GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...您可以查看 GNU Parallel 网站，以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...cp *.tab gzip/parallel cp *.tab gzip/forloop GNU 并行/gzip/forloop cd gzip/forloop time for f in *.tab...; do gzip $f; done real 0m15.801s user 0m1.414s sys 0m5.045s 然而，我们可以通过使用 GNU 并行来更好地利用所有可用的...这可能会有所不同，具体取决于您拥有的 CPU 数量及其速度。
Flex实现）、语法分析（采用GNU Bison实现）、预处理，并生成逻辑执行计划和物理执行计划。 ...类似于DBMS中的DB角色，提供跨行跨表事务和很短的查询修改的响应时间以及良好的一致性。 ChunkServer。...类似于云计算中的主控机（如GFS master），进行机器故障检测、负载平衡计算、负载迁移调度等。 4. 可靠性与可用性 OceanBase在ChunkServer中保存了基准数据的多个副本。...（3）如果SQL请求涉及多张表格，MergeServer还需要执行联表、嵌套查询等操作。 （4）MergeServer将最终结果返回给客户端。...分布式并行计算架构（DPCA） 数据立方的分布式并行架构（DPCA）是典型的主从结构，主Master与从Master分别部署在HDFS的主从NameNode物理节点上，而Slave部署在DataNode
引言 GNU Parallel是一个开源的命令行工具，可以将多个命令行作业并行执行。它可以用于在多个CPU或计算机上同时运行命令行作业，从而提高作业处理速度。...以下是一些常见的高级用法： 1.在多个计算机上并行执行作业 除了在单个计算机上并行执行作业外，GNU Parallel还可以在多个计算机上并行执行作业。...提高系统资源利用率： GNU Parallel可以利用多个CPU核心和计算机节点来执行作业，从而提高系统资源利用率。这可以帮助您更好地利用计算资源，提高系统的吞吐量和效率。...需要足够的系统资源： 由于GNU Parallel需要利用多个CPU核心和计算机节点来执行作业，因此需要足够的系统资源来支持。如果您的系统资源较为有限，可能会影响作业的执行效率和质量。...如果您需要处理大量的数据和作业，或者需要利用多个CPU核心和计算机节点来执行作业，那么GNU Parallel是一个非常好的选择。
9、硬链接和软链接 硬链接（Hard Link）：硬链接是使用同一个索引节点（inode号）的链接， 即可以允许多个文件名指向同一个文件索引节点（硬链接不支持目录链接，不能跨分区链接），删除一个硬链接，...不会影响该索引节点的源文件以及其下的多个硬链接。...ln source new-link 软连接（符号链接，Symbolic Link）：符号链接是以路径的形式创建的链接，类似于windows的快捷方式链接，符号链接允许创建多个文件名链接到同一个源文件，...RAID技术，可以实现把多个磁盘组合在一起作为一个逻辑卷提供磁盘跨越功能；可以把数据分成多个数据块（Block）并行写入/读出多个磁盘以提高访问磁盘的速度；可以通过镜像或校验操作提供容错能力。...RAID 0+1：也被称为RAID 10，实际是将RAID 0和RAID 1结合的形式，在连续地以位或字节为单位分割数据并且并行读/写多个磁盘的同时，为每一块磁盘做镜像进行冗余。
YAML Ain't Markup Language，和GNU一样，YAML是一个递归着说"不"的名字。不同的是，GNU对UNIX说不，YAML说不的对象是XML。 YAML不是XML。 ?...YAML文件格式主要集中于空格缩进的概念，它用于指出数据的层次结构 而不是使用XML嵌套标记或JSON的大括号（{}）和方括号（[]），实际上，它是JSON的一个超集，因此，在使用的时候，你可能需要采用...•在反序列化期间 Validating 通过操纵的反序列化器节点列表，很容易将行为添加到反序列化程序。此示例演示当他们被反序列化如何验证对象。...•Deserializing 多个文档 解释如何从流中加载多个 YAML 文件。
Jenkins1.0也能实现自动化构建，但Pipeline能够将以前project中的配置信息以steps的方式放在一个脚本里，将原本独立运行于单个或者多个节点的任务连接起来，实现单个任务难以完成的复杂流程...举个例子，job构建工作在master节点，自动化测试脚本在slave节点，这时候jenkins1.0就无法同时运行两个节点，而Pipeline可以。...注意，Stage是一个逻辑分组的概念，可以跨多个Node。 Node: 节点，一个Node就是一个Jenkins节点，或者是Master，或者是slave，是执行Step的具体运行期环境。...它支持fork/join、循环执行，并行执行任务的功能。 可扩展：Pipeline插件支持其DSL的自定义扩展 ，以及与其他插件集成的多个选项。...node可以嵌套stage，stage反过来也可以嵌套node。
这是其相较于标准嵌套循环连接的一个主要优势，特别是在内部表远大于外部表且外部表的数据可以适应内存缓存时。 内存使用：块嵌套循环连接的性能取决于可用于缓存外部行的内存容量。...并行处理：如果数据库系统支持并行查询执行，那么可以通过并行执行块嵌套循环连接来进一步提高性能。多个处理器或线程可以同时处理不同的数据块。...并行处理：对于大型查询，可以考虑使用并行处理来提高索引连接的性能。通过将查询拆分成多个部分并在多个处理器或线程上同时执行，可以加快查询的执行速度。 需要注意的是，索引连接并不总是最佳的选择。...并行处理：对于大型查询和分布式数据库系统，可以考虑使用并行处理来提高哈希连接的性能。通过将查询拆分成多个部分并在多个处理器或节点上同时执行哈希连接操作，可以加快查询的执行速度并提高系统的吞吐量。...它的性能优势在很大程度上取决于数据的特定特征和查询的需求。在某些情况下，其他连接策略（如嵌套循环连接或索引连接）可能更为有效。 六、总结 MySQL提供了多种JOIN算法来满足不同场景下的查询需求。
AngularJS Controller Demo 4.控制器作用域 因为控制器是附加到DOM元素上，所以存在着一个视图，有多个控制器。控制器之间可以是并列的，也可以是嵌套的形式存在。...4.1 视图中控制器并列 各个控制器从附加DOM元素节点开始，到节点对应闭合标签结束的地方创建了一个子控制域，单个控制器里面的$scope对象只能访问和调用该控制器范围内的属性和方法。..."; }); 使用这种方式处理Controller有3个好处： 1 Controller的定义不再依赖$scope,Controller就是一个普通的函数定义，这样代码于框架无关，假设哪天不使用AngularJS...在控制器并行和嵌套的demo中，视图上我们都使用花括号包含着name,userName等属性。...如果有多个控制器并行，或者多个层级的嵌套，我们有时很难区分在视图上使用时哪个控制器下的属性，可以使用ControllerAs来避免这个问题。
Ansible 支持 ad-hoc 任务：管理任务（不必幂等）以在多个节点／虚拟机上执行。...）从单个控制机器上配置管理节点／虚拟机，并且能够支持并行配置多个节点。...Ansible 可以用来配置类 unix 系统或 Windows 节点/虚拟机。 Ansible 使用 Python 语言编写。许可：GNU General Public License....由配置文件来自定义要配置的系统，Cobbler 支持多个配置文件。一旦节点被配置，Cobbler 应确保该节点被引导到预配置的操作系统而不是PXE。...3.1 MCollective MCollective 是构建服务器编排和并行工作执行系统的框架，而不是一个工具。MCollective 支持分散库存和自动发现。
执行帧可以嵌套。嵌套的 while 循环在嵌套的执行帧中运行。只要执行帧之间没有数据依赖关系，则来自不同执行帧的操作可以并行运行。...如果有多个循环变量，我们需要添加多个 Enter、Merge、Switch、NextIteration 和 Exit 操作。这样就可以并行执行跨循环和循环内跨迭代的操作。...执行器需要能够管理同一节点内多个实例的执行（可能是并发的），并确定图执行何时会完成。...直观地说，tag 定义了一个执行环境，在一个执行环境中，一个节点最多执行一次。标签是发送/转发之间通信 key 的一部分，以区分同一发送/转发节点之间的多个调用。...请注意，在执行过程中存在大量的并行性。例如，设备 B 一旦收到 P 的值，就可以开始下一个迭代或退出。一个参与设备可以有多个迭代在并行运行，而且两个参与设备可以同时在同一个循环的不同迭代中工作。
，这些阶段将并行执行。...如果您的Jenkins服务器具有足够的CPU，则还可以通过使用多线程将并行用于在同一节点上同时运行阶段。...使用并行阶段时有一些限制： stage指令可以具有parallel指令或steps指令，但不能同时具有两者。...如果when指令包含多个条件，则所有子条件必须为stage执行返回true。这与子条件嵌套在一个allOf条件中相同 更复杂的条件结构可使用嵌套条件建：not，allOf或anyOf。...嵌套条件可以嵌套到任意深度 | 内置条件 branch： 当正在构建的分支与给出的分支模式匹配时执行，例如：when { branch 'master' }。
image.png Presto查询引擎是一个Master-Slave的架构，由一个Coordinator节点，一个Discovery Server节点，多个Worker节点组成，Discovery Server...通常内嵌于Coordinator节点中。...Presto实现低延时查询的原理，我认为主要是下面几个关键点: 完全基于内存的并行计算 流水线 本地化计算 动态编译执行计划 小心使用内存和数据结构 类BlinkDB的近似查询 GC控制 更多详情：https...比如使用approx_distinct() 函数比Count(distinct x)有大概2.3%的误差 用regexp_like代替多个like语句： Presto查询优化器没有对多个like语句进行优化...使用Rank函数代替row_number函数来获取Top N UNION ALL 代替 UNION ：不用去重 使用WITH语句： 查询语句非常复杂或者有多层嵌套的子查询，请试着用WITH语句将子查询分离出来
因此，我们采用分层隐变量模型来解决这个问题，该模型相比于单个的隐变量模型具有更大的容量。...例如，如果所观察的数据是图像，图像的构成取决于边的位置和纹理的分布，这些特征又依赖于物体的位置，而物体的位置又依赖于场景的构成，等等。...基于每层的先验分布进行隐变量层的嵌套叠加，除了最上面一层，使每一个隐变量层都拥有更复杂的分布。嵌套结构使 ELBO 更为紧凑，即更低的压缩比。 我们通过模型维持全因子分布，使得整个编码过程可以并行。...基于 GPU 实现的 ANS 以及模型的并行，我们实现了高速的压缩和解压缩。该方法的瓶颈在于 ANS 的实际操作，但我们对此保持乐观，相信其固有的并行性可以解决这一问题。...fhkingma/bitswap）克隆到本地，运行脚本 demo_compress.py 和 demo_decompress.py，demo_compress.py 会使用 Bit-Swap 进行压缩处理，并与 GNU
GNU Parallel[1] 是一个用于加速生信分析不可或缺的一个工具。它允许你非常简单地对命令并行化处理。下面我将介绍一些如何使用它以及如何将它应用于生信。...很多高性能计算平台节点已经预先安装了它。你可以从 homebrew[2] 或其他包管理器找到和安装它。...使用 GNU Parallel 进行 Variant Calling 当处理 BAMs 或 VCFs 时，你可以并行处理所有的染色体。大多数变异检测软件或注释工具允许你通过指定区间一次处理一个染色体。...总结 GNU Parallel 可以极大提高简单并行场景任务处理效率。虽然需要编写额外的代码用于处理拆分和组合两步，但这可以得到极大的效率提升。...Reference [1] GNU Parallel: https://www.gnu.org/software/parallel/ [2] homebrew: https://www.danielecook.com
Read More tokio master分支正在切换到std::future #tokio Read More Reddit 讨论 parallel：Rust实现的类GNU Parallel的工具...GNU Parallel，它是一个shell工具，可以在一台或多台计算机上并行的执行计算任务，一个计算任务可以是一条shell命令或者一个以每一行做为输入的脚本程序。...GNU Parallel会把输入分块，然后通过管道并行执行 parallel aljabar: 基于 const generics 实现的n维线性代数库 #const #LinearAlgebra 不过目前是实验性的...aljabar paste.rs：命令行文件共享工具 #cli pf WASM by Example #wasm 类似于Rust By Example的一本小书，是教你学WASM。...现在他们的产品中，每天可以处理1000多个渲染定制服务。 Read More Rust 类型语言 #type 本文简要地介绍了Rust中的类型系统。
通过将计算任务划分为多个子任务，每个子任务在不同的处理器核心或计算节点上并行执行，从而实现整体计算速度的提升。 在传统的串行计算模式下，每个任务必须按照顺序执行，一个任务完成后才能进行下一个任务。...它允许多个计算节点之间相互发送消息，实现协同计算。MPI提供了丰富的函数库，用于进程管理、通信和数据传输等操作。...负载均衡：并行计算的效率取决于任务之间的负载均衡。如果某些任务需要更长的执行时间，而其他任务早已完成，将导致性能瓶颈。需要采取合适的负载均衡策略，确保任务能够均衡地分布在所有处理器核心或计算节点上。...性能测试和调优：并行计算程序的性能取决于多个因素，包括硬件环境、任务划分、算法优化等。对并行计算程序进行性能测试和调优是必要的，以找到性能瓶颈并优化程序。...首先，我们创建了一个大小为640x480的图像，然后使用嵌套的for循环遍历图像的每个像素。
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