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    跟我一起玩转shiny

    我们生信技能树已经有多位大神发表了自己的网页工具,其中基于R语言的shiny框架是比较适合初学者的,而且手把手的教程不少: 把你的shiny网页工具部署在云服务器 手把手教你使用shiny创建一个网页工具...UI 表格-方案选择 表格-renderTable 表格-kableExtra 表格-DT 绘图-基本图形 绘图-ggplot2 绘图-交互图plotly 绘图-交互图echarts 用户上传数据 用户下载数据...-图表 用户下载数据-程序产生的文件 网页表格收集数据 调试-控制台 调试-shinyjs-runcodeUI 调试-reactlog 美化-应用CSS 美化-插入图片 美化-加入加载动画 部署-shinyapp.io...部署-shiny server 课程还在研发和筹备中,期待你的参与,文末有加入shiny交流群的方式!...Shiny 在单细胞领域正展现出澎湃的生命力 相关案例--工具类 1.SCHNAPPs - Single Cell sHiNy APP C3BI-pasteur-fr/UTechSCB-SCHNAPPs

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    (数据科学学习手札66)在ubuntu服务器上部署shiny

    2.3 安装Rstudio与Rstudio Server   接下来我们来安装Rstudio以及Rstudio Server,用于远程编写及管理服务器上的R程序,在官网对应的下载页面找到对应我们系统版本的...geb格式安装包下载链接:   Rstudio: ?   ...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件,但是无奈这样下速度太慢,于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件,然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下:...2.4 安装shiny和shiny server   接下来到了最重要的地方,我们来安装shiny和shiny server,首先我们在服务器上的R环境中安装shiny包: ?   ...接下来安装shiny server,同样的在本地从官网下载对应的geb安装包,然后用pscp上传到指定目录下: ?

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    UCSCXenaShiny 正式见刊发表!

    目前已经有上万次的下载安装,统计有超过4万行代码。 ? 它既是一个 R 包,也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主,这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。...在线使用 我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件,大家无需安装,打开浏览器,输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。...安装和使用 我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上,这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来,也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。 方式1:使用docker。...conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny 方式3:从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。...R里面加载和启动Shiny: library(UCSCXenaShiny) app_run() 启动过程也会下载安装很多依赖包,请耐心等待,如果网络不好请切换 CRAN 镜像。

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    UCSCXenaShiny 正式见刊发表!

    目前已经有上万次的下载安装,统计有超过4万行代码。 它既是一个 R 包,也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主,这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。...在线使用 我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件,大家无需安装,打开浏览器,输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。...安装和使用 我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上,这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来,也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。 方式1:使用docker。...conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny 方式3:从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。...R里面加载和启动Shiny: library(UCSCXenaShiny) app_run() 启动过程也会下载安装很多依赖包,请耐心等待,如果网络不好请切换 CRAN 镜像。

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    将Shiny APP搭建为独立的桌面可执行程序 - Deploying R shiny app as a standalone application

    0 准备工作 熟悉R及Rstudio 熟悉命令行操作 了解Shiny App及其基本结构 确定了解我们的目的 新建一个工作目录C:\myShinyApp 1 下载安装R-portable 链接:https...4 安装并配置node.js 4.1 下载解压 去这个链接下载zip压缩文件:https://nodejs.org/download/release/v12.16.2/node-v12.16.2-win-x64....zip 我装的是v12.16.2版本,如果嫌下载慢的话,想想办法,这里我分享一个网盘给你们: 链接: https://pan.baidu.com/s/1QbLJcfhRqTsgUeQ10Wy7wA...下载完成后解压到指定目录,可以是我们的工作目录,解压完以后是这样的: 4.2 配置环境变量 在这个目录中新建两个文件夹node_global和node_cache: 新建一个系统变量,变量名是NODE_PATH...electron-quick-start,然后clone项目: $ git clone https://github.com/listen2099/electron-quick-start.git 如果不方便用git,就直接下载连接中的

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    Nucleic Acids Research 在线发表癌症miRNA组学数据库CancerMIRNome

    去年在生信技能树分享了一些关于Shiny app开发,AWS部署Shiny app,以及绑定域名的经验,详见:Shiny app开发, AWS上部署Shiny app,绑定域名。...),另一个是方便用户下载GEO表型数据的网页工具WebGEO (http://bioinfo.jialab-ucr.org/WebGEO/),WebGEO还在测试阶段,名字也还没最终确定,但是基本的功能都已经上线了...当然也把TCGA来自肿瘤组织的miRNA数据下载和整理了一下。在做分析的同时发现这方面没有非常系统的数据库,已有的数据库/网页工具提供的分析和可视化功能也比较有限,于是就有了自己开发一个数据库的想法。...方便用户查询和分析来自肿瘤的miRNA数据,也提供一个方便用户下载我们已经整理好的数据的平台。...另外,CancerMIRNome数据库中收集的所有数据 (miRNA表达数据和样本表型数据) 都以ExpressionSet的形式存储在.RDS文件中,用户可以非常方便的下载这些数据并在R中读取用于更个性化的分析

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    开发了个在线绘图小站+github加速

    建站的方法比较简单,之前已经搭建好的lamp,外加上shiny server,使用shiny解决的啦,基于基本没有前端基础,审美也一般情况,于是就采用了一个还算美观的模块,把shiny App嵌入其中实现的...还提供PDF、PNG、TIFF、SVG等文章发表级(300dpi)图片的下载呢! 由于没有进行移动端适配,电脑访问更佳,网址放这啦!...https://shiny.zd200572.com/plots/ 带有显著标记的免费在线科研绘图小站[1] github加速 最近有同学在后台联系我,一个github文件下载的难题,我觉得应该分享上一两个方法...,方法大家下载文件。...insteadOf https:// git clone https://github.com/tendermint/tendermint.git 另一个是GitHub Proxy 代理加速[3] 这个更方便下载某个文件

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    在我们的shiny服务器再部署个芯片下游分析网页工具

    但是它并不提供芯片探针的ID注释,当然,缺陷实在是有点多,只能说是一个好的学习shiny网页工具制作的例子,并不算是完善的工具。...需要安装一些R包 基本上是需要设置R包安装镜像的,参考:http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 其中 install_github 函数需要从GitHub下载...如果你不会shiny,就不用管它的部署问题。...下载源代码,一步步安装即可,log目录是 /var/log/shiny-server 只有同属于shiny组的用户才能访问,只有在需要调试代码的时候才需要去查看默认程序存放在:/srv/shiny-server...image-20191114152830972 实际上就是调用GEOquery包去GEO数据库下载文件,所以这个非常慢,因为中国大陆的网络问题。

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    R海拾遗-shiny4

    R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章,shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R:https://shiny.rstudio.com.../tutorial/written-tutorial/lesson6/stockVis/app.R helper.R:https://shiny.rstudio.com/tutorial/written-tutorial...runApp("stockVis") setwd("D:\\360MoveData\\Users\\cmusunqi\\Documents\\GitHub\\R_and_python\\R") library(shiny...展示时的adjust prices for infaltion 目前是不可选的状态 stockVis依赖quantmod包中的两个功能: getSymbols: 直接从雅虎财经和圣路易斯联邦储备银行等网站下载金融数据...解析app.r包 # 导入包 library(shiny) # 导入需要计算的函数 library(quantmod) # 导入计算通货膨胀的函数 ---- source("helpers.R")

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