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vasp-vtst过渡态计算过程

——课题组概况 vasp-vtst计算过渡态 1935年,Eyring,Evans和Polanyi在统计热力学和量子力学的基础上提出了过渡态理论,可以通过基本物性(分子震动频率、质量、核间距等)计算反应速率常数...当前过渡态、反应路径的计算方法有很多,限于精力不可能面面展开,本文针对常用的NEB算法进行简单介绍。...NEB方法:撒点,弹簧力 CL-NEB方法:其中一个点跑到势能面鞍点,即过渡态 vasp-vtst提供的NEB优化算法(IOPT参数) VASP计算过程 过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG...#通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3...#specify that VASP does molecular dynamics; POTIM=0 #zero time step so that VASP does

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Python量子力学计算模拟以及数据可视化

主要从事科学计算与高性能计算领域的应用,主要语言为Python,C,C++。...VASP简介 对于广大做计算化学或者材料模拟的同学肯定听说过VASP的大名或者其科学研究与其息息相关。...VASP的全称是Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner课题组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟的软件包,目前是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商业软件之一...VASP数据可视化 可视化分割后的DOS(态密度)数据 可视化的过程中可以选择进行d-band center的计算并显示。...目前本项目都是在作者工作需要的基础上不断对其功能和接口进行完善,但仍只是冰山一角,希望做计算模拟使用VASP的Pythoner们能不断参与进来,使其更加出色和高效。

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    量子计算(六):量子计算软件介绍

    量子计算软件介绍一、量子语言由于当前量子计算机的通用体系架构未得到统一,在硬件层面上的技术路线也未最终确定,所以目前还无法确定哪种量子机器指令集相对更科学、更合理。...随着量子语言的不断成熟,量子计算行业中各类量子软件开发包层出不穷,它们提共着各种量子编程工具,诸如各类数据库、代码示例、程序开发的流程和指南,允许开发人员在特定量子平台上创造量子软件应用程序等。...在量子计算行业,量子软件开发包是指一个提供了创建和操作量子程序的量子计算工具集,以及提供了模拟量子程序的方法包,并且允许开发者使用基于云的量子设备来运行、检验自己所开发的量子计算程序。...根据不同的后端处理系统,量子软件开发工具分为两大类:一类是可以访问量子处理器的SDK,另一类是基于量子计算模拟器的SDK。...,采用量子模拟器制作的量子软件开发包的好处是一一它们不需要跟量子芯片产生直接的物理关联,用户在自己的电脑上通过SDK模拟量子计算芯片的物理功能,执行量子计算过程获得量子计算模拟成果,并可利用量子虚拟机、

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    哪些领域将成为下半年的监管关注重点?

    非法行为者——例如勒索软件攻击者和黑客——可以使用这些服务在不同的区块链之间进行洗钱。此外,通过跨链桥进行跨链的资金很容易受到黑客的攻击。...旅行规则:打击逃避制裁和勒索软件的必要条件2018 年 10 月,FATF 开始呼吁各国将旅行规则(传统金融机构的长期合规要求)应用于 VASP。...第二个是勒索软件。...由于勒索软件攻击者经常在未能实施 FATF 标准的国家的不受监管的交易平台服务中兑现他们的犯罪收益,因此加强旅行规则的实施——理论上——将确保 VASP 收集有关交易对手方的额外信息,这将有助于执法。...该报告还指出,区块链分析是破坏勒索软件的重要方法。根据 FATF 的说法:“区块链工具为成功的执法案件、有针对性的金融制裁和其他破坏勒索软件融资的行动提供了支持和信息。”

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物...以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。...与之相关的VMD,是另一款比较流行分子可视化软件。 和其他计算化学程序不同的是,PyMOL以两种方式发行:一为通过薛定谔公司发布的商业版,二为由社区发布的开源版。...4.2 VASP计算单晶硅的振动分析 在对VASP计算的振动分析进行可视化之前,我们需要振动计算后得到的OUTCAR和CONTCAR文件 (见PyVibMS-master/examples/VASP/original-data...接着,回到PyVibMS界面后,将文件类型XYZ调成VASP 5.x。因为这个VASP输出文件既包含了PBC盒子的信息,又包含了振动模式的信息,我们勾选 Has PBC 和 Has Vib.

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    科学计算数学软件Maple2023,工程计算Maple软件安装教程

    Maple是世界上最为通用的数学和工程计算软件之一,在数学和科学领域享有盛誉,有“数学家的软件”之称。...Maple软件获取 sohubai.ren/20230401Maple数学工程计算2023正式激活.htmlMaple 2022安装方法:1.右键解压到“Maple 2022”2.选中Setup,右击选择...,点“Finish”下面是Maple使用方法的简要介绍:Maple是一款强大的数学软件,它可以帮助用户进行各种数学运算、符号计算、数据可视化等操作。...符号计算Maple还支持符号计算,可以对代数表达式、方程组、微积分、线性代数等进行符号求解。用户可以在输入区输入相应的表达式,然后在文档区查看相应的符号计算结果。...总之,Maple是一款功能强大、易于使用的数学软件,可以帮助用户进行各种数学运算、符号计算、数据可视化和编程开发等操作。

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    NVIDIA Tesla V100在高性能应用中到底有多强?一文让你知道

    本文旨在为关键高性能计算应用程序提供最新的性能基准数据。现代高性能计算数据中心是解决世界上一些最重要的科学和工程挑战的关键。...NVIDIA®Tesla®加速计算平台为这些现代数据中心提供了业界领先的应用程序,以加速高性能计算和人工智能工作负载。...ANSYS Fluent 流体动力学软件Fluent是目前可用的、功能最强大的计算流体动力学(CFD)软件工具,能够让您更深入更快速地优化自己的产品性能。...RELION 基于贝叶斯理论的冷冻电镜3维图像数据处理软件(regularized likelihood optimization) 版本:2.1 支持多GPU和单节点 ?...VASP 进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包 版本:5.4.4 支持多GPU和单节点 ? ? ?

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    计算机系统软件和应用软件

    前面我们了解了计算机的硬件组成,但是只有硬件是完全不能支持计算机工作的,这时候我们就需要软件的加持。计算软件主要分为两大类,一类是系统软件,一类是应用软件,这里我们来详细了解一下。...说了这么多,大家还是不明白系统到底是什么,其实系统你可以理解成一个计算机的灵魂,是所有应用软件的执行工作任务的生态环境,没有系统计算机只能算是一台没用的机器。至于应用软件是什么下面我们就来说说。...我们比较常见的应用软件有QQ、微信、浏览器、杀毒软件、word、游戏等等。这类软件千变万化,每种软件都能实现一种或者多种任务需求。...从上面的例子相信大家对应用软件已经有了初步的了解,但是这里所说的系统软件也好,应用软件也好都是其中很小的一部分。...有时候系统软件和应用软件的分类又不是那么清晰。

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    Soulver for Mac(Mac计算软件)

    Soulver mac版是一款Mac计算软件,支持数字运算,还支持用户输入文字,进行文字解读,然后进行运算,运行速度也特别的快,使用起来很方便。...id=MjU2NjEmXyYyNy4xODcuMjI1LjIxMA%3D%3D软件功能左边是问题在这里输入您的计算方式,将其写在纸上。您可以对多行进行计算,并在数字旁边使用单词以使其有意义。...右边的是答案您的答案会在您输入时立即计算出来。当问题的任何部分发生变化时,答案会自动更新。它非常适合快速计算。单词和数字在一起Soulver独特地允许您在数字旁边使用单词,因此您的计算是有意义的。...功能丰富Soulver具有内置的所有标准数学函数,因此无需返回旧的科学计算器。大数量支持Soulver引擎支持大量数字,远远超出单行计算器的容量。...十六进制和二进制Soulver现在是程序员的终极计算应用程序。您可以使用十六进制和二进制进行计算,并使用格式栏选择答案的基础。您还可以使用答案选项板查看任何行的二进制和十六进制转换。

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    软件工程PERT图相关计算

    PERT图是软件工程中非常重要的工具之一。通过它,我们可以更好地理解项目流程,评估项目风险制定有效的项目计划。...同时,通过对PERT图的相关计算,我们可以更好地把握项目进度和资源分配情况从而确保项目的顺利完成。PERT图由三个基本元素构成:任务、事件和关系。...在三点估计法中,我们通常考虑最乐观的估计、最可能的估计和最悲观的估计,然后利用这些估计计算平均值、方差和标准差等统计指标。2.关键路径计算关键路径是指项目中耗时最长的路径,它决定了项目的最短完成时间。...在PERT图中,我们可以通过计算每条路径的时长,找到关键路径。关键路径的计算通常使用网络图和拓扑排序算法。3.资源分配资源分配是指将有限的人力、物力和财力分配到项目的各个任务中,以实现项目的最优完成。...专业词语为什么PERT图拥有以上作用,主要是可以从PERT图计算出一些专业的数据,这样就可以直观的分析整个项目,主要计算的专业数据如下:**关键路径**:从开始到结束得所有路径中,所话时间最长的一条为关键路径

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    软件复杂性表现,如何计算

    软件复杂性 软件复杂性的基本概念 软件复杂性度量的参数很多,主要有: 规模,即总共的指令数,或源程序行数。 难度,通常由程序中出现的操作数的数目所决定的量来表示。...软件复杂性主要表现在程序的复杂性。程序的复杂性主要指模块内程序的复杂性。它直接关联到软件开发费用的多少、开发周期长短和软件内部潜伏错误的多少。同时它也是软件可理解性的另一种度量。...软件复杂性的度量方法 代码行度量法 度量程序的复杂性,最简单的方法就是统计程序的源代码行数。此方法的基本考虑是统计一个程序的源代码行数,并以代码行数作为程序复杂性的质量。...为了使图成为强连通图,从图的入口点到出口点加一条用虚线【不计入计算的边数】表示的有向边,使图成为强连通图。

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    CAE仿真软件的批处理计算

    现代CAE软件不仅分析功能强大,而且人机可视化界面优异。但有时候仍需对某类模型进行大量的重复计算,即无需人工干预的批处理计算。...这种类型的计算往往是对某个参数稍作改变,计算相应结果,以此获得最优的参数,如模型的几何尺寸,材料参数,或边界条件值等。通过批处理计算,可以快速的得到比较好的结论,提高CAE软件使用者的工作效率。...批处理运算对CAE软件功能提出了更高的要求。目前,大型通用仿真软件WELSIM提供了两种批处理方式。方式1,通过XML脚本文件自动运算。方式2,可视化建立多个分析工程,并执行批处理计算。...本文分别介绍两种批处理计算CAE模型的流程。方法1. 脚本批处理计算主流的CAE软件都已经支持脚本批处理能力,由于自动化测试和脚本批处理的本质是一样的,都是一种数据持久化的宏命令。...因此,已经支持自动化测试的CAE软件,肯定也具有批处理脚本计算的能力。首先,在XML脚本中,建立一个WELSIM的计算流程。

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    Nat. Comput. Sci. | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

    图1 模型与数据部分 密度函数理论:作者使用Vienna Ab-initio Simulation Package (VASP) 5.4.4进行了密度泛函理论(DFT)模拟。...对于气相分子和吸附分子,分别进行了松弛计算和几何优化,以获得最稳定的结构。金属表面采用多层薄板模型进行建模,其中部分层固定而其他层进行松弛。...这些几何文件被转换为VASP POSCAR文件,表示以20埃的立方单元进行建模的分子。对这些分子进行松弛计算,并将其放置在参考金属Rh表面的一定距离处。...通过VASP对这些结构进行松弛,并将松弛后的几何结构应用于其他金属表面。对于BM数据集,分子是手动构建的,并通过VASP进行吸附和松弛计算,包括气相分子。...相比于DimeNet++和PaiNN,GAME-Net在计算成本和时间上具有明显的优势。

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    【双清论坛】国内计算化学方法与软件开发(Ⅲ)

    本文是国内计算方法与软件开发系列推文的第三部分:药物与材料等相关应用软件。...材料性质计算软件 ● 帅志刚(现清华大学)早期在比利时工作时利用密度矩阵重正化群(DMRG)方法来对共轭聚合物进行激发态电子结构计算,来得到线性和非线性光学(如双光子吸收)响应性质。...MOMAP软件支持并行计算、效率高,计算所需的分子基态、激发态信息可利用GAUSSIAN、TURBOMOLE等成熟的量化软件得到。...此软件当前与VASP、CASTEP、Quantum Espresso、GULP、SIESTA、CP2K程序都有接口。 小结 本系列的三篇推文已经推送完成,小编其实只是担任了一个搬运工。...原文作者也建议,我们应该开发一个具有自主知识产权的计算化学软件平台,整合国内外的各种先进计算方法,并且要方便大家在此基础上开发新的计算方法。

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