序列文件优于hdfs文本文件的优点

序列文件（Sequence File）是一种二进制格式的文件，它可以存储多个键值对，并且可以压缩存储，以节省存储空间。相比于HDFS（Hadoop Distributed File System）中的文本文件，序列文件具有以下优点：

存储效率：序列文件采用二进制格式存储数据，可以减少存储空间的占用，提高存储效率。
压缩：序列文件可以进行压缩存储，进一步减少存储空间的占用，提高存储效率。
可扩展性：序列文件可以存储多个键值对，可以更好地支持大规模数据的存储和处理。
安全性：序列文件可以进行加密存储，提高数据的安全性。
可读性：序列文件可以通过API进行读取和操作，可以更好地支持数据的处理和分析。

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SINTAX: 优于RDP的序列分类器

上文NC：全球范围内子囊菌是最优势的真菌类群利用SINTAX进行序列鉴定。本文对此方法进行说明。 SINTAX于2016年发表于bioRxiv，作者是创造了Usearch的大神。...所以看作者定价值，直接无条件的信任就好了~ SINTAX采用k-mer算法，来鉴定与参考数据库最佳匹配的序列，并采用bootstrap方法验证准确性。...目前已有的方法都有很高的过度分类错误率(over-classification errors)，即新的分类单元被错误地预测为已知的菌属。...目前广泛使用的序列分类学鉴定工具有RDP，QIIME，mothur等。他们用的都是RDP的方法，但是所使用的的数据库不同。...ITS门水平上的灵敏度SINTAX (98.3%) 显著高于RDP (81.8%)。在16S全长水平上，RDP的过度分类错误率可达40%。这表明40%的新物种可能都被错误的注释成了已有的物种。

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Python连接HDFS实现文件上传下载及Pandas转换文本文件到CSV操作

读取文本文件写入csv Python安装pandas模块确认文本文件的分隔符 # pyhdfs读取文本文件,分隔符为逗号, from pyhdfs import HdfsClient client =...hdfs 转 pandas 再经由pandas转为csv的一个坑工作流程是这样的：读取 hdfs 的 csv 文件，采用的是 hdfs 客户端提供的 read 方法，该方法返回一个生成器。...将读取到的数据按逗号处理，变为一个二维数组。将二维数组传给 pandas，生成 df。经若干处理后，将 df 转为 csv 文件并写入hdfs。...仔细研究对比了下数据，发现数据里的引号其实只是在纯文本文件中用来标识其为字符串，并不应该存在于实际数据中。 ?...以上这篇Python连接HDFS实现文件上传下载及Pandas转换文本文件到CSV操作就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。

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FileReader类读取文本文件的内容，FileWriter类把内容写入到文本文件

前言本文主要学习FileReader类读取文本文件的内容，FileWriter类把内容写入到文本文件，实现在FileWriter类中实现文本文件末尾追加数据。接下来小编带大家一起来学习！...1.在学FileOutStream的时候，如果在指定文本文件不存在，它就会自动创建文本文件，再写入数据。这个FileOutStream和FileWriter是一样的。...如果文本文件存在的话，先清空文本文件的内容后再进行写入。想实现文本末尾追加数据去调用重载的构造方法就可以了。...FileReader类介绍了它的构造方法和方法，通过FileReader类来实现读取文本文件的内容例子帮助理解它的用法。...FileWriter类介绍了它的构造方法和方法，通过FileWriter类实现写文本文件写入内容，实现在FileWriter类中实现文本文件末尾追加数据去调用重载的构造方法就可以了。

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HDFS系列(1) | HDFS文件系统的简单介绍

在Hadoop分布式环境搭建(简单高效~)这篇博客中,博主在最后为大家带来了HDFS的初体验。但是当时只是尝试测试一下集群是否有错误，因此，本篇博文为大家带来HDFS的文件系统介绍。...在介绍文件系统之前我们首先需要了解HDFS的作用。我们都知道HDFS是Hadoop的一个核心组件，那在Hadoop中HDFS扮演着怎样的一个角色呢？我们可以通过下图直观的了解。 ?...可以把HDFS理解为将多个节点上的容量汇总到一起,拼接成一个大的文件系统,在一个节点上上传数据,在其他的节点上都能够访问使用。二. HDFS的组成架构及作用 1....HDFS分块存储 HDFS将所有的文件全部抽象成为block块来进行存储，不管文件大小，全部一视同仁都是以block块的统一大小和形式进行存储，方便我们的分布式文件系统对文件的管理。...HDFS副本机制 HDFS视硬件错误为常态，硬件服务器随时有可能发生故障。为了容错，文件的所有 block 都会有副本。每个文件的 block 大小和副本系数都是可配置的。

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总结----文本文件的编码格式

常见的编码格式ascii，utf-8 一，ascii 计算机中只有256个ascii字符一个ascii字符在内存空间中占用一个字节 python2.x默认使用此编码格式若在2.x中使用中文，需要在python...文件的首行加上如下格式，则python解释器便会以utf-8来处理此python文件， -- coding:utf-8 -- 若需要对中文进行遍历或者切片操作，还需要在中文字符前加上u a1 = u'哈哈...，你好' 二，utf-8 计算机中使用1-6个字节来表示一个utf-8字符，涵盖了地球上所有的文件大多数中文会使用3个字节来表示 utf-8是unicode编码的一种 python3.x默认使用此编码格式

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Python 读取文本文件的内容

如果数据的数据量比较大、数据类型繁多且要求便于搜索，我们一般会选择存储到数据库中。如果数据内容只是一些的文本信息，我们可以将数据存储到 TXT 、JSON、CSV 等文本文件中。...类似存储小说、日志内容等场景，一般是将内容存储到文本文件中。数据已经存储到 txt 文件中，那该如何读取了？本文的主要内容是讲解如何读取文本文件的内容。...1 打开文件文本操作可以想象成对水池进行加水和排水。文本文件就好比一个存储水的水池，数据就类似水。从文本文件中读取数据好比让水池排水。在这过程中，我们需要一条“管道”才能从读取到数据。...它是一次性将文件的全部内容读取到内存中。如果文件太多的话，会把内存给撑爆。为了保险起见，我们通常每次只读取一小段区间内容，然后反复调用。...但随着文本的增大，占用内存会越来越多。一般读取配置文件，可以使用这种方法。

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HDFS中的文件访问权限

针对文件和目录，HDFS有与POSIX（可移植操作系统界面）非常相似的权限模式。　　一共提供三类权限模式：只读权限（r），写入权限（w）和可执行权限（x）。...读取文件或列出目录内容时需要只读权限。写入一个文件，或是在一个目录上创建以及删除文件或目录，需要写入权限。对于文件而言，可执行权限可以忽略。...因为你不能在HDFS中执行文件（与POSIX不同），但是在访问一个目录的子项时需要改权限。每个文件和目录都有所属用户(owner)、所属组别(group）以及模式(mode)。...这个模式是由所属用户的权限，组内成员的权限以及其他用户的权限组成。　　默认情况下，可以通过正在运行进程的用户名和组名来唯一确定客户端的标识。...因此，作为共享文件系统资源和防止数据意外损失的一种机制，权限只能供合作团体中的用户使用，而不能再一个不友好的环境中保护资源。

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HDFS——DN的持久化文件

【前言】在HDFS中，NameNode存储了整个集群的元数据信息，DataNode（下面都简称dn）负责实际数据的存储，这些数据最终持久化到磁盘中。那么这些持久化的文件都包括哪些？分别都有什么用？...每个目录的目录树结构如下图所示：下面针对每一项进行具体说明： in_use.lock 该文件的文件内容为： $DNPID@$DNIP 其中$DNPID为dn的进程PID $DNIP为dn所在主机的...IP 文件内容（本质上是jvm的名称）是在dn启动时覆盖写入，并且会对该文件进行加锁，如果加锁失败会抛出异常并直接退出。...具体文件内容为： $UsedSize $Timestamp 其中$UsedSize为该m兖所占用的磁盘空间大小 $Timestamp为记录时间该文件通常是在dn停止的时候写入，在启动时读取该文件，...VERSION（BP目录下）和外层的VERSION文件作用是相同的。

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小文件对HDFS的危害

在大数据环境，很多组件都是基于HDFS，例如HDFS直接放文件环境、以及HBase、Hive等上层数据库环境。如果对HDFS环境未进行优化，小文件可能会造成HDFS系统的崩溃。今天我们来看一下。...一、究竟会出什么问题因为HDFS为了加速数据的存储速度，将文件的存放位置数据（元数据）存在了NameNode的内存，而NameNode又是单机部署，如果小文件过多，将直接导致NameNode的内存溢出...为此在HDFS中放小文件必须进行优化，不能将小文件（类似1MB的若干小文件）直接放到HDFS中。 ? 二、数据在DataNode中如何存储？...三、如何解决小文件需要存放到HDFS的需求？ 1.合并小文件，数据未落地到HDFS之前合并或者数据已经落到HDFS，用spark service服务或其它程序每天调度去合并。...Hadoop Archive或者HAR，是一个高效地将小文件放入HDFS块中的文件存档工具，它能够将多个小文件打包成一个HAR文件，这样在减少namenode内存使用的同时，仍然允许对文件进行透明的访问

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HDFS的小文件合并(12)

由于Hadoop擅长存储大文件，因为大文件的元数据信息比较少，如果Hadoop集群当中有大量的小文件，那么每个小文件都需要维护一份元数据信息，会大大的增加集群管理元数据的内存压力，所以在实际工作当中...在我们的hdfs 的shell命令模式下，可以通过命令行将很多的hdfs文件合并成一个大文件下载到本地，命令如下。...根据前面博客分享的内容,我们将用javaAPI将本地多个小文件上传到hdfs,并合并成一个大文件!.../** * 将多个本地系统文件，上传到hdfs，并合并成一个大的文件 * @throws Exception */ @Test public void mergeFile() throws Exception...a) 使用HDFS提供的 -getmerge 命令【HDFS–>本地】 b) 遍历每个小文件追加到一个文件再进行上传【本地–>HDFS】那么本次的分享就到这里了,小伙伴们有什么疑惑或好的建议可以积极在评论区留言

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Python去除文本文件中的空行

本文链接：https://blog.csdn.net/github_39655029/article/details/88692024 功能读取存在空行的文件，删除其中的空行，并将其保存到新的文件中...cunyu # @Site : cunyu1943.github.io # @File : deleteBlankLines.py # @Software: PyCharm """ 读取存在空行的文件...，删除其中的空行，并将其保存到新的文件中 """ with open('old.txt','r',encoding = 'utf-8') as fr,open('new.txt','w',encoding

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Python 去除文本文件中的空行

功能读取存在空行的文件，删除其中的空行，并将其保存到新的文件中；代码 #!...cunyu # @Site : cunyu1943.github.io # @File : deleteBlankLines.py # @Software: PyCharm """ 读取存在空行的文件...，删除其中的空行，并将其保存到新的文件中 """ with open('old.txt','r',encoding = 'utf-8') as fr,open('new.txt','w',encoding

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awk强大的文本文件处理命令

awk是一个非常强大的文本文件处理应用程序，几乎所有 Linux 系统都自带这个程序。awk其实不仅仅是工具软件，还是一种编程语言。它依次处理文件的每一行，并读取里面的每一个字段。...对于日志、CSV 那样的每行具有格式相同的文本文件，awk可能是最方便的工具。使用awk可以打印出自己想要的信息。一、基本用法 awk的基本用法就是下面的形式。...# 格式 $ awk 动作文件名 # 示例 $ awk '{print $0}' demo.txt 上面示例中，demo.txt是awk所要处理的文本文件。...awk的其他内置变量如下。 FILENAME：当前文件名 FS：字段分隔符，默认是空格和制表符。 RS：行分隔符，用于分割每一行，默认是换行符。...awk内置函数的完整列表，可以查看手册。四、条件 awk允许指定输出条件，只输出符合条件的行。输出条件要写在动作的前面。 $ awk '条件动作' 文件名请看下面的例子。

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HDFS——写文件中的异常处理

由此可见，异常处理是很重要的一块内容。本文就以原生的JAVA客户端为例，聊聊HDFS里写文件过程中的异常处理。...先来简单回顾下HDFS的写文件流程，如下图所示：客户端向NN申请block，NN处理请求后需要将操作写入JN中。随后，客户端向DN建立连接发送数据，最后向NN同步block的信息。...其次，客户端一开始并没有报错，还在持续的向dn写入数据，从DN节点的rbw目录中，可以观察到block文件大小在持续递增，也就是说文件在不断的写入。...但是，如果写过程中遇到了自动续租约的流程，由于NN已经不再提供服务，因此客户端续约会失败，而失败后的处理逻辑就是停止写文件。...在此之后，重新启动JN，NN恢复正常，通过命令下载文件，文件的大小、内容与已写入的完全一致。

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用head命令查看文本文件的开头

head命令是一个核心Linux实用程序，用于查看文本文件最前面的部分。尽管功能有限，但head命令在许多系统管理和脚本编写任务中都很有用。对于解决文件末尾的类似功能，请改用tail实用程序。...使用head命令在head命令后列出要查看的文件： head /etc/rc.conf 此命令将打印/etc/rc.conf标准输出的前10行。如果文件少于10行，head命令则会打印整个文件。...控制输出长度使用-n选项，可以修改head命令输出的行数： head -n 24 /etc/logrotate.conf 这将打印/etc/logrotate.conf文件中的前24行到终端。...您可以在声明文件之前或之后指定行数： head /etc/logrotate.conf -n 24 如果文件小于指定的行数，head命令会打印整个文件。...，可以使用与*通配符组合的-n选项： head -n 1 * 查看命令输出通过使用管道运算符，head命令可以用来过滤命令和文件的输出： cat --help | head -n 2 Usage: cat

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解决HDFS上小文件的存储

1.从源头上解决，在上传到HDFS之前，就将多个小文件归档使用tar命令带上参数-zcvf 示例： tar -zcvf xxx.tar.gz 小文件列表 2.如果小文件已经上传到HDFS了，...可以使用在线归档使用hadoop archive命令示例： hadoop archive -archiveName xxx.har -p /文件目录小文件列表 /存放目录在线归档的功能实际是一个...MR程序，这个程序将HDFS已经存在的多个小文件归档为一个归档文件！...3.在本地查看har包里的归档文件，一定要带上har://协议，只有ls不列出归档文件！...hadoop fs -ls har:///xxx.har 4.下载归档文件 hadoop fs -get har:///xxx.har/xxx文件

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HDFS之下载某个块的文件

假如我有一个文件在HDFS上分成了0~3，共四块，那么如何把它们下载到本地并且恢复成完整的文件呢？...的分布式文件系统中获取的输入流，读取HDFS上指定路径的数据 FSDataInputStream is = fs.open(src); // 使用本地文件系统中获取的输出流写入本地文件 FSDataOutputStream...，读取HDFS上指定路径的数据 FSDataInputStream is = fs.open(src); // 使用本地文件系统中获取的输出流写入本地文件 FSDataOutputStream...的分布式文件系统中获取的输入流，读取HDFS上指定路径的数据 FSDataInputStream is = fs.open(src); // 使用本地文件系统中获取的输出流写入本地文件 FSDataOutputStream...的分布式文件系统中获取的输入流，读取HDFS上指定路径的数据 FSDataInputStream is = fs.open(src); // 使用本地文件系统中获取的输出流写入本地文件 FSDataOutputStream

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HDFS——如何获取文件的属性信息

可以用bin/Hadoop fs -ls 来读取HDFS上的文件属性信息。也可以采用HDFS的API来读取。...FileInfo "); System.exit(1); } Configuration conf = new Configuration(); FileSystem hdfs...= FileSystem.get(URI.create(args[0]),conf); FileStatus fs = hdfs.getFileStatus(new Path(args[0]));

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如何有效恢复误删的HDFS文件

HDFS是大数据领域比较知名的分布式存储系统，作为大数据相关从业人员，每天处理HDFS上的文件数据是常规操作。...本文针对误删HDFS文件的问题，通过利用HDFS的内部机制，提供了以下几种方法： 1.回收站机制恢复 HDFS提供了回收站功能，当我们执行hdfs dfs -rm -r some_file命令后，文件不会被立即删除...生产中为了防止误删数据，建议开启HDFS的回收站机制。 2.快照机制恢复 HDFS快照是文件系统的只读时间点副本。可以在文件系统的子树或整个文件系统上创建快照。...HDFS的快照的特征如下：快照的创建是瞬间的，代价为O(1)，取决于子节点扫描文件目录的时间当且仅当做快照的文件目录下有文件更新时才会占用小部分内存，占用内存的大小为O(M)，其中M为更改文件或者目录的数量...而且通过这种方式恢复误删文件的代价很高，具体看以下介绍：删除文件：因为刚才开启了HDFS回收站机制，为了模拟文件被立刻删除的情况，此处通过指定-skipTrash参数跳过回收站回收： hdfs

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Go语言纯文本文件的读写操作

package main import ( "bufio" "fmt" "os" ) func main() { //创建一个新文件，写入内容 filePath...= nil { fmt.Printf("打开文件错误= %v \n", err) return } //及时关闭 defer file.Close...() //写入内容 str := "http://c.biancheng.net/golang/\n" // \n\r表示换行 txt文件要看到换行效果要用 \r\n //写入时...，使用带缓存的 *Writer writer := bufio.NewWriter(file) for i := 0; i < 3; i++ { writer.WriteString...(str) } //因为 writer 是带缓存的，因此在调用 WriterString 方法时，内容是先写入缓存的 //所以要调用 flush方法，将缓存的数据真正写入到文件中

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