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    高颜值复杂热图绘制小技巧

    数据背景 这幅热图对应的数据在 GEO 中:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?...Clinicopathological Features of LARC-TIMING Patients 由于不管怎么设置差异基因筛选阈值都得不到图中的那个上下调基因数,这里直接 使用 kimi 从图片中获取了...gse_number, dat, group_list, pd, file = 'step1_output.Rdata') 2、读取样本临床信息 使用 excel 读取进来,并进行一些预处理,如 连续值的...$Gender) table(clinical$Rectal_location) table(clinical$CMS_class) table(clinical$KRAS_status) # 选择图中的临床性状...jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/index.html 如果你有好看的图,可以 留言区给出你的图片来源,我们尽可能的复现出来,学会更多的高颜值绘图技巧

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    【LeetCode热题100】【子串】滑动窗口最大值

    返回 滑动窗口中的最大值 。...示例 1: 输入:nums = [1,3,-1,-3,5,3,6,7], k = 3 输出:[3,3,5,5,6,7] 解释: 滑动窗口的位置 最大值 ----------...-104 <= nums[i] <= 104 1 <= k <= nums.length 滑动窗口 这道题和之前的滑动窗口的题目有点类似,要避免直接两层循环暴力求解,可以使用滑动窗口【LeetCode热题...100】【滑动窗口】找到字符串中所有字母异位词_找到字符串中所有字母异位 题解-CSDN博客 要寻找这个滑动窗口的最大值最快的方法是使用一个大顶堆,堆的插入元素的时间复杂度为logn,这样不用遍历窗口的每个元素就可以找出最大值...但这样还有一个问题,那就是滑动窗口移动的时候,如果删除左边被移出窗口的元素,堆删除指定元素并不简单,解决的方法就是不删除,当堆顶元素为已经移出窗口的元素时,pop堆顶元素就行,这样就可以避免找到的最大值是已经移除的元素

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    【数据分析】数据缺失影响模型效果?是时候需要missingno工具包来帮你了!

    这可以是条形图、矩阵图、热图或树状图的形式。 从这些图中,我们可以确定缺失值发生的位置、缺失的程度以及是否有缺失值相互关联。...isna()部分检测dataframe中缺少的值,并为dataframe中的每个元素返回一个布尔值。sum()部分对真值的数目求和。...如果条小于此值,则表示该列中缺少值。 在绘图的右侧,用索引值测量比例。右上角表示数据帧中的最大行数。 在绘图的顶部,有一系列数字表示该列中非空值的总数。...当一行的每列中都有一个值时,该行将位于最右边的位置。当该行中缺少的值开始增加时,该行将向左移动。 热图 热图用于确定不同列之间的零度相关性。换言之,它可以用来标识每一列之间是否存在空值关系。...树状图可通过以下方式生成: msno.dendrogram(df) 在上面的树状图中,我们可以看到我们有两个不同的组。第一个是在右侧(DTS、RSHA和DCAL),它们都具有高度的空值。

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    你没见过的两种高颜值单细胞亚群相关性热图

    经过简单检索,发现有两种类型的 相关性热图在已发表的文献中出现过,他们表示的含义不一样,一起来看看吧。...第一种:使用细胞亚群基因表达均值计算亚群间的相关性热图绘制 这种相关性热图计算的是单细胞亚群间伪bulk基因表达的相关性,这里有两个应用。...图注:(A) 使用皮尔逊相关系数(PCC)在对不同疾病分组的细胞亚群进行层次聚类,热图中的颜色表示皮尔逊相关系数的数值。热图上方的颜色条表示细胞类型和疾病组。...文献案例1 这种图比下面那个传统热图颜值要高!...在转换过程中,x变量的每个唯一值都会成为结果数据框中的一行。 y:这是一个变量,它在转换后将成为数据框的列名。y变量的每个唯一值都会成为结果数据框中的一列。

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    R语言使用自组织映射神经网络(SOM)进行客户细分

    # 权重矢量视图 热图 热图是也许是自组织图中最重要的可能的可视化。通常,SOM过程创建多个热图,然后比较这些热图以识别图上有趣的区域。 在这种情况下,我们将SOM的平均教育水平可视化。 ? ?...SOM网格中具有空节点的热图 在某些情况下,您的SOM训练可能会导致SOM图中的节点为空。...通过几行,我们可以找到som_model $ unit.classif中缺少的节点,并将其替换为NA值–此步骤将防止空节点扭曲您的热图。...可以使用kmeans算法并检查“类内平方和之内”图中的“肘点”来确定合适的聚类数估计。...# 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 som_clust[som_modl$unit.clasf] # 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 data$cluster <- cluster_assignment

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    使用自组织映射神经网络(SOM)进行客户细分|附代码数据

    # 权重矢量视图 热图 **热**图是也许是自组织图中最重要的可能的可视化。通常,SOM过程创建多个热图,然后比较这些热图以识别图上有趣的区域。...并排显示的其他热图可用于构建不同区域及其特征的图片。 **SOM网格中具有空节点的热图** 在某些情况下,您的SOM训练可能会导致SOM图中的节点为空。...通过几行,我们可以找到som_model $ unit.classif中缺少的节点,并将其替换为NA值–此步骤将防止空节点扭曲您的热图。...可以使用kmeans算法并检查“类内平方和之内”图中的“肘点”来确定合适的聚类数估计。...# 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 som_clust[som_modl$unit.clasf] # 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 data$cluster <- cluster_assignment

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    使用自组织映射神经网络(SOM)进行客户细分

    # 权重矢量视图 热图 **热**图是也许是自组织图中最重要的可能的可视化。通常,SOM过程创建多个热图,然后比较这些热图以识别图上有趣的区域。...** 在某些情况下,您的SOM训练可能会导致SOM图中的节点为空。...通过几行,我们可以找到som_model $ unit.classif中缺少的节点,并将其替换为NA值–此步骤将防止空节点扭曲您的热图。...可以使用kmeans算法并检查“类内平方和之内”图中的“肘点”来确定合适的聚类数估计。...# 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 som\_clust\[som\_modl$unit.clasf\] # 为每个原始数据样本获取具有聚类值的向量 data$cluster <- cluster_assignment

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    R语言新神器visdat包(一行代码看穿整个数据集)

    (2)visdat有6个功能函数: vis_dat()可视化一个数据框,显示列的类别,并显示缺少的数据。 vis_miss()只显示缺失的数据,并允许对缺失进行聚类并重新排列。...vis_compare()可视化相同维度的两个数据帧之间的差异 vis_expect()可视化数据中满足某些条件成立的数据 vis_cor()在一个漂亮的热图中可视化变量的相关性 vis_guess...缺少的数据由灰色表示。通过图片的输出结果我们可以看出, Ozone; Solar.R;Temp ;Month Day这几列为数字型,而Wind这一列为整数型。...当缺失率缺少数据的数量非常少时 test_miss_df <- data.frame(x1 = 1:10000, x2 = rep...例如显示数据中大于25的值可以通过: vis_expect(airquality, ~.x >= 25) ?

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    Github项目推荐 | visdat - 数据初步探索性可视化工具

    visdat 的六大特点如下: vis_dat()将数据框可视化,显示列的类别,并显示缺少的数据。 vis_miss()只显示缺失的数据,并允许对缺失进行聚类并重新排列列。...vis_compare()将相同维度的两个数据帧之间的差异可视化 vis_expect()将数据中某些条件成立的位置可视化 vis_cor()在一个漂亮的热图中对变量的相关性可视化 vis_guess(...)将数据中各个类的earch值可视化 你可以在“using visdat”小节中查看更多关于visdat的信息。...vis_miss表示当缺失率缺少数据的数量非常少: test_miss_df 值的图形和数值探索提供了更多通用工具。 使用vis_compare() 有时你想要查看数据中发生了哪些变化。

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    Seaborn-让绘图变得有趣

    请注意,使用的是matplotlib版本3.0.3,而不是最新版本,因为存在一个会破坏热图并使其无效的错误。然后,导入了seaborn。...在仔细查看数据集时,发现缺少许多元数据信息。例如,该列具有尚未在任何地方描述ocean_proximity的值<1H OCEAN。人们应该始终收集元数据信息,并使用具有适当信息的数据集。...proximity to ocean") plt.xlabel("Proximity to the ocean") plt.ylabel("Count of houses") 使用seaborn计数地块 在上图中...上图中的蓝线定义了密度的分布。 小提琴图 在与seaborn合作之前,经常在各种文章中看到这些看起来很怪异的情节,并且想知道它们是什么。...热图 相关矩阵可帮助了解所有功能和标签如何相互关联以及相关程度。该pandas数据框中有一个调用的函数corr()生成相关矩阵,当把它输入到seaborn热图,得到了一个美丽的热图。

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