近年来，特别流行通过网络药理学进行药物的靶点预测，进一步实验验证，一定程度上简化了“盲人摸象式”的前期研究，也增强了最终确定的靶点可信度。即所谓的“干实验+湿实验”。
这本药理学杂志创办于1873年，是德国实验临床药理学和毒理学学会（DGPT）的官方期刊。杂志刊登文章的重点是关于药物作用和化合物毒性的重要信息。因此虽说是一本毒理学相关的杂志，它的范围可扩展到实验和临床药理学以及毒理学的所有领域，包括神经药理学和心血管药理学以及作用细胞、生化和分子水平上的药物作用的研究。
因为这个小伙伴在还在本科大四时候就跟着我们生信技能树在学习生物信息学了，还参加过几次分享，所以就多聊了聊。确实对该学生来说，落差有点大，本来以为自己学的一身本领应该是出社会了大展拳脚，结果做的都是老生常谈的面子工程课题。
ETCM（The Encyclopedia ofTraditional Chinese Medicine）
本文旨在探讨人工智能（Artificial Intelligence，AI）和机器学习（Machine Learning，ML）在治疗药物监测（Therapeutic Drug Monitoring，TDM）和模型引导的精准用药（Model-Informed Precision Dosing，MIPD）中的应用。
2024年5月6日，Nature Communication上发表了一篇分子生成的文章：De novo generation of multi-target compounds using deep generative chemistry。
2022年5月30日，来自辉瑞全球研究、开发和医疗部门的Fabien Vincent等人在Nat Rev Drug Discov杂志发表文章，系统阐述和分析了表型药物发现近年来的发展情况、案例和对药物发现相关概念的影响，并讨论了表型药物发现面临的挑战。
今天给大家介绍来自苏黎世联邦理工学院的José Jiménez-Luna、Gisbert Schneider，以及勃林格殷格翰药业有限公司的Miha Skalic、Nils Weskamp四人联合发表在JCIM期刊上的一项研究成果《Coloring Molecules with Explainable Artificial Intelligence for Preclinical Relevance Assessment》。该研究通过将积分梯度可解释人工智能（XAI）方法应用于图神经网络模型，提高了理性分子设计的建模透明度，并基于四个药理学相关ADME终点的实验，验证了所提出的方法能够突出与已知药效团基序一致的分子特征和结构元素，正确识别性质断崖，并提供了对非特异性配体-靶标相互作用的见解。
目前大火的TCGA，GEO，SEER等数据库更多的关注的是临床基础型研究，对于中医药领域的同胞们似乎不太友好，今天我们就一起学习一篇2019年发表在Biomedicine & Pharmacotherapy杂志的文章，这篇文章思路应该是一篇标准的网络药理学文章，希望对大家有所帮助。
从摘要可以看到这篇文章主要内容为：获取中药化学成分与成分作用靶点→疾病作用靶点→构建中药与疾病网络→GO和KEGG富集分析→解析中药作用机制。
从各系统导出的数据无法完成所需要的统计分析，需经过转换后形成标准Adam数据方可进行分析。涉及到数据集名称、变量名称、变量标签、变量值。例如ab表的拼接：
今年初，英国初创公司Exscientia和日本制药公司住友大日本制药公司（Sumitomo Dainippon Pharma）宣布开始针对他们创造的一种新化合物DSP-1181进行临床试验。作为强迫症（OCD）的治疗方法，目前正在对一小群健康的人类志愿者进行测试，以获取安全性和剂量数据，如果可以接受，则将在2021年之前对强迫症患者进行测试。药物开发大约需要5年才能开始试验，但DSP-1181仅用了一年。那么，开发团队如何如此迅速地生产它？
2022年5月25日，全球领先的数据和数字洞察组织Excelra宣布与发现和开发小分子变构药物的生物技术公司HotSpot Therapeutics建立合作伙伴关系。
用手机控制大脑，是不是很像科幻大片里的情节？美韩两国的科研人员将一种微型装置植入到人的大脑里，然后通过蓝牙连接手机就可以操控这个植入装置，从而对特定的神经元递送药物或者施加光照。这项技术可以帮助我们更好的理解帕金森、阿尔兹海默症、抑郁和疼痛等疾病的发病机制。
机器之心发布 机器之心编辑部 12 月 18 日，在世界人工智能大会发起的 AIWIN 抗新冠人工智能挑战赛的颁奖典礼上，由天士力国际基因网络药物创新中心公司研发的、包含新冠文献智能分析功能的 「星斗云生物医学文献全息智能管理平台」脱颖而出，获得知识图谱类比赛的冠军，并荣获「抗新冠，助科研，AI 赋能者」称号。 平台链接：http://literature.tasly.com/covid19 在分享现场，天士力基因网络公司的数据总监李旭博士介绍称，天士力的星斗云平台基于多维度生物大数据（海量组学与药物数据
本文为《Artificial Intelligence in Drug Design》一书第7章的主要内容，作者是英国生物技术公司E-Therapeutics的Jonny Wray和Alan Whitmore。
持续更新中，目前已经支持代码高亮，支持自定义主题，支持块状元素（类似于obsidian的callout），支持主题！特别增加了对typora的主题支持！
查文献时不知道影响因子，不知道分区等信息，这样效率太低，中文文献也不支持显示是否是核心期刊等这种信息。
为了理解分子在细胞中起作用的机制，或药物对细胞的作用，理想做法是能够跟踪单个分子，包括它们位于细胞中的位置以及当细胞条件发生变化时它们经历的改变。然而，现有技术已经证明这是困难的，特别是考虑到执行这种监测所需的时间。
鉴于人工智能和数字驱动技术的快速发展，施维雅制药集团在2018年初做出决定：建立一个专门的高通量计算平台，在研发部门内实施新的数据流程和计算方法。该平台被命名为”Patrimony"。经过4年的实施，Patrimony平台已经非常显著地改变了施维雅的药物发现和开发方法。
GraphPad Prism 结合了科学绘图、综合曲线拟合（非线性回归）、可理解的统计数据和数据组织。GraphPad Prism 最初是为医学院和制药公司的实验生物学家设计的，尤其是药理学和生理学领域的实验生物学家。棱镜现在被各种生物学家以及社会和物理科学家更广泛地使用。
2022年2月16日，美国北卡罗来纳大学Eshelman药学院的Alexander Tropshab等人在Drug Discov Today杂志发表文章，提出了临床结果路径 (COP) 的概念，将其定义为有关药物分子治疗效果的一系列关键的分子和细胞事件。COP可以通过挖掘生物医学知识图谱进行计算阐释，这为产生新的、有指导意义的药物发现和再利用的假设铺平道路。
基于机器学习的预测模型在临床决策中显示出巨大潜力，有效地提高了决策的准确性和安全性。这类模型通过深度学习和分析大量的个人医疗数据，能够为医疗专家提供更为准确的疾病诊断和治疗建议。
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据科睿唯安官网报道，本次全球共有6602位科学家入选，他们过去十年均发表了多篇高被引论文，这些论文的被引频次在 Web of Science 中位于同学科、同发表年份的前1%，彰显了他们在同行中的重要学术影响力。
在写作过程中，正文中的参考文献顺序是繁琐且重要的。目前已有较多的文献管理软件如Endnote、Notedxpress、Mendeley等帮助我们进行管理，以便自动调整文献顺序和文献格式。但是这些软件并不是万能的！
据俄罗斯物理技术研究所报道，莫斯科物理技术学院（MOSCOW INSTITUTE OF PHYSICS AND TECHNOLOGY，MIPT）、InSilico医药公司和俄罗斯互联网集团Mail.Ru的研究人员首次将生成神经网络(Generative Neural Network, GNN）用于研发具有特定属性的新药。利用他们所开发和训练的生成式对抗网络(Generative Adversarial Network, GAN)“发明”的新分子结构，将可以大大减少寻找具有潜在药物特性的物质所耗费的时间和成本
尽管压力普遍存在，但大脑如何在应对急性压力时重新配置其多层次、层次化的功能组织仍不清楚。我们利用全脑静息状态功能磁共振成像(fMRI)，通过扩展我们最近发表的嵌套谱划分方法，来检查社会压力后大脑网络的变化，该方法量化了网络分离和整合之间的功能平衡。研究发现，急性压力会使大脑进入一种更整合、更少隔离的状态，尤其是在额颞区。压力还通过减少分离状态和整合状态之间动态过渡的可变性来稳定大脑状态。转换频率与皮质醇变化有关，转换变异性与认知控制有关。我们的研究结果表明，在急性压力后，大脑网络趋向于更完整、更少变化，这可能有助于有效地应对压力。
2021年12月6日，克利夫兰医学中心Lerner研究所方坚松博士（第一作者，现广州中医药大学副研究员）等联合在Nature 子刊Nature Aging上在线发表了题为“Endophenotype-based in silico network medicine discovery combined with insurance record data mining identifies sildenafil as a candidate drug for Alzheimer’s disease”的研究论文。该研究报道了一种基于内表型网络方法的AD药物重定位策略，结合对包含723 万人的保险记录数据库进行回顾性队列分析，发现了老药西地那非（sildenafil）与AD发病风险的降低显著相关(风险比 (HR)= 0.31, 95% 置信区间(CI) 0.25–0.39, P< 1× 10的-8次方)。进一步倾向性评分分层分析发现，西地那非与其它几种药物（地尔硫卓、格列美脲、氯沙坦和二甲双胍）相比，同样可显著降低AD发病风险。研究还发现，在AD病人来源的多功能干细胞分化的神经元模型中，西地那非可显著增加神经突生长并降低磷酸化Tau蛋白表达，从机制上进一步支持了其对 AD 的潜在应用价值。总之，该研究证明了内表型网络结合临床电子病历挖掘可作为一种有效促进AD药物开发的策略，同时可应用于其它神经退行性疾病的药物发现。
据国家卫健委官网消息，当前全球新增确诊病例连续第二周反弹，我国新增本土感染者数量仍处于高位，波及地市范围持续增大，疫情仍在发展阶段。这提醒大家防疫之弦不能放松，除了做好日常防护外，备好对症药物十分关键。中药连花清瘟胶囊/颗粒作为国务院应对新冠肺炎联防联控机制科研攻关组筛选出的有效药物“三方三药”的代表性药物，对于新冠肺炎具有预防、治疗、减少转重症三大作用优势，并且得到了国内很多权威科研院所的基础和临床研究证实。 三朝名方保障抗疫作用发挥 连花清瘟是运用中医络病理论探讨外感温病及瘟疫传变的规律及治疗，提出
现代机器学习（ML）是人工智能（AI）的基础，已经严重影响了包括化学在内的所有科学领域。与传统的计算方法相比，基于深度神经网络和表征学习的新ML方法往往能提供更高的预测质量。使用可解释的人工智能方法对这种模型进行解释，使研究人员能够识别分子活性的原子和片段贡献，这种方法现在正在积极发展。基于图像和文本处理的信息提取的新方法正在兴起，未来将允许从文献中产生大量更准确的提取和全面注释的数据集。
人各有所好, 很难有众所认同的世界上“最重要”的事物; 但是, 从人类社会的角度看,很少人会认为人脑没有关键作用,有少数人“持”此观点也实质上反证了正常脑的重要性。对脑和神经系统的科学研究近年有显著的进展,一门新的交叉学科——神经科学是过去二十多年中发展最为迅速的学科之一。它应用生命科学和物理科学，信息科学的综合途径，从分子、细胞到计算网络、心理多个水平，对神经系统的形成，正常功能和异常病变进行研究。神经科学研究,对改善现代社会的健康、推进传统药物工业和新型生物工程企业、和发展科学都是有意义的。
2022年7月16日，来自弗吉尼亚大学数据科学学院和生物医学工程系的Philip E.Bourne和Zheng Zhao等人在Drug Discovery Today上发表文章，作者回顾了系统的蛋白质-配体相互作用指纹（IFP）方法在药物开发方面的最新进展和成功应用。
Graph attention network for link prediction of gene regulations from single-cell RNA-sequencing data
2024年4月3日， 开创了发现和开发激动剂抗体的新方法的生物技术公司Diagonal Therapeutics宣布完成1.28亿美元A轮融资。
Target-based 药物发现是当前的主流范式，然而目前缺乏对其实际效率的全面评估。这里对约32000篇文章和专利进行系统回顾，追溯至150年前，展示了其明显的低效性。分析所有获批药物，尽管Target-based 主导已经数十年，但是仅有9.4%的小分子药物是通过“Target-based ”筛选发现的。而其治疗效果甚至不能完全归因于所述的靶标，因为在表型观察时往往会纳入众多的非靶标机制。数据表明，还原主义的靶标导向药物发现可能是药物发现中生产力危机的原因之一。基于以往的证据来看，增强效率的方案是在选择和优化分子时，可以使用人工智能和机器学习等工具来预测表型实验效果。
肿瘤是近年来严重威胁人类的健康的疾病,据统计,目前大部分种类的肿瘤都呈现不同程度的上升趋势,中国因患肿瘤而死亡的人数约占全球肿瘤死亡总人数的1/4左右,人类正面临着肿瘤防治的新挑战。现代医学治疗肿瘤的手段和方式已经日臻完善,主要为手术配合放、化疗联合治疗。
大家好, 今天和大家分享的是 2020 年 4 月发表在Biomed Pharmacother(IF:3.743)上的一篇文章，“Study on the anti-tumor mechanism related to immune microenvironment of Bombyx Batryticatus on viral and non-viral infections of hepatocellular carcinoma”。作者通过网络药理学结合生物信息学方法，分析了传统中药——家蚕对于肝癌的药理机制。
SBSA: an online service for somatic binding sequence annotation
上半年在国内公映的电影《阿丽塔：战斗天使》中，观众能看到，被改造过的半机械少女阿丽塔十分强大，她的强大来自于“狂战士机甲”、反物质能量反应堆、纳米伺服电机等高科技装备。
今天给大家介绍由厦门大学刘向荣教授团队发表在Bioinformatics上的文章，文章提出一个用于DDI预测的链接感知图注意网络，称为LaGAT。该模型能够基于不同的药物对在知识图谱中为药物实体产生不同的注意途径；作者在两个公开的DDI数据集上进行了实验，并可视化了模型生成的注意力路径。结果证明，LaGAT能够更好地捕捉语义关系，并能够基于知识图谱做出更具有可解释性的DDI预测。
我们在心理学网络论文中看到的一个问题是，作者有时会对其数据的可视化进行过度解释。这尤其涉及到图形的布局和节点的位置，例如：网络中的节点是否聚集在某些社区 （ 点击文末“阅读原文”获取完整代码数据******** ）。
人工智能（ArtificialIntelligence, AI）近年来在化学领域的应用取得了巨大的发展。尤其自2015年以来，与 AI 相关的化学出版物数量大幅增长。美国化学文摘社的Zachary J. Baum等人分析了跨学科研究的趋势，还对期刊和专利出版物进行了专题分析，以说明AI与某些化学研究主题的关联，并对各种化学学科的著名出版物进行评估和介绍，以突出新兴的AI相关的使用案例。最后，本文还量化了与AI相关的化学研究中不同种类的研究对象的出版物数量，进一步详细说明了人工智能在生命科学和分析化学中的普及程度。近日，此项分析研究以综述形式发表在美国化学会出版的计算化学和化学信息学核心期刊Journal of Chemical Information and Modeling（J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 7, 3197–3212）上【1】。
BT + IT = ？9 月 2 日，来现场一起寻找答案 随着 AI+ 生物学计算应用的逐渐广泛，生物计算已经成为人工智能发展的下一个明珠。 依托上海强大的生物医药和人工智能产业基础，在世界人工智能大会组委会办公室指导下，由上海市生物医药产业促进中心、机器之心发起并联合主办 2022 上海生物计算论坛，论坛将于 9 月 2 日下午在张江科学会堂 303 举办，活动旨在衔接政府、药企、医院、研究机构、创新企业等产业链各环节，助力建设生物计算产业新高地，驱动生物医药产业创新发展，释放生物计算行业新动能。 本次
机器之心报道 编辑：萝卜皮 「赋能新未来，释放新动能」，由世界人工智能大会组委会办公室指导，上海市生物医药产业促进中心、上海市人工智能行业协会、机器之心发起并联合主办，上海中青年知识分子联谊会、上海市经济和信息化系统中青年知识分子联谊会协办的「WAIC2022 · 上海生物计算论坛」于 9 月 2 日在上海张江科学会堂圆满举办。 来自加拿大皇家科学院、上海市生物医药促进中心、北大、微软、昇思MindSpore、BioMap、分子之心、天壤 XLab、晶泰科技、华深智药、联拓生物等机构、高校、科技和医药企业
今天给大家介绍的文章来自美国基因泰克公司“Deep learning prediction of patient response time course from early data via neural-pharmacokinetic/pharmacodynamic modelling”，基于神经药代动力学/药效学建模的深度学习从早期数据预测患者的反应时间过程。目前，使用药代动力学或药效学 (PK/PD)方法对给药后的患者反应时间进行纵向分析，仍需要大量的人类经验和相关的专业知识。本文提出了一种新的PK/PD神经网络框架，将药理学原理与常微分方程(ODE)相结合，可以模拟患者对未经测试的给药方案的反应。分析了600多名患者组成的临床数据集的药物浓度和血小板反应，实验证明了该模型自动预测分析患者的反应时间过程的潜力。
大数据文摘作品 作者：Mickey 提到迷幻蘑菇（magic mushrooms）和LSD(麦角酸二乙基酰胺)等，人们首先想到的或许是1960年代的嬉皮士，以及娱乐圈的各类丑闻。但是，科学家近期也发现，合适的剂量和使用方法下，这类致幻剂也具有治愈心灵的潜力。 一些较小规模的研究已经显示，致幻剂在治疗抑郁症、上瘾症以及创伤后压力症（post-traumatic stress disorder， PTSD,也称创伤后遗症）等方面有着意想不到的效用。 两个球体显示了人类在使用安慰剂（左）和致幻类药剂（右）时大脑
9 月 2 日 13:00，2022 上海生物计算论坛，精彩相约！ 随着 AI+ 生物学计算应用的逐渐广泛，生物计算已经成为人工智能发展的下一个明珠。 依托上海强大的生物医药和人工智能产业基础，在世界人工智能大会组委会办公室指导下，由上海市生物医药产业促进中心、上海市人工智能行业协会、机器之心发起并联合主办，上海中青年知识分子联谊会、上海市经济和信息化系统中青年知识分子联谊会协办 2022 上海生物计算论坛，论坛将于 9 月 2 日下午在张江科学会堂 303 举办。活动旨在衔接政府、药企、医院、研究机构、
这是一个公共收录实验测定的蛋白质-配体的结合亲 和力的数据库。 （1）实验测定的结合亲和力； （2）侧重测定候选药物靶点蛋白与小分子或 类药分子等配体的相互作用亲和力。目前含有620000 个蛋白—配体结合数据，5500 个蛋白靶点，超过 270 000 个类药小分 子。。
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