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    MySQL 学习(一)MySQL 是什么?

    MySQL 是什么。 MySQL 是开放源代码的关系型数据库管理系统,就是说别人可以修改源代码的,进行二次开发,做出适合自己项目组的 MySQL。像阿里公司就修改过 MySQL 源代码,然后做出了适合自己团队的数据库管理系统。 MySQL 2008 年被 Sun 公司收购,09 年 Sun 公司又被 Oracle 公司收购,所以 MySQL 也是 Oracle 公司的了。 MySQL 还有一个分支版本,就是兄弟版本,叫做 MariaDB,有很多相似之处。 MySQL 6.x 版本后就分为社区版和商业版,社区版就是免费的,商业版就是收费的。 MySQL 可以运行在多种操作系统上,是跨平台的。就是说 MySQL 可以运行在 Windows 操作系统上,也可以运行在 Linux 操作系统上,还可以运行在苹果操作系统上。 而且 MySQL 还支持多种编程语言,比如 Python,Java,PHP 等。 总结下就是,我们开发人员使用 MySQL 相当方便。 接下来看下关于 MySQL 的版本说明。 刚刚也提到了,MySQL 分为社区版和商业版,社区版的全称是 MySQL Community Server。 与之对应的是企业版,全称是 MySQL Enterprise Edition,收费的,优势是提供技术支持。 你自己在本地开发就用社区版就可以了,企业当中一般也是选用社区版,不得不说,免费的真香。 MySQL 有两个大的版本,一个是 5.7,一个是 8.0,这中间是没有版本的,跨度很大。 MySQL 5.7 在企业中用得非常多的版本。 MySQL 8.0 里程版版本,做出了显著的改进与增强。 本次课程我们选用 MySQL 8.0 版本,性能和功能要更好一点。

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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