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    Protein science︱王舒禹团队:贝叶斯与图神经网络结合预测突变对蛋白质稳定性的影响

    近期,东北大学王舒禹团队在国际学术期刊PROTEIN SCIENCE预发表了题为“BayeStab: Predicting Effects of Mutations on Protein Stability with Uncertainty Quantification”的文章。该研究得到了密歇根大学左磊教授的大力支持与帮助。作者将图神经网络与贝叶斯网络方法结合来量化不确定性的方法,并分解其为模型引起的不确定性和数据噪声引起的不确定性。该方法通过端到端深度学习模型可以有效地学习分子特征,进而高效准确地预测ΔΔG。本研究地成果已经形成网络服务器http://www.bayestab.com。生物制药领域的科研人员如果需要使用,可以登录网站免费使用。

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    深度森林第三弹:周志华组提出可做表征学习的多层梯度提升决策树

    选自arXiv 作者:冯霁、俞扬、周志华 机器之心编译 自去年周志华等研究者提出了「深度森林」以后,这种新型的层级表征方式吸引了很多研究者的关注。今日,南京大学的冯霁、俞扬和周志华提出了多层梯度提升决策树模型,它通过堆叠多个回归 GBDT 层作为构建块,并探索了其学习层级表征的能力。此外,与层级表征的神经网络不同,他们提出的方法并不要求每一层都是可微,也不需要使用反向传播更新参数。因此,多层分布式表征学习不仅有深度神经网络,同时还有决策树! 近十年来,深层神经网络的发展在机器学习领域取得了显著进展。通过构建

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    Nat. Commun. | 糖结合位点精准预测新算法DeepGlycanSite

    糖类是自然界中最丰富的有机物质,对生命至关重要。近年来,对糖类药物的研究显著增加,糖生物工程技术也被列入《国家中长期科学和技术发展规划纲要》确定的重点领域及前沿技术。了解糖类如何在生理和病理过程中调节蛋白质,将有助于解决关键的生物学问题和开发新药。了解该调节过程的第一步是发现糖类的结合位点,但是,受限于糖类的多样性和复杂结构,实验识别蛋白质上的糖类结合位点成本高且效率低,计算方法又面临训练数据有限,模型能力不强的问题,这阻碍了蛋白质糖结合位点的精准识别,也从研究的早期开始就影响了对糖类分子机制的理解和糖类药物的开发。

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    SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

    (a)使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。RcisTarget可识别那些调节子的结合基序在目标基因中显着富集的模块。并创建仅具有直接target的调节单元。AUCell对每个细胞中每个调节单元的活性进行评分,从而产生活性矩阵。细胞状态基于调节子网络的共有的活性。(b)SCENIC在小鼠大脑数据上的结果; 聚类标签的颜色对应主调节子。(c)显示了文献(A)证实的转录因子或具有MGI(B)的脑表型的转录因子,以及丰富的DNA基序。(d)活性矩阵上得到的t-SNE。每个细胞标记了最活跃的基因调节网络的颜色。(e)此数据集上不同聚类方法的准确性。 原文:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5937676/

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    悦读推荐 :《链接》 复杂网络的基石 大数据时代的开端

    《链接》是《爆发》的作者,艾伯特-拉斯洛•巴拉巴西的成名之作,同时也是复杂网络的奠基之作,社交网络的入门之作。巴拉巴西之前,随机网络理论一直主导者我们的网络思维,是巴拉巴西第一个证明了,我们不是生活在随机世界里,真实网络是无尺度的。 巴拉巴西在书中追溯了网络的数学起源,分析了社会学家在此基础上得出的研究成果,最后提出自己的观点:我们周围的复杂网络,从鸡尾酒会、恐怖组织、细胞网络、跨国公司到万维网,等等,所有这些网络都不是随机的,都可以用同一个稳健而普适的架构来刻画。这一发现为我们的网络研究提供了一个全新的

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