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GWAS分析中可视化：QQ图和曼哈顿图

下面介绍一下常用的可视化方法，包括：qqman和cmplot两个包。 ---- 相关软件，比如gapit，rMVP，都会自动出图，而GEMMA，GCTA则是需要后期自己作图。...我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman， 因为这个软件函数很方便。...「安装qqman软件」 # Install the stable release from CRAn install.packages("qqman") # 直接从Github上安装 devtools:...:install_github("stephenturner/qqman") # 从Github上安装最新的开发版 devtools::install_github("stephenturner/qqman...「安装cmplot代码」 install.packages("CMplot") 看一下cmplot包的出图： 另外，cmplot也可以出这样的图： 示例数据 使用qqman中的gwasResults

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颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的

我们一般使用qqman作图和cmplot两个包画GWAS的QQ图和曼哈顿图，后者颜色更漂亮。 这篇博客，介绍一下这两个包如何画GWAS的结果可视化图。 第一个是qqman， 因为这个软件函数很方便。...「安装qqman软件」 # Install the stable release from CRAn install.packages("qqman") # 直接从Github上安装 devtools:...:install_github("stephenturner/qqman") # 从Github上安装最新的开发版 devtools::install_github("stephenturner/qqman...「安装cmplot代码」 install.packages("CMplot") 看一下cmplot包的出图： 另外，cmplot也可以出这样的图： 示例数据 使用qqman中的gwasResults...合并密度图和圆形曼哈顿图： CMplot(dat,plot.type="c",r=0.4,col=c("grey30","grey60"),chr.labels=paste("Chr",c(1:22),

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    3分钟掌握曼哈顿图的绘制

    秘密就在于SNP位点的染色体位置，对于不同的染色体，在标记位置时都是从1开始计数的，比如1号和2号染色体的12bp对应的是两个snp位点。...然而在绘制散点图时，x轴只能用1个数值来表示。...在实际分析中，通过qqman这个R包可以来实现曼哈顿图的绘制，用法如下 ? 输出结果如下所示 ? 可以看到，只需要准备好同样格式的输入文件，绘制曼哈顿图就是几秒钟的事情。...当然该R包还提供了很多的功能，比如高亮标记指定的snp位点等，改变染色体显示的名称等等，能够满足基本需求，但是还是由许多限制，比如不能展示性染色体。...该包的源代码中会自动对数据过滤，只保留常染色体上的SNP位点。 使用别人的R包就是这个样子，别人给你什么，你用什么，想要个性化，要么通知R包的开发者新增功能，当然人家不一定会买账，要么自己来。

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    使用Jenkins配置iOS自动化构建工具 原

    一、Jenkins的安装与启动     Jenkins的安装非常方面，在如下官网可以直接下载Jenkins的安装包，其中有支持各个平台的安装包，选择自己所需要的进行下载安装即可。...对于在Mac上Jenkins的启动，有两种方式： 方式一：直接运行Java归档文件启动Jenkins     如果是Mac电脑，Jenkins安装完成后，在Applications目录下会多出一个Jenkins...: ps 在终端输出的信息中，可以看到Jenkins服务所对应的PID号，如下图： ?...终端使用如下命令将此服务杀死即可： kill -9 PID号 方式二：使用Mac的启动进行控制器启动Jenkins     如果成功安装了Jenkins，在Mac电脑磁盘的资源库中的LaunchDaemons...    配置完了上面的脚本，你可以尝试点击立即构建按钮进行构建，当然构建过程中极有可能会出错，你可以根据log输出检查下是否是因为下面的问题。

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    DeepSeek实践-5分钟快速腾讯云部Ollama部署本地部署

    以下步骤将指导您部署 deepseek-r1:1.5b 版本：执行部署命令： 在终端中输入以下命令并回车：ollama run deepseek-r1:1.5b2.开始对话： 部署完成后，您可以直接在终端与...根据您的操作系统选择相应的安装包（Windows 选择 .exe，Mac 选择 .dmg）。下载完成后，按照提示完成安装：Windows：双击安装包，按照向导操作即可。...验证安装 安装完成后，打开终端（Windows 按 Win + R 输入 cmd，Mac 直接打开 Terminal），然后输入：ollama list输入以下命令：复制ollama list如果终端显示类似...下载 Chatbox访问 Chatbox 官网，下载对应系统的安装包按照默认设置完成安装2. 连接本地模型打开 Chatbox，进入设置界面。...拆分复杂问题： 当您遇到复杂的问题时，可以尝试将其拆分成几个更小、更具体的问题，并逐步向AI提问。这样可以帮助AI更准确地理解您的需求，并提供更精准的答案。

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    Python学习利器——我的小白 An

    在安装 anaconda 时就预先集成了像 Numpy、Scipy、 pandas、Scikit-learn 这些在数据分析中常用的包。...另外值得一提的是，conda 并不仅仅管理Python的工具包，它也能安装非python的包。比如在新版的 Anaconda 中就可以安装R语言的集成开发环境 Rstudio。...不仅可以方便地安装、更新、卸载工具包，而且安装时能自动安装相应的依赖包，同时还能使用不同的虚拟环境隔离不同要求的项目。...安装时，安装程序会把bin目录加入PATH（Linux/Mac写入~/.bashrc，Windows添加到系统变量PATH），这些操作也完全可以自己完成。...打开你电脑的终端，在Anaconda Prompt中输入： conda upgrade --all 在终端询问是否安装如下升级版本时，输入 y。

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    InDesign 2022版安装教程 id2022中文版排版软件v17.3

    id2022中文版安装教程软件下载完后打开，双击【Install InDesign_17.3-macuniversal】进行安装返回镜像包，打开补丁拖动左边的文件到右边的文件夹中进行替换即可Macos文件夹路径...：/Applications/Adobe InDesign 2022/Adobe InDesign 2022.app/Contents/MacOS弹出错误提醒的解决方法：m1电脑安装弹出问题，让移动到废纸篓...，就把安装包拖到桌面，打开终端输入sudo xattr -r -d com.apple.quarantine，加空格，把安装器拖到终端，按回车，然后点击桌面的文件安装即可！！...安装器版本，如果不能直接打开(出现报错情况)在安装镜像内，右键打开--显示包内容依照下图路径，双击“install”打开软件下载地址：InDesign 2022 for mac(Id页面布局设计)v17.3...中文版windows软件安装：Adobe InDesign 2022(ID 2022)

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    Mac系统R语言升级后无法加载包报错 package or namespace load failed in dyn.load

    p=16691 问题重现： 我需要安装R软件包stochvol，该软件包 仅适用于3.6.0版的R。因此，我安装了R（3.6.0 版本），并使用打开它 RStudio。...但是现在  ，即使我成功 使用来 安装软件包，也无法加载任何库 。具体来说，我需要加载的库是stochvol  ，Rcpp和 caret。我尝试重新安装 R， 但仍然无法正常工作。.../Versions/3.6/Resources/lib/libc++.1.dylib 加载后报错：  使用Rcpp 成功安装软件包 后 install.packages("Rcpp") ，尝试时我仍然收到上面的消息...（在升级之前，一切正常，除了我无法安装 quadprog，所以也无法安装 forecast 软件包）。  解决方案： 我了解到，升级到的新版本后，您需要重新编译旧软件包 R。...---- 最受欢迎的见解 1.如何解决线性混合模型中畸形拟合(SINGULAR FIT)的问题 2.在UBUNTU虚拟机上安装R软件包 3.WINDOWS中用命令行执行R语言命令 4.R语言GGSURVPLOT

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    如何解决Python包依赖问题

    (这里推荐新手最好在基于Linux的系统或者Mac上, 一些包[比如Scrapy的Win32相关依赖]可能无法直接通过包管理工具安装, 会让新手从入门到放弃)....只要部署的时候在终端键入 pip install-r requirements.txt就可以安装好依赖了, 但是对于没有严格区分项目环境的同学, 一次性安装了其他的包, 并不是一个好的解决方案....包名, 会在Pipefile写入对应包信息, 之后用户要安装依赖时, 使用 pipenv install即可....当你需要区分开发环境和正式版本发布环境时, 可以使用以下命令: pipenv install --dev 包名 如果正式版本发布时, 键入 Pipenvinstall, 将不会安装dev标记的包 除非其他开发人员键入...Pipenvinstall-dev, 才会安装所有包. ---- 入门小白, 欢迎大家指出错误, 技术交流 今日作者: 光光同学_ 不爱看电影的摄影师不是好的程序员

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    太魔性了，用 Python 实现火爆全网的「蚂蚁呀嘿」视频特效！

    参考地址： https://aistudio.baidu.com/aistudio/projectdetail/1586056 PS：目前该项目适合在 Windows 和 Linux 上操作，Mac 在调用...ffmpeg 这一步会出错 不知道是不是和 Mac 不支持 gpu 安装 paddlepaddle 有关系 首先，从码云上将 PaddleGAN 的源码下载下来 # 从gitee上克隆PaddleGAN...如此，就能在 PyCharm 项目的虚拟环境中，进行相关的安装操作了 # 终端打开文件夹 cd PaddleGAN # 安装相关依赖 pip install -r requirements.txt -...adapt_scale: 根据关键点凸包自适应运动尺度。 此处，大家可以使用自己设计的图片，生成你想要的视频 比如，我选择了一张编程创始人集合照 ?...如果你想生成 GIF，分享给其他人，同样可以使用 FFmpeg 生成 GIF # 生成GIF ffmpeg -ss 0 -t 8 -i result.mp4 -s 600*400 -r 15 result.gif

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    PaddlePaddle踩坑指北系列——MacOS安装

    从图中可以获得报错的关键为Cannot uninstall 'six'，那么解决方法就是先安装好six，再尝试安装protobuf 3.1.0如下： easy_install -U six pip install...当这个python包有一些原生扩展时，例如numpy，显式set python包可能会失败。...问题6：在Mac上无法安装numpy等Python包，权限错误 关键字：权限错误 问题描述： 因为需要安装numpy等包，但在Mac自带的Python上无法安装，导致难以将PaddlePaddle正常安装到...Mac本地 问题解答： Mac上对自带的Python和包有严格的权限保护，最好不要在自带的Python上安装。...执行: vi ~/.bash_profile打开终端配置文件，并在文件的最后添加一行： source paddle/bin/activate这样，每次打开终端时就会自动启动名为‘paddle’的Python

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    2024年07月_生信入门班_微信群答疑笔记

    这样就成功啦 【课前准备】试了两遍都是error 先安装R包哦，再加载确定有没有安装好。跟着群公告里的视频操作 【软件安装】请问用R4.4.0和用R4.4.1有差别吗？...【R包安装】这条下载比较久是正常的嘛 正常的，但建议更新到 R4.4 版本 【软件安装】我的R是百度网盘里的R4.4.0，在Rstudio上安装R 包，上面显示程序包是 用R4.4.1版本建造的。...不用，这样是完全没问题的 【R】这是怎么了 这是在运行中，下载安装R包，一般不需要担心 【R包安装】这个怎么选择呢 输入no 【R包安装】刚刚网卡重启了一下网络再run了一遍，现在呢 选yes，实际上你很多...R包都已经安装好了，问题不大了 【R报错】我这个R经常这样，说我的镜像打开不了网址 很正常。...如果是Mac操作系统，看这个《苹果MacBook电脑macOS系统新手从入门到精通大师版教程教学》 https://www.bilibili.com/video/BV11E411S74z/ 【R实战】做

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    Electron 常见问题收录

    运行时遇到的问题 问题1：终端出现提示“Electron failed to install correctly” 当看似安装完成，运行项目时，终端上出现以下错误： Error: Electron failed...切换到 node_modules/electron 目录下，执行 npm run postinstall 时发现：原来是下载过程中出现了 404 问题，但在项目根目录中执行 npm install 时并没有给出错误...问题2：调用摄像头或麦克风时直接崩溃 使用 vscode 终端启动项目，当 trtc-electron-sdk 启动摄像头和麦克风时，程序直接崩溃： [崩溃] 问题分析 这个问题在新升级至 mac 10.15...操作思路 提前下载 Electron 压缩包。 在出现下载 Electron 缓慢现象或出现超时错误时，打断安装进程。 修改 Electron 安装脚本，去掉下载流程，改为直接解压已下载好的压缩包。...第一步：提前下载 Electron 安装包 用浏览器打开 Electorn 仓库的 release 页面： https://github.com/electron/electron/releases 从列表中找到所需的版本

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