问卷、报名、登记、预约、订单,甚至是考试表单制作,表单数据收集,可以设置简单逻辑。
为了能更好的分析程序,需要在我们的项目中加一行 agent 诊断分析代码,用于统计分析程序问题。
ChIPpeakAnno是一个bioconductor上的R包,针对peak calling之后的下游分析,提供了以下多种功能
在遗传学中,当两个基因相互作用然后导致对应性状的出现,说明两个基因间存在相互作用。在之前的文章中,介绍了很多的基因相互作用模型,列表如下
首先我们需要输入peak文件,支持两种格式,第一种是BED格式,最少只需要3列内容记录peak的染色体位置就可以了,示意如下
上节课我们介绍了Excel中常用的统计函数用法,具体可回顾Excel基础入门——countif/sumif/countifs/sumifs函数用法详解(六),本节课我们将介绍Excel中常用字符串&文本&日期函数的使用方法,重点介绍left/right/mid/text/datedif/weekday函数的使用方法。话不多说,马上进入正题。
GWAS中的Gene Set Analysis, 简称GSA分析,是从基因或者通路水平来进行关联分析,是建立在SNP水平的的GWAS分析结果基础上的,在更高的层次进行深入挖掘,以发现更加有用的信息。MAGMA是进行GSA分析的一款工具,其官网如下
通过对单个表型的GWAS分析结果进行连锁不平衡回归分析,可以鉴定是否存在混淆因素,同时估计遗传力的大小;对于多个不同表型的GWAS分析结果进行分析,则可以计算表型间的遗传相似度。
前言:在linux中,Bash脚本是很基础的知识,大家可能一听脚本感觉很高大上,像小编当初刚开始学一样,感觉会写脚本的都是大神。虽然复杂的脚本是很烧脑,但是,当我们熟练的掌握了其中的用法与技巧,再多加练习,总有一天也会成为得心应手的脚本大神。脚本在生产中的作用,想必小编我不说,大家也都知道,脚本写的6,可以省下很多复杂的操作,减轻自己的工作压力。好了,废话不多说,接下来,就是Bash脚本的用法展示。
前言:在linux中,Bash脚本是很基础的知识,大家可能一听脚本感觉很高大上,像小编当初刚开始学一样,感觉会写脚本的都是大神。虽然复杂的脚本是很烧脑,但是,当我们熟练的掌握了其中的用法与技巧,再多加
jps(Java Virtual Machine Process Status Tool)显示当前所有Java进程pid的命令
上次我们介绍了lookup查找函数的基本用法,具体可回顾 从零开始学数据分析系列-Excel基础入门(三)本节课我们介绍Excel中非常常用的组合函index+match,看看它们的具体用法。
(1)输入tracert www.hbtcm.edu.cn并回车查看分析结果。结果:
安全增强型 Linux(Security-Enhanced Linux)简称 SELinux,它是一个 Linux 内核模块,也是 Linux 的一个安全子系统。
对应的import的bean都将加入到spring容器中,这些在容器中bean名称是该类的全类名 ,比如com.yc.类名
常见的转录组差异分析有两种策略,一种是基于raw count的定量方式,比如DESeq2, edgeR等;另外一种是基于FPKM/RPKM的定量方式,比如cuffdiff等。
pandas 是 Python 数据分析的必备库,而 read_csv() 函数则是其最常用的函数之一。本篇文章详细解析了 pandas read_csv() 的各种用法,包括基本用法、参数设置和常见问题解决方案,让小白和大佬都能轻松掌握。
【说明】:该文主要为了随后复习和使用备查,由于做了word文档笔记,所以此处博文没有怎么排版,没放代码,以插入图片为主,
作为关联分析最常用的工具,plink支持多种关联分析的算法。对于经典的case/control关联分析,该软件支持allele和genotype两个层次的关联分析,具体做法如下
seaborn在matplotlib的基础上进行开发,当然也继承了matplotlib的颜色梯度设置, 同时也自定义了一系列独特的颜色梯度。在seaborn中,通过color_palette函数来设置颜色, 用法如下
随着现代应用程序的复杂性不断增加,Java应用程序的性能监控和分析变得尤为重要。JVM性能监控工具是我们的得力助手,它们可以帮助我们追踪内存使用、线程情况、垃圾回收等关键指标,从而更好地了解应用程序的健康状况。本文将介绍一些常用的JVM性能监控工具,并详细展示它们的用法,以便帮助你更好地监控和优化Java应用程序。
在matplotlib中,bar命令用于绘制柱状图,基本用法如下在matplotlib中,bar命令用于绘制柱状图,基本用法如下在matplotlib中,bar命令用于绘制柱状图,基本用法如下在matplotlib中,bar命令用于绘制柱状图,基本用法如下在matplotlib中,bar命令用于绘制柱状图,基本用法如下
在生物信息数据分析中,R语言是必备技能,简洁的语法,丰富的生态,美观的可视化,种种优势使得其成为该领域中使用最广泛的编程语言之一。用R进行meta分析当然也是可以的,本文要介绍的R包rmeta, 就是其中之一,可以用于gwas meta分析,支持随机效应模型和固定效应模型,官方文档如下
clusterProfiler是一个功能强大的R包,同时支持GO和KEGG的富集分析,而且可视化功能非常的优秀,本章主要介绍利用这个R包来进行Gene Ontology的富集分析。
每种算法都要其优势和不足之处,综合运用多种策略有助于提高检测的灵敏度,lumpy就是这样一款软件,集合了read-pair,split-read,read-depth, 等多种策略来预测CNV,文章链接如下
TCGAbiolinks是一个分析处理TCGA数据的R包,通过GDC API来查询和下载TCGA的数据,同时提供了差异分析,生存分析,富集分析等常见的分析功能,网址如下
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移动测试Appium之API手册 前言 本文对Appium Python Client中webdriver.py代码进行分析说明。 笔者使用python3.6版本,安装在C:\Python36目录下,
word文档的自动化处理是一件比较头痛的事情,因为深耕于windows操作系统,对于跨平台需求的word文档编辑,是非常痛苦的一件事。在python的生态环境中,提供了python-docx这个模块,可以方便的进行跨平台的word文档处理,但是只适合word 2007以后的文档,即后缀为docx的文档。
Linux系统作为一种常用的操作系统,具有丰富的命令行工具,其中包括了许多用于统计数据的命令。这些命令可以帮助系统管理员和开发人员轻松地分析和处理数据。本文将介绍一些常用的Linux统计命令,帮助读者更好地理解和使用它们。
methylKit 是一个用于分析甲基化测序数据的R包,不仅支持WGBS,RRBS和目的区域甲基化测序,还支持oxBS-sq, TAB-seq等分析5hmc的数据。 其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点和区域的注释。
在 SQL 数据库中,聚合函数是一组强大的工具,用于处理和分析数据。它们可以帮助您对数据进行统计、计算总和、平均值、最大值、最小值等操作。无论您是数据库开发者、数据分析师还是希望更好地了解 SQL 数据库的用户,了解聚合函数都是非常重要的。
plink是目前使用的最为广泛的关联分析软件,其定义的ped/map文件系统,及其对应的二进制bed/bim/fam已经成为关联分析的标准文件格式。在进行关联分析之前,我们首先要做的就是将其他格式的文件转换为plink对应的文件格式。
TADbit是一个hi-c数据分析的软件,提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能,对应的文章链接如下
在linux中,Bash 脚本是很基础的知识,大家可能一听bash脚本感觉很高大上,像小编当初刚开始学一样,感觉会写脚本的都是大牛。虽然复杂的bash脚本是很烧脑,但是,当我们熟练的掌握了其中的用法与技巧,再多加练习,总有一天也会成为得心应手的bash脚本大牛。
(2)案例 #求出(1+2+...+n)的总和 sum=0 read -p "Please input a positive integer: " num if [[ $num =~ [^0-9] ]] ;then echo "input error" elif [[ $num -eq 0 ]] ;then echo "input error" else for i in `seq 1 $num` ;do sum=$[$sum+$i] done echo $sum fi unset zhi 分析:sum初始值为0,请输入一个数,先判断输入的是否含有除数字以外的字符,有,就报错;没有判断是否为0,不为0进入for循环,i的范围为1~输入的数,每次的循环为sum=sum+i,循环结束,最后输出sum的值。 #求出(1+2+...+100)的总和 for (( i=1,num=0;i<=100;i++ ));do [ $[i%2] -eq 1 ] && let sum+=i done echo sum=$sum 分析:i=1,num=0;当i<=100,进入循环,若i÷2取余=1,则sum=sum+i,i=i+1。 2、while (1)用法格式 while 循环控制条件 ;do 循环 done 循环控制条件;进入循环之前,先做一次判断;每一次循环之后会再次做判断;条件为“true” ,则执行一次循环;直到条件测试状态为“false” 终止循环 (2)特殊用法(遍历文件的每一行): while read line; do控制变量初始化 循环体 done < /PATH/FROM/SOMEFILE 或cat /PATH/FROM/SOMEFILE | while read line; do 循环体 done 依次读取/PATH/FROM/SOMEFILE文件中的每一行,且将行赋值给变量line (3)案例: #100以内所有正奇数之和 sum=0 i=1 while [ $i -le 100 ] ;do if [ $[$i%2] -ne 0 ];then let sum+=i let i++ else let i++ fi done echo "sum is $sum" 分析:sum初始值为0,i的初始值为1;请输入一个数,先判断输入的是否含有除数字以外的字符,有,就报错;没有当i<100时,进入循环,判断 i÷2取余 是否不为0,不为0时为奇数,sum=sum+i,i+1,为0,i+1;循环结束,最后输出sum的值。 3、until 循环 (1)用法 unitl 循环条件 ;do 循环 done 进入条件:循环条件为true ;退出条件:循环条件为false;刚好和while相反,所以不常用,用while就行。 (2)案例 #监控xiaoming用户,登录就杀死 until pgrep -u xiaoming &> /dev/null ;do sleep 0.5 done pkill -9 -u xiaoming 分析:每隔0.5秒扫描,直到发现xiaoming用户登录,杀死这个进程,退出脚本,用于监控用户登录。 4、select 循环与菜单 (1)用法 select variable in list do 循环体命令 done
CNVkit是一款CNV预测软件,适用于全外显子,目的区域靶向测序等数据的CNV检测,官网如下
当我们在处理关系型数据库时,经常会涉及到将多个表进行连接操作。而其中最常见的连接操作是 INNER JOIN。本文将详细介绍 INNER JOIN 的概念、语法和用法,以及一些实际应用示例。
加米谷数据分析与挖掘课程体系包括5个板块、9个阶段、200+模块以及4个真实项目实战。
对于转录组数据而言,最基础的分析就是基因和转录本水平的定量了,定量就是确定一个基因或者转录本的表达量,其中定量的方式有很多种。
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今天的世界充满了数据,图像是这些数据的重要组成部分。但是,在使用它们之前,必须对这些数字图像进行处理 - 分析和操作,以提高其质量或提取一些可以使用的信息。
如何进行查看慢查询日志,如果开启了慢查询日志,就会生成很多的数据,然后我们就可以通过对日志的分析,生成分析报表,然后通过报表进行优化。
在RNA_seq数据的定量分析中,都是首先将reads比对到参考基因组,然后再使用定量软件进行定量,比如经典的hisat+stringTie的分析策略,对于单细胞转录组而言,其定量的原理也是一样的,只不过由于引入了UMI标签的设计,在定量时需要考虑相同UMI标签来自同一个转录本,直接使用传统的分析软件就不合适了。
当今世界充满了各种数据,而图像是其中高的重要组成部分。然而,若想其有所应用,我们需要对这些图像进行处理。图像处理是分析和操纵数字图像的过程,旨在提高其质量或从中提取一些信息,然后将其用于某些方面。
序列比对是生物信息学分析中的常见任务,包含局部比对和全局比对两大算法,局部比对最经典的代表是blast, 全局比对则用于多序列比对。在biopython中,支持对序列比对的结果进行读写,解析,以及运行序列比对的程序。
这里主要是用到了fill_between函数。这个函数很好理解,就是传入x轴的数组和需要填充的两个y轴数组;然后传入填充的范围,用where=来确定填充的区域;最后可以加上填充颜色啦,透明度之类修饰的参数。
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