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生信人的自我修养:Linux 命令速查手册(全文引用)

,当只有一个文件时,相当于显示所有文件内容 cat file1 file2 # 合并file1和file2的内容,并在屏幕上输出 cat R1.fq.gz R2.fq.gz # 可以合并gzip...1行,显示从第2行开始的所有行,可用于跳过文件的标题行 tail -f file # 当文件的内容还在增加时,实时显示末尾增加的内容,常用于查看日志文件的更新情况 wc - 统计文件内容 wc -l file...'{print $2}' file # 打印第二列 awk '{print $NF}' file # 打印最后一列 awk '{print $(NF-1)}' file#打印倒数第二列 awk -F...';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列,打印第1列,第2列和最后一列,并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10;awk...-v n=$number '{print n}' file # number的值被传给了程序变量n awk '$2 > 100' file # 打印第2列大于100的行 awk 'NR>1 && NR

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生信人的自我修养:Linux 命令速查手册

,当只有一个文件时,相当于显示所有文件内容 cat file1 file2 # 合并file1和file2的内容,并在屏幕上输出 cat R1.fq.gz R2.fq.gz # 可以合并gzip...1行,显示从第2行开始的所有行,可用于跳过文件的标题行 tail -f file # 当文件的内容还在增加时,实时显示末尾增加的内容,常用于查看日志文件的更新情况 wc - 统计文件内容 wc -l...'{print $2}' file # 打印第二列 awk '{print $NF}' file # 打印最后一列 awk '{print $(NF-1)}' file#打印倒数第二列 awk -F...';' -v OFS='\t' '{print $1,$2,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列,打印第1列,第2列和最后一列,并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10;awk...-v n=$number '{print n}' file # number的值被传给了程序变量n awk '$2 > 100' file # 打印第2列大于100的行 awk 'NR>1 && NR

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    Linux awk 命令

    这两个功能是Bell实验室版awk的扩展功能,在标准awk中不适用。...但有以下限制,不识别:/x、函数关键字、func、换码序列以及当fs是一个空格时,将新行作为一个域分隔符;操作符**和**=不能代替^和^=;fflush无效。...~匹配正则表达式和不匹配正则表达式 >= != ==关系运算符空格连接+ -加,减* / %乘,除与求余+ - !...如果为真,则进行忽略大小写的匹配NF一条记录的字段的数目NR已经读出的记录数,就是行号,从1开始OFMT数字的输出格式(默认值是%.6g)OFS输出记录分隔符(输出换行符),输出时用指定的符号代替换行符...ORS输出记录分隔符(默认值是一个换行符)RLENGTH由match函数所匹配的字符串的长度RS记录分隔符(默认是一个换行符)RSTART由match函数所匹配的字符串的第一个位置SUBSEP数组下标分隔符

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    30 分钟包你学会 AWK

    --lint[=fatal] 选项 该选项允许检查程序的不兼容性或者模棱两可的代码,当提供参数 fatal的时候,它会对待Warning消息作为Error。 ?...在文件marks.txt中,第三列包含了科目名,第四列则是得分,上面的例子中,我们只打印出了这两列,$3 和 $4 代表了输入记录中的第三和第四个字段。...打印所有的行 默认情况下,AWK会打印出所有匹配模式的行 ? 打印匹配模式的列 当模式匹配成功时,默认情况下AWK会打印该行,但是也可以让它只打印指定的字段。...字符串连接操作符 ? 数组成员操作符 ? 正则表达式操作符 正则表达式操作符使用 ~ 和 !~ 分别代表匹配和不匹配。 ?...我们可以使用close函数关闭双向管道的to或者from一端,这两个字符串值告诉gawk发送数据到协同进程完成时或者从协同进程读取完毕时关闭管道。

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    如何用 awk 删除文件中的重复行【Programming】

    了解如何在不排序或更改其顺序的情况下使用awk'!visited $ 0 ++'。 [jb0vbus7u0.png] 假设您有一个文本文件,并且需要删除它的所有重复行。...对于文件的每一行,如果行出现次数为零,则将其增加一并打印该行,否则,它仅增加出现次数而无需打印该行。 我对awk并不熟悉,所以我想了解它是如何通过这么短的脚本来实现这一点的。...visited [ $0]访问存储在映射中的值,其键值等于$0(正在处理的行),也称为匹配项(我们将会在下面设置)。 取非(!)的值:在awk中,任何非零数字值或任何非空字符串值均为true 。...否则,不执行操作,也不打印任何内容。 为什么不使用 uniq 命令? uniq命令仅除去相邻的重复行 。...abc ghi def xyz klm 参考资料 Gnu awk 用户指南 awk 中的数组 Awk真值 Awk 表达式 如何在Unix中删除文件中的重复行? 删除重复行而不排序 awk '!

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    30 分钟包你学会 AWK

    --help 选项 打印帮助信息. --lint[=fatal] 选项 该选项允许检查程序的不兼容性或者模棱两可的代码,当提供参数 fatal的时候,它会对待Warning消息作为Error。...在文件marks.txt中,第三列包含了科目名,第四列则是得分,上面的例子中,我们只打印出了这两列,$3 和 $4 代表了输入记录中的第三和第四个字段。...打印所有的行 默认情况下,AWK会打印出所有匹配模式的行 打印匹配模式的列 当模式匹配成功时,默认情况下AWK会打印该行,但是也可以让它只打印指定的字段。...赋值操作符 关系操作符 逻辑操作符 三元操作符 一元操作符 指数操作符 字符串连接操作符 数组成员操作符 正则表达式操作符 正则表达式操作符使用 ~ 和 !~ 分别代表匹配和不匹配。...我们可以使用close函数关闭双向管道的to或者from一端,这两个字符串值告诉gawk发送数据到协同进程完成时或者从协同进程读取完毕时关闭管道。

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    详解Linux三剑客之awk

    比如: 我想取/etc/passwd文件中第五列($5)这一列查找匹配mail字符串的行,这样就需要用另外两个匹配操作符。并且awk里面只有这两个操作符来匹配正则表达式的。...=FNR处理的是第二个文件. 注意:当两个文件NR(行数)不同的时候,需要把行数多的放前边. 解决方法:把行数多的文件放前边,行数少的文件放后边....匹配AA时,打印出YES,反之,打印出“NO YES” 2.3 next用法 如上题,用next来实现 next :跳过它后边的所有代码 [root@creditease awk]# awk '$0~...如果符合$0~/AA/则打印YES ,遇到next后,后边的动作不执行;如果不符合$0~/AA/,会执行next后边的动作; next前边的(模式匹配),后边的就不执行,前边的不执行(模式不匹配),后边的就执行...Other2: don't care 解析:使用正则匹配,匹配到'/^Desc.*:$/,就使用printf打印(不换行),不匹配的打印出整行。

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    shell学习教程(超详细完整)

    n"}’ student.txt #awk命令只要检测不到完整的单引号不会执行,所以这个命令的换行不用加入“|”,就是一行命令 #这里定义了两个动作 #第一个动作使用BEGIN条件,所以会在读入文件数据前打印...#打印Liming的成绩 当使用df命令查看分区使用情况是,如果我只想查看真正的系统分区的使用状况,而不想查看光盘和临时分区的使用状况,则可以: 例子2: [root@localhost ~]$ df...awk常用统计实例 1、打印文件的第一列(域) : awk '{print $1}' filename 2、打印文件的前两列(域) : awk '{print $1,$2}' filename...3、打印完第一列,然后打印第二列 : awk '{print $1 $2}' filename 4、打印文本文件的总行数 : awk 'END{print NR}' filename 5、打印文本第一行...当程序是多行的时候,使用外部脚本是很适合的。首先在外部文件中写好脚本,然后可以使用awk的-f选项,使其读入脚本并且执行。

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    简明AWK实战教程

    a.txt AWK输出文本中的内容 下面我们进行一个具有实际使用价值的命令: df命令 如果我们只想打印第2列的数据: AWK输出指定列的内容 AWK是逐行处理格式化文本数据的,逐行的意思是,当AWK...当我们不指定文本内容的分割符的时候,awk默认把每一行的文本内容按照空格进行划分为列(当存在多个连续的空格时当做一个分割)。...我们构建一个格式化的txt文本,内容如下: 文本内容 我们可以输出文本的第一列、第二列数据: AWK输出指定列内容 针对某些列存在字段的缺失,AWK并不会报错,而是输出空值。...,"端口号”}’ test.txt BEGIN模式 awk会首先指定BEGIN模式指定的命令,打印两个字符串,并不会操作test.txt文件。...*AWK统计文件中某关键词出现次数 1、统计文件test.txt中第2列不同值出现的次数 awk '{sum[$2]+=1}END{for(i in sum)print i"\t"sum[i]}' test.txt

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    linux基础命令介绍八:文本分析 awk

    当pattern省略时表示匹配任何字符串;当action省略时表示执行'{print}';它们不可以同时省略。...对于每条记录,awk使用分隔符将其分割成列,第一列用$1表示,第二列用$2表示...最后一列用$NF表示 选项-F表示指定分隔符 如输出文件/etc/passwd第一行第一列(用户名)和最后一列(登录shell...在一些情况下,使用awk过滤甚至比使用grep更灵活 如获得ifconfig的输出中网卡名及其对应的mtu值 [root@idc-v-71253 ~]# ifconfig|awk '/^\S/{print...FILENAME 当前输入文件的名字 awk中还可以使用自定义变量,如将网卡名赋值给变量a,然后输出网卡名及其对应的RX bytes的值(注意不同模式匹配及其action的写法): [root@...读取第二个文件时,NR==FNR不成立,执行后面的打印命令 sub(regex,substr,string)替换字符串string(省略时为$0)中首个出现匹配正则regex的子串substr [root

    1.4K20

    文本处理三驾马车之 awk

    ,也可以是正则表达式 常用参数 -F value 设置域分隔符,相当于给 FS 内置变量赋值 -v var=value 将变量 value 的值赋给程序变量 var,-v 可以多次使用 记录与字段 记录是一次读入的内容...中语言中,通常测试一个记录、字段或字符串是否与一个正则表达式匹配,匹配返回 1,不匹配返回 0。...正则表达式用两个反斜杠/包围。 expr ~ /r/ # 评估expr是否与r匹配。匹配的意思是expr的一个子串是否在正则表达式r定义的字符串集中。...,$NF}' file # 读入的文件以逗号;分隔列,打印第1列,第2列和最后一列,并且打印时以制表符作为列的分隔符 number=10;awk -v n=$number'{print n}' file...# number的值被传给了程序变量n awk '$2 > 100' file # 打印第2列大于100的行 awk 'NR>1 && NR打印第2~3行 awk

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    使用awk过滤行

    Chr当它等于 6 时从(第 7 列)获取行,并且Pos当值在 11000000 和 25000000 之间时从(第 8 列)获取行。...我们通过管道将其传递给,uniq因为默认行为将打印每行的列数,并且由于每行具有相同的列数,因此uniq会将其减少为一个数字。 打印字段和搜索 我们还可以使用 awk来选择和打印文件的一部分。...请注意,如果你指定要打印哪些字段,awk将默认打印与搜索匹配的整行。...在这种情况下,awk 将返回与模式匹配的每一行。在我们上面的例子中,这个数字在数据文件中出现一次,但我们可以使用正则表达式或范围模式来代替。...有关在 awk 中查找模式的更多信息,请查看awk 指南的模式、操作和变量部分。 根据字段值过滤行 现在我们知道如何访问字段(列)并在我们的文档中查找模式,但是我们如何控制要搜索的内容和位置?

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    资源 | 简单快捷的数据处理,数据科学需要注意的命令行

    现在的多数文件都是 UTF-8 编码,然而有时候我们拿到的文件并不是这个格式的。这可能导致交换编码格式时的一些不靠谱的尝试。...split -a 生成长度为 N 的后缀 split -x 使用十六进制后缀分割 SORT & UNIQ(sort:文件排序;uniq:报告或忽略文件中的重复行,与 sort 结合使用) 这两个命令提供了唯一的单词计数...JOIN(连接并合并文件) join 命令是一个简单的、拟正切的 SQL。最大的区别在于 join 将返回所有列,并且只能在一个字段上进行匹配。默认情况下,join 将尝试使用第一列作为匹配键。...: alias grep="grep --color=auto" 使 grep 色彩化 grep -E 使用扩展的正则表达式 grep -w 只匹配全字符 grep -l 打印出匹配的文件名 grep...awk '/word/' filename.csv 或者使用一些技巧将 grep 和 cut 结合起来。这里,对于所有我们要查找的 word 行,awk 打印第三列和第四列和分隔符。

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    Linux命令三剑客

    -d 或 --directories= 当指定要查找的是目录而非文件时,必须使用这项参数,否则grep指令将回报信息并停止动作。...-h 或 --no-filename 在显示符合样式的那一行之前,不标示该行所属的文件名称。 -H 或 --with-filename 在显示符合样式的那一行之前,表示该行所属的文件名称。...-v 或 --invert-match 显示不包含匹配文本的所有行。 -V 或 --version 显示版本信息。 -w 或 --word-regexp 只显示全字符合的列。...这两个功能是Bell实验室版awk的扩展功能,在标准awk中不适用。...但有以下限制,不识别:/x、函数关键字、func、换码序列以及当fs是一个空格时,将新行作为一个域分隔符;操作符和=不能代替和=;fflush无效。

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    intermediate awk 脚本指南【Linux-Command line】

    了解如何将命令构造为可执行脚本。 01.png 本文探讨了awk的功能,它们更简单易用,只要你知道如何将命令结构化为可执行脚本。...例如,要选择和仅打印第二列中具有字符串“ purple”且第三列中少于五的记录: 02.png 如果记录在第二列中具有“purple”,但在第三列中具有大于五的值,则该记录不会被选中。...同样,如果一条记录符合第三列的要求,但在第二列中缺少“purple”,则该记录也不会被选中。 Next命令 假设你要选择文件中数量大于或等于8的每条记录,并打印带有两个星号(**)的匹配记录。...以此为例: 03.png BEGIN命令 使用BEGIN命令可以在awk开始扫描文本文件之前打印和设置变量。 例如,你可以通过在BEGIN语句中定义awk脚本来设置输入和输出字段分隔符。...你可以在不声明其类型的情况下随意创建它们,并任意为其添加值。 在循环结束时,脚本将各个列中的记录加在一起,并打印总数。

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