那个平台的编译器时，我得到了错误。如果我注释掉了use m，并且我还得到了“，它必须有一个指定的显式接口。”，我只想做一个最小的修改，以避免在程序的其他部分产生错误。
module m
interface
subroutine a
end subroutine
end interface
interface
subroutine b
end subroutine
end interface
end module
subroutine a
use m
call b
end subroutine
浏览 6提问于2015-01-28得票数 1
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我正在使用来自maven存储库的Eclipselink 2.6.0-RC2，并尝试继承。
我有以下三门课：
@Entity
@Inheritance(strategy = InheritanceType.JOINED)
@DiscriminatorColumn(discriminatorType = DiscriminatorType.STRING, name = "CLASSNAME")
public abstract class Project {
@Id
@Column(length = 50)
private String id;
}
@Ent
浏览 0提问于2015-05-12得票数 0
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1回答
我已经安装了python包pymatgen，当我在我的Jupyter笔记本上使用它时，它可以完美地工作。但是，现在我想要按照这里指定的方式进行POSCAR设置：https://pymatgen.org/installation.html，但是当我在我的命令行(Linux)中运行：pmg config -p <EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY_PSP> (带有我的目录)时，它找不到它，并且我得到了错误： Command 'pmg' not found, did you mean:
command 'mg' fro
浏览 104提问于2020-03-20得票数 0
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在Cray XC30上运行VASP 5.3.5时，我会看到以下错误：
Rank 4 [Mon Jun 1 14:58:35 2015] [c1-0c0s2n0] Fatal error in PMPI_Allgatherv: Invalid buffer pointer, error stack:
PMPI_Allgatherv(1235): MPI_Allgatherv(sbuf=0x49ead730, scount=1536, MPI_DOUBLE_COMPLEX, rbuf=0x49e95730, rcounts=0x494cdba0, displs=0x494d7360,
MP
浏览 7提问于2015-06-01得票数 2
1回答
我有一个带有Windows 2019机器和两台Windows 10机器的VirtualBox实验室。每台机器都可以对其他机器进行平分，服务器机器是一个域控制器。客户端是labs.local域的一部分。服务器具有静态IP，客户端的IP由DHCP服务器提供。
然后，我构建了一个包含of、用户和组的Active Directory结构。有三个相互独立的地方。我的目标是只在一个OU中部署一个MSI文件，让我们说"IT“。为此，我下载了MSI文件，并将其放入服务器中的共享文件夹中。我可以通过它的UNC路径与任何用户一起从客户端访问共享文件夹。
现在，在Group Policy Managemen
浏览 2提问于2021-12-19得票数 0
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1回答
我有以下文件：
chr11_pilon3.g3568.t1 transcript:OIT01734 transcript:OIT01734 1.1e-107 389.8 1000 218 992 1 216 130 345 MDALTRHIQGDVPWCMLFADDIILIDETRAGVSERLEIWRQTLESKGFKISRSKTEYLECKFGDEPSGVGREVMLGSQAIAKRDSVRYLGSVIQGDGEIDGDVTHRIGAGWSKWRLASGVLCDKKIPHKLKGKFFRAMVRPAMFYEAECWPVKNSHIQRMKVAEMRMLRWMCGHTR
浏览 0提问于2020-11-10得票数 -2
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2回答
维基百科对“计算机系统”的定义是：
计算机系统定义为硬件、软件、用户和数据的结合，涉及到它们之间的通信和过程。
对我来说没什么意义。而操作系统的定义是：
操作系统(OS)是管理计算机硬件和软件资源并为计算机程序提供公共服务的系统软件。
这两个定义似乎指的是同一件事:一个管理控制程序的硬件和软件的系统。
一张主题清单对我也没有多大帮助。例如，麻省理工学院的计算机系统课程列出的主题如下：
虚拟存储器
线程
网络
原子性
平行活动的协调
恢复与可靠性
隐私、安全和加密
而麻省理工学院的操作系统课程列出的主题如下：
虚拟存储器
线程
上下文切换
核粒
进程间通信
中断
系统调用
协调
软件和硬件之间的
浏览 0提问于2016-01-20得票数 -3
2回答
我知道这是一个基本的问题，但我有点困惑，在谷歌上找不到完整的答案。
我知道，不同之处在于代码段的持久性和可延展性。但是，如何在一组指令(即软件和固件)之间划清界限？一台计算机/打印机/等能同时拥有软件和固件吗？什么是操作系统的资格？
浏览 1提问于2016-07-13得票数 7
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我有一个应用程序包，需要安装在生产环境中的500+用户工作站上。我没有任何SMS工具或软件分发工具部署，我需要做的只是Windows 2003选项或命令行接口批处理文件。
浏览 0提问于2009-06-18得票数 1
我在上看到了一个问题的答案，这促使我问这个问题。以下是答案：
顺便说一句，小心你在这里连接的东西。软件工程和计算机科学是非常不同的学科。软件工程包括软件开发生命周期(包括方法和过程)、建模、通信、企业SE文化等，更不关心代码、算法、效率等问题。
5月12日由JoshJordan回答
这是我的评论：
我有点不同意。软件工程是计算机科学的一个分支学科.软件工程的一个子领域是构建，它都是关于代码的.请参考。
我确实认为算法不属于软件工程的范畴，但是面向对象的编程、安全编程等等就不适用了。
有人说这是重复的，但计算机工程是关于硬件，软件工程是关于软件。
浏览 8提问于2009-06-06得票数 22
1回答
在设备上(iphone、mac、pc等)我想知道一台pc (在同一个局域网上并运行着窗口)是否是
1)“开启”(意为“接通”)，并与我的设备相连。
2)打开，但网络电缆断开或网卡被禁用。
3)“关闭”(关机)，但插入局域网(这样我就可以用魔法包唤醒它)。
4)断电不插电
我已经完成了问题1，执行ping命令。有更聪明的方法吗？
但其他观点都与我的设备的观点相同:我无法与目标pc通信，但我想知道为什么！
我相信这和logmein差不多。事实上，它知道我的电脑的电源状况.但是怎么做？！
我查找了acpi状态，但实际上，它如何以编程方式和远程方式使用呢？！嗯，看来不是这样的。
也许有一些“魔法包”(
浏览 7提问于2011-05-05得票数 0
我正在设置一个Windows 7“资源计算机”，它将安装像Visio 2013这样的应用程序，以及员工使用但不足以为每个人购买个人许可证的其他应用程序。
为此，我不需要一个完整的终端服务器(即使存在当前的缺点)，并且已经将其设置为用于调度目的的Exchange资源。
我做了一些本地策略编辑，以强制空闲会话、打印机驱动程序和带宽控制的断开连接。
我的问题是
是否有一种方法可以防止简单断开会话(X/close)并要求注销？
在没有人工干预的情况下，有没有控制实际资源和时间分配的方法？这意味着，如果用户从下午2点到下午4点在Exchange中预订资源，那么没有什么能强迫他们，或者至少提醒他们，他们的
浏览 0提问于2013-07-19得票数 2
我有一台服务器，由于某些政策，它不能上网。所以我必须用apt离线更新它。到目前为止，它已经在其他服务器上很好地为我工作了，但是这个并不是真的。
我创建了sig文件，并将其移动到一个在线服务器上。
我使用sig文件在在线服务器上创建了包。
我将包移回离线服务器。
我安装了包，输出显示为所有的重复同步。
我打电话给apt-get upgrade，它向我展示了所有刚刚同步的包
服务器试图连接到internet服务器0% [Connecting to cdn.debian.net] [Connecting to security.debian.org]，请参见下面的内容，尽管输出显示它刚刚从包中同步了
浏览 0提问于2015-11-30得票数 1
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2回答
将程序/OS/Files(包含恶意软件)放在USB棒上(USB棒可以读/写)。假设这个USB棒，在我把程序/OS/Files放在上面之后，现在只是理论上的只读。我自己仍然可以复制程序/OS/文件在计算机上，我会连接它，ofc与它的恶意软件。在这种情况下，是否存在可以将自己从USB棒(只读)复制到计算机的恶意软件？
恶意软件必须在第一步执行写操作，然后才能在计算机上复制自己。用只读的USB接口就不能。是吗？
USB卡连接的计算机是否也与我的问题相关？当一些恶意软件出现在计算机或连接设备上时，它可以以任何理论上可能的方式复制一个进程(从USB到计算机)。是真的？
浏览 0提问于2018-08-28得票数 0
我有Jsoup代码，并成功地将此代码发送给request.Also。此代码在隐藏/更改“X-Forwarded-For”报头数据时工作良好，但我无法隐藏/更改远程/系统Ip地址。客户端代码：
Document doc = Jsoup.connect("http://192.168.XX.XX:XXXX/microFin/XXXX")
.header("X-Forwarded-For", "192.168.0.1").get();
服务器端代码：
@Override
public boolean
浏览 16提问于2018-08-06得票数 0
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1回答
我可以使用Power创建批处理服务资源，如下所述：
我想在节点上运行一个R脚本，我需要在节点上安装R，因为没有一个可用的VM(windows或linux)安装了R。我目前已经通过手动登录到VM来安装R。但是我想要创建批处理资源，然后在节点上安装R，最好是在运行R代码之前通过脚本安装R。我该怎么做呢？
浏览 4提问于2021-06-07得票数 1
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我家里有两台笔记本电脑。请有人推荐一些免费的集群软件，我可以用这两台笔记本电脑制作一台高性能电脑，这样我就可以使用两台笔记本电脑的RAM，CPU，因为有时我在很多标签上浏览很长时间，软件和电影，我的系统会变慢。
此外，这个集群设置是否透明地支持应用程序？我的意思是，在集群设置之后，我在机器上运行的任何应用程序都可以加速吗?或者只有集群支持的应用程序才能加速。
此外，建议如何连接这两台笔记本电脑，因为集群设置需要这些计算机的物理连接。
浏览 0提问于2011-02-13得票数 -2
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为什么Windows有两个程序可以删除病毒：
Windows维护者和Microsoft Windows恶意软件删除工具(MRT)
浏览 0提问于2009-05-10得票数 9
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我有将近300台个人电脑，需要windows和chrome以及其他一些程序。有没有什么办法可以编辑windows install iso，让它在windows安装之后或期间自动安装chrome？谢谢
浏览 3提问于2020-04-19得票数 1
我认为ISO文件是一个允许我们安装某些发行版的文件，它的某些部分(不确定是什么)使我们有可能运行实时版本(不安装操作系统)。然而，我们的教授声称只有在ISO上才能有实时版本，而不可能安装它。
我的问题是：
教授是对的吗？
什么允许我们运行实时版本？这是操作系统的属性吗？创建ISO文件的方式的属性？还有别的吗？
浏览 0提问于2022-04-24得票数 1
回答已采纳
3回答
我的问题很简单。我的应用程序菜单中有两个相同的“gnome计算器”快捷键。如果我去/usr/share/applications/，我只看到一条捷径。在这个目录中，我还看到两个相同的‘档案管理器’快捷键，三个相同的‘文件’快捷键等等。我该怎么办？
浏览 0提问于2018-06-20得票数 5
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为什么被称为“模拟器”，而被称为“模拟器”，而他们的bot基本上也是这样做的。
我不太确定他们是模拟器还是模拟器。即使在阅读了本文的讨论之后：
浏览 7提问于2017-03-07得票数 1
我正在扩展我对恶意软件的理解，因为它现在是0！我知道它的行为和传播方式，但我不知道最新的威胁，它利用什么，它使用什么端口，等等。
我做了一个快速的谷歌，并遇到了以下网站：
http://www.securelist.com/ http://www.mcafee.com/us/mcafee-labs/threat-intelligence.aspx
但还有很多-我只是不知道哪些是最好的。
卡姆有人帮忙吗？干杯。
ps*我知道还有这样的线程，但它是两年前创建的:)
浏览 0提问于2013-03-22得票数 -1
最近，我们的网络出现了漏洞，我们在使用的AV工具上受到了挑战。因为恶意软件/病毒是通过使用先进的反恶意软件工具清除的(赎金的变体)。
问题1:在选择合适的工具(AV与反恶意软件)时需要考虑哪些因素，或者我们需要同时安装这两种工具？
或
问题2:行业是否实行不同的机制来保护他们的资产？
注:我们在网上进行了研究，但没有找到结论性的答案。以下是一篇文章，但没有结论性的回答。
https://lifehacker.com/the-difference-between-antivirus-and-anti-malware-and-1176942277
浏览 0提问于2018-09-29得票数 0
2回答
是否可以将应用程序推送到客户端PC并使用GPO进行安装？
目前，我在承载软件的域控制器上有一个网络共享，在所有连接的PC上安装该软件的GPO。问题是，这实际上是将软件复制到客户端框，还是只是从网络共享中运行？
如果它只从网络共享运行它，是否可以将应用程序复制到本地文件系统并使用GPO从那里安装它？
浏览 0提问于2020-12-14得票数 -1
回答已采纳
1回答
我想知道是否有人知道恶意软件是否可以在没有互联网连接的情况下传播？另外，你能通过释放反恶意软件来防御恶意软件吗?反恶意软件利用同样的漏洞传播，但一旦感染卸载原来的恶意软件？
浏览 0提问于2015-03-28得票数 1
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