本文作者蒋刘一琦 在生物信息领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候，我们需要明确想要展示的信息，从而选择最为合适的图突出该信息。...本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个像气泡元素组成的图。...和普通的散点图不同，该图可以展示三维甚至四维信息，如下图：点的位置即其横纵坐标分别代表了Weight和Height，气泡的大小代表了Age，颜色代表了不同个体。 ? 再举几个例子： ? ?...左下图我们用颜色代表p-value，用大小代表GeneCount，横坐标代表GeneRatio，纵坐标代表具体的类别。 从上述例子中可以发现用气泡图我们能展示更多的数据信息。...随着多组学研究的涌现，我们急需在同一张图表来展现多维的数据，气泡图就是一个不错的选择。 怎么做气泡图 1）需要什么格式的数据 根据最终想要在气泡图上展示数据的维度以确定数据的格式。
导读 本文[1]将学习如何使用 Python 的 Matplotlib 库通过示例绘制气泡图。 简介 气泡图是散点图的改进版本。在散点图中，有两个维度 x 和 y。...在气泡图中，存在三个维度 x、y 和 z。其中第三维 z 表示权重。这样，气泡图比二维散点图在视觉上提供了更多信息。 数据准备 对于本教程，我将使用包含加拿大移民信息的数据集。...爱尔兰和巴西的移民数据有不同的范围。我需要将它们调整到 0 到 1 的范围内。我只是将爱尔兰数据除以爱尔兰数据系列的最大值。我对巴西的数据系列做了同样的事情。...years = list(range(1980, 2014)) 可视化 为了看看区别，让我们先绘制散点图。...因为在这个过程中我们没有明确定义各个变量的颜色。但是当我们在 y 轴上绘制一个变量时，它做得很好。让我们绘制每年来自巴西的移民人数，以了解多年来的趋势。
可视化神器Plotly玩转气泡图 本文是可视化神器Plotly绘图的第6篇：将会重点讲解如何通过Plotly绘制气泡图，英文叫Bubble Charts。...首先看一段Plotly官网中对气泡图的简介： A bubble chart is a scatter plot in which a third dimension of the data is shown...气泡图是也是一种散点图。这种散点图和普通散点图的不同之处在于：它会引入第三方维度，即标记markers的大小来进行展示。在Plotly中散点的大小是通过size参数来设置 ?...36张图爱上高级可视化神器Plotly_Express Plotly玩转散点图 Plotly玩转饼图 Plotly玩转漏斗图 Plotly玩转柱状图 导入库 首先还是需要导入我们绘图需要的几个常用库 import...气泡大小缩放Scaling the Size of Bubble Charts 有时候数据之间的大小差异较大，造成某些气泡过大，图形非常难看，需要对气泡的大小进行尺度缩放，Plotly官方有建议的公式和参数
可视化—KEGG气泡图和桑葚图绘制最近太忙了，其实有很多很多笔记需要整理，无奈实在没有时间进行。今天看到其他小伙伴的代码里绘制的KEGG气泡图和桑葚图觉得特别好看，就仔细扒一扒，写一篇笔记。...桑葚图的绘制主要用到了“ggsankey”这个R包参考资料：https://www.jianshu.com/p/9af18ffa37bf首先进行常规的kegg分析就行，然后拿到kk@result再进行绘图就可以了...，其中包括：数据处理点图（气泡图）绘制桑基图（Sankey Diagram）绘制拼图合并导出为 PDF 和 PNG 格式# 加载必要的R包library(tidyverse) # 数据处理# devtools...= 'Human Diseases', ]# 保留p.adjust 的显著通路KK 的映射数据框，用于桑基图绘制df...") %>% unique() %>% rev(), paste(df$Gene, " ") %>% unique() %>% rev()))# 使用cols4all自定义调色板（可视化调色板
---- 大家好，欢迎来到 Crossin的编程教室 ！ 数据处理及可视化是Python的一大应用场景。不过为了实现更好的动态演示效果，实际应用中常常还需要和js相结合。...首先我们来看下 D3.js 的气泡图效果： ?...，生成气泡图的结构。...//d3.pack - 创建一个新的圆形打包图 //d3.hierarchy - 从给定的层次结构数据构造一个根节点并为各个节点指定深度等属性 const pack = (data) => d3...如此便完成了一个动态的气泡图，这个案例用了疫情随时间变化的数据，这种图表可以比较直观地展现数据的变化趋势。
可视化—KEGG\GO分析结果气泡图美化之前做的图比较丑，这里记录下比较好看的美化代码。没有封装函数了，改起来比较方便，随用随拿。...write.csv(kk,file = "table+figure/kk_all.csv")kk_dt 的kk_dt...sapply(strsplit(go_dt$GeneRatio, "/"), function(x) as.numeric(x[1]) / as.numeric(x[2]))# 如果你想在每个ONTOLOGY中取前...(x, width=50))p_go_facetggsave('table+figure/go_all.pdf',plot = p_go_facet,height = 7,width = 8)最后绘制的图如下...，相较于原始的气泡图，会好看很多
关系（四）利用python绘制气泡图 气泡图（Bubble plot）简介 气泡图是散点图的变种，可以利用圆的大小来可视化第三个变量。...data = gapminder.loc[gapminder.year == 2007] # 利用scatter函数快速绘制气泡图 # matplotlib的s为点的面积，不宜过大。...通过seaborn绘制多样化的气泡图 seaborn主要利用scatterplot绘制气泡图，可以通过seaborn.scatterplot[1]了解更多用法 import matplotlib.pyplot...，自动缩放 ) plt.show() 通过seaborn绘制多样化的气泡图 matplotlib主要利用scatter绘制气泡图...和matplotlib的scatter快速绘制气泡图，并通过修改参数或者辅以其他绘图知识自定义各种各样的气泡图来适应相关使用场景。
今天的推文教程使用geopandas进行空间图表的绘制(geopandas空间绘图很方便，省去了很多的数据处理过程，而且也完美衔接matplotlib,学习python 空间绘图的小伙伴可以看下啊)，...具体为空间气泡图的绘制，主要涉及的内容如下： geopandas geojson数据格式读取并可视化展示 单独添加散点大小图例图层 adjustText 库解决文本重叠问题 geopandas geojson...添加气泡散点数据 这里的数据来源为我的朋友J哥的公号：菜J学Python,感谢提供数据支持。...这里主要使用红色框中的数据进行绘制，即使用scatter()方法加合理设置散点大小即可，代码如下： for x,y,price in zip(scatter_se.lon,scatter_se.lat,...另外，这个房价的数据是基于爬虫获取，大家对于如“数据获取-数据处理分析-数据可视化” 等一个完整的项目流程感觉怎样？如果受众较大，我后面也会针对性的进行推文准备的，大家可以在 读者讨论 区讨论留言。
前些天的教程：直接为CellPhoneDB创建一个独立的conda环境，以及：把Seurat对象里面表达量矩阵和细胞表型信息输出给CellPhoneDB做细胞通讯，给大家演示了如何对pbmc3k单细胞数据集做细胞通讯...，继续看 ：CellPhoneDB的单细胞通讯结果的理解 接下来我们对这些文件进行高度定制化的可视化！...主要是因为细胞亚群太多了，如果全部可视化出来，也很难给大家讲清楚。...[1] 302 92 > dim(choose_means) [1] 19 13 > dim(choose_pvalues) [1] 19 13 接下来对这19个受体配体对，在8个单细胞亚群组合的结果进行简单的可视化...，虽然说简单，但是代码也有点长啊 ： # 将choose_pvalues和choose_means数据宽转长 library(tidyverse) meansdf
背景 模仿出2016年XieWei老师Nature的泡泡图Figure 4a。...二、输入数据 第一种： 把自己的数据整理成easy_input.txt的格式，就可以跳过“输入数据的格式化”，直接进入“开始画图”。...knowResults.txt中motif中的基因名和FPKM中的基因名大小写规则是不同的。...中motif的顺序。...可以看出，比paper的图多出了很多转录因子。而且同一转录因子对应多个motif，paper里的只出现一个motif，作者是怎么处理的呢？
通常在做数据分析的时候需要判断一下不同细胞类型/成分在样本或者分组中的数量和百分比，那么气泡图也是其中一种实用的方式。...在R语言中一般会采用gplots::balloonplot去实现这个过程，而Python中可使用seaborn进行绘制。...os.getcwd()# 读取数据adata = sc.read_h5ad('1-DataPre/sce.all.h5ad')3.提取分组信息和细胞类型# 提取想要的分组信息和细胞类型x = adata.obs...= percent_tbl.round(2)percent_tbl.to_csv(f"{prefix}-percent-table.csv")6.绘制百分比气泡图# 绘制百分比气泡图plt.figure...，若需要改变颜色可以按照上面的图的代码进行修改。
今天的推文教程使用geopandas进行空间图表的绘制(geopandas空间绘图很方便，省去了很多的数据处理过程，而且也完美衔接matplotlib,学习python 空间绘图的小伙伴可以看下啊)，具体为空间气泡图的绘制...添加气泡散点数据 这里的数据来源为我的朋友J哥的公号：菜J学Python,感谢提供数据支持。...这里主要使用红色框中的数据进行绘制，即使用scatter()方法加合理设置散点大小即可，代码如下： for x,y,price in zip(scatter_se.lon,scatter_se.lat,...气泡图例添加 这里我们不是直接基于数据进行图例的生成，而是单独进行其他图层的绘制进行图例生成，这样做的好处就是可以更加自由定制所需图例的颜色和大小，涉及的代码如下： #这里进行单独的图例添加 ax.scatter...另外，这个房价的数据是基于爬虫获取，大家对于如“数据获取-数据处理分析-数据可视化” 等一个完整的项目流程感觉怎样？如果受众较大，我后面也会针对性的进行推文准备的，大家可以在 读者讨论 区讨论留言。
今天跟大家分享如何在地图上进行散点图、气泡图绘制。 昨天跟大家介绍了ggplot函数进行地图绘制的原理，通过轮廓点和分组来定义每一个地区（国家边界），通过多边形填充来完成区域填色。...ggplot的图层叠加原理晕允许我们在坐标系统的叠加多个图层； 所以在地图上叠加散点、甚至气泡可以很容易的实现： 包的导入： library(maptools) library(ggplot2) library...以上语法中，使用了geom_polygon()多边形函数来定义并填充地图背景 （注意里面的fill参数（指定地图区域颜色），colour参数指定多边形（也就是地区轮廓线）边框颜色），然后通过geom_point...图层中指定数据源为合并后的业务数据，散点面积（大小）用zhibiao1来映射，气泡图颜色用zhibiao2来映射（本来散点是只有点颜色（使用colour控制，没有填充色的，可是当给散点指定其形状后，散点就有了面积属性可以使用...fill进行颜色填充），气泡的轮廓线用colour来指定）。
气泡点图 -- 可用于在地图上，使用颜色、大小不同的圆形图形表达地理区位数据量。...小O地图EXCEL版提供将EXCEL中带有经纬度坐标的数据，按点气泡的方式标注到地图上的功能，并可设置点气泡的大小、填充颜色等样式。 下面以样例数据来操作说明。...二、可视化设置 打开地图（高德地图），点击地图上方的“可视化”，在右边出现的控制面板上操作，新建“气泡点图”，如下图，按数字顺序依次执行。...新建气泡点图，小O地图的地图可视化是以图层方式实现，每份EXCEL表格数据都可生成可视化图层。新建图层后在图层列表上会出现图层项。...三、可视化成果 地图可视化效果配置完成后，可应用到PPT、Word中，小O地图提供地图截图功能，能够快速截取地图效果，并对截图保存和管理，支持一键复制到剪贴版。
Tableau可视化设计案例 本文是Tableau的案例，为B站视频的笔记，B站视频 参考：https://www.bilibili.com/video/BV1E4411B7ef 参考：https:.../87346415 03基本表、树形图、气泡图、词云 1.基本表 1.1基本表的使用 1.2凸显表的使用 1.3二值凸显表 2.树形图 2.1不同类型酒店数量与评价人数 二维树图 三维树图...也可以把更多的字段拖到标签中 针对右下角看不清的部分，可以右键空白处–选择筛选器 2.2油尖旺不同类型酒店数量与价格 筛选出油尖旺地区 将类型拖到列–酒店数据计数拖到行–将价格和酒店数据计数拖到标签...–修改标签显示 3.气泡图与词云 3.1不同地区酒店数量与平均价格气泡图 地区拖到列–酒店数据计数拖到行–选择智能图表中的气泡图–价格平均值拖到颜色-价格平均值和酒店数据计数拖到标签 3.2...3.3词云图制作 电影类型 电影类型拖拽到行–把计数拖拽到标记区的大小–变换为气泡图–把类型拖拽到标记区的颜色中–在标记区把形状由自动改为文本
中国大陆各省份历年人均GDP和预期寿命") html_to_gif(html_file,gif_file,duration=1.0) 主要思路是构建plot_frame函数逐帧绘制图像，再用matplotlib的animation...打码不易，喜欢本篇的小伙伴，或者需要完整代码和绘图数据集的同学，可以对本文点赞，在看，和分享后在公众号“算法美食屋”后台回复关键字：动态图，添加作者微信获取。
导语 气泡图（bubble chart）可用于展示三个变量之间的关系。 背景介绍 气泡图在我们做功能富集的时候最常用到，下面是一个很常见实例。...今天小编给大家介绍一个不同的气泡图画法--mini bubble plots，在比较离散数据时，迷你气泡图允许通过颜色、形状或标签显示比传统气泡图更多的信息。...使用R包ggBubbles可以方便地绘制这种气泡图。...R包安装 require(ggplot2) require(ggBubbles) require(dplyr) require(tibble) 结果解析 01 两种气泡图比较 在这里，我们展示了在某些具有离散数据的用例中...实例数据： data(MusicianInterestsSmall) head(MusicianInterestsSmall) 传统气泡图 传统的气泡图能够按大小描绘能够演奏爵士乐或古典音乐的吉他手或钢琴手的数量
今天在线上训练营好几个同学提出想要学习如何绘制人员离职的气泡图模型，今天我们就来分享下这个模型图的设计。...气泡图是在所有的数据图表里维度最多的一个图表，他可以有4个维度的数据组成 1、X轴数据 2、Y轴数据 3、气泡颜色 4、气泡的大小 我们做人员离职预测模型的目的是希望能够通过以往的历史数据来分析预测未来的离职人群的特点...X轴为薪酬的数据 Y轴为年龄数据 气泡的大小显示工龄的大小 各种不同的颜色代表了不同的职级 气泡图，散点图都是一种频率的数据图表，我们可以分析气泡图中各个职级的气泡的密集程度，来分析哪种职级的人员...然后在公司的人员结构中寻找这类人，进行干预，保留核心人才。 在这个模型中，最关键的就是以往离职人员的数据量，数据越多，分析预测的也就越精准，所以对离职人员的数据量要求还是蛮高的。...同时还需要有一张标准的离职人员数据记录表，在数据记录表的基础上进行数据的分析。 关于气泡图的设计，各位同学可以学习下面的视频。
接上回书 上篇文章说了，我们需要用 Python 做出下面这张图。 ? 做这张图需要我们有以下编程技巧。前 4 条基础技巧在上一篇文章中已经讲过了，没看过的小伙伴，点击此处传送！ 1....根据某个字段的类别填充不同的颜色 3. 绘制分类标签的图例 4. 根据某个度量字段控制散点大小，进而做成气泡图 5....善于利用 plt.cm 接口中的颜色光谱 获取数据： 这个图将使用 gitub 上一份公开数据集。是美国中西部地区城市指标，你可以后台回复 midwest 获得这份数据集。..."是否拥有地铁","标签","点的尺寸"] 数据浏览探索 由于数据字段比较多，一张图装不下。...根据 popasian 亚洲人口字段确定气泡大小。 代码思路： 1. 我们理解利用 Python 作图有一个图层的概念。也就是一层一层覆盖在画布上，最终呈现一个整体的样子。
报告可视化的基本元素是点、线、面、体、颜色等。其中点图主要用于查看样本的分布情况，包括散点图、气泡图和点阵图。...2 气泡图气泡图比散点图多了一个度量值，在点的大小上展示。这样，每个点可以展示3个度量值。3 点阵图点阵图的X轴是维度，不要求是数字类型，Y轴展示度量值。...解决方案在PowerBI中，微软原生的视觉对象散点图（Scatter Chart）集合了这三种图表样式。举例1用散点图和气泡图查看多个产品在增长率和达成率下的分布情况。...STEP 2 在格式窗格中，参考行（Reference Line：参考线）下面为2个数据系列分别添加平均值参考线，并打开数据标签开关。...结果如下：拓展散点图或气泡图支持把日期相关字段放入播放轴中，按照时间线动态播放点的分布变化。
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