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    【开源】竖亥:实测FPGA平台上HBM的惊人带宽!

    随着高带宽内存(HBM)的发展,FPGA正变得越来越强大,HBM 给了FPGA 更多能力去缓解再一些应用中遇到的内存带宽瓶颈和处理更多样的应用。然而,HBM 的性能表现我们了解地还不是特别精准,尤其是在 FPGA 平台上。这篇文章我们将会在HBM 的说明书和它的实际表现之间建立起桥梁。我们使用的是一款非常棒的 FPGA,Xilinx ALveo U280,有一个两层的HBM 子系统。在最后,我们提出了竖亥,一款让我们测试出所有HBM 基础性能的基准测试工具。基于FPGA 的测试平台相较于CPU/GPU 平台来说会更位准确,因为噪声会更少,后者有着复杂的控制逻辑和缓存层次。我们观察到 1)HBM 提供高达425 GB/s 的内存带宽,2)如何使用HBM 会给性能表现带来巨大的影响,这也印证了揭开 HBM 特性的重要性,这可以让我们选择最佳的使用方式。作为对照,我们同样将竖亥应用在DDR4上来展现DDR4 和HBM 的不同。竖亥可以被轻松部署在其他FPGA 板卡上,我们会将竖亥开源,造福社会。

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    【硬件】生信专用高性能计算机配置指南(一):关于配置、CPU和机箱

    虽然HPAC相比每平米房价不算个啥,但时代的一颗灰落到个人身上都是一座山,因此不少小伙伴还是限于经济望而却步。但横向来看,毕竟一台好的游戏主机也要好几万;纵向来看,如果看远一点,购买HPAC和发文章的数量肯定是正相关的,或许可以和老板商量,从实验室或小组的经费里拨点赞助,或者下班后可以加班去开滴滴送快递呀,或者街头唱歌的时候脚下放顶帽子,反正办法肯定是有的啦。如果你继续往下看,那么我就假设你已经有办法解决了经济问题,接下来我们将讨论在1.5-2.5w的范围内配置一台HPAC如何选择性价比最高,以及需要考虑哪些问题。

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