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摩根指纹rdkit
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在一个例子中，我意识到至少有两种方法可以使用rdkit计算分子的摩根指纹。但是在这两种方法中使用完全相同的属性，我得到了不同的向量。我是不是遗漏了什么？
浏览 43提问于2019-07-18得票数 5
我正在使用RDKIT，并使用一种算法来随机生成所有2048位的摩根指纹。我想知道是否有一种方法可以追溯指纹，以某种方式找出它是什么分子，是否它是一个微笑字符串，名字等。谢谢！
浏览 9提问于2021-01-09得票数 0
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如何从微笑中获取分子结构信息？
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我的问题是:有没有什么算法可以将微笑结构转换为拓扑指纹？例如，如果甘油是输入，那么答案将是3x -OH，2x -CH2和1x -CH。作为输入，我想让我的分子的结构/指纹从微笑结构开始。 我对-rdkit和摩根指纹已经很熟悉了，但这不是我要找的。我还意识到我可以在rdkit中使用“匹配子结构”搜索，但这样我就必须定义所有不同的子组。
浏览 18提问于2021-03-22得票数 3
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我建立了一个模型，根据摩根指纹来预测分子的溶解度，现在我已经找到了该模型很难预测的特定指纹。我想看看每个指纹与分子结构的关系，多亏了用户rapelpy我找到了DrawMorganBits，但在这里我需要分子的摩尔(或微笑)，我只有一个非特定分子的指纹。有没有可能从指纹中得到摩尔或微笑的代码，或者我能不能只用指纹来绘制结构？
提前谢谢。
浏览 1提问于2020-03-22得票数 1
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RDkit指纹
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我有100个聚合物，我想通过指纹图谱来比较它们的溶解度。通过使用rdkit，我为每种聚合物(如as 39、80、152、233、234、265、310、314、321、356、360、406、547、650、662、726、730、801、819、849、935如何将每个位定义为rdkit中的单个特性？
浏览 16提问于2022-01-05得票数 0
我想使用rdkit来生成count Morgan指纹，并将它们提供给scikit学习模型( Python)。但是，我不知道如何将指纹生成为numpy数组。当我使用 from rdkit import Chemm = Chem.MolFromSmiles('c1cccnc1C')
fp = AllChem.GetMorganFingerprint我找到的唯一的东西是cDataStructs (参见：http:/&#
浏览 97提问于2019-02-21得票数 2
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我目前正在处理肽数据，并试图从肽数据集中提取原子对指纹，用于机器学习分类器中。import rdkitfingerprintpos = []
浏览 4提问于2021-11-07得票数 0
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我是RDKit的新手。我需要做一个化合物数据库的聚类分析。我已经从锌数据库下载了191K的3D mol2格式的化合物，现在我需要使用RDKit获取指纹。首先，我不知道是否可以将mol2格式转换为指纹，以及哪种指纹更适合这种类型的分析(我需要了解数据库中有哪些化学类型，以便-最终-找到一些代表)。有没有人有建议？(实用的建议也很受欢迎)。谢谢
浏览 30提问于2021-06-29得票数 0
我必须使用rdkit转换指纹列表中的微笑列表。但我不知道该怎么做。我在互联网上寻找解决方案，但实际上没有有效的例子……有没有人有从分子到指纹的微笑列表的转换经验？ 谢谢!
浏览 44提问于2019-06-24得票数 0
我已经做了以下工作，从摩尔文件中获得指纹。通过转换fp.ToBitString()，我得到了长度为2048的向量。当我计算时，1和分子中的原子数是一样的。我们如何解释这个向量？
浏览 9提问于2021-06-02得票数 0
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代码：from rdkit import Chem img.save("submol.png")
浏览 35提问于2022-07-14得票数 2
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我正在研究Postgresql上的RDkit墨盒。我已经在Postgresql上安装了RDkit，现在正尝试在上查看文档。在这里，当我试图理解相似搜索时，我遇到了以下代码。但我无法完全理解它，因为我对Postgresql和RDkit都非常陌生。
浏览 4提问于2020-02-17得票数 2
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因此，我正在使用RDKit和Python将微笑字符串转换为ECFP4指纹，我的代码如下所示。我得到了一个错误，但我也检查了这里的，但我似乎有正确的代码？但为什么我还会犯错呢？data_ecfp4_df = pd.DataFrame(data_ecfp4_lists, index = data.TARGET, columns = ecfp4_name)rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsBitVect(NoneType，int中的 ArgumentError：
浏览 13提问于2022-04-07得票数 1
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我使用rdkit来使用tanimoto相似性来比较分子指纹图谱。但是，当我这样做时，它会给我一个关于C++的错误。我不确定我的代码中有什么不正确。正确代码：from rdkit.Chem import AllChem
ms = [Chem.MolFromSmiles
浏览 8提问于2022-01-05得票数 1
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我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在，我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块，以及如何计算两个分子列表之间的相似性。from rdkit import DataStructsms = [Chem.MolFromSmilesfor x in ms]
DataStructs.FingerprintSimilarity(fps
浏览 0提问于2018-08-04得票数 4
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我想将它们用于机器学习，所以我必须确保所有这些指纹向量共享相同的子结构信息。 Example: bit info of two molecules
浏览 10提问于2021-11-11得票数 2
我试着用RDKIT获得微笑化学相似性。我的dataframe "subs_df“包含两个列，其中一个列包含微笑数据。import seaborn as snsimport numpy as npfrom rdkitimport Chemfrom rdkit.ML.Cluster import Butina
from rdkit
浏览 22提问于2022-09-13得票数 0
我在浏览器中得到以下错误消息： at drawmol (results:21:15) <script src="https://unpkg.com/@rdkit/rdkit/
浏览 7提问于2022-08-12得票数 0
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你好，我在试着把化学指纹mol["cluster"] = k1
final = mol[["idx","cluster"]]
聚类似乎在某种程度上起作用，但我不知道如何对化学指纹进行聚类，我们是否可以直接将聚类算法应用到指纹上呢？
浏览 3提问于2016-08-09得票数 1
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