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相关性热图、圈图、弦图（笔记）

sig.level = 0.01, insig = "blank", tl.col = "black", tl.srt=45) dev.off() 相关性弦图...## 相关性弦图 library(circlize) library(tidyr) library(tibble) library(ComplexHeatmap) mat = M df = mat %...annotationTrackHeight = c(0.05, 0.1),#外面一圈的宽度 transparency = 0.25#线条的透明度 ) 以下是小洁老师看到我的需求后发来的资料投喂: 弦图的边距问题...： R circlize - 绘制边距和绘制区域- circlize - 码客 (oomake.com) 弦图函数的书： Chapter 16 A complex example of Chord diagram...| Circular Visualization in R (jokergoo.github.io) 弦图图例用complexheatmap实现： Chapter 5 Legends | ComplexHeatmap

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D3.js 满足你对数据可视化的一切幻想

D3.js D3的全称是Data-Driven Documents（数据驱动的文档），是一个用来做数据可视化的JavaScript函数库，而JavaScript文件的后缀通常为.js，所以D3被称为D3...对D3来说，柱形图、散点图、折线图、饼图、弦图、力导向图、树状图等等都不在话下。总之，只要你愿意写代码，D3.js可以满足你对数据可视化的一切幻想。今天我们以弦图为例进行介绍。...弦图弦图主要用于表示两个节点之间的联系。两点之间的连线表示二者具有联系，线的粗细表示权重。下面是之前做的一张电影类型相关性的弦图。...弦图准备工作 D3是在HTML和CSS文件中编写代码，在浏览器中显示结果。 HTML文件用来描述内容，CSS文件用来定义内容的样式。...所以如果你也想画一个10个元素的弦图，也可以不看下边的内容，直接复制代码，修改这两段数据即可。

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流程图（一）利用python绘制弦图

流程图（一）利用python绘制弦图弦图（Chord diagram）简介数据围绕一个圆呈放射状排列，显示不同实体之间的相互关系，这既是弦图。...弦图通过每个圆弧的大小比例表示连接分配数值，可以用颜色将数据分成不同类别以助于比较和区分。缺点则是当连接过多时会显得混乱。...导入数据 nodes = hv.Dataset(pd.DataFrame(data['nodes']), 'index') links = pd.DataFrame(data['links']) # 绘制弦图...fig, axes = plot_connectivity_circle(con, node_names) 定制多样化的弦图自定义日历弦图一般是结合使用场景对相关参数进行修改，并辅以其他的绘图知识...总结以上通过bokeh、pyecharts和mne快速绘制弦图。并通过修改参数或者辅以其他绘图知识自定义各种各样的弦图来适应相关使用场景。

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D3.js 满足你对数据可视化的一切幻想

D3.js D3的全称是Data-Driven Documents（数据驱动的文档），是一个用来做数据可视化的JavaScript函数库，而JavaScript文件的后缀通常为.js，所以D3被称为D3...对D3来说，柱形图、散点图、折线图、饼图、弦图、力导向图、树状图等等都不在话下。总之，只要你愿意写代码，D3.js可以满足你对数据可视化的一切幻想。今天我们以弦图为例进行介绍。...弦图弦图主要用于表示两个节点之间的联系。两点之间的连线表示二者具有联系，线的粗细表示权重。下面是之前做的一张电影类型相关性的弦图。...弦图准备工作 D3是在HTML和CSS文件中编写代码，在浏览器中显示结果。 HTML文件用来描述内容，CSS文件用来定义内容的样式。...所以如果你也想画一个10个元素的弦图，也可以不看下边的内容，直接复制代码，修改这两段数据即可。

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D3.js 力导向图的显示优化

整个图只有点 / 边，图形实现样例较少且自定义样式居多。下图就是最简单的关系网图，想要实现自己想要的关系网图，还是动手自己实现一个 D3.js 力导向图最佳。...图片构建 D3.js 力导向图在这里实践过程中，我们用 D3.js 力导向图来对图数据库的数据关系进行分析，其节点和关系线直观地体现出图数据库的数据关系，并且还可以关联相对应的图数据库语句完成拓展查询。...下面，我们来实现一个简单的力导向图，初窥 D3.js 对数据分析的作用和显示优化的一些思路。...图片实现拓展查询显示优化看到关系图（上图），我们会发现有一个新需求：选中节点继续往下拓展查询。为了实现拓展查询，在这里笔者要介绍下 D3.js 自带 API。...最后，你可以通过访问图数据库 Nebula Graph Studio：Nebula-Graph-Studio，体验下 D3.js 是如何呈现关系的。

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D3blockes 用 Python 构建惊艳的交互式 D3.js 可视化图表的终极指南

D3.js 一直是 Web 可视化领域的黄金标准，它能创造出无与伦比的、富有表现力的交互式图表。...代码，就能创建出独立、交互式、美观的 D3.js 图表，而无需编写任何一行 JavaScript！...代码示例： # 使用与 d3graph 相同的 energy 数据集 d3.sankey(df) chord：和谐的弦图弦图（Chord Diagram）非常适合用来可视化实体之间的对称关系矩阵。...它将实体排列在一个圆环上，用弦连接相关的实体，弦的粗细代表关系的强度。...pd.read_csv('https://raw.githubusercontent.com/d3blocks/d3blocks/master/d3blocks/data/energy.csv') # 创建弦图

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【R语言】绘制GO富集分析弦图

circleplot展示GO富集分析结果 ☞ 【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码 ☞ 【R语言】circleplot展示KEGG富集分析结果上一期我们通过视频给大家讲解了，GO富集分析弦图怎么看...今天我们来给大家讲解一下，GO富集分析弦图怎么绘制。...$genes为需要展示的基因包含FC #EC$process为需要展示的GO条目 chord <- chord_dat(circ, EC$genes, EC$process) #创建pdf文件，保存弦图...pdf("chord_demo.pdf",height = 14,width = 13) #绘制弦图 GOChord(chord, #chord对象 space = 0.02,...gene.space = 0.25, #基因名字和色块之间的距离 gene.size = 5 #基因名字大小 ) dev.off() 通过运行上面的代码，我们可以得到下面这张弦图

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「R」数据可视化20：弦图

弦图是一种展示数据之间相互关系的图形。弦图中的数据点以圆的形式呈放射状排列，并用线条来展示数据之间的联系。在弦图中，我们可以通过颜色和线条的粗细来展现不同类型联系和强度。...弦图是一种美学上令人愉悦的展现方式，换句话说，可以提升你文章或者报告的水准，让人有一种高大上的感觉。那么让我们先来看几个弦图的例子。 ? ? 当然除了表示相关性弦图也可以用于表示存在的情况。...上面的弦图就展现了不同的OTU在不同环境的存在情况。...通常来说，当数据点不是很多的时候，弦图能很直观地展现出不同数据点之间的关系。但是当数据点过多的时候，可能弦图看起来就有一些混乱了，不过具体是否采用这种图，还是要看你想用图去表达什么结论。...当然了多幅弦图还能展现出不同组别或者不同时间点之间的差异，具体如何展现可以看我们今天的具体示例。如何作弦图 1）需要什么样的数据今天找到了一个酷炫的弦图例子还是个动图。

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除了画弦图，circlize竟然能这样用？

这张图来自于一篇对胎盘母胎界面的细胞互作研究[1]，这篇文献筛选出了所有细胞表达的配体和受体，利用现有的数据库找到配体-受体对，用箭头将这些细胞表达对应的配体-受体对连接起来，从而推断出不同类型细胞间的互作关系...如果你对这种图感兴趣的话，那就跟我一起画一画吧！ ? 目的利用细胞表达的配体和受体，将它们的互作关系模型用圆圈图展示出来。 ?

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无敌酷炫啦啦啦的弦图

今天新闻联播的主要内容有：什么是弦图？如何看弦图？如何对弦图加上动态效果？对了，这篇文章的名字是我随便选的，所以大家不要太在意这些无关紧要的细节。下面开始正文。什么是弦图？...弦图（Chord Diagram），一般是用来表示多个元素之间的联系，弦图一般分为两个部分：外部的节点和内部的弦。...其中节点表示源数据，弦表示数据之间的联系，弦的粗细表示数据联系的强弱（或者说权重），下面是一个简单的图示，大家可以直观了解弦图的基本概念。 ?...从上面的图可以看出，源数据需要一个方阵(N*N)，也就是行列数相等，一个线性代数基础概念，但是实现过程中我们并不会用到线性代数，只会用到一点点JavaScript和d3.js的概念(???)。...如何看弦图？下面说一个简单的实战例子：人口迁移。

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使用D3.JS进行坐标轴绘制和图绘制

前面已经说过D3的功能十分强大，但是往往实际使用时只需要用到一部分内容，在这里，就只用到了比例尺和布局两部分，外加核心的请求部分（请求数据），分别用来绘制Graph的显示坐标轴和图的顶点及边....attr("transform","translate("+0.5*svgWidth+",0)") // 平移到竖直中间 .call(yAxis); 绘制图（circle+line）关于图的绘制...// 边的颜色 .attr('stroke-width', function() { return 0.2; // 边的宽度（粗细） }); 数据读入在数据读取方面，d3...进行数据操作： $.getJSON("data.json, "", function(data) { // 前面各部分内容，对data进行解析即可 } 最终效果数据格式，见文章 D3+Node快速实现图数据的可视化

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【数据可视化】D3.js实现动态气泡图

今天我们就来给大家分享一个用D3.js实现的动态气泡图案例。本文用到的语言主要 js，不过主要是做一些配置，所以阅读起来并不困难。另外也建议大家有空可以了解一下基础的js语法，会很有帮助。...首先我们来看下 D3.js 的气泡图效果： ?...//d3.pack - 创建一个新的圆形打包图 //d3.hierarchy - 从给定的层次结构数据构造一个根节点并为各个节点指定深度等属性 const pack = (data) => d3...-1 : 1; return mod * (a.value - b.value); }) ); } 设置For循环延时，完成动态气泡图的实现...如此便完成了一个动态的气泡图，这个案例用了疫情随时间变化的数据，这种图表可以比较直观地展现数据的变化趋势。

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D3.js库-8-完整的柱状图

制作一个完整的柱状图一个完整的柱状图应该是包含坐标轴、文字、矩形和标题等。在本篇文章中将从数据定义、定义画布和边框、坐标轴和比例尺的定义、矩形元素的属性设置、字体的大小等各个方面进行讲解。 ?...效果图 ?

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d3.js画矢量图+可拖拽的实现思路

<html> <head> <meta charset="utf-8"> <title>Arrow</title...

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D3.js 力导向图的显示优化（二）- 自定义功能

摘要：在本文中，我们将借助 D3.js 的灵活性这一优势，去新增一些 D3.js 本身并不支持但我们想要的一些常见的功能：Nebula Graph 图探索的删除节点和缩放功能。....js 力导向图的显示优化），我们说过 D3.js 在自定义图形上相较于其他开源可视化库的优势，以及如何对文档对象模型（DOM）进行灵活操作。...构建 D3.js 力导向图在这里我们就不再细说 d3-force 粒子物理运动模块原理，感兴趣同学可以看看我们的上篇的简单描述, 本次实践我们侧重于可视化操作的功能实现。...好的，进入我们的实践时间，我们还是以 D3.js 力导向图对图数据库的数据关系进行分析为目的，增加一些我们想要功能。...[Nebula Graph Studio] 这里我们简单介绍下上图，上图为图数据库 Nebula Graph 可视化工具 Studio 的图探索功能截图，在业务上，图探索支持用户任意选中某个点进行拓展，

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人物关系图、旭日图、弦图、树图、矩形树图在线配置生成工具一把子梭哈了

这次把关系图、弦图、树图、矩形树图、旭日图在线生成工具一把子更新了，操作流程和桑基图一致。...树图上面合成图前两个图表都是树图，只不过第一个是径向（radial）布局，时人多称之为径向树状图。第二个是正交（orthogonal）树状图。...关系图合成图表第四个图表就是关系图，而且是环形（circular）布局的，可以切换到如下力导向（force）布局。...弦图合成图中第三个图表就是弦图，这个就说一点，可以设置连线值的上下限，只有值介于上下限的连线才会被显示，合成图中的没有设置上限，如果设置上限为 10000，弦图将变成以下样子。...旭日图这个没啥说的，除了点击扇形节点可以跳转到对应的链接，在本例中，就是跳转到对应的转发微博。

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【D3.js - v5.x】（4）绘制饼图 | 附完整代码

饼图 https://www.d3js.org.cn/document/d3-shape/#pies 定义一个布局: var pie = d3.pie(); 返回值赋给变量 pie，此时 pie 可以当做函数使用...这里要用到的叫做弧生成器，能够生成弧的路径，因为饼图的每一部分都是一段弧。...https://www.d3js.org.cn/document/d3-shape/#arcs arc 生成器用来在饼图或圆环图中生成 circular(圆形) 或 annular(环形) 扇形。...range(dataset.length)) .range(d3.schemeCategory10); //新建一个饼状图...//在浏览器的控制台打印pieData console.log(pieData); //在有了绘制饼状图必须的数据后

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超好看的弦图，Python一行代码就能做

大家好，说起可视化图表，那么弦图(Chord Diagram)一定是颜值担当了，比如在今天这个特殊的日子我们通过使用百度迁徙数据来可视化展示武汉及其周边城市的迁徙数据?...看上去是不是很酷炫，并且还支持交互，接下来我们就讲解如何使用Python制作这样一张弦图～首先我们先简单介绍一下弦图，弦图主要用于展示多个对象之间的关系，连接圆上任意两点的线段叫做弦，弦（两点之间的连线...弦图虽然看起来有点眼花缭乱，但是它却非常适合用户分析复杂数据的关联关系。...在Python中制作弦图的方法有很多，比如Plotly、Bokeh都支持绘制弦图，但是我们要讲的则是一个专门制作弦图的库chord(chord就是弦的意思啦)，因为这个库支持调整一些参数来让图变得更加好看...当然我们还可以修改color参数来调整图的颜色与样式? 以上就是如何使用Python制作酷炫的弦图教程，你学会了吗？

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超好看的弦图，Python一行代码就能做

大家好，说起可视化图表，那么弦图(Chord Diagram)一定是颜值担当了，比如在今天这个特殊的日子我们通过使用百度迁徙数据来可视化展示武汉及其周边城市的迁徙数据?...看上去是不是很酷炫，并且还支持交互，接下来我们就讲解如何使用Python制作这样一张弦图～首先我们先简单介绍一下弦图，弦图主要用于展示多个对象之间的关系，连接圆上任意两点的线段叫做弦，弦（两点之间的连线...弦图虽然看起来有点眼花缭乱，但是它却非常适合用户分析复杂数据的关联关系。...在Python中制作弦图的方法有很多，比如Plotly、Bokeh都支持绘制弦图，但是我们要讲的则是一个专门制作弦图的库chord(chord就是弦的意思啦)，因为这个库支持调整一些参数来让图变得更加好看...当然我们还可以修改color参数来调整图的颜色与样式? 以上就是如何使用Python制作酷炫的弦图教程，你学会了吗？

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cellchat细胞通讯绘制弦图函数的参数这么难搞定吗？

在做这个专辑的时候《绘图小技巧2025》，我陆陆续续收录了一些文献中展示细胞通讯结果的弦图，本来以为搞定它是分分钟的事情，但是做起来的时候发现事情没有那么简单啊！...我还是学一下弦图的包circle然后来画！先欣赏我收录的美图！...这幅图展示的是恶性细胞与非恶性细胞之间特定的配体-受体：HBEGF-EGFR 与 CSPG4 − (ITGA2+ITGB1) 之间的细胞通讯情况。...工具和资源：circlize 提供了丰富的函数和工具，适合从基础到高级的环形图绘制需求。...这些参数的默认值如下：今天学习到这，了解了一些基本概念之后，对这个弦图的认知更清晰明了了~ 等我下周一（每周的绘图主题）的时候，就可以出上面那个细胞通讯结果的弦图了~

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