“学编程，一定要系统化” 是我一直坚持的学习之道。目前正在系统化分享从零到一的全栈编程入门以及项目实战教程。...JavaScript 入门教程-上 学习JavaScript相对于html和css会复杂一点，js是一门正式的编程语言，和后续要学习的java语言有一些共性，学习JavaScript需要去理解变量、数据类型...现在，JavaScript 已经扩展到了服务端（通过 Node.js），以及移动应用等多个领域。 JavaScript 的用途： 网页交互：动态修改内容、响应用户输入。...JavaScript 的运行环境： JavaScript 运行在浏览器中，浏览器提供了 JavaScript 运行所需的环境，也可以在 Node.js 环境下运行服务器端代码。...Symbol：ES6 中新增的类型，用来创建唯一的标识符。即使两个 Symbol 的值相同，它们依然是独一无二的。
如果你已经安装了vim/vi的话，这个教程其实已经在你的电脑里了，你只需要在终端输入vimtutor即可（对于windows用户，你需要设置vim的路径到环境变量的path中）。...昨天晚上看了看这个教程，很不错，花个半小时看完，能让你进入vim世界的大门。
看了文字还在这里BB，自己又高尚到哪里去了 最详细的Vuex教程 什么是Vuex？ vuex是一个专门为vue.js设计的集中式状态管理架构。状态？...2、新建一个store文件夹（这个不是必须的），并在文件夹下新建store.js文件，文件中引入我们的vue和vuex。...学习状态对象赋值给内部对象，也就是把stroe.js中的值，赋值给我们模板里data中的值。...你可以把它看作store.js的计算属性。...####getters基本用法： 比如我们现在要对store.js文件中的count进行一个计算属性的操作，就是在它输出前，给它加上100.我们首先要在store.js里用const声明我们的getters
上周的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的预处理的一些思想。...统一流形逼近和投影（UMAP）显示出最高的稳定性，并且最好地分离了原始细胞群体。在这种情况下，值得一提的另一种降维方法是主成分分析（PCA），它仍然被广泛使用。...，这三幅图即是单细胞质控所用到的基本三幅图，此外，对于特定的任务，我们还会衡量细胞周期基因，详细的计算可参考scanpy中的教程。...思考 为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程（四）思考题 tsne与umap哪一个算法更好...往期回顾 单细胞最好的教程（三）：特征基因选择 单细胞最好的教程（二）：归一化 Python 单细胞分析教程（一）：质量控制 Seurat对象内部结构 胎儿视网膜和干细胞来源的视网膜类器官的scATAC-seq
主站点的配置(基本配置) (1) 基本配置: ServerRoot "/mnt/software/apache2" #你的apache软件安装的位置。...直到内存中的空闲进程达到MaxSpareServers。该模式是为了兼容一些旧版本的程序。我缺省编译时的选项。...%u --由HTTP认证系统得到的访问该网页的客户名。有认证时才有效，输出中的符号 "-" 表示此处信息无效。 %t --服务器完成对请求的处理时的时间。..."%r" --引号中是客户发出的包含了许多有用信息的请求内容。 %>s --这个是服务器返回给客户端的状态码。 %b --最后这项是返回给客户端的不包括响应头的字节数。...签发证书的问题：如果使用的是商业证书，具体的签署方法请查看相关销售商的说明；如果是知己签发的证书，可以使用openssl自带的CA.sh脚本工具。
前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。...关于omicverse的使用文档与安装教程可以参考我们的【readthedocs】 就是，本系列教程是我带本科生所用到的，所以概念会尽可能地通俗，详细，但对于急于求成的人，可能不是一个很好的教程。...基于基因离散度的方法寻找高变基因有两个途径： 指定目的高变基因数 指定离散度，平均值过滤高变基因 在这里，我们分别尝试两种不同的方法，首先是基于指定高变基因数的方法： 2.1 指定高可变基因数 由于是教程演示...思考 为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程（三）思考题 我们为什么要选择高可变基因...往期回顾 单细胞最好的教程（二）：归一化 Python 单细胞分析教程（一）：质量控制 Seurat对象内部结构 胎儿视网膜和干细胞来源的视网膜类器官的scATAC-seq发现细胞命运改变过程中的染色质变化
我们前面四次教程，已经完成单细胞数据的预处理了，包括质控，归一化，高可变基因筛选，降维。现在，我们就要开始单细胞测序的正式分析了，细胞类型注释等，在开始介绍细胞类型注释前，我们先来了解一下聚类。...细胞结构 我们一般认为不同种类的细胞具有不通的细胞结构，我们可以将相似的细胞聚类到一起，进而寻找相似的细胞中的共同特征，如：共同表达的基因，细胞的基因分布。...正如我们所看到的，分辨率严重影响我们聚类的粗细程度。更高的分辨率参数会导致更多的社区，即更多的识别出的聚类，而更低的分辨率参数会导致更少的社区。...思考 为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞测序最好的教程（五）思考题 我们为什么要计算...往期回顾 单细胞分析工具||ShinyCell交互式展示单细胞数据 单细胞最好的教程（四）：降维 单细胞最好的教程（三）：特征基因选择 单细胞最好的教程（二）：归一化 Python 单细胞分析教程
背景 在前面的教程中，我们从数据集中删除了低质量的细胞，包括计数较差以及双细胞，并将数据存放在 anndata文件中。...这些步骤会影响同一种细胞的细胞间的测序计数深度的变异性，故单细胞测序数据中的细胞间差异可能会包含了这部分测序误差，等价于计数矩阵中包含了变化很大的方差项。...“归一化”的预处理步骤旨在通过将“UMI的方差”缩放到指定范围，来调整数据集中的原始UMI计数以实现模型建模。而在真实的单细胞分析中，有不同的归一化方法以解决不同的分析问题。...我们首先导入我们所需要的Python包，以及上一个教程分析所得到的anndata文件。...一键式归一化 我们在omicverse中提供了预处理函数pp.preprocess，该方法可直接计算移位对数或皮尔森残差，方法内同时包括了基于移位对数/皮尔森残差的高可变基因的选择方法，高可变基因会在下一节的教程中进行讲解
思维导图是由世界著名的英国学者东尼•博赞发明。思维导图又叫心智图，是把我们大脑中的想法用彩色的笔画在纸上。它把传统的语言智能、数字智能和创造智能结合起来，是表达发散性思维的有效图形思维工具。...思维导图是一种革命性的学习工具，它的核心思想就是把形象思维与抽象思维很好地结合起来，让你的左右脑同时运作，将你的思维痕迹在纸上用图画和线条形成发散性的结构，极大地提髙你的智力技能和智慧水准。...颜色可以将一长串枯燥无味的信息变成丰富多彩的、便于记忆的、有高度组织性的图画，接近于大脑平时处理事物的方式。 “思维导图”绘制工具如下： 一张白纸； 彩色水笔和铅笔数支； 你的大脑， 你的想象！...思维导图的体现的层次感很分明，最靠近中间的线会越粗，越往外延伸的线会越细，字体也是越靠近中心图的最大，越往后面的就越小。...10、线与线之间相联 思维导图的线段之间是互相连接起来的，线条上的关键词之间也是互相隶属、互相说明的关系，而且线的走向一定要比较平行。
我们前面四次教程，已经完成单细胞数据的预处理了，包括质控，归一化，高可变基因筛选，降维。现在，我们就要开始单细胞测序的正式分析了，细胞类型注释等，在开始介绍细胞类型注释前，我们先来了解一下聚类。...细胞结构 我们一般认为不同种类的细胞具有不通的细胞结构，我们可以将相似的细胞聚类到一起，进而寻找相似的细胞中的共同特征，如：共同表达的基因，细胞的基因分布。...我们基于细胞的共同特征，为细胞赋予不同的身份。寻找相似的细胞结构的过程被称为“聚类”。 聚类 字面含义：聚集为同一种类。这是机器学习中的一个常见的问题。...正如我们所看到的，分辨率严重影响我们聚类的粗细程度。更高的分辨率参数会导致更多的社区，即更多的识别出的聚类，而更低的分辨率参数会导致更少的社区。...思考 为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞测序最好的教程（五）思考题 我们为什么要计算
背景 在前面的教程中，我们从数据集中删除了低质量的细胞，包括计数较差以及双细胞，并将数据存放在 anndata文件中。...我们首先导入我们所需要的Python包，以及上一个教程分析所得到的anndata文件。...一键式归一化 我们在omicverse中提供了预处理函数pp.preprocess，该方法可直接计算移位对数或皮尔森残差，方法内同时包括了基于移位对数/皮尔森残差的高可变基因的选择方法，高可变基因会在下一节的教程中进行讲解...思考 为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程（二）思考题 我们在进行移位对数分析的时候...，在一些教程中设定为1,000,000，我们虽然对这个值的意义进行了简单介绍，但你认为不同的值背后的含义是什么？
在本文中，将介绍NumPy的主要用法，以及它如何呈现不同类型的数据（表格，图像，文本等），这些经Numpy处理后的数据将成为机器学习模型的输入。...许多情况下，我们希望进行数组和单个数值的操作（也称作向量和标量之间的操作）。比如：如果数组表示的是以英里为单位的距离，我们的目标是将其转换为公里数。可以简单的写作data * 1.6： ?...不仅可以聚合矩阵中的所有值，还可以使用axis参数指定行和列的聚合： ? 矩阵的转置和重构 处理矩阵时经常需要对矩阵进行转置操作，常见的情况如计算两个矩阵的点积。...NumPy数组的属性T可用于获取矩阵的转置。 ? 在较为复杂的用例中，你可能会发现自己需要改变某个矩阵的维度。...尽管生而为奴，诗人安塔拉（Antarah）的英勇和语言能力使他获得了自由和神话般的地位，他的诗是伊斯兰教以前的阿拉伯半岛《悬诗》的七首诗之一。
前言提到，在过去两天的教程中，我们讲解了使用omicverse进行单细胞测序数据的质控以及归一化的一些思想。...关于omicverse的使用文档与安装教程可以参考我们的【readthedocs】(https://omicverse.readthedocs.io/)....就是，本系列教程是我带本科生所用到的，所以概念会尽可能地通俗，详细，但对于急于求成的人，可能不是一个很好的教程。 1....基于基因离散度的方法寻找高变基因有两个途径： 指定目的高变基因数 指定离散度，平均值过滤高变基因 在这里，我们分别尝试两种不同的方法，首先是基于指定高变基因数的方法： 2.1 指定高可变基因数 由于是教程演示...，我们发现三种不同方法所找到的高可变基因（HVGs）仅有656个是相同的，这意味着不同的方法所寻找到的高可变基因可能会影响你的下游分析的误差。
1.首先打开idea的安装包，双击安装kdocs.cn/l/cpgRzIp3S9Uv图片2.可默认安装路径，也可新建一个，我这里是新建，然后提取安装。图片图片图片图片3。...根据系统选择相应的安装选项，博主是64位图片4.安装好后打开idea图片Idea在初次运行的时候会让你选择是否导入设置，如图图片 初次使用或没有保存设置的大多需要重新设置使用默认设置，如果想偷懒可以右下角跳过设置图片关键的来了...：图片这个码咱没有，在安装包里找到下面这个文件，然后桌面右击idea打开文件所在位置，复制进去图片 右击我们复制进去的文件——安全，复制文件所在目录图片 以记事本方式打开idea64.exe.vmoptions...，把复制的文件目录粘贴进去，以文件方式保存并确定图片图片最后一步！...打开idea，点击第二个小圆点，把idea安装目录中的sn文件拉进去图片
docker不是一个值得投入的领域，它解决的问题是Unix系统最初设计的一个疏忽。从一个不会用docker的小白，自己一步一步的摸索，中间也踩过许多坑。但任然，坚持从哪里跌倒就从哪里爬起来。...您使用的是一台笔记本电脑，而且您的开发环境具有特定的配置。其他开发人员身处的环境配置可能稍有不同。您正在开发的应用依赖于您当前的配置，还要依赖于某些特定文件。...与此同时，您的企业还拥有标准化的测试和生产环境，且具有自身的配置和一系列支持文件。您希望尽可能多在本地模拟这些环境，而不产生重新创建服务器环境的开销。...如果不同层中有一个相同路径的文件，比如 /a，上层的 /a 会覆盖下层的 /a，也就是说用户只能访问到上层中的文件 /a。在容器层中，用户看到的是一个叠加之后的文件系统。...不要将数据存放在容器内 14.2 关于Docker容器的监控 容器的基本信息 包括容器的数量、ID、名称、镜像、启动命令、端口等信息 容器的运行状态 统计各状态的容器的数量，包括运行中、暂停、停止及异常退出
作者按 本教程将是本系列教程中最重要的一章，我们后续所有的单细胞分析，都要基于准确的细胞类型注释。...本系列教程首发于“[单细胞最好的中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs[1])”，未经授权许可，禁止转载。...得益于技术的发展，我们可以一次测得很多细胞的RNA-seq数据，我们获得每一个细胞的身份的过程被称为“细胞类型注释”。...加载数据 我们从一个稍微复杂的数据开始注释，虽然说简单的数据注释流程与复杂的是一样的，但是太过简单的数据会使得我们无法理解细胞亚群的含义。我们选择前面降维完成后的人类骨髓数据进行注释。...为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程（六）思考题 基于marker字典的注释
作者按 本教程将是本系列教程中最重要的一章，我们后续所有的单细胞分析，都要基于准确的细胞类型注释。...本系列教程首发于“[单细胞最好的中文教程](single_cell_tutorial Readthedocs[1])”，未经授权许可，禁止转载。...为了加深你对本章的理解，我们提出了以下思考题，如有兴趣作答者，可将答案发送至邮箱starlitnightly@163.com，邮件标题为姓名/昵称-单细胞最好教程（六）思考题 基于marker字典的注释...doi/abs/10.1002/eji.202249797 [22] TOX: https://www.nature.com/articles/s41586-019-1325-x 往期回顾 单细胞测序最好的教程...（五）：聚类 单细胞最好的教程（四）：降维 单细胞最好的教程（三）：特征基因选择 单细胞最好的教程（二）：归一化 Seurat对象内部结构 Bulk和scRNA-seq的综合分析揭示与心力衰竭相关的细胞类型
· 高资源利用率：容器提供进程级的隔离，因此可以更加精细地设置 CPU 和内存的使用率，进而更好地利用服务器的计算资源。...然后将打包的应用程序和关联的文件复制到 Namespace 内的文件系统中，此时环境的配置就完成了。之后 Docker 会执行我们预先指定的命令，运行应用程序。...新建 Dockerfile cd docker-demo && touch Dockerfile 此时的项目目录如下： . ├── Dockerfile ├── README.md ├── babel.config.js...ADD 示例： ADD *.js /app 添加 js 文件到容器中的 app 目录下 COPY 功能和 DAD 一样，只是复制，不会解压或者下载文件 CMD...指定容器中多个需要被挂载的目录，会把这些目录映射到宿主机的多个随机目录上，实现数据的持久化和同步 VOLUME /var/data var/log 指定容器中的 var/log 目录挂载到宿主机上的
Learning Git Branching 可以说是目前为止最好的 Git 教程了，在沙盒里你能执行相应的命令，还能看到每个命令的执行情况；通过一系列刺激的关卡挑战，逐步深入的学习 Git 的强大功能...，在这个过程中你可能还会发现一些有意思的事情。...我们可以： undo：撤销上一条命令的效果 reset：重置以从头开始（也可以在关卡中使用） git clone 模拟远程仓库！...关卡 输入levels 命令可以以查看可用的课程/挑战，每个关卡系列旨在教授一些高级 git 概念，关卡的每个选项卡将主要信息世界分开（例如远程存储库与本地）。...为了增加一些乐趣，有一个git Golf概念，我们会在其中跟踪你用于解决每个关卡的命令数量。看看你能不能匹配我们所有的记录！ ? 每次进入一个关卡后都会有当前关卡的帮助信息： ?
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