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    KDD 2022 | 编程指南:生命科学中的图神经网络

    本文介绍由亚马逊的研究团队推出的应用于生命科学的图神经网络指南《Graph Neural Networks in Life Sciences: Opportunities and Solutions》,这个工作发表在2022年数据挖掘顶会KDD上。图结构数据在生命科学以及医疗场景无处不在,最近很多研究把原来依赖于描述性数据分析的问题转化成依赖于生物网络的问题,例如图神经网络 (GNNs)。与其它领域相比,生命科学的问题有其自身的独特性和细微的差别。首先,这份指南比较全面地介绍了生命科学中的各种图结构数据,基于这些数据的生物和医学问题,以及相关的基于图机器学习的算法;随后,作者提供了四类基于GNN的解决方案的编程指南,每一种方案都提供了python代码和比较详细的说明,这四类问题包括:1)小分子属性预测;2)大分子属性和功能预测;3)基于双图(bi-graph)的蛋白质-配体对亲和力预测;4)利用知识图谱进行医学预测。所有代码都基于深度学习库DGL-lifesci和DGL-KE。

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    一些免费的学习资源 原

    HTML5 Canvas编程:http://blog.csdn.net/column/details/canvas-programming.html GTK编程基础学习:http://blog.csdn.net/column/details/sjin-gtk.html Git学习系列:http://blog.csdn.net/column/details/git-lover.html git学习笔记:http://blog.csdn.net/column/details/gitnote.html Git深入体验:http://blog.csdn.net/column/details/gitexperience.html Git菜鸟变大神:http://blog.csdn.net/column/details/lilongsheng-git.html GitHub 漫游指南:http://github.phodal.com/ 全栈增长工程师指南:http://growth.phodal.com/ 全栈增长工程师实战:http://growth-in-action.phodal.com/ Phodal’s Idea实战指南:http://ideabook.phodal.com/ JavaScript 闯关记:https://github.com/stone0090/javascript-lessons css知多少:http://www.cnblogs.com/wangfupeng1988/p/4325007.html Docker入门教程:http://dockone.io/article/111 HTTP cookies 详解:http://bubkoo.com/2014/04/21/http-cookies-explained/ HTTP 接口设计指北:https://github.com/bolasblack/http-api-guide http2讲解:https://bagder.gitbooks.io/http2-explained/content/zh/ innodb源码分析:http://blog.csdn.net/column/details/innodb-zerok.html JavaScript Promise迷你书(中文版):http://liubin.org/promises-book/ JavaScript:http://blog.csdn.net/column/details/js-lyg.html JavaScript权威指南:http://blog.csdn.net/column/details/webcode.html JavaScript设计模式:http://blog.csdn.net/column/details/design-pattern-of-js.html JavaScript设计模式浅谈:http://blog.csdn.net/column/details/js-patterns.html LGCB:http://happypeter.github.io/LGCB/ linux基础与shell编程:http://blog.csdn.net/column/details/linux-world.html Linux内核读书笔记:http://blog.csdn.net/column/details/linuxnotes.html Linux入门及进阶:http://blog.csdn.net/column/details/dxmy-linux.html Nginx开发:http://blog.csdn.net/column/details/sknginx.html PHP程序员技术精粹:http://blog.csdn.net/column/details/phpjingcui.html PHP入门到精通:http://blog.csdn.net/column/details/phpspecialcolumn.html python3入门学习:http://blog.csdn.net/column/details/python-spider.html Python大法好:http://blog.csdn.net/column/details/python-master.html Python入门学习:http://blog.csdn.net/column/details/enjoypython.html Python学习笔记:http://blog.csdn.net/column/details/python-notes.html scala 从入门到入门+:https://segmentfault.com

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    【访谈】大神自学编程的经验之谈

    编程,programming,无时无刻不在改变我们的生活,从衣食住行,到科学前沿,各种编程语言层出不穷。在生命科学领域,越来越多的同行开始自学程序语言,周围的同事每天都在上演着从医生到实验员到程序员的身份来回转变。以前一天的工作量,因为有了编程,几分钟就能做好。以前无法完成的绘图,有了编程,再高大上的figure也不在话下。逐渐地,科研开始离不开编程,从SAS到R、从R再到Python,甚至LAMP、Java。我们的技术和客服每天都会面临和解答很多人关于程序语言的问题,今天,我们就特邀技术团队中一作文章IF达20+的生信大牛、也是我们的IT主管给大家讲讲该如何自学编程、分享一下他在学习过程中的经验之谈。

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    生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)

    在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面,我提到过Linux基本上几十年都没有怎么变动过基础知识的,哪怕你现在搜索到十几年前的Linux教学视频,也不会觉得尴尬。而且Linux属于IT工程师必备技能,IT的发展程度远超于我们,再加上各种马哥鸟叔,还有黑马训练营公开30天完整教学视频,按照道理我是没有必要在他们IT专业人士面前班门弄虎的, 毕竟他们随便拿几个偏门知识点就可以问倒我了!不过我们生信技能树的特色是主打生物信息学方向技能建设,而它作为一个典型的教交叉学科,想在此领域成为一个专业靠谱的生信工程师,我们实在是做不到在任何一个非核心知识点投入过多的时间和精力。

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    生信入门第1课

    我写公众号的最初目的就是督促自己学习,分享一些教程,和专门搞生信的大佬们比起来,自己也就是菜鸟一枚,公众号更新也比较佛系,也不做推广,你能自行关注到,完全靠缘分。我就是分享一些生信基础的生信分析技能,以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话,大家需要给你自己以定位,自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路,或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信,那也是分档次和研究方向的,如果只是分析别人的数据,比如预后模型这种,属于比较低端的水平。有的做开发,比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具,又或者是建数据库,这些属于开发类。另外,这个也和研究领域有很大关系,植物的,人的,微生物的,是有区别的,当然,很多基础工具都差不多,但需要相关的知识背景。我自己主要是做药,癌症,所以我会的技能主要和自己研究方向相关的,我也不是什么都掌握,因为我觉得,具备基础知识储备后,自己用到什么就去现学现卖,而不是一下子学会很多东西等着以后用,我个人认为这是效率极其低下的。

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    小白零基础编程到大佬级别是怎么学习Python的?

    程序员在普通人眼里就像魔法师,一个脚本轻松抢几十盒月饼(虽然最后被开除),一个插件解决春运抢票难题,几十行代码搭建一个 Web 网站,用微信自动和妹纸聊天,在程序员眼里这些事太稀松平常了,他们只不过是利用编程语言指挥计算机去自动完成一些需要人类重复操作的繁琐过程,等你会编程也就不觉得大惊小怪了。 有些人学习编程刚一开始头脑发热,买了很多书,下载很多视频,收藏上100G的资料,没过几天,热情就褪去了,最后完成了从入门到放弃的全过程,究其原因主要是缺乏清晰的目标,没有方向,或者方向不明确。如果你真正想把编程

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